genome.fa.s206.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold206
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2736418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2268444--2268500	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2268556--2268623	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2268577--2268601	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2268558--2268620	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2268663--2268688	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2268643--2268709	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2271158--2271539	52	7.3	52	71	15	261	28	25	13	32	1.93
2271158--2271538	104	3.6	103	75	15	402	28	25	13	33	1.93
2271311--2271383	28	2.6	30	87	8	100	24	30	19	26	1.98
2271043--2271606	212	2.6	212	96	1	1004	27	26	14	31	1.94
2271523--2271599	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
2284133--2284206	1	74.0	1	83	0	94	91	4	4	0	0.49
2285162--2286326	53	21.4	56	85	11	1401	28	30	20	20	1.98
2285554--2285640	26	3.2	26	65	15	68	29	32	17	20	1.95
2292520--2292589	5	12.8	6	89	10	50	92	2	4	0	0.44
2292520--2292576	1	57.0	1	92	0	96	96	3	0	0	0.22
2300960--2301036	1	77.0	1	84	0	100	92	3	3	0	0.47
2302001--2302846	55	15.3	56	90	3	1249	28	30	20	20	1.97
2302158--2302244	26	3.2	26	65	23	70	28	35	18	17	1.93
2302000--2302846	166	5.1	166	92	1	1339	28	30	20	20	1.97
2302627--2302774	29	5.3	29	59	18	71	28	31	18	21	1.97
2303443--2303485	1	43.0	1	92	0	59	93	0	2	4	0.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303440--2303477	19	2.0	19	100	0	76	84	0	5	10	0.77
2303490--2303546	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2303602--2303669	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2303623--2303647	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2303604--2303666	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2303709--2303734	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2303689--2303755	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2306204--2306585	52	7.3	52	71	15	261	28	25	13	32	1.93
2306204--2306584	104	3.6	103	75	15	402	28	25	13	33	1.93
2306357--2306429	28	2.6	30	87	8	100	24	30	19	26	1.98
2306089--2306652	212	2.6	212	96	1	1004	27	26	14	31	1.94
2306569--2306645	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
2308759--2308784	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2308738--2308804	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2308824--2308910	19	4.9	19	83	16	123	39	14	11	34	1.83
2308846--2308870	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2308827--2308889	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2317565--2317598	17	2.0	17	94	0	59	17	32	5	44	1.73
2317816--2317888	34	2.1	35	87	7	105	53	12	17	16	1.73
2318201--2318252	20	2.7	19	87	3	68	38	17	13	30	1.88
2325482--2325525	3	14.7	3	100	0	88	31	34	0	34	1.58
2331407--2331520	35	3.2	35	72	18	126	28	7	26	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2331383--2331520	72	1.9	72	100	0	276	28	7	29	34	1.84
2331383--2331493	37	3.1	37	70	19	124	28	8	31	31	1.86
2331640--2331675	15	2.3	16	90	4	56	55	0	0	44	0.99
2331640--2331748	48	2.3	48	79	7	125	48	1	3	45	1.30
2331640--2331772	16	8.4	16	71	12	96	48	3	3	44	1.35
2331839--2331871	16	2.1	16	88	5	50	18	12	0	69	1.18
2332413--2332456	16	2.7	17	79	6	56	61	2	0	36	1.09
2332420--2332462	21	2.0	21	81	0	50	62	4	0	32	1.15
2334531--2334566	2	18.5	2	88	5	56	50	0	2	47	1.15
2335292--2335326	18	2.1	17	89	10	54	45	0	0	54	0.99
2335850--2335887	16	2.4	16	90	0	58	50	0	2	47	1.15
2335858--2335893	16	2.2	16	100	0	72	44	0	5	50	1.25
2336188--2336283	48	2.0	48	85	8	131	43	2	0	54	1.12
2336287--2336344	27	2.1	27	84	6	73	62	0	1	36	1.06
2337208--2337292	42	2.0	42	100	0	170	37	7	9	45	1.64
2344995--2345043	15	3.2	16	77	13	50	67	4	0	28	1.09
2345764--2345874	33	3.4	34	75	13	90	57	1	2	37	1.23
2346470--2346496	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2346502--2346546	23	2.0	23	90	0	72	46	8	6	37	1.61
2347110--2347161	15	3.4	15	79	10	52	44	0	0	55	0.99
2347510--2347569	10	6.1	10	69	11	52	45	0	1	53	1.10
2347534--2347589	29	2.0	29	82	10	71	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2349403--2349455	21	2.5	21	79	14	56	20	3	0	75	0.96
2349477--2349532	28	1.9	30	82	7	71	50	1	5	42	1.35
2349842--2349882	21	2.0	21	90	0	64	48	7	0	43	1.30
2351018--2351044	12	2.2	12	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2351003--2351041	17	2.2	18	90	4	62	35	2	0	61	1.10
2352452--2352507	24	2.4	24	82	11	71	62	1	1	33	1.16
2353055--2353096	21	2.0	21	81	9	50	38	4	4	52	1.44
2353674--2353712	20	2.0	20	85	10	53	56	2	0	41	1.13
2354615--2354678	26	2.6	25	85	7	78	51	1	0	46	1.10
2356746--2356793	2	24.0	2	95	0	87	47	0	2	50	1.12
2357012--2357080	34	2.0	34	91	0	111	11	10	34	43	1.75
2357149--2357209	19	3.3	19	76	13	65	37	0	0	62	0.96
2357146--2357209	27	2.5	26	82	12	78	37	0	0	62	0.95
2357172--2357227	10	5.6	11	76	18	52	32	0	0	67	0.91
2357161--2357217	27	2.1	27	93	6	98	33	0	0	66	0.92
2357146--2357234	38	2.4	36	79	5	115	39	0	0	60	0.97
2357162--2357247	27	3.1	28	82	11	88	34	0	0	65	0.93
2357531--2357595	20	3.3	19	75	10	51	56	0	1	41	1.08
2357664--2357697	16	2.1	16	88	0	50	67	0	0	32	0.91
2358574--2358600	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2358802--2358877	31	2.3	33	80	8	93	61	0	3	34	1.14
2359146--2359181	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2359970--2360047	18	4.0	18	72	18	57	42	0	0	57	0.98
2359986--2360072	22	4.0	21	68	19	63	43	2	0	54	1.13
2359963--2360017	23	2.3	23	81	9	65	45	0	0	54	0.99
2359948--2360069	41	3.0	39	78	14	122	45	1	0	53	1.10
2361286--2361310	12	2.1	12	100	0	50	60	8	0	32	1.26
2361387--2361456	24	2.8	24	80	8	70	51	4	4	40	1.41
2361809--2361918	35	3.2	33	71	20	84	52	0	2	43	1.21
2363613--2363642	14	2.1	14	93	0	51	50	0	3	46	1.18
2365120--2365152	17	1.9	18	88	11	52	12	21	18	48	1.80
2366253--2366337	17	4.7	18	70	17	52	56	1	0	42	1.07
2366264--2366316	22	2.6	22	80	17	60	62	0	0	37	0.96
2366668--2366709	18	2.3	18	91	0	66	40	0	0	59	0.97
2366652--2366757	39	2.7	39	77	14	110	42	0	1	55	1.10
2369291--2369337	23	2.0	23	84	8	60	48	2	0	48	1.13
2373987--2374035	27	1.9	25	88	12	73	46	24	4	24	1.69
2378969--2379022	21	2.7	21	82	5	58	37	0	1	61	1.07
2378992--2379039	26	1.9	26	83	8	64	43	0	0	56	0.99
2379402--2379444	20	2.2	20	91	8	70	46	0	2	51	1.13
2379403--2379445	9	4.6	9	78	21	52	48	0	2	48	1.14
2379434--2379500	33	2.1	33	91	2	109	41	0	1	56	1.08
2379444--2379513	33	2.3	31	85	11	99	38	0	2	58	1.13
2379841--2379900	13	4.2	14	76	19	54	35	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2379855--2379913	29	2.1	28	87	3	82	33	0	0	66	0.92
2379845--2379901	14	4.1	14	75	6	62	35	0	0	64	0.93
2380012--2380069	16	3.6	16	73	13	57	55	0	1	43	1.10
2380050--2380090	20	2.0	20	85	0	55	70	0	0	29	0.87
2380750--2380813	22	2.9	24	77	15	75	59	0	0	40	0.97
2383216--2383249	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2385079--2385139	31	1.9	31	83	3	77	59	3	3	34	1.30
2390468--2390541	20	3.7	20	80	7	96	33	13	10	41	1.79
2393826--2393877	27	1.9	27	88	7	79	57	1	1	38	1.21
2393914--2393952	20	2.0	19	85	14	53	35	0	2	61	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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