genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold18
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4432388

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893110--893478	92	4.0	88	88	6	427	31	18	24	25	1.98
892947--893488	141	3.8	142	87	6	695	32	18	24	24	1.97
893481--893638	33	4.8	33	85	5	212	19	18	31	29	1.96
893478--893638	66	2.4	65	88	4	234	21	18	31	29	1.97
893640--893856	34	6.6	34	82	8	261	36	12	32	17	1.88
893640--893863	68	3.4	67	84	5	289	35	12	33	18	1.89
893640--893865	95	2.3	95	83	7	265	35	12	32	18	1.89
893775--893835	27	2.3	27	82	0	77	36	13	32	18	1.89
893867--894026	32	5.1	31	83	6	198	32	16	28	22	1.96
893867--894021	64	2.5	61	90	5	231	30	17	28	23	1.97
893839--894026	32	6.1	30	81	7	182	31	17	28	22	1.97
895326--895380	25	2.2	26	80	9	69	5	5	14	74	1.18
895826--895853	14	2.0	14	100	0	56	57	14	7	21	1.61
896753--896904	52	2.9	52	87	3	209	31	17	18	32	1.94
896948--896999	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
896956--897020	19	3.7	19	76	23	88	40	15	12	32	1.84
896948--897018	32	2.2	32	100	0	142	38	16	12	32	1.87
904362--904487	39	3.3	39	82	4	166	21	28	9	40	1.84
904362--904504	39	3.8	37	78	5	142	21	28	9	40	1.84
904362--904504	76	1.9	76	92	0	241	21	28	9	40	1.84
904362--904492	20	6.8	20	74	16	107	20	28	9	41	1.84
904514--904572	17	3.3	18	84	9	77	18	0	3	77	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904518--904590	15	4.4	17	73	15	62	19	0	4	76	0.94
911608--911756	52	2.9	52	88	4	230	31	16	18	33	1.93
911745--911769	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
911810--911876	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
911832--911856	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
915370--916061	349	2.0	349	96	0	1287	33	28	9	28	1.89
916983--917373	148	2.6	148	86	2	516	43	16	16	23	1.87
916983--917366	73	5.1	75	74	7	280	43	16	16	22	1.87
918170--918232	24	2.6	24	92	0	99	50	17	19	12	1.77
918539--918591	19	2.7	20	91	2	90	37	11	11	39	1.77
918634--918658	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
920069--920107	21	1.9	20	85	15	53	56	2	0	41	1.13
933984--934128	29	5.0	29	79	4	141	28	31	17	22	1.96
933984--934126	59	2.5	58	83	3	164	28	31	17	22	1.96
934099--934261	35	4.8	35	83	6	210	20	31	12	34	1.90
934061--934281	68	3.2	68	84	8	263	21	33	12	32	1.91
934265--934557	33	8.9	33	86	1	385	32	30	17	19	1.95
934563--934837	43	5.8	48	81	11	336	25	24	18	32	1.97
934561--934837	92	3.0	92	95	1	491	25	24	18	31	1.97
934747--934884	52	2.6	52	82	3	159	26	23	15	34	1.95
934850--934976	67	1.9	68	83	1	166	22	24	12	40	1.89
935662--935714	19	2.7	20	91	2	90	37	11	11	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
942129--942203	20	3.8	20	85	0	105	33	13	13	40	1.83
942129--942206	40	2.0	39	92	2	129	33	12	14	39	1.84
954828--954853	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
954808--954871	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
954808--954871	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
954923--954978	20	2.8	20	83	5	69	30	16	16	37	1.90
957344--957381	13	2.9	13	88	0	58	28	15	21	34	1.94
959464--959494	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
963538--963589	19	2.7	20	90	6	88	28	11	15	44	1.81
963640--963695	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
966114--966153	11	3.9	11	84	15	59	87	7	0	5	0.66
966102--966183	11	7.3	11	72	10	58	84	9	2	3	0.84
966102--966183	19	4.2	18	78	18	85	84	9	2	3	0.84
966102--966183	29	2.7	29	80	16	87	84	9	2	3	0.84
966102--966154	1	53.0	1	76	0	52	88	7	0	3	0.61
967396--968252	28	29.9	28	85	4	996	28	30	17	23	1.97
967396--968252	57	15.0	55	84	5	960	28	30	17	23	1.97
967396--968255	85	10.0	84	85	4	1082	28	30	17	23	1.97
969120--969165	20	2.3	20	88	0	65	32	10	15	41	1.82
969271--969295	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
970075--970817	43	15.6	52	77	11	316	31	19	25	24	1.98
970276--970867	43	13.1	43	77	12	512	31	18	24	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
970128--970439	101	3.2	95	82	7	344	31	19	25	23	1.98
970319--970867	92	6.0	92	89	5	790	31	18	24	24	1.98
971020--971119	30	3.3	30	91	1	155	27	17	30	26	1.97
983202--983246	23	2.0	23	82	8	56	28	8	24	37	1.86
983550--983673	32	3.8	32	85	6	153	21	21	28	28	1.99
983550--983673	64	1.9	64	90	3	194	21	21	28	28	1.99
983682--984115	28	14.8	28	72	10	208	25	18	27	28	1.98
983677--984084	56	7.0	56	73	9	289	24	18	28	28	1.98
984157--984224	27	2.5	28	85	7	86	22	14	35	27	1.93
984217--984380	27	6.1	27	85	0	184	33	13	30	22	1.92
984352--984531	32	5.7	32	76	10	145	32	11	31	25	1.90
984422--984571	34	4.5	34	78	9	157	32	10	30	27	1.89
984422--984572	66	2.3	66	87	1	212	32	9	30	27	1.89
991947--992315	165	2.2	166	80	5	433	26	11	11	51	1.70
995037--995062	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
997276--997320	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
999124--999154	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1001168--1001245	20	3.7	20	74	15	75	29	14	14	42	1.84
1001366--1001411	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1005529--1005619	20	4.6	19	77	8	76	31	16	14	37	1.89
1005567--1005620	19	2.8	20	88	2	83	29	16	14	38	1.89
1013335--1013384	20	2.5	20	74	3	57	30	20	16	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1015104--1015130	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1017655--1017710	20	2.8	20	100	0	112	28	19	10	41	1.85
1019944--1020008	32	2.0	32	88	11	96	29	15	16	38	1.90
1019965--1019990	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1020090--1020114	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
1020617--1020678	20	2.8	23	76	18	78	32	32	0	35	1.58
1020617--1020678	19	3.0	20	83	11	72	32	32	0	35	1.58
1022055--1022095	20	2.0	21	85	9	57	7	31	43	17	1.76
1029351--1029407	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
1029364--1029426	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
1029331--1029431	32	3.1	32	94	1	166	35	10	16	36	1.84
1029469--1029493	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1029502--1029682	52	3.5	52	96	0	317	35	18	17	28	1.94
1044976--1045150	30	6.0	29	83	5	210	26	30	17	25	1.97
1044970--1045141	86	2.0	87	88	3	258	27	31	17	23	1.97
1045126--1045199	35	2.1	34	85	2	103	21	33	9	35	1.86
1045191--1045379	33	5.8	33	85	7	246	29	34	18	16	1.93
1045191--1045379	97	1.9	97	93	2	326	29	34	18	16	1.93
1045191--1045388	64	3.1	64	89	2	301	29	35	18	16	1.93
1045386--1046172	43	16.8	44	72	16	559	25	24	18	31	1.98
1045376--1046228	95	9.1	94	91	2	1342	25	24	18	31	1.97
1046129--1046265	52	2.6	52	84	4	177	25	24	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1047079--1047173	32	2.9	32	90	1	136	37	10	16	34	1.84
1059388--1059560	29	6.0	29	82	7	201	27	30	17	25	1.97
1059388--1059560	56	3.0	58	81	7	192	27	30	17	25	1.97
1059386--1059555	85	2.0	85	88	3	252	27	31	17	23	1.97
1059602--1059799	32	6.2	32	79	11	221	28	35	19	16	1.93
1059606--1059791	65	2.9	64	82	10	213	27	36	19	17	1.94
1059787--1060629	94	9.1	94	85	8	1106	24	25	18	32	1.97
1060162--1060680	52	10.9	50	71	20	256	24	24	17	33	1.96
1060308--1060577	42	6.1	43	75	16	248	25	24	18	32	1.97
1073854--1074028	30	6.0	29	83	5	210	26	30	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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