genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold18
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4432388

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1653386--1654660	421	3.0	419	85	4	1642	27	20	27	25	1.99
1654019--1654152	55	2.4	55	92	0	214	23	21	26	28	1.99
1654161--1654287	61	2.1	61	88	2	184	29	18	29	22	1.97
1654012--1654307	155	1.9	149	83	5	378	26	19	28	25	1.99
1654451--1654568	54	2.2	55	82	1	148	22	19	28	28	1.98
1654494--1654738	94	2.6	94	90	0	364	25	19	30	24	1.98
1654673--1654798	61	2.1	61	86	0	171	31	20	24	23	1.98
1654222--1654513	154	1.9	155	77	9	237	26	19	27	26	1.99
1654431--1654883	249	1.8	242	82	6	570	26	20	29	24	1.99
1654677--1655722	209	5.0	210	83	6	1186	27	19	28	24	1.99
1654841--1655028	55	3.3	55	85	5	234	26	20	25	28	1.99
1654922--1655006	28	3.1	27	61	5	64	29	20	23	27	1.99
1654950--1655122	94	1.8	94	86	0	247	26	21	27	23	1.99
1655043--1655219	55	3.0	58	78	8	182	25	20	28	24	1.99
1655044--1655240	55	3.5	55	77	10	180	25	21	26	25	1.99
1655248--1655447	55	3.5	59	81	9	177	26	19	28	25	1.99
1655316--1655449	55	2.4	55	89	0	205	23	22	26	27	1.99
1654675--1655677	420	2.4	420	83	5	1273	27	19	28	24	1.99
1655552--1655656	54	1.9	55	90	1	167	20	21	27	29	1.98
1655585--1655825	94	2.6	94	84	4	315	25	19	29	26	1.98
1655928--1656116	55	3.3	55	85	4	225	26	21	24	26	1.99
1655770--1656603	210	3.9	209	80	8	934	27	20	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1656009--1656094	27	3.1	27	62	9	66	27	20	24	26	1.99
1656038--1656210	94	1.8	94	88	0	265	24	22	28	24	1.99
1656132--1656307	55	3.0	60	83	7	220	27	20	26	25	1.99
1656334--1656509	55	3.0	61	82	8	188	27	20	28	23	1.99
1655770--1656629	420	2.0	420	86	2	1217	27	21	27	24	1.99
1656403--1656535	55	2.4	55	89	0	194	21	23	28	26	1.99
1656461--1656697	94	2.5	94	90	1	386	24	21	31	23	1.98
1656639--1656765	61	2.1	61	86	0	173	29	18	27	23	1.98
1654893--1657813	879	3.3	874	91	2	4430	27	20	27	24	1.99
1656190--1656480	155	1.9	155	79	5	293	27	20	27	24	1.99
1656396--1656852	249	1.9	243	84	6	616	25	20	30	23	1.99
1656555--1656940	155	2.5	155	87	1	203	25	21	28	24	1.99
1656807--1656995	55	3.3	55	88	5	245	25	21	24	28	1.99
1656643--1657483	210	4.0	210	80	7	939	27	19	27	24	1.99
1656888--1656973	27	3.1	27	63	3	73	29	20	23	26	1.99
1656888--1656973	28	3.1	28	62	8	68	29	20	23	26	1.99
1656917--1657090	94	1.9	94	90	0	276	25	21	28	23	1.99
1657011--1657206	55	3.4	56	79	10	218	27	20	26	26	1.99
1657004--1657186	55	3.1	62	79	10	229	28	19	27	24	1.98
1656649--1657508	420	2.0	420	86	2	1217	27	20	27	25	1.99
1657282--1657414	55	2.4	55	87	0	185	23	22	26	27	1.99
1657343--1657583	94	2.6	94	89	1	367	25	19	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1657069--1657360	155	1.9	155	78	5	268	28	19	25	26	1.99
1657682--1657813	55	2.4	54	89	2	201	23	22	25	28	1.99
1657707--1657791	27	3.1	27	64	3	71	27	21	23	28	1.99
1658902--1658962	1	61.0	1	76	0	59	0	1	9	88	0.58
1658902--1658962	18	3.3	18	82	8	77	0	1	9	88	0.58
1658902--1658962	28	2.3	27	86	11	81	0	1	9	88	0.58
1658902--1658963	27	2.3	27	86	8	81	0	3	9	87	0.66
1658904--1658954	8	6.5	8	86	8	70	0	1	9	88	0.60
1671412--1671484	28	2.7	28	76	19	82	26	23	28	21	1.99
1671549--1671715	51	3.3	51	77	3	140	31	13	24	29	1.94
1674010--1674127	49	2.4	49	89	0	182	38	13	17	29	1.88
1674109--1674136	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
1677911--1677994	20	3.7	20	71	27	69	45	10	16	27	1.81
1677911--1678023	50	2.3	49	93	1	190	46	10	16	26	1.80
1680022--1680074	20	2.7	20	85	2	63	35	11	11	41	1.77
1688598--1688726	52	2.5	52	94	0	222	27	18	20	34	1.96
1688598--1688746	52	2.9	51	83	11	187	28	18	20	32	1.96
1688735--1688759	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1689513--1689716	52	3.8	56	82	10	201	32	19	26	21	1.97
1689671--1690088	43	9.1	44	78	12	448	29	17	27	24	1.98
1689625--1690088	93	5.0	92	92	1	739	29	18	27	24	1.98
1690083--1690251	32	5.2	33	89	3	256	19	18	34	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1690266--1691121	34	26.4	33	78	11	720	32	13	34	19	1.91
1690258--1691064	231	3.5	227	81	8	813	32	13	34	19	1.90
1691071--1691284	31	6.9	30	82	7	232	31	16	28	24	1.96
1692557--1692592	15	2.4	15	90	0	63	0	0	13	86	0.58
1692556--1692628	20	3.7	19	77	17	62	1	6	8	83	0.86
1692596--1692625	11	2.7	11	94	0	51	0	13	0	86	0.57
1692585--1692634	12	4.4	11	80	16	57	4	10	2	84	0.84
1699553--1699681	52	2.5	52	94	0	222	27	17	19	35	1.94
1699553--1699701	52	2.9	51	84	9	194	29	16	19	34	1.94
1699690--1699714	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1699757--1699854	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
1699752--1699852	32	3.1	32	97	1	184	35	17	11	34	1.87
1699776--1699832	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
1700893--1700966	21	3.6	21	81	7	71	37	12	18	31	1.88
1701002--1701136	50	2.6	51	86	5	175	28	17	14	39	1.89
1707841--1707959	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
1707874--1707949	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
1707865--1707950	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
1707856--1707926	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
1710241--1710399	85	1.9	85	90	2	257	28	20	14	36	1.92
1712883--1712928	23	2.0	23	87	8	67	78	2	2	17	0.96
1712895--1712950	22	2.6	23	77	11	64	80	5	0	14	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1712893--1712951	30	2.0	30	83	6	75	81	5	0	13	0.85
1713170--1713352	30	6.0	30	77	4	143	44	28	15	10	1.80
1713265--1713330	33	2.0	33	84	0	87	48	31	12	7	1.68
1713176--1713348	60	2.8	62	74	6	172	45	29	15	10	1.79
1727001--1727707	43	16.7	43	74	8	511	17	28	19	34	1.94
1726998--1727707	85	8.4	85	79	5	604	17	28	19	34	1.95
1727212--1727701	214	2.3	214	80	3	567	16	28	18	35	1.94
1727425--1727701	128	2.2	128	85	1	367	17	29	18	34	1.94
1728168--1728232	20	3.2	20	76	14	62	78	4	1	15	0.99
1728434--1728483	19	2.7	18	87	6	73	20	20	12	48	1.80
1728575--1728765	91	2.1	91	88	0	276	42	12	26	18	1.85
1728828--1728859	16	2.0	16	93	0	55	40	25	21	12	1.88
1729187--1729338	30	5.1	30	80	0	187	42	31	17	8	1.79
1729187--1729352	60	2.8	59	87	2	226	42	30	18	8	1.80
1733245--1734082	49	17.9	49	72	13	507	30	18	26	25	1.98
1733245--1734082	87	8.9	98	81	7	356	30	18	26	25	1.98
1733237--1733688	248	1.8	250	87	2	678	33	16	25	24	1.96
1733692--1734026	39	7.9	39	71	16	229	25	21	27	25	1.99
1733643--1734078	87	5.0	87	90	0	638	27	20	26	25	1.99
1733819--1734065	48	5.5	47	71	16	220	26	21	27	25	1.99
1734079--1734235	33	4.8	33	80	5	156	33	14	33	19	1.92
1734079--1734221	65	2.2	67	83	5	175	34	14	32	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1734210--1734723	28	17.8	29	80	5	535	22	18	28	30	1.97
1734208--1734723	58	8.9	59	83	4	547	22	18	28	30	1.97
1734216--1734723	259	2.0	258	86	2	723	22	18	28	30	1.97
1734698--1735825	33	35.8	33	76	12	571	34	13	31	20	1.91
1734759--1735639	34	28.0	33	77	11	571	34	12	32	19	1.90
1734764--1735639	61	13.9	67	75	16	419	34	13	32	20	1.90
1735163--1735297	69	1.9	70	92	1	227	39	12	29	18	1.88
1735267--1735383	55	2.1	55	88	4	173	32	13	31	22	1.93
1735324--1735546	96	2.3	95	85	5	281	33	13	34	19	1.90
1735519--1735660	61	2.3	60	88	8	200	27	14	35	21	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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