genome.fa.s206.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold206
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2736418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

This is table  6  of  20  ( 2337 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792951--793020	30	2.3	29	77	13	79	50	0	0	50	1.00
793016--793068	24	2.3	23	83	6	72	56	0	0	43	0.99
793023--793083	23	2.7	23	82	10	63	65	0	0	34	0.93
793340--793389	23	2.3	22	93	6	84	50	0	8	42	1.32
797275--797326	17	2.9	18	77	5	52	59	1	0	38	1.08
801202--801287	5	17.4	5	71	15	63	62	0	0	37	0.95
801234--801284	22	2.4	20	80	9	57	68	0	0	31	0.90
801202--801284	18	4.6	18	72	19	57	62	0	0	37	0.95
801607--801648	20	2.0	21	90	4	68	52	0	0	47	1.00
802034--802066	11	2.8	12	90	4	50	33	0	0	66	0.92
803234--803363	48	2.7	48	76	12	131	47	0	0	52	1.00
803280--803383	25	4.0	26	74	13	88	50	0	0	49	1.07
803234--803371	47	2.8	49	73	16	131	47	0	0	51	1.05
803328--803378	26	2.0	25	84	3	66	49	1	0	49	1.12
803315--803382	30	2.3	29	76	16	75	51	1	0	47	1.09
804166--804225	30	2.0	31	83	6	79	53	5	1	40	1.33
814390--814447	21	2.8	20	82	12	64	41	0	0	58	0.98
814974--815050	34	2.2	36	84	13	108	51	0	1	46	1.09
815710--815825	8	13.6	8	70	24	53	56	0	0	42	1.05
815714--815819	17	6.1	17	69	22	69	58	0	0	40	1.04
815708--815807	32	3.2	32	73	18	95	58	0	1	41	1.05
815735--815800	18	3.4	18	76	16	62	56	0	1	42	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815926--815961	18	1.9	19	88	5	56	36	0	0	63	0.94
816029--816359	165	2.0	166	94	1	576	32	19	20	28	1.97
816478--816523	22	2.0	24	80	16	62	39	0	2	58	1.10
816464--816523	23	2.7	23	82	15	72	40	0	1	58	1.08
816492--816541	20	2.4	22	77	12	61	42	0	0	58	0.98
818853--818889	14	2.6	15	83	8	51	51	0	0	48	1.00
821318--821358	11	4.0	11	78	15	52	73	7	0	19	1.07
821432--821484	19	2.8	18	75	16	54	47	5	0	47	1.26
821489--821536	20	2.5	19	75	3	51	39	0	0	60	0.97
822392--822438	22	2.1	23	81	18	55	59	0	4	36	1.17
823406--823438	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
824118--824167	12	4.3	12	76	19	52	42	0	0	58	0.98
824543--824577	17	2.1	17	89	10	54	17	0	0	82	0.66
827423--827502	30	2.7	30	84	7	101	42	0	0	57	0.98
827423--827513	19	4.8	19	71	21	59	41	0	0	58	0.98
827425--827515	29	3.1	28	71	11	76	40	0	0	59	0.97
828169--828207	19	2.1	19	85	9	53	74	0	0	25	0.82
828181--828216	18	1.9	19	88	5	56	69	0	0	30	0.89
833440--833481	21	2.0	21	81	9	50	26	0	2	71	0.98
833505--833562	22	2.7	22	78	10	66	50	0	0	50	1.00
833911--833952	11	4.1	10	80	14	50	66	0	0	33	0.92
833912--833952	22	1.9	21	90	5	64	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834039--834097	16	3.8	16	77	2	66	37	0	0	62	0.95
834346--834402	10	5.5	11	82	14	61	36	1	0	61	1.07
834838--834880	17	2.6	17	89	10	63	55	0	0	44	0.99
834872--834900	9	3.3	9	90	9	51	65	0	0	34	0.93
835154--835200	21	2.3	20	82	10	60	48	0	0	51	1.00
835157--835196	21	1.9	21	89	0	62	52	0	0	47	1.00
837283--837326	21	2.1	21	87	8	63	34	6	0	59	1.24
837286--837334	22	2.2	22	82	7	64	36	6	0	57	1.24
841211--841258	25	2.0	24	88	12	71	50	0	0	50	1.00
842459--842531	9	7.9	9	73	20	53	36	2	0	60	1.11
842459--842508	18	2.8	18	79	11	59	34	2	0	64	1.05
842464--842505	18	2.3	18	91	4	66	33	2	0	64	1.07
845918--845947	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
846969--846997	14	2.0	15	93	6	51	41	20	6	31	1.79
848542--848566	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
854963--854987	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
855933--855975	18	2.4	18	81	18	54	51	0	0	48	1.00
855934--855976	20	2.2	20	88	8	63	51	0	0	48	1.00
855945--856022	25	3.2	25	78	8	90	56	0	0	43	0.99
855959--855997	13	3.1	13	77	7	53	51	0	0	48	1.00
856798--856865	28	2.4	29	83	9	79	36	7	2	52	1.44
858166--858209	14	2.9	15	80	10	54	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858629--858659	15	2.1	15	93	0	53	67	3	0	29	1.06
859712--859741	11	2.6	12	89	10	53	40	0	0	60	0.97
859701--859731	16	1.9	16	100	0	62	35	0	0	64	0.94
859708--859761	20	2.8	21	74	23	55	37	1	0	61	1.07
859695--859761	27	2.5	26	79	11	73	35	1	0	62	1.04
859714--859772	20	3.2	20	75	17	56	33	3	0	62	1.12
861378--861403	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
861495--861529	13	2.8	12	83	8	52	34	0	0	65	0.93
861605--861647	21	2.1	20	86	4	59	51	0	0	48	1.00
861597--861665	15	4.4	15	71	21	52	52	1	0	46	1.09
861592--861665	10	7.0	10	72	14	51	50	1	0	48	1.09
862369--862425	24	2.4	24	76	5	62	43	5	0	50	1.24
862435--862470	18	1.9	19	94	5	65	47	0	0	52	1.00
863194--863227	17	2.0	17	88	0	50	41	2	2	52	1.31
866011--866058	2	25.0	2	87	8	73	45	0	2	52	1.12
868010--868048	20	2.0	20	94	0	69	35	5	0	58	1.20
868442--868493	21	2.4	21	71	9	52	53	0	1	44	1.11
868793--868846	27	2.0	28	85	10	76	46	0	3	50	1.19
868997--869043	16	2.9	16	78	12	51	61	2	4	31	1.27
870030--870090	27	2.3	26	81	8	70	40	0	1	57	1.08
870024--870095	33	2.4	28	72	24	65	40	0	1	58	1.07
870131--870196	17	3.9	18	71	15	61	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870131--870196	16	3.9	17	71	15	57	57	0	0	42	0.98
870427--870468	13	3.3	13	80	3	50	52	0	0	47	1.00
871010--871062	19	2.8	19	79	20	58	56	1	0	41	1.10
871076--871161	35	2.4	37	76	16	92	56	1	1	40	1.14
871314--871360	21	2.3	21	88	3	69	42	0	0	57	0.98
871320--871378	8	8.0	7	76	16	57	45	0	0	54	0.99
871321--871378	15	4.0	14	84	10	73	46	0	0	53	1.00
871321--871379	31	2.0	28	90	9	91	47	0	0	52	1.00
872571--872628	2	29.0	2	89	6	91	48	3	0	48	1.18
874703--874730	12	2.3	12	100	0	56	25	32	7	35	1.83
876537--876584	8	6.2	8	81	13	57	60	0	0	39	0.97
876528--876637	37	2.9	37	73	6	96	61	1	0	36	1.06
876531--876602	15	5.0	14	78	17	76	56	0	0	43	0.99
877650--877696	15	3.2	14	82	8	58	40	2	0	57	1.11
878681--878718	20	1.9	20	84	10	51	36	5	0	57	1.21
878674--878726	18	2.8	19	77	5	54	35	3	0	60	1.15
878909--878953	22	2.0	23	83	12	58	46	2	4	46	1.35
878908--878978	28	2.6	27	76	10	72	47	4	2	45	1.36
879002--879036	17	2.0	17	88	5	52	28	0	0	71	0.86
879228--879271	20	2.2	20	88	8	63	47	0	0	52	1.00
879245--879300	12	4.6	12	76	12	51	55	0	0	44	0.99
879265--879300	12	3.1	12	84	8	56	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879592--879628	18	2.0	20	89	10	60	27	0	5	67	1.12
879665--879720	29	1.9	29	85	7	78	33	0	1	64	1.04
880542--880647	40	2.6	39	83	15	119	32	0	0	66	0.98
880552--880649	31	3.4	28	78	14	94	33	1	0	65	1.00
880567--880664	11	9.7	11	72	21	81	34	2	0	63	1.06
881191--881265	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
881191--881268	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
884856--884881	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
885211--885284	24	3.1	24	71	19	66	50	0	0	50	1.00
885273--885316	20	2.2	21	88	8	65	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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