genome.fa.s206.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold206
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2736418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2394749--2394794	14	3.3	14	77	17	51	52	8	2	36	1.45
2394755--2394795	16	2.7	15	88	11	57	51	7	2	39	1.43
2395135--2395164	4	7.5	4	92	0	51	0	70	0	30	0.88
2395471--2395516	16	2.8	17	78	15	51	60	4	0	34	1.16
2395571--2395613	16	2.6	17	86	13	63	27	4	0	67	1.10
2395767--2395799	18	1.9	17	88	11	50	15	0	12	72	1.12
2396476--2396517	21	2.0	20	82	13	50	64	0	0	35	0.94
2398714--2398740	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
2399275--2399314	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
2401257--2401311	24	2.3	24	81	9	69	40	18	5	36	1.74
2407241--2407274	10	3.3	10	95	4	59	50	0	0	50	1.00
2408061--2408115	21	2.6	21	88	2	74	25	1	3	69	1.15
2408756--2408803	18	2.7	18	90	3	71	41	0	2	56	1.11
2409416--2409450	19	1.9	18	88	11	54	62	0	0	37	0.95
2409397--2409460	32	2.0	31	82	11	76	59	0	0	40	0.97
2409403--2409467	16	4.2	16	64	28	50	58	0	0	41	0.98
2409469--2409510	22	2.0	21	86	9	59	57	0	0	42	0.99
2409844--2409870	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
2409852--2409908	20	2.8	20	80	14	73	49	0	0	50	1.00
2409879--2409916	17	2.2	18	85	4	51	55	0	0	44	0.99
2409885--2409932	20	2.4	21	79	10	55	62	0	0	37	0.95
2411056--2411089	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2411168--2411206	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2411328--2411406	15	5.1	15	75	6	59	49	0	0	50	1.00
2411319--2411403	9	9.2	9	67	19	50	48	0	0	51	1.00
2411734--2411790	22	2.5	23	80	8	73	45	0	0	54	0.99
2411905--2411941	14	2.6	15	87	12	60	37	0	0	62	0.96
2411905--2411949	14	3.2	14	82	17	58	37	2	0	60	1.09
2414725--2414786	33	1.9	33	83	3	81	50	1	0	48	1.10
2414950--2415002	19	2.8	19	75	13	56	49	0	0	50	1.00
2416531--2416576	21	2.2	22	84	7	60	32	0	2	65	1.05
2416530--2416577	20	2.3	20	80	13	53	35	0	2	62	1.07
2419024--2419057	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
2420099--2420153	21	2.5	22	77	17	60	47	0	0	52	1.00
2420430--2420467	17	2.2	17	90	9	60	28	0	0	71	0.87
2420695--2420743	10	4.9	10	73	26	50	59	0	0	40	0.98
2420688--2420743	20	2.8	19	80	17	69	60	0	0	39	0.97
2420700--2420769	30	2.2	34	83	16	96	58	0	0	41	0.98
2420727--2420765	14	3.0	13	85	7	53	61	0	0	38	0.96
2420694--2420760	20	3.1	21	73	26	61	61	0	0	38	0.96
2420742--2420825	13	6.4	14	73	16	56	45	0	0	54	0.99
2420803--2420854	19	2.6	19	79	11	52	42	3	0	53	1.19
2422489--2422515	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
2431180--2431212	16	2.1	16	88	11	50	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431380--2431451	30	2.4	30	85	0	99	33	4	6	55	1.46
2432082--2432116	17	2.1	17	88	0	52	51	11	2	34	1.53
2437310--2437344	15	2.4	15	95	4	63	17	20	5	57	1.60
2437369--2437545	5	35.4	5	86	0	183	22	19	8	49	1.75
2437369--2437546	20	8.6	20	85	6	221	21	19	8	49	1.76
2438436--2438466	16	2.0	15	93	6	53	77	3	0	19	0.90
2442551--2442619	27	2.5	27	88	6	95	23	21	30	24	1.99
2442610--2442727	51	2.3	53	85	5	152	33	11	22	32	1.89
2445083--2445108	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2445062--2445128	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2445148--2445215	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2445170--2445194	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2445151--2445213	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2445271--2445327	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2445334--2445371	19	2.0	19	100	0	76	10	5	0	84	0.77
2445964--2446531	55	10.3	55	91	3	846	20	20	30	28	1.98
2446230--2446319	26	3.3	26	68	14	74	20	17	33	28	1.95
2446260--2446348	29	3.2	29	67	20	89	19	19	33	28	1.96
2447515--2447563	25	2.0	25	88	8	73	0	4	10	85	0.71
2447530--2447560	12	2.7	12	95	5	55	0	3	6	90	0.55
2447515--2447562	20	2.5	19	83	6	60	0	4	8	87	0.66
2447498--2447577	14	5.9	14	76	16	62	0	12	6	81	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447515--2447579	14	4.7	14	81	16	66	0	7	9	83	0.82
2447521--2447579	25	2.4	25	77	11	66	0	6	10	83	0.82
2447810--2448353	49	11.4	49	82	7	665	24	25	18	31	1.97
2447891--2448354	92	4.9	92	92	4	714	24	25	17	31	1.97
2448041--2448314	43	6.1	43	81	9	323	24	25	18	31	1.97
2448265--2448835	174	3.3	174	98	0	1088	24	25	14	36	1.93
2449648--2449672	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2449628--2449694	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2449735--2449759	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2449768--2449895	52	2.5	52	93	3	215	34	17	17	30	1.93
2453592--2453622	16	2.0	15	93	6	53	77	3	0	19	0.90
2455143--2455173	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
2455261--2455304	20	2.2	20	88	8	63	45	15	13	25	1.83
2457529--2457630	45	2.3	45	86	6	138	37	14	0	47	1.51
2457869--2457913	23	2.0	23	86	0	63	37	4	2	55	1.32
2457884--2457983	30	3.2	32	79	11	91	41	1	0	58	1.05
2457928--2457988	16	3.8	16	76	10	70	40	0	0	59	0.98
2457980--2458032	18	2.8	18	80	8	61	43	3	1	50	1.30
2457884--2458035	7	22.1	7	65	20	63	42	1	0	55	1.16
2457884--2458036	16	9.2	18	67	20	68	41	1	0	55	1.16
2457965--2458035	11	5.8	13	67	17	53	43	2	1	52	1.24
2458177--2458241	31	2.0	31	82	5	76	44	6	7	41	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2459032--2459064	15	2.1	16	88	5	50	66	0	9	24	1.20
2459291--2459341	21	2.5	20	81	9	66	45	0	0	54	0.99
2464024--2464152	52	2.5	52	94	0	231	28	16	17	37	1.92
2464161--2464185	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2464609--2464639	14	2.3	14	94	5	55	25	0	0	74	0.82
2464982--2465019	19	2.0	19	85	10	51	42	0	2	55	1.14
2466879--2466938	30	2.0	30	81	12	70	28	5	1	65	1.23
2466941--2466997	16	3.5	15	73	15	51	54	0	3	42	1.17
2468373--2468406	13	2.7	12	86	13	50	79	0	0	20	0.73
2471552--2471614	33	1.9	33	90	0	99	14	11	19	55	1.68
2471719--2471890	57	3.0	57	89	0	263	25	18	16	40	1.91
2474114--2474205	43	2.1	45	81	4	107	46	1	0	52	1.07
2474601--2474639	16	2.4	17	86	4	53	66	0	0	33	0.92
2474651--2474692	7	6.1	7	81	15	52	59	0	0	40	0.97
2474862--2474912	2	25.5	2	95	0	93	50	1	0	47	1.12
2485136--2485178	21	2.0	21	86	8	61	37	0	2	60	1.10
2487273--2487302	13	2.3	13	100	0	60	30	6	0	63	1.20
2488047--2488084	16	2.3	17	86	4	51	5	7	0	86	0.69
2492403--2492441	19	2.1	19	100	0	78	69	10	0	20	1.17
2492716--2492751	15	2.4	15	90	0	54	66	25	0	8	1.19
2493194--2493263	5	14.0	5	75	21	67	64	0	0	35	0.94
2493193--2493255	11	5.9	11	83	16	80	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493203--2493268	18	3.6	19	82	10	75	65	0	0	34	0.93
2493193--2493286	28	3.2	28	85	11	111	60	0	1	38	1.04
2493196--2493289	35	2.5	36	83	13	111	60	0	1	38	1.04
2493234--2493284	19	2.6	20	84	9	61	56	0	1	41	1.10
2493894--2493936	20	2.3	19	84	8	52	60	0	0	39	0.97
2493892--2493937	19	2.3	20	75	17	51	60	0	0	39	0.97
2494091--2494136	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2494991--2495063	16	4.4	16	80	13	76	64	0	4	31	1.12
2494991--2495063	32	2.2	34	83	11	89	64	0	4	31	1.12
2495016--2495117	32	3.2	33	77	5	84	55	0	2	40	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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