genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold18
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4432388

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744045--744327	132	2.1	132	83	2	363	15	21	21	40	1.91
744280--744425	49	3.0	49	93	0	238	16	20	21	41	1.90
753830--753855	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
753808--753875	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
753947--753971	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
758015--758039	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
758077--758143	31	2.1	32	94	2	118	37	17	10	34	1.85
758082--758163	19	4.6	19	77	21	97	36	18	10	34	1.86
759122--759544	43	9.1	44	78	11	350	32	18	25	24	1.97
759009--759543	49	11.1	49	79	11	538	33	18	24	23	1.97
759076--759544	92	5.0	92	87	6	638	32	18	24	24	1.97
759348--759543	47	3.9	50	83	7	247	35	18	23	22	1.96
759549--759774	32	7.0	32	88	6	289	19	18	34	28	1.95
759549--759770	65	3.4	63	89	4	318	19	18	33	28	1.95
759549--759774	64	3.5	64	89	5	323	19	18	34	28	1.95
759781--760040	33	7.8	33	75	8	222	33	13	32	20	1.92
759775--760135	36	10.8	32	74	15	200	34	13	31	20	1.92
759793--760122	100	3.3	100	91	1	518	34	13	31	19	1.91
760115--760160	23	2.0	23	91	0	74	19	21	30	28	1.98
760136--760254	31	3.8	31	71	11	91	28	17	29	24	1.97
760196--760258	33	1.9	33	86	0	90	31	15	30	22	1.95
760136--760256	63	2.0	61	83	6	154	28	17	29	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760357--760402	8	5.6	8	89	5	56	26	8	21	43	1.81
761210--761256	1	47.0	1	82	0	58	2	2	4	91	0.55
761209--761256	19	2.5	19	90	6	71	2	2	6	89	0.62
762764--762804	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
762936--762960	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
767013--767045	16	2.1	15	94	5	57	36	12	0	51	1.39
769188--769212	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
775019--775540	134	3.9	134	74	8	359	28	9	20	42	1.82
775467--775585	49	2.5	48	79	5	125	24	9	21	45	1.80
775500--775601	49	2.1	49	81	3	116	25	9	17	47	1.78
775609--775739	53	2.5	53	82	6	160	29	14	19	36	1.92
775914--775972	29	2.0	29	83	0	73	22	15	5	57	1.57
781258--781316	29	2.0	29	100	0	118	30	10	16	42	1.82
788077--788122	23	2.0	23	95	0	83	28	32	4	34	1.77
788188--788253	23	2.8	23	80	13	80	4	7	15	72	1.23
788216--788272	23	2.4	25	85	5	73	5	8	19	66	1.38
788191--788274	23	3.4	26	78	14	72	5	9	16	67	1.38
792636--792696	20	3.0	20	73	7	50	16	4	1	77	1.03
793268--793830	42	13.5	42	72	4	278	41	17	25	15	1.89
793277--793830	83	6.6	84	73	6	313	41	17	25	16	1.89
795041--795120	27	3.0	26	88	5	106	21	18	35	25	1.96
795104--795226	51	2.4	52	83	5	151	33	11	21	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797565--797631	34	2.0	33	88	2	98	46	13	14	25	1.82
797655--797706	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
797663--797748	19	4.7	19	72	20	76	37	16	12	33	1.87
797655--797727	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
797784--797881	21	4.7	21	92	3	162	35	22	10	31	1.88
801606--801751	50	2.9	51	92	2	249	43	10	18	26	1.83
801656--801740	20	3.8	20	72	26	71	41	11	18	28	1.86
804984--805495	168	3.0	168	82	4	557	32	10	8	48	1.68
807560--807962	156	2.6	156	75	9	370	25	15	21	37	1.93
809255--809287	10	3.4	10	87	8	50	33	12	33	21	1.90
809589--809930	66	5.3	65	77	8	274	42	12	23	22	1.87
809585--809897	64	4.8	65	77	7	208	41	12	23	21	1.87
809589--809936	130	2.7	126	75	7	335	42	12	22	22	1.87
810359--810851	76	6.5	75	75	6	262	44	13	16	25	1.84
814935--814960	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
815020--815092	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
814999--815075	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
814999--815092	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
815643--815786	48	3.0	48	100	0	288	25	29	8	37	1.85
817627--817665	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
819744--819774	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
823836--823861	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823921--823993	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
823900--823976	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
823900--823993	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
824665--824718	20	2.8	19	82	2	63	37	18	12	31	1.89
825616--826000	58	6.7	57	84	5	429	24	16	28	30	1.96
825616--826002	88	4.5	87	82	7	432	24	16	28	30	1.96
825616--826001	28	13.5	28	80	6	389	24	16	28	30	1.96
826011--826098	14	6.6	14	74	10	67	35	15	12	36	1.86
826011--826080	26	2.7	27	82	6	90	34	14	14	37	1.86
826011--826067	13	4.4	14	74	14	50	35	15	14	35	1.88
828853--828917	32	2.0	32	96	0	121	23	16	18	41	1.90
831322--831368	21	2.3	21	82	10	53	42	0	0	57	0.98
831639--831671	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
841263--841385	20	5.7	20	71	16	102	43	11	13	31	1.80
841995--842162	61	2.8	60	81	5	185	43	19	17	19	1.88
842879--842904	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
845119--845163	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
848996--849075	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
849061--849099	13	3.0	13	92	0	60	33	17	12	35	1.88
851629--851654	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
852571--852863	44	6.7	44	68	17	162	45	15	17	21	1.85
852497--852866	175	2.1	173	82	2	463	44	14	17	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852491--852906	87	4.8	88	82	3	430	43	14	18	23	1.87
853196--853463	111	2.4	111	84	0	338	35	11	16	35	1.86
854188--854222	17	2.1	17	100	0	70	28	0	22	48	1.51
855242--855289	6	8.0	6	78	17	55	83	2	0	14	0.74
861288--861729	154	2.9	152	83	6	455	40	17	15	26	1.89
862111--862183	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
862129--862204	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
862111--862204	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
862243--862268	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
865310--865334	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
866013--866037	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
867407--867479	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
867425--867500	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
867407--867500	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
867539--867564	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
874062--874143	20	4.2	20	72	12	71	20	28	12	39	1.89
874049--874137	39	2.3	39	90	0	133	23	26	11	38	1.89
874164--874210	20	2.4	20	85	3	60	19	2	6	72	1.17
874178--874225	9	5.2	9	76	14	53	14	4	8	72	1.23
875244--875949	42	16.7	42	70	9	328	34	18	28	18	1.95
875210--875421	84	2.5	84	87	2	291	35	17	28	17	1.94
875243--875967	126	5.7	127	71	10	475	34	18	28	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875436--876002	85	6.7	85	79	2	529	34	18	27	18	1.95
875425--875967	169	3.2	169	79	2	615	34	18	27	18	1.95
876804--876904	52	1.9	52	87	0	148	40	11	13	33	1.82
884005--884257	79	3.2	77	82	4	308	31	15	26	27	1.95
886611--886667	20	2.8	20	91	0	96	35	14	17	33	1.90
891805--891933	52	2.5	52	93	0	222	27	18	20	33	1.96
891805--891953	52	2.9	52	88	4	194	29	18	20	31	1.96
891952--892011	21	2.9	21	94	0	102	33	16	16	33	1.92
892042--892091	19	2.6	19	93	0	91	42	18	10	30	1.82
892947--893481	49	11.1	49	83	9	611	32	17	24	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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