genome.fa.s7926.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110332_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10075380

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   

This is table  38  of  42  ( 5024 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8692463--8692510	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
8707922--8707968	24	2.0	24	91	0	76	31	14	12	40	1.84
8717187--8717367	45	4.2	45	79	11	209	53	5	17	24	1.65
8717189--8717366	86	2.1	85	88	8	263	52	5	17	24	1.66
8717206--8717411	86	2.4	86	84	8	242	55	4	15	24	1.60
8717465--8717522	29	2.0	29	86	6	82	48	13	18	18	1.81
8720522--8720547	5	5.2	5	100	0	52	38	0	19	42	1.51
8724575--8724634	23	2.8	22	82	10	70	16	23	35	25	1.95
8741701--8741906	32	7.4	31	69	29	178	53	10	0	35	1.36
8741684--8742010	54	6.3	54	83	12	434	52	11	0	35	1.37
8741735--8741783	22	2.2	22	85	3	62	57	12	0	30	1.36
8741778--8741824	22	2.1	22	88	7	69	57	6	0	36	1.24
8741787--8741829	22	2.0	22	95	0	77	53	11	0	34	1.37
8741789--8741837	22	2.2	22	85	3	62	57	12	0	30	1.36
8741841--8741978	22	6.0	22	66	11	78	52	12	0	35	1.39
8741886--8741921	15	2.5	15	95	4	65	58	0	0	41	0.98
8742038--8742135	32	3.4	30	72	26	95	53	8	1	37	1.38
8742021--8742135	54	2.1	54	91	0	185	52	9	1	36	1.45
8742070--8742170	22	4.5	22	70	7	85	52	8	0	38	1.33
8742115--8742202	15	5.5	15	74	18	70	50	3	0	46	1.18
8742089--8742225	52	2.9	47	79	15	149	48	6	0	44	1.28
8744293--8744327	17	2.1	17	94	0	61	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8750725--8750784	22	2.7	22	80	10	59	55	1	0	43	1.10
8750745--8750796	22	2.3	23	76	3	61	46	1	0	51	1.12
8751449--8751484	7	5.1	7	100	0	72	27	44	0	27	1.55
8754286--8754325	14	3.0	14	75	24	50	75	2	0	22	0.93
8754350--8754379	14	2.1	14	93	0	51	40	3	6	50	1.45
8767038--8767076	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
8767551--8767590	20	2.1	18	90	9	62	30	0	2	67	1.04
8767548--8767597	20	2.4	21	81	18	61	30	0	2	68	1.01
8778856--8778895	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
8779219--8779286	29	2.4	27	82	7	73	35	1	0	63	1.04
8779240--8779300	27	2.2	29	85	11	83	34	1	1	62	1.15
8779256--8779307	19	2.8	19	78	18	56	32	1	1	63	1.16
8779509--8779556	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
8782363--8782410	25	1.9	25	86	0	69	64	2	6	27	1.28
8782486--8782567	34	2.4	34	87	0	110	47	17	6	29	1.71
8782501--8782568	34	2.0	34	94	0	118	47	17	5	29	1.71
8784122--8784196	21	3.7	20	75	10	62	25	25	18	30	1.98
8784186--8784237	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
8784205--8784298	41	2.3	42	81	5	120	35	23	20	21	1.96
8784226--8784335	20	5.4	20	83	6	114	29	27	19	24	1.98
8784223--8784335	41	2.8	42	83	4	133	30	26	18	23	1.98
8784268--8784344	20	3.8	20	92	0	127	23	27	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8784567--8784662	20	4.8	20	98	0	183	37	23	23	14	1.92
8784551--8784638	40	2.4	36	80	15	108	34	26	26	13	1.93
8784681--8784760	34	2.4	34	86	0	106	11	22	25	41	1.87
8786310--8786401	42	2.2	42	88	1	141	20	15	42	21	1.89
8786337--8786397	21	2.9	21	73	9	70	21	13	42	22	1.87
8786738--8786776	20	2.0	20	94	0	69	33	28	12	25	1.93
8786783--8786879	19	5.7	18	72	22	75	49	22	16	11	1.77
8786799--8786857	14	3.9	14	74	20	55	54	22	13	10	1.69
8786787--8786874	33	2.7	33	89	0	122	52	22	14	10	1.72
8786869--8786911	19	2.3	19	79	0	50	13	18	23	44	1.86
8786904--8786946	20	2.2	20	83	4	52	20	23	18	37	1.94
8787469--8787516	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
8788836--8788894	20	3.0	20	87	0	73	44	22	18	15	1.87
8789157--8789200	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
8789387--8789456	20	3.5	20	90	0	113	28	18	24	28	1.98
8789387--8789500	40	2.8	41	82	1	131	25	16	24	33	1.96
8789387--8789501	20	5.7	20	79	2	95	25	16	24	33	1.96
8789367--8789504	41	3.4	41	79	2	152	24	15	23	36	1.94
8789490--8789545	21	2.7	21	94	0	94	19	19	17	42	1.89
8789555--8789604	21	2.4	22	80	6	68	36	18	26	20	1.95
8791879--8791961	28	3.0	28	80	0	94	28	16	18	36	1.93
8793585--8793681	35	2.9	32	79	10	104	49	3	8	39	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8808138--8808202	28	2.3	27	87	7	94	30	6	20	43	1.76
8811823--8811870	11	4.4	11	81	0	60	56	0	0	43	0.99
8811775--8811870	33	3.0	33	77	5	101	51	3	1	44	1.24
8811787--8811882	33	2.9	33	79	10	99	48	3	1	46	1.24
8811823--8811880	22	2.6	22	91	2	89	55	0	0	44	0.99
8812442--8812504	20	3.2	20	68	31	64	31	19	3	46	1.65
8812430--8812505	38	2.0	38	100	0	152	34	18	2	44	1.64
8812434--8812493	18	3.2	18	68	32	54	35	21	1	41	1.63
8818031--8818096	34	1.9	34	93	0	114	46	13	9	30	1.74
8818461--8818485	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8821674--8821730	30	1.9	30	96	0	105	47	8	29	14	1.74
8837333--8837388	3	19.3	3	78	10	55	32	0	1	66	1.03
8838122--8838167	22	2.1	22	100	0	92	17	13	50	19	1.78
8838426--8838484	21	3.0	20	77	20	61	20	5	0	74	1.00
8838430--8838462	18	1.9	17	88	11	50	24	3	0	72	0.98
8838426--8838489	19	3.1	21	76	15	62	20	6	0	73	1.04
8842387--8844027	106	15.6	106	92	1	2446	33	25	18	23	1.97
8845366--8845428	19	3.2	20	76	17	69	22	6	0	71	1.08
8846218--8846254	19	1.9	19	100	0	74	21	16	18	43	1.88
8846608--8846645	18	2.1	18	90	0	58	44	0	7	47	1.32
8850098--8850157	5	11.8	5	76	13	52	73	0	5	21	1.02
8850224--8850277	18	3.2	17	79	7	56	70	0	1	27	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8850215--8850280	22	2.9	23	80	13	66	68	0	3	28	1.05
8850215--8850289	24	3.3	23	81	14	68	64	0	5	30	1.16
8850534--8850580	23	2.0	23	84	15	62	70	0	2	27	0.99
8850999--8851099	37	2.7	37	84	0	121	32	11	12	42	1.80
8851853--8852988	106	10.7	106	91	0	1734	22	18	25	33	1.96
8851854--8853845	212	9.5	212	88	3	2882	22	17	25	34	1.96
8851854--8853846	318	6.3	318	90	2	2911	22	17	25	34	1.96
8852901--8853075	87	2.0	87	90	0	278	22	18	25	34	1.96
8852988--8853846	106	8.1	106	90	0	1299	22	17	24	35	1.95
8854364--8854400	18	2.0	19	89	5	58	37	29	10	21	1.88
8855459--8855509	11	4.2	12	77	20	52	0	13	7	78	0.96
8855459--8855519	26	2.3	26	84	15	81	0	13	8	78	0.95
8859835--8859875	15	2.8	15	82	14	50	73	0	9	17	1.09
8859964--8860011	18	2.8	17	79	14	53	64	0	2	33	1.05
8859970--8860015	14	3.4	14	73	14	51	63	0	2	34	1.07
8860210--8860276	8	7.9	9	80	14	72	58	0	1	40	1.07
8860216--8860255	2	20.5	2	94	5	73	52	0	0	47	1.00
8860286--8860335	24	2.0	25	85	11	68	72	0	2	26	0.96
8860753--8860856	37	2.8	37	82	8	122	37	6	7	48	1.59
8862919--8862952	14	2.4	14	95	0	59	20	17	29	32	1.96
8864933--8864977	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
8866427--8866730	149	2.0	149	99	0	599	27	17	20	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8866709--8866753	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
8872143--8872220	23	3.3	23	83	1	102	33	23	19	24	1.97
8872230--8872480	121	2.1	121	96	0	475	35	25	15	23	1.94
8872443--8872478	18	2.0	18	100	0	72	33	33	22	11	1.89
8877956--8878033	23	3.3	23	76	1	84	34	21	17	25	1.96
8878040--8878293	121	2.1	121	94	0	445	35	24	15	24	1.94
8878256--8878291	18	2.0	18	100	0	72	33	33	22	11	1.89
8880320--8880356	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
8885376--8885444	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
8886954--8887017	24	2.7	24	97	0	119	50	17	17	15	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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