genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold18
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4432388

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
605941--606327	52	7.4	51	72	8	260	31	12	27	29	1.92
605834--606313	262	1.8	262	98	0	924	31	12	27	28	1.93
611056--611184	52	2.5	52	96	0	240	28	18	17	34	1.94
615866--615904	21	1.9	20	89	5	60	33	17	7	41	1.79
616068--616108	6	7.3	6	89	10	61	17	0	0	82	0.66
616075--616113	10	3.8	10	81	18	53	17	0	0	82	0.68
616068--616115	15	3.4	15	91	8	75	18	0	0	81	0.70
616823--617236	55	7.3	55	80	7	413	24	21	27	26	2.00
616814--617237	165	2.5	169	80	7	466	25	21	26	26	2.00
617255--617439	55	3.4	54	90	1	280	20	22	29	28	1.98
617107--617385	149	1.9	149	90	1	443	22	21	29	26	1.99
617054--617631	204	2.8	204	91	2	881	24	20	28	25	1.99
617463--617666	62	3.4	61	87	6	289	26	20	26	25	1.99
618641--618705	10	6.4	10	83	16	89	0	3	10	86	0.69
618630--618707	1	78.0	1	72	0	57	0	3	10	85	0.71
618630--618707	23	3.5	22	81	10	95	0	3	10	85	0.71
618630--618707	35	2.3	34	83	14	99	0	3	10	85	0.71
618630--618707	18	4.4	17	83	4	84	0	3	10	85	0.71
621306--621330	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
623387--623567	79	2.3	79	84	1	220	30	17	27	24	1.97
623581--623975	52	7.6	52	72	11	279	32	11	26	29	1.91
623471--623974	262	1.9	261	92	0	846	32	12	26	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
626302--626342	21	2.0	21	95	0	73	26	21	9	41	1.84
626367--626420	21	2.7	20	77	8	65	38	14	12	33	1.85
626503--626546	6	7.5	6	89	5	72	18	0	0	81	0.68
633277--633333	16	3.5	16	81	11	71	89	7	1	1	0.62
633277--633333	27	2.1	28	90	3	89	89	7	1	1	0.62
633277--633333	19	3.1	19	87	5	73	89	7	1	1	0.62
633277--633333	1	57.0	1	78	0	60	89	7	1	1	0.62
634167--634216	20	2.5	20	83	0	64	44	14	12	30	1.81
634250--634312	33	1.9	33	90	3	101	42	20	12	23	1.86
640462--640499	13	2.9	13	88	0	58	31	13	18	36	1.89
640933--640984	20	2.4	21	84	9	61	21	50	25	3	1.65
642330--642374	22	2.0	22	91	8	74	35	0	28	35	1.58
642945--642996	20	2.6	20	84	0	68	42	13	13	30	1.83
643030--643092	33	1.9	33	90	3	101	42	20	12	23	1.86
644396--644934	55	9.5	54	87	6	630	26	27	20	25	1.99
644756--644837	27	3.0	27	64	22	71	26	26	23	23	2.00
644400--645368	211	4.4	215	81	10	843	26	27	20	25	1.99
644797--645246	166	2.9	149	83	8	470	26	27	20	25	1.99
644596--645301	376	1.9	377	90	2	1125	26	27	20	25	1.99
644953--645376	55	7.4	56	84	8	502	26	27	20	25	1.99
645346--645430	42	2.1	41	84	4	109	21	23	12	42	1.87
645461--645558	42	2.4	42	77	8	103	16	29	12	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
646212--646283	32	2.2	32	92	0	117	34	12	16	36	1.87
646328--646353	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
648707--648841	52	2.6	52	77	8	141	31	25	11	31	1.92
648816--648999	79	2.3	78	89	3	287	26	28	16	28	1.97
648933--649047	51	2.3	51	95	0	203	29	27	12	30	1.93
648854--649126	130	2.1	129	90	0	429	27	26	13	31	1.94
648984--649322	79	4.3	79	87	2	450	26	24	14	34	1.94
648719--649207	208	2.3	210	87	3	686	27	26	14	31	1.95
648984--649324	157	2.2	158	85	2	454	26	24	14	34	1.94
650650--650703	20	2.7	20	88	2	72	40	9	14	35	1.78
653173--653414	79	3.1	79	78	8	258	24	28	11	34	1.91
661539--661594	20	2.8	20	86	0	67	39	10	12	37	1.78
665663--665902	132	1.8	130	81	3	293	25	25	13	35	1.92
667378--667420	19	2.3	19	88	11	63	72	9	4	13	1.26
667378--667420	9	4.7	9	82	5	59	72	9	4	13	1.26
667413--667451	11	3.5	11	100	0	78	84	0	0	15	0.62
667594--667630	15	2.5	15	91	8	58	48	10	24	16	1.77
669219--669388	79	2.2	79	83	2	207	28	23	14	33	1.94
678264--678420	20	7.8	20	68	23	80	25	16	15	42	1.87
678331--678400	33	2.1	33	91	0	113	25	18	12	42	1.86
680793--680913	51	2.4	51	84	0	161	30	25	14	29	1.94
680845--681063	77	2.8	79	77	8	232	27	22	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685926--685987	27	2.2	28	88	2	90	37	14	16	32	1.89
686013--686069	28	2.0	28	86	6	80	24	26	21	28	1.99
686251--686333	32	2.6	32	90	0	139	28	32	15	22	1.95
686251--687441	28	41.7	29	78	7	690	28	29	18	23	1.97
686269--687440	84	13.7	84	77	6	769	28	29	18	23	1.98
687287--687441	30	5.1	30	79	8	154	29	30	19	20	1.97
687297--687441	62	2.4	61	78	13	165	28	30	20	21	1.98
687451--687701	121	2.1	119	84	5	317	23	23	16	37	1.93
687518--687756	62	3.9	62	76	8	213	23	23	15	37	1.93
687858--688040	85	2.2	84	82	6	217	14	30	15	38	1.88
688560--688586	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
690340--690603	79	3.3	79	81	6	268	27	22	13	35	1.92
698126--698590	144	3.3	143	80	6	396	26	14	21	37	1.92
698262--698603	145	2.4	145	81	5	424	26	14	21	37	1.92
698238--698603	144	2.5	144	80	5	425	26	14	21	37	1.92
701881--701923	20	2.3	19	84	8	52	81	2	9	6	0.95
703251--703589	88	3.9	88	82	6	366	24	20	11	43	1.84
704005--704076	29	2.4	29	82	11	76	13	20	16	48	1.80
704127--704284	58	2.7	59	78	8	187	17	16	21	44	1.86
704450--704639	76	2.5	76	78	0	200	27	17	10	44	1.82
705089--705271	41	4.5	41	78	6	160	18	20	12	48	1.80
705329--705515	67	2.8	67	74	7	211	17	20	13	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
705873--705939	32	2.1	31	83	8	80	19	25	11	43	1.85
705805--706017	99	2.1	99	82	8	254	17	24	12	45	1.84
705905--706080	67	2.6	67	79	7	171	17	25	13	44	1.84
705694--706255	230	2.4	232	78	6	579	17	23	13	45	1.84
706252--706311	29	2.1	30	81	12	72	31	3	13	51	1.57
707900--708285	143	2.7	143	78	7	354	26	15	20	37	1.92
708036--708417	143	2.7	143	80	8	395	27	15	20	36	1.93
708590--708626	18	2.1	18	90	10	58	48	0	0	51	1.00
711403--711502	33	3.1	32	94	2	164	38	16	9	37	1.80
716651--716703	20	2.7	20	88	5	72	28	22	15	33	1.94
717526--717622	42	2.4	42	87	3	135	26	21	5	46	1.72
717818--717850	16	2.1	16	88	5	50	30	30	12	27	1.92
725523--725577	19	2.8	20	88	5	85	38	12	16	32	1.86
725563--725589	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
729588--729629	22	1.9	22	85	9	59	23	4	9	61	1.45
730246--730761	157	3.3	157	80	4	590	27	14	18	39	1.89
737082--737106	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
738941--738965	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
738953--739005	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
739065--739090	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
739047--739110	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
739883--739922	15	2.6	15	84	4	53	77	0	17	5	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739865--739920	15	3.9	14	77	13	51	76	1	17	3	1.01
741176--741315	59	2.4	59	96	0	253	22	18	15	43	1.87
741212--741303	29	3.1	29	64	14	80	26	18	10	44	1.82
742744--742909	66	2.5	67	85	6	232	16	21	19	41	1.90
742725--743091	166	2.2	166	84	0	482	18	22	19	38	1.93
742810--743020	100	2.1	100	80	0	242	18	23	19	38	1.93
742910--743212	66	4.6	66	81	0	311	18	23	19	39	1.92
743308--743942	66	9.7	66	80	2	596	17	23	18	40	1.91
743518--743639	64	1.9	64	84	5	165	17	18	21	43	1.88
744007--744327	66	4.9	66	78	5	292	16	22	20	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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