genome.fa.s206.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold206
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2736418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494993--2495103	16	6.6	18	70	20	62	60	0	2	36	1.11
2495765--2495810	12	3.7	12	80	8	56	43	2	0	54	1.12
2498824--2498857	17	2.0	17	100	0	68	41	23	0	35	1.55
2499489--2499529	22	1.9	21	85	14	57	58	0	2	39	1.11
2499820--2499870	23	2.2	24	79	10	61	54	0	0	45	0.99
2501521--2501567	24	2.0	24	83	8	60	53	0	6	40	1.27
2502018--2502107	11	7.8	11	73	20	69	61	1	1	36	1.11
2502011--2502104	24	4.0	22	71	17	73	61	1	1	36	1.10
2502014--2502107	17	4.9	18	71	24	61	60	1	1	37	1.11
2502785--2502837	28	2.0	28	85	14	76	50	0	0	49	1.00
2504293--2504339	19	2.4	20	92	3	78	48	0	0	51	1.00
2504293--2504339	20	2.4	18	86	10	58	48	0	0	51	1.00
2505418--2505445	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
2505703--2505777	20	3.8	20	76	0	78	33	13	12	41	1.81
2505703--2505780	40	2.0	39	84	2	102	33	12	12	41	1.82
2506686--2506741	23	2.6	21	84	13	78	17	8	8	64	1.48
2506692--2506740	23	2.2	21	92	7	80	14	6	8	71	1.29
2510366--2510419	15	3.7	15	82	12	76	50	0	0	50	1.00
2510369--2510417	14	3.5	14	83	10	73	51	0	0	48	1.00
2510367--2510433	28	2.4	27	90	4	107	49	0	0	50	1.00
2510369--2510440	13	5.1	14	77	11	76	48	0	0	51	1.00
2512279--2512319	20	2.1	19	90	4	64	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2512507--2512535	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
2512509--2512558	20	2.5	21	80	6	59	32	0	4	64	1.12
2514087--2514164	37	2.1	37	87	0	111	25	16	24	33	1.96
2516893--2516920	14	2.0	14	100	0	56	28	0	0	71	0.86
2518543--2518604	20	3.3	20	78	10	62	58	0	1	40	1.08
2518597--2518637	17	2.4	17	87	4	55	53	0	2	43	1.13
2524385--2524450	23	3.0	22	74	17	66	65	0	0	34	0.93
2524386--2524448	21	3.0	20	77	15	65	66	0	0	33	0.92
2527337--2527420	30	2.9	27	81	10	87	22	15	8	53	1.68
2528618--2528657	21	1.9	21	85	10	55	27	0	2	70	1.01
2529314--2529371	26	2.1	29	87	12	86	29	0	6	63	1.20
2531967--2532032	21	3.0	21	82	15	71	39	0	0	60	0.97
2533954--2534006	24	2.2	25	78	15	60	11	5	41	41	1.64
2535540--2535600	23	2.7	23	76	16	65	52	22	8	16	1.70
2536697--2536747	7	7.6	7	78	12	54	17	0	1	80	0.81
2536699--2536753	6	8.8	6	74	21	51	16	0	1	81	0.77
2536697--2536747	13	3.8	13	72	23	52	17	0	1	80	0.81
2536687--2536748	20	3.0	20	75	13	63	20	1	1	75	0.97
2537963--2538078	56	2.0	58	83	6	148	43	10	12	32	1.77
2540190--2540245	20	2.6	21	83	11	69	37	0	0	62	0.95
2540183--2540253	31	2.4	31	79	9	78	39	0	0	60	0.97
2548347--2548394	15	3.2	14	80	11	51	29	2	0	68	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2550090--2550175	20	4.3	20	81	10	88	62	4	12	19	1.47
2550099--2550169	20	3.6	20	92	1	117	60	5	14	19	1.53
2550198--2550289	46	2.0	48	82	8	118	46	1	19	32	1.57
2550255--2550312	13	4.5	13	76	18	59	44	0	22	32	1.53
2550260--2550312	26	2.2	23	90	10	79	45	0	22	32	1.53
2555463--2555508	22	2.1	21	88	11	67	63	21	4	10	1.44
2555467--2555523	22	2.8	21	75	19	59	63	22	5	8	1.44
2555513--2555547	16	2.2	16	100	0	70	65	11	5	17	1.43
2558234--2558258	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2558924--2558964	22	1.9	21	85	14	57	58	2	0	39	1.11
2559138--2559240	21	4.9	21	65	17	61	47	0	0	50	1.14
2559760--2559970	104	2.0	104	99	0	413	27	19	11	40	1.87
2560431--2560462	16	2.0	16	93	0	55	84	9	6	0	0.78
2561443--2562049	34	18.1	34	76	15	495	20	32	12	33	1.90
2561608--2561659	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
2561643--2562089	141	3.2	140	83	6	623	20	34	12	33	1.90
2561450--2562041	70	8.9	67	83	8	562	20	33	13	32	1.91
2561437--2562049	62	9.2	69	83	9	576	20	32	13	33	1.91
2561638--2562067	105	4.1	102	77	14	376	20	34	12	33	1.89
2562121--2562556	49	8.9	49	78	11	446	24	25	17	32	1.97
2562273--2562446	43	3.9	43	84	8	240	25	25	19	29	1.99
2562219--2562490	92	2.9	92	95	1	472	25	25	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2562404--2562785	55	6.7	55	73	14	278	24	23	14	37	1.92
2562404--2562797	170	2.3	171	94	2	691	24	24	14	36	1.92
2563616--2563640	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2563706--2563730	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2563719--2563859	52	2.7	51	94	4	230	32	19	17	30	1.95
2563739--2563859	52	2.3	52	100	0	242	33	19	18	28	1.95
2568137--2568201	22	3.0	22	97	0	121	36	12	18	32	1.88
2568168--2568238	32	2.2	32	92	0	115	40	11	22	25	1.87
2568625--2568764	51	2.7	51	79	4	156	33	9	25	32	1.87
2571086--2571160	20	3.8	20	76	13	73	42	12	14	30	1.82
2571175--2571204	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
2571434--2571474	2	21.0	2	80	14	50	46	2	0	51	1.14
2571429--2571474	21	2.1	23	84	8	60	43	2	0	54	1.12
2571652--2571744	49	1.9	48	80	10	109	54	2	2	40	1.24
2571959--2571998	19	2.1	19	85	0	53	45	0	2	52	1.14
2572925--2573019	32	2.8	34	78	12	90	52	0	0	47	1.00
2573376--2573458	35	2.5	34	78	7	89	46	1	2	49	1.22
2573680--2573715	16	2.4	14	86	13	54	61	0	0	38	0.96
2573914--2573953	18	2.2	19	86	4	55	55	2	5	37	1.35
2573979--2574035	19	3.0	20	77	12	57	52	0	0	47	1.00
2574126--2574195	16	4.2	16	77	5	68	42	0	2	54	1.15
2574159--2574202	18	2.5	17	80	20	54	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2574193--2574237	22	2.0	22	82	8	54	57	0	0	42	0.98
2574604--2574695	8	12.4	8	75	15	58	59	0	0	40	0.97
2574604--2574667	23	2.9	23	81	13	89	60	0	0	39	0.97
2574612--2574706	29	3.4	27	78	16	113	61	0	0	38	0.96
2574603--2574711	42	2.6	41	79	15	116	59	0	0	40	0.97
2574617--2574709	21	4.7	21	74	23	87	60	0	0	39	0.97
2583266--2583304	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
2583503--2583541	15	2.6	16	84	12	55	41	0	15	43	1.46
2588402--2588434	17	1.9	17	88	11	50	66	0	0	33	0.92
2589824--2590044	76	2.9	77	92	3	374	23	14	11	50	1.75
2589824--2590044	79	2.9	78	93	2	376	23	14	11	50	1.75
2594308--2594344	17	2.1	18	90	5	58	29	0	2	67	1.04
2598874--2598985	50	2.2	50	88	0	161	25	18	13	42	1.87
2601324--2601809	79	6.2	78	79	5	487	27	25	12	33	1.92
2601324--2601811	159	3.1	157	82	4	590	27	25	12	34	1.92
2602925--2603107	79	2.3	79	83	3	244	37	14	21	26	1.92
2605459--2605592	49	2.7	50	90	3	200	40	14	19	25	1.90
2606098--2606532	232	1.9	232	99	0	861	22	18	21	38	1.93
2606592--2606625	4	8.5	4	93	0	59	23	2	0	73	0.97
2617631--2617913	140	2.0	140	92	1	469	37	21	16	24	1.93
2618514--2618538	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2618602--2618626	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2618635--2618762	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
2621851--2622289	61	7.3	61	82	6	527	28	25	17	28	1.97
2621851--2622289	119	3.6	118	83	6	501	28	25	17	28	1.97
2621851--2622289	180	2.4	180	87	4	607	28	25	17	28	1.97
2625375--2625443	26	2.5	28	88	4	97	24	33	15	26	1.95
2625296--2625502	106	2.0	106	86	4	294	27	24	14	34	1.93
2625262--2625416	79	2.0	79	87	2	224	29	25	11	33	1.91
2625399--2625653	78	3.2	79	82	5	327	29	25	12	32	1.93
2625587--2625701	50	2.3	51	86	1	151	32	28	7	31	1.86
2629871--2629973	51	2.0	51	87	7	147	46	17	4	31	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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