genome.fa.s7926.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110332_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10075380

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   

This is table  1  of  42  ( 5024 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3580--3631	21	2.5	21	93	0	86	17	19	25	38	1.93
5041--5096	27	2.1	27	82	0	67	23	23	16	37	1.93
11879--11921	22	2.0	22	95	0	77	11	13	25	48	1.77
11961--11986	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
12200--12229	14	2.1	15	93	6	53	63	6	6	23	1.43
12899--12971	12	5.8	12	82	16	78	16	0	0	83	0.64
12924--12964	4	10.8	4	84	10	59	19	0	0	80	0.71
12899--12976	16	4.9	16	84	13	92	16	0	1	82	0.75
13382--13446	13	4.9	13	72	10	51	64	1	0	33	1.03
21800--21831	16	2.0	16	93	0	55	53	0	9	37	1.34
22943--23276	178	1.9	177	81	9	403	37	10	10	40	1.75
26174--26216	20	2.2	20	87	4	61	34	9	4	51	1.55
26560--26635	35	2.2	35	90	0	116	26	36	3	32	1.75
26826--26866	15	2.7	15	100	0	82	24	26	0	48	1.51
33779--33989	105	2.0	105	82	1	253	28	15	28	27	1.96
40639--40688	24	2.1	24	96	0	91	16	8	22	54	1.68
45647--45698	21	2.5	21	93	0	86	17	19	25	38	1.93
46598--46681	38	2.2	38	80	0	96	32	26	13	28	1.93
47124--47179	27	2.1	27	82	0	67	23	23	16	37	1.93
54052--54089	3	13.0	3	94	5	69	65	0	0	34	0.93
54302--54331	14	2.1	15	93	6	53	63	6	6	23	1.43
54980--55042	11	5.5	11	81	18	67	17	0	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54981--55043	7	9.3	7	80	10	69	15	0	0	84	0.63
54981--55048	34	2.0	35	86	13	97	16	0	1	82	0.75
55239--55292	20	2.7	20	75	13	56	35	3	1	59	1.26
55450--55514	13	4.9	13	72	10	51	64	1	0	33	1.03
63818--63849	16	2.0	16	93	0	55	53	0	9	37	1.34
64953--65289	181	1.9	180	81	9	409	37	10	10	40	1.75
68183--68225	20	2.2	20	87	4	61	34	9	4	51	1.55
68569--68644	35	2.2	35	92	0	125	26	38	2	32	1.70
68835--68875	15	2.7	15	100	0	82	24	26	0	48	1.51
75785--75995	105	2.0	105	82	1	253	28	15	28	27	1.96
82621--82670	24	2.1	24	96	0	91	16	8	22	54	1.68
89608--89781	44	4.0	43	87	3	242	25	21	12	40	1.88
100429--100589	40	4.1	40	91	0	261	26	16	23	33	1.96
100689--100913	45	5.0	45	90	2	330	37	7	22	33	1.81
103716--103931	46	4.7	46	81	5	253	21	22	7	48	1.74
103963--104705	68	11.0	68	86	1	954	29	24	14	31	1.94
104904--105083	55	3.2	55	87	4	245	32	20	11	36	1.87
107649--107887	46	5.3	45	86	2	183	23	27	7	41	1.80
107721--107895	46	3.8	46	93	1	300	20	25	6	46	1.75
107935--108395	68	6.8	68	89	1	651	30	24	14	29	1.95
108341--108444	48	2.2	46	81	11	122	29	22	12	35	1.91
108654--108872	55	4.0	55	91	0	339	36	18	9	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109221--109273	22	2.6	19	75	13	52	30	22	13	33	1.92
110377--110516	70	2.0	70	95	0	253	40	20	11	27	1.87
111027--111248	54	4.1	54	76	8	195	23	17	23	34	1.96
111027--111152	52	2.4	53	82	7	150	23	20	22	33	1.97
111612--111668	22	2.6	22	94	0	96	29	15	14	40	1.87
117404--117896	215	2.3	216	81	4	568	26	18	20	34	1.96
117404--117896	54	9.1	54	83	3	573	26	18	20	34	1.96
119620--119661	12	3.6	11	84	9	57	23	0	4	71	1.05
119620--119661	17	2.4	17	81	18	59	23	0	4	71	1.05
119620--119661	18	2.4	18	84	15	61	23	0	4	71	1.05
121747--121791	19	2.3	20	85	7	58	57	4	11	26	1.52
121756--121803	19	2.5	19	77	12	53	58	8	14	18	1.61
124734--124793	27	2.1	29	88	11	90	45	18	13	23	1.84
128676--128725	21	2.5	20	87	9	66	32	26	12	30	1.92
139865--139967	51	2.0	51	90	3	161	38	21	13	26	1.90
148035--148082	18	2.7	17	90	9	78	31	8	12	47	1.71
149615--149651	12	3.0	13	76	15	51	8	16	13	62	1.54
151639--151664	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
155874--155901	12	2.3	12	100	0	56	60	14	17	7	1.55
165939--166145	54	3.8	54	85	2	234	35	19	12	32	1.89
165939--166145	108	1.9	111	83	6	269	35	19	12	32	1.89
166008--166233	57	4.2	56	80	11	229	35	20	10	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166114--166210	49	2.0	49	93	0	167	39	19	9	31	1.83
168697--168728	15	2.1	15	94	0	55	28	21	15	34	1.94
171822--171858	14	2.7	14	88	12	51	29	2	0	67	1.04
171850--171893	14	3.2	14	81	15	56	38	4	4	52	1.42
171900--171997	43	2.3	43	80	5	117	25	6	1	67	1.20
171900--172067	43	3.9	43	72	16	116	26	5	1	67	1.19
172107--172140	18	1.9	18	88	5	52	14	11	0	73	1.10
174575--174639	17	3.8	17	79	4	76	38	7	13	40	1.74
183697--183758	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
183740--183779	21	2.0	21	85	5	55	27	37	25	10	1.88
185900--185939	19	2.1	19	100	0	80	40	0	17	42	1.49
195221--195358	49	2.8	49	86	0	204	36	17	18	27	1.93
199959--199998	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
201979--202073	45	2.1	45	86	3	138	30	18	23	27	1.98
210964--211039	32	2.4	32	84	8	93	42	22	15	19	1.89
214468--214493	12	2.2	12	100	0	52	76	0	7	15	0.99
214590--214738	53	2.9	50	78	9	129	36	6	34	22	1.79
214650--214749	51	1.9	53	81	4	123	35	6	36	23	1.79
214772--214882	6	18.5	6	74	3	98	5	5	45	44	1.49
215507--215640	61	2.2	61	91	0	214	35	7	7	49	1.59
215726--215895	11	16.8	10	65	22	56	45	5	4	44	1.47
215691--215819	51	2.5	51	85	2	168	47	4	4	43	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215742--215831	33	2.7	33	78	14	103	45	4	3	46	1.39
215726--215895	2	84.0	2	64	25	56	45	5	4	44	1.47
215907--216011	27	3.9	27	89	2	149	50	4	6	38	1.50
216151--216281	31	4.1	32	73	14	117	39	8	6	45	1.61
216378--216786	2	208.5	2	63	23	106	46	4	4	44	1.41
216378--216786	11	36.9	11	64	21	92	46	4	4	44	1.41
216625--216674	15	3.3	15	82	15	59	48	4	4	44	1.40
216693--216786	9	11.8	8	71	18	63	45	4	2	47	1.34
216676--216727	27	1.9	27	84	7	70	48	3	3	44	1.39
216563--216744	47	4.0	45	64	24	55	48	4	3	43	1.39
216624--216782	69	2.3	72	85	8	206	47	4	3	45	1.38
221474--221529	10	5.9	9	83	10	58	21	25	25	28	1.99
221474--221529	19	2.9	18	79	10	58	21	25	25	28	1.99
221575--221609	17	2.1	17	94	0	61	17	45	22	14	1.84
228689--228736	10	4.8	10	78	16	55	20	25	22	31	1.98
228689--228736	20	2.4	20	89	6	71	20	25	22	31	1.98
228690--228754	30	2.2	28	84	13	78	18	24	26	30	1.98
228756--228809	16	3.3	16	97	2	99	18	44	24	12	1.85
230874--230940	16	4.3	16	92	3	102	10	10	19	59	1.58
230871--230932	32	1.9	32	96	0	115	8	12	22	56	1.62
231805--231864	20	3.0	21	85	4	79	31	25	20	23	1.98
231864--231920	19	2.7	22	78	15	75	31	5	28	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231869--231935	19	3.2	19	76	17	62	34	5	28	31	1.81
232276--232331	21	2.8	20	83	5	69	35	21	23	19	1.96
232287--232347	21	3.0	21	83	4	72	36	18	24	21	1.95
238039--238080	21	2.0	21	82	13	52	33	7	4	54	1.49
240202--240233	17	1.9	17	93	6	57	21	18	0	59	1.38
240891--241004	40	2.9	40	86	2	151	24	19	13	42	1.86
243850--243878	3	10.0	3	92	7	51	0	0	31	68	0.89
246341--246409	22	3.2	21	72	11	59	49	10	14	26	1.75
246408--246458	26	2.0	26	100	0	102	62	11	3	21	1.45
247744--247773	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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