genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold18
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4432388

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1414700--1414754	21	2.7	20	88	2	74	32	18	12	36	1.88
1414606--1414754	20	7.8	20	69	22	95	30	17	12	39	1.87
1417063--1417191	51	2.5	51	74	2	134	33	23	8	34	1.85
1417193--1417266	28	2.6	28	91	4	114	21	31	21	25	1.98
1417181--1417421	108	2.2	108	82	0	286	25	25	15	33	1.95
1417361--1417473	51	2.2	52	88	4	176	31	27	7	32	1.86
1417409--1417707	79	3.8	77	81	4	319	28	26	13	31	1.94
1417409--1417707	158	1.9	158	81	4	361	28	26	13	31	1.94
1422315--1422366	19	2.7	19	84	3	59	40	17	13	28	1.87
1427763--1427837	20	3.8	20	80	0	87	44	10	10	34	1.74
1432320--1432345	13	2.0	13	100	0	52	38	0	30	30	1.58
1435578--1435631	19	2.8	19	82	2	63	27	18	18	35	1.94
1441849--1441887	13	3.0	13	80	0	51	35	12	10	41	1.77
1441986--1442035	21	2.4	22	83	9	61	34	18	0	48	1.48
1443731--1443779	20	2.5	19	83	9	62	40	4	16	38	1.67
1443734--1443779	19	2.3	19	88	7	65	36	4	17	41	1.69
1448660--1449092	154	2.8	154	76	8	407	40	21	15	22	1.90
1450476--1450508	16	2.1	16	100	0	66	0	6	36	57	1.23
1450996--1451028	7	4.9	7	85	7	50	3	9	0	87	0.63
1450996--1451028	13	2.4	14	90	5	50	3	9	0	87	0.63
1451501--1451834	165	2.0	165	82	2	402	50	9	10	29	1.70
1452941--1452978	18	2.1	19	90	5	60	78	10	5	5	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1454447--1454723	85	3.3	83	73	10	240	22	30	13	33	1.92
1454786--1454945	85	1.9	84	83	7	207	18	31	12	36	1.88
1454784--1454962	86	2.1	84	79	12	195	20	30	12	36	1.90
1455576--1455614	8	5.2	8	87	12	57	74	0	0	25	0.82
1455576--1455612	7	5.1	7	87	6	56	75	0	0	24	0.80
1455583--1455656	22	3.2	22	72	22	62	68	2	0	28	1.03
1455602--1455664	24	2.5	26	77	17	78	68	3	0	28	1.05
1455863--1456008	72	2.0	72	86	0	202	56	11	15	15	1.66
1455948--1456065	58	2.1	57	87	4	166	57	12	14	15	1.65
1455880--1456124	125	1.9	129	83	7	322	58	11	15	14	1.62
1456132--1456179	22	2.1	23	84	3	62	58	12	16	12	1.63
1461568--1461678	41	2.7	41	90	2	170	27	24	14	33	1.94
1463110--1463135	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1463090--1463153	33	2.0	32	87	3	92	26	15	18	39	1.91
1463877--1463914	20	1.9	20	100	0	76	5	39	5	50	1.48
1467559--1467584	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1467539--1467602	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
1467684--1467708	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1467662--1467729	33	2.1	31	84	13	84	33	16	16	33	1.91
1467697--1467751	20	2.8	19	86	8	74	29	12	18	40	1.87
1476917--1476968	20	2.6	20	90	6	79	44	13	15	26	1.84
1477037--1477092	20	2.6	22	86	5	71	30	17	12	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485885--1486440	42	13.3	42	74	8	303	15	26	16	42	1.87
1485885--1486306	83	5.0	84	80	6	372	15	26	16	42	1.87
1485885--1486440	168	3.3	168	75	8	425	15	26	16	42	1.87
1485885--1486978	126	8.7	127	69	9	382	17	26	15	40	1.89
1485886--1487280	42	33.2	41	69	12	274	17	26	15	40	1.89
1487375--1487548	84	2.1	84	79	6	183	18	25	13	42	1.87
1487369--1487652	126	2.3	126	77	7	281	17	25	15	41	1.89
1487406--1488188	42	18.8	41	69	9	282	16	24	15	43	1.87
1487834--1488122	125	2.3	127	80	7	358	14	24	15	45	1.84
1487710--1488058	83	4.2	83	72	9	241	14	23	17	44	1.85
1488751--1488795	24	1.9	24	82	13	58	66	4	0	28	1.11
1489013--1489154	72	2.0	72	90	0	221	54	11	16	16	1.70
1489094--1489211	58	2.1	57	95	1	209	53	13	18	14	1.73
1492519--1492553	11	3.3	11	88	4	54	34	0	22	42	1.54
1492519--1492576	21	2.8	21	78	5	64	32	0	27	39	1.57
1494303--1494352	24	2.1	24	92	0	82	28	20	12	40	1.87
1495513--1495538	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1495495--1495561	33	2.0	33	88	0	98	34	13	14	37	1.86
1496584--1496613	13	2.3	13	100	0	60	36	6	16	40	1.75
1496563--1496629	33	2.0	33	82	5	82	35	16	11	35	1.86
1499283--1499319	13	2.8	13	87	0	56	37	13	13	35	1.84
1505464--1505516	20	2.7	20	85	5	72	32	18	13	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1505546--1505595	19	2.5	20	87	3	75	36	10	22	32	1.87
1507131--1507155	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1514937--1514978	22	2.0	22	90	4	68	40	0	26	33	1.56
1515601--1515658	20	2.8	21	82	10	75	39	20	17	22	1.92
1515784--1515808	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1519097--1519266	88	1.9	89	89	1	261	26	9	11	52	1.68
1519648--1519715	10	6.5	10	82	14	84	85	0	14	0	0.60
1519647--1519714	12	5.9	11	83	13	84	85	0	14	0	0.60
1519647--1519715	18	3.8	18	84	7	79	85	0	14	0	0.60
1519647--1519715	29	2.3	27	83	16	68	85	0	14	0	0.60
1523190--1523646	42	10.8	42	72	11	193	36	17	27	18	1.94
1523368--1523604	42	5.6	42	80	6	201	36	16	27	19	1.93
1523370--1523658	85	3.4	84	79	4	249	36	16	27	19	1.93
1523754--1524007	88	2.9	88	79	2	305	44	16	18	20	1.86
1523762--1524026	44	6.0	44	71	12	186	44	15	20	20	1.87
1524007--1524241	48	4.9	48	86	2	319	42	17	19	20	1.89
1524252--1524360	30	3.6	30	74	10	105	39	11	22	25	1.89
1524251--1524603	60	5.8	59	75	7	253	40	11	22	25	1.87
1524280--1524603	121	2.7	120	83	2	389	40	10	22	25	1.87
1525411--1525584	88	2.0	88	79	4	190	44	14	17	23	1.85
1526932--1526978	22	2.1	22	84	7	60	6	14	0	78	0.93
1526916--1526952	16	2.3	16	100	0	74	16	16	0	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1526949--1526988	21	1.9	21	84	0	53	0	12	5	82	0.82
1529233--1529260	14	2.0	14	100	0	56	28	14	21	35	1.92
1545031--1545143	51	2.3	48	86	7	147	42	10	15	31	1.81
1545512--1545537	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
1550994--1551302	157	2.0	154	82	6	381	33	10	27	29	1.89
1551178--1551452	128	2.1	132	82	8	332	36	9	25	29	1.87
1551303--1551620	79	4.0	78	75	8	248	34	11	26	27	1.91
1557686--1557731	10	4.6	10	86	0	56	32	0	30	36	1.58
1558514--1558539	7	3.7	7	100	0	52	46	30	11	11	1.76
1558510--1558545	14	2.6	14	81	0	54	50	33	8	8	1.63
1558888--1558951	30	2.3	29	78	10	71	57	18	6	17	1.60
1563635--1563673	21	1.9	20	89	5	60	38	12	12	35	1.82
1563521--1563952	234	1.8	233	87	2	643	34	15	15	34	1.89
1563965--1563989	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1564053--1564077	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1564086--1564205	52	2.3	52	97	0	222	35	18	17	29	1.94
1567955--1568418	48	10.1	43	71	17	290	32	17	23	25	1.97
1568006--1568418	91	4.5	92	81	6	442	32	17	24	25	1.97
1568183--1568372	99	1.9	100	85	1	265	33	17	25	24	1.96
1568097--1568415	143	2.3	141	82	9	359	32	17	24	25	1.97
1568442--1568687	28	8.6	28	84	8	238	19	17	31	32	1.95
1568481--1568678	28	6.9	28	87	6	249	20	18	30	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1568427--1568678	57	4.4	58	81	9	270	19	18	29	32	1.95
1570160--1570212	4	14.8	4	76	21	55	0	0	16	83	0.66
1570153--1570218	10	6.6	10	86	10	82	0	0	16	83	0.65
1584322--1584360	21	1.9	20	89	5	60	35	12	12	38	1.82
1585563--1585595	17	2.0	17	88	5	50	54	6	3	36	1.41
1590075--1590156	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
1590113--1590424	105	2.9	103	72	14	276	31	12	26	29	1.93
1590139--1590309	51	3.3	50	78	6	180	33	11	25	29	1.91
1590294--1590364	27	2.6	28	80	15	85	21	19	33	25	1.97
1592838--1592863	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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