genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold18
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4432388

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2597461--2597668	80	2.6	79	82	1	245	28	25	17	28	1.98
2611498--2611536	15	2.6	14	80	11	51	82	2	12	2	0.89
2612284--2612359	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2612274--2612392	42	2.8	42	93	0	202	42	1	46	9	1.46
2612349--2612398	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
2629325--2629443	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2629358--2629433	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2629349--2629434	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2629340--2629410	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2634103--2634160	26	2.2	26	96	0	107	32	10	25	31	1.89
2634749--2634885	35	3.9	34	80	7	91	26	14	28	30	1.95
2634781--2634890	35	3.1	35	82	5	132	23	13	28	34	1.93
2634792--2634910	37	3.3	36	81	6	134	23	14	28	33	1.94
2634833--2634920	37	2.4	37	84	5	99	25	14	29	30	1.95
2634894--2635092	32	6.2	32	79	2	218	28	22	27	22	1.99
2634900--2635063	65	2.5	65	87	0	238	29	21	27	21	1.99
2634900--2635054	33	4.8	32	78	6	168	28	19	29	23	1.98
2634900--2635092	97	2.0	98	82	5	239	28	21	27	22	1.99
2635404--2635453	23	2.2	23	89	3	75	26	30	22	22	1.99
2637480--2637853	202	1.8	203	87	4	556	28	23	12	36	1.90
2637474--2637869	103	3.9	102	86	5	516	27	23	12	36	1.91
2656203--2656358	77	2.0	78	88	1	233	54	9	21	14	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2658919--2659020	30	3.4	30	75	4	107	47	20	17	14	1.83
2663475--2663724	28	9.0	28	79	9	239	23	16	30	30	1.96
2663475--2663724	85	3.0	84	84	6	307	23	16	30	30	1.96
2663505--2663728	113	2.0	108	81	7	254	23	16	29	29	1.96
2663733--2664066	37	9.1	36	86	3	380	20	14	29	35	1.93
2665191--2665308	49	2.4	49	94	0	200	34	11	24	28	1.91
2671758--2671825	27	2.5	27	97	0	127	26	20	30	22	1.98
2678595--2678755	42	3.8	42	94	0	268	9	45	2	42	1.49
2678628--2678745	12	10.9	11	75	16	72	10	47	2	39	1.51
2678623--2678725	9	12.1	9	69	12	65	10	44	2	41	1.54
2681660--2681796	44	3.1	44	96	0	256	30	8	23	37	1.85
2682335--2682389	26	2.1	27	93	3	94	78	5	10	5	1.08
2682350--2682399	9	5.3	9	81	9	55	84	4	6	6	0.88
2684415--2684461	18	2.8	16	75	12	58	38	8	17	36	1.80
2687377--2687505	52	2.5	52	84	2	152	36	18	21	23	1.95
2687414--2687539	52	2.4	52	78	0	135	36	17	20	25	1.94
2691769--2691887	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2691802--2691877	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2691793--2691878	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2691784--2691854	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2695778--2695849	36	2.0	36	97	0	135	31	13	18	36	1.90
2697061--2697218	81	2.0	81	86	7	223	31	17	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2697208--2697358	79	1.9	79	83	2	196	32	14	26	26	1.95
2697510--2697890	31	11.9	31	78	12	285	22	21	26	29	1.99
2697744--2697999	36	7.4	36	78	10	178	20	17	27	33	1.95
2697543--2697961	134	3.2	132	84	6	478	21	20	26	30	1.98
2697511--2697932	98	4.3	95	75	12	326	22	21	26	29	1.99
2701053--2701271	103	2.1	102	86	5	300	34	14	24	26	1.94
2703332--2703423	41	2.3	41	92	1	159	29	11	32	26	1.92
2705273--2705332	30	2.0	31	84	15	81	31	5	33	30	1.79
2710066--2710136	28	2.5	29	74	21	78	14	16	7	61	1.53
2714750--2714848	29	3.4	29	68	10	85	29	21	24	25	1.99
2714895--2714927	17	1.9	17	88	11	50	42	0	15	42	1.46
2717845--2717912	24	2.8	24	93	0	109	42	0	44	13	1.43
2717844--2717912	12	5.8	12	77	14	72	42	0	44	13	1.43
2723484--2723526	21	2.0	22	86	4	61	39	6	0	53	1.28
2725612--2725675	22	3.0	21	72	6	65	50	4	3	42	1.39
2725774--2725813	18	2.2	18	86	8	55	45	10	0	45	1.37
2731000--2731061	6	10.7	6	75	23	53	85	3	11	0	0.71
2733729--2733782	21	2.6	21	87	0	72	42	5	11	40	1.64
2736311--2736368	20	2.9	20	80	10	73	29	17	13	39	1.88
2736393--2736504	20	5.7	20	78	3	120	37	12	16	33	1.87
2736393--2736504	59	1.9	59	96	0	206	37	12	16	33	1.87
2736397--2736523	59	2.2	59	89	2	193	38	13	17	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2743115--2743162	15	3.1	16	82	11	55	31	10	6	52	1.60
2745259--2745311	19	2.7	20	82	2	63	41	15	15	28	1.87
2754177--2754215	20	1.9	21	94	5	71	38	10	12	38	1.78
2759201--2759626	84	5.0	84	92	3	606	48	11	19	20	1.80
2760664--2760742	6	13.3	6	93	2	133	68	13	0	17	1.21
2763135--2763170	6	6.0	6	100	0	72	0	33	0	66	0.92
2763224--2763258	8	4.4	8	92	0	61	48	0	48	2	1.16
2763439--2763489	16	3.2	15	81	10	57	45	0	1	52	1.12
2763531--2763574	22	2.0	22	86	4	63	36	0	0	63	0.95
2764246--2764270	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2764255--2764312	19	2.9	19	82	5	71	37	15	15	31	1.89
2764362--2764387	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2764341--2764407	33	2.0	33	88	0	98	34	13	17	34	1.89
2765489--2765527	16	2.4	17	82	8	53	12	10	30	46	1.75
2765557--2765611	16	3.4	16	74	0	56	16	14	23	45	1.84
2769017--2769055	16	2.4	16	82	0	51	20	5	2	71	1.17
2770424--2770464	18	2.3	18	87	8	57	43	2	0	53	1.13
2771343--2771401	21	2.9	21	80	12	77	30	10	16	42	1.82
2771445--2771511	33	2.0	33	88	0	98	35	11	14	37	1.84
2772207--2772257	15	3.3	15	80	2	57	50	13	5	29	1.65
2779479--2779583	20	5.6	20	74	17	100	31	16	15	37	1.89
2779477--2779543	33	2.0	33	94	0	116	34	13	14	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2782098--2782123	13	2.0	13	100	0	52	7	23	30	38	1.83
2783164--2783255	45	2.0	45	100	0	184	22	21	14	41	1.89
2795290--2795353	33	1.9	33	87	12	96	34	18	10	35	1.86
2795976--2796044	19	3.7	19	77	12	81	34	31	0	33	1.58
2795977--2796053	37	2.1	37	92	0	127	33	31	1	33	1.66
2797170--2797194	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2797232--2797298	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2797252--2797276	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2797342--2797366	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2797375--2797495	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
2800171--2800243	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2800189--2800264	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2800171--2800264	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2800303--2800328	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2804391--2804421	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2806501--2806538	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2809014--2809086	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2809032--2809107	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2809014--2809107	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2809146--2809171	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2817747--2817777	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
2817727--2817793	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2817863--2817889	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2819224--2819248	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2819257--2819385	52	2.5	52	93	0	222	32	18	17	31	1.95
2827398--2827513	51	2.3	51	89	3	180	28	11	27	32	1.91
2827496--2827577	28	2.9	28	83	8	121	28	19	29	23	1.98
2827449--2827644	104	1.9	106	88	3	297	31	14	25	28	1.95
2827524--2827693	76	2.2	76	93	0	286	31	15	25	26	1.96
2828561--2828612	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
2828569--2828631	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
2828561--2828633	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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