genome.fa.s206.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold206
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2736418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2102892--2102945	9	6.0	9	79	14	58	61	0	0	38	0.96
2102892--2102967	38	2.1	36	85	9	100	56	0	0	43	0.99
2102900--2102986	14	6.5	14	71	16	60	52	0	0	47	1.00
2102900--2102998	9	11.2	9	71	19	66	51	0	0	48	1.00
2104055--2104133	21	3.4	22	72	17	70	37	0	0	62	0.96
2115137--2115285	67	2.2	67	95	0	262	47	12	10	30	1.73
2115172--2115278	34	3.2	34	63	17	87	46	11	12	29	1.76
2115183--2115288	33	3.2	33	65	17	92	47	10	9	33	1.70
2119010--2119039	14	2.1	14	93	0	51	50	16	0	33	1.46
2119095--2119121	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2120736--2120777	21	2.0	21	90	0	66	47	4	14	33	1.65
2120742--2120786	21	2.1	21	87	0	63	48	4	8	37	1.55
2123913--2124198	153	1.9	154	83	6	375	34	18	20	26	1.96
2123891--2124236	154	2.2	152	75	8	360	36	18	19	25	1.95
2124330--2124359	14	2.1	14	93	0	51	73	10	13	3	1.21
2125962--2125998	19	1.9	19	88	0	56	2	13	40	43	1.58
2125970--2126023	22	2.5	22	81	9	65	3	12	37	46	1.60
2126651--2126702	19	2.8	17	75	16	50	55	1	5	36	1.35
2126754--2126788	17	2.1	17	89	5	54	71	2	0	25	1.00
2126810--2127164	179	2.0	179	93	2	606	52	7	9	30	1.62
2129129--2129162	16	2.1	16	88	5	50	20	14	5	58	1.57
2129398--2129459	30	2.1	30	82	8	74	66	3	1	29	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130655--2130975	165	2.0	165	86	3	450	29	9	17	44	1.79
2136944--2137711	385	2.0	386	92	0	1286	32	15	20	31	1.94
2137753--2137807	21	2.6	21	85	0	74	38	10	14	36	1.81
2137866--2137892	14	1.9	14	100	0	54	37	18	14	29	1.91
2142642--2142667	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2143076--2143119	22	2.0	22	86	0	61	40	9	11	38	1.73
2144334--2144930	299	2.0	297	86	6	845	50	10	10	29	1.68
2146288--2146347	17	3.6	18	76	17	67	45	0	0	55	0.99
2147295--2147352	24	2.3	26	91	5	93	32	25	15	25	1.95
2149952--2149997	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
2151861--2151918	24	2.3	26	91	5	93	32	25	15	25	1.95
2152234--2152269	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
2152526--2152559	16	2.1	16	88	0	50	55	0	0	44	0.99
2153039--2153080	7	6.0	7	100	0	84	57	0	0	42	0.99
2156331--2156364	14	2.4	14	90	9	52	76	0	5	17	0.98
2158288--2158756	58	8.1	58	74	12	338	48	12	10	28	1.74
2158316--2158756	174	2.5	173	82	3	492	48	12	10	28	1.73
2158386--2158788	116	3.5	115	79	8	385	48	12	10	27	1.74
2159251--2159296	9	4.9	9	82	10	56	76	10	0	13	1.03
2159504--2159541	15	2.5	15	91	0	58	47	10	23	18	1.79
2160501--2160780	79	3.5	79	77	3	285	30	22	12	35	1.91
2162548--2162592	22	2.1	22	84	8	58	0	22	0	77	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165081--2165134	23	2.4	23	84	9	67	40	0	0	59	0.98
2165188--2165231	22	2.0	22	95	0	79	56	13	0	29	1.38
2171897--2171954	13	4.9	13	72	23	65	31	15	15	37	1.89
2171876--2171954	33	2.4	33	97	0	149	31	15	13	39	1.86
2171877--2171942	20	3.7	20	71	26	74	31	15	13	39	1.86
2172069--2172094	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2173378--2173431	20	2.7	20	82	5	65	38	11	12	37	1.79
2174218--2174246	9	3.0	10	90	10	51	89	0	10	0	0.48
2174737--2174793	29	2.0	29	85	0	78	57	0	0	42	0.98
2176378--2176409	10	3.2	10	95	0	55	37	0	0	62	0.95
2176982--2177035	21	2.5	21	82	11	56	40	1	14	42	1.57
2177947--2177999	24	2.2	24	93	0	88	39	22	5	32	1.78
2180921--2180965	4	11.2	4	80	0	54	66	2	2	28	1.15
2180921--2180960	16	2.5	16	95	0	71	67	0	2	30	1.04
2180949--2181033	34	2.5	34	96	0	152	55	8	4	31	1.50
2183167--2183222	16	3.6	15	76	11	51	48	3	3	44	1.37
2183177--2183236	29	2.1	28	82	17	70	51	5	1	41	1.33
2184145--2184194	26	2.0	26	88	4	75	46	0	4	50	1.20
2184652--2184691	18	2.4	16	80	15	53	65	0	0	35	0.93
2184657--2184695	18	2.2	18	90	4	62	64	0	0	35	0.94
2184900--2184968	17	4.1	17	72	10	61	65	4	0	30	1.12
2188031--2188068	18	2.1	19	90	9	62	26	0	0	73	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2188031--2188071	16	2.4	17	88	8	57	29	0	0	70	0.87
2194660--2194688	11	2.6	11	100	0	58	51	10	20	17	1.74
2195068--2195097	15	2.0	15	100	0	60	33	0	46	20	1.51
2195101--2196575	737	2.0	736	99	0	2923	32	13	20	33	1.92
2198547--2198607	20	3.0	20	73	22	54	21	4	1	72	1.13
2198964--2199638	41	16.7	41	68	12	277	17	24	16	41	1.89
2198953--2199728	82	9.6	81	79	4	625	17	24	16	41	1.89
2199001--2199646	162	4.0	162	78	5	516	17	24	16	41	1.89
2198953--2199747	244	3.3	244	81	4	836	17	24	16	42	1.89
2199758--2199861	41	2.5	41	81	7	113	20	26	16	36	1.93
2199772--2199913	41	3.4	42	77	11	125	19	20	19	41	1.91
2200672--2200745	20	3.8	20	87	3	96	39	12	14	33	1.84
2201904--2201937	3	11.3	3	87	0	50	41	0	29	29	1.57
2203954--2203981	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2203934--2203999	33	2.0	33	88	5	98	30	15	13	40	1.85
2212365--2212493	52	2.5	52	93	0	231	28	17	17	35	1.93
2212579--2212641	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
2212572--2212656	32	2.7	32	96	0	161	37	16	12	32	1.87
2212598--2212654	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
2221555--2221631	22	3.4	21	70	18	55	80	11	5	2	0.97
2221530--2221640	42	2.7	41	80	6	109	80	9	7	3	1.01
2221530--2221634	18	5.9	18	68	18	60	80	9	7	2	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2222933--2223182	34	7.8	34	84	8	210	20	33	13	32	1.91
2223034--2223153	27	4.2	27	85	11	159	19	35	13	31	1.90
2223160--2223254	29	3.3	30	73	14	92	33	32	16	16	1.92
2223282--2223677	48	8.6	48	75	11	245	27	26	16	29	1.97
2223379--2223635	87	3.0	87	87	0	370	27	27	17	27	1.98
2223563--2223778	49	4.4	49	77	7	206	23	25	18	33	1.97
2224410--2224465	21	2.7	21	100	0	112	35	14	17	32	1.90
2233205--2233255	19	2.6	19	81	9	59	33	15	13	37	1.87
2233172--2233233	32	1.9	33	86	3	90	37	14	11	37	1.82
2236003--2236044	22	2.0	22	85	4	59	40	7	7	45	1.59
2236835--2236866	9	3.6	9	100	0	64	81	0	9	9	0.88
2236855--2236932	21	3.6	21	82	5	84	74	5	11	8	1.21
2236872--2236932	7	8.7	7	90	0	77	77	4	9	8	1.13
2241472--2241726	58	4.4	58	75	3	226	26	12	14	46	1.81
2241540--2241581	10	4.3	10	80	17	52	19	9	14	57	1.64
2241628--2241718	29	3.1	28	70	14	69	24	12	13	50	1.75
2241511--2241726	116	1.9	116	87	1	317	25	12	15	47	1.79
2252944--2253200	50	5.2	50	90	2	403	28	18	22	30	1.97
2257560--2257818	50	5.2	50	94	1	448	29	19	22	28	1.98
2263160--2263285	52	2.4	52	97	0	234	25	19	19	35	1.95
2263156--2263305	52	2.9	51	90	5	187	28	18	18	34	1.95
2263294--2263318	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263359--2263425	19	3.8	19	77	22	92	35	17	11	34	1.87
2263381--2263405	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2263362--2263424	32	2.0	32	100	0	126	34	19	12	33	1.89
2266447--2266518	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
2266507--2266843	52	6.4	52	69	17	194	31	12	26	29	1.93
2266659--2266734	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
2266440--2266845	212	1.9	212	90	3	656	30	13	27	27	1.94
2266722--2266840	51	2.3	53	85	7	154	33	11	22	31	1.90
2268398--2268439	1	42.0	1	92	0	57	92	0	2	4	0.44
2268395--2268430	18	2.0	18	100	0	72	83	0	5	11	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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