genome.fa.s7926.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110332_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10075380

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   

This is table  35  of  42  ( 5024 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7882115--7882195	33	2.5	33	91	0	126	11	20	20	46	1.81
7882171--7882248	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
7882172--7882247	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
7882327--7882397	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
7882778--7882892	20	5.7	20	83	6	160	20	18	26	33	1.96
7882777--7882931	40	3.8	40	81	4	177	18	17	26	38	1.92
7882918--7883000	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
7883021--7883073	19	2.8	19	94	0	97	9	15	22	52	1.70
7892370--7893137	51	14.9	51	95	1	1248	27	26	15	29	1.96
7894477--7894577	18	5.7	18	68	24	54	3	22	0	72	1.08
7894501--7894547	12	3.8	13	77	11	53	6	21	2	70	1.20
7894467--7894577	27	4.2	26	72	15	86	4	22	0	72	1.09
7894467--7894577	45	2.5	44	81	11	127	4	22	0	72	1.09
7894522--7894584	17	3.4	18	86	10	67	6	19	1	73	1.13
7894537--7894587	17	2.8	18	91	5	77	5	19	0	74	1.02
7903042--7903139	44	2.1	46	87	7	137	39	22	11	26	1.87
7915820--7915890	23	3.1	23	85	4	81	40	19	5	33	1.75
7916243--7916296	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
7916258--7916320	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
7915558--7916922	429	3.2	430	98	1	2628	38	13	8	40	1.74
7916672--7916725	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
7916687--7916749	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7916951--7917923	198	4.9	199	93	3	1655	32	15	15	37	1.89
7918005--7918065	19	3.2	19	92	2	95	57	9	3	29	1.47
7919237--7919291	19	2.8	19	74	17	51	20	16	9	54	1.68
7919400--7919449	20	2.5	20	81	12	75	22	16	10	52	1.73
7921474--7921559	44	2.0	44	81	4	102	34	18	5	40	1.75
7925459--7925485	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
7931571--7931717	79	1.9	79	84	2	197	48	5	8	36	1.57
7931771--7931822	23	2.2	25	82	6	63	65	1	3	28	1.21
7933084--7933645	188	3.0	185	82	6	656	41	9	14	33	1.79
7933447--7934487	264	3.9	264	86	2	1331	39	9	15	35	1.80
7934464--7934519	28	2.0	28	96	0	103	37	8	7	46	1.63
7940025--7940062	20	1.9	20	94	0	67	39	5	26	28	1.78
7948248--7948290	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
7948729--7948783	21	2.6	22	75	16	62	40	0	0	60	0.97
7953085--7953124	21	1.9	21	89	0	62	22	17	20	40	1.92
7959439--7959479	20	2.0	21	90	4	66	17	4	2	75	1.08
7968164--7968266	31	3.4	31	95	2	190	53	6	5	33	1.52
7975765--7975799	14	2.5	14	100	0	70	25	14	11	48	1.77
7993802--7993840	18	2.2	18	100	0	78	64	0	12	23	1.28
7995891--7995943	26	2.0	26	100	0	106	37	15	11	35	1.83
7996310--7996450	69	2.0	69	90	0	219	29	25	14	30	1.95
8006172--8006385	108	2.0	107	91	0	347	26	13	20	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8014874--8014944	20	3.5	20	76	3	70	16	19	23	39	1.92
8016979--8017019	21	2.0	21	100	0	82	31	4	34	29	1.79
8018426--8018462	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
8018864--8018900	19	2.0	18	89	5	56	21	13	5	59	1.54
8027551--8027576	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
8028391--8028454	18	3.5	18	80	17	78	43	0	0	56	0.99
8028391--8028443	3	18.0	3	77	11	56	41	0	0	58	0.98
8036706--8036749	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
8037940--8037982	19	2.2	19	87	4	59	34	18	9	37	1.83
8040846--8040893	24	2.0	24	91	0	78	8	37	10	43	1.69
8040831--8040878	18	2.7	18	80	0	60	8	37	8	45	1.64
8042882--8042911	15	2.0	15	100	0	60	60	20	6	13	1.55
8048260--8048297	16	2.5	15	87	12	51	73	0	5	21	1.02
8061400--8061436	13	2.6	15	87	8	51	72	0	5	21	1.04
8061487--8061659	38	4.6	37	72	15	117	45	6	3	43	1.47
8061487--8061746	116	2.3	111	79	15	255	47	6	3	43	1.45
8061711--8061783	26	2.7	28	79	12	80	47	8	2	41	1.47
8061719--8061786	26	2.7	25	88	8	102	47	8	2	41	1.50
8062943--8062980	12	3.1	12	82	17	51	57	2	0	39	1.12
8063355--8063383	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
8066564--8066600	19	1.9	19	94	0	65	56	2	2	37	1.28
8072214--8072278	24	2.9	23	82	8	73	32	18	24	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8075285--8075334	26	1.9	26	83	0	64	38	14	6	42	1.70
8077637--8077734	19	4.9	19	83	9	133	33	24	20	21	1.97
8077644--8077734	42	2.3	40	83	10	123	35	25	19	19	1.96
8077640--8077772	61	2.2	61	97	0	248	35	24	18	21	1.95
8078797--8078842	19	2.3	21	81	11	60	43	0	2	54	1.12
8086053--8086237	92	2.0	91	93	2	318	13	30	8	48	1.71
8086735--8086778	22	2.0	22	86	4	63	34	2	2	61	1.21
8089331--8089362	15	2.1	15	94	0	55	6	37	0	56	1.25
8098094--8098137	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
8098700--8098747	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
8099124--8099177	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
8099139--8099201	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
8101510--8102669	200	5.8	199	96	0	2090	32	14	15	37	1.88
8101510--8102669	398	2.9	398	97	0	2160	32	14	15	37	1.88
8102735--8102814	38	2.1	38	83	2	99	55	10	2	32	1.47
8102751--8102814	19	3.4	19	95	0	110	56	9	3	31	1.47
8104608--8104673	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
8106793--8106845	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
8106990--8107036	20	2.4	19	79	10	58	19	17	8	55	1.67
8107154--8107203	20	2.5	20	78	12	66	22	16	12	50	1.77
8110206--8110254	23	2.1	23	92	0	80	38	8	16	36	1.78
8110332--8110450	63	1.9	63	87	0	175	48	10	13	27	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8110854--8110970	42	2.8	41	94	3	207	16	18	20	44	1.87
8111160--8111220	22	2.8	23	82	7	65	47	0	0	52	1.00
8111171--8111319	31	5.1	31	71	25	96	45	0	1	52	1.14
8111248--8111294	24	2.0	23	83	4	58	40	0	2	57	1.11
8111236--8111338	29	3.5	29	76	17	95	43	0	1	53	1.18
8111273--8111336	28	2.2	28	86	8	85	43	1	1	53	1.19
8111504--8111573	20	3.5	20	92	0	122	37	14	8	40	1.76
8111504--8111582	40	2.0	40	87	0	113	36	15	7	40	1.75
8111556--8111637	15	5.5	15	88	2	121	35	19	7	37	1.80
8111556--8111637	30	2.8	30	94	1	139	35	19	7	37	1.80
8111556--8111642	45	2.0	44	93	2	147	33	19	6	40	1.78
8115053--8115095	22	2.0	21	86	4	59	25	2	2	69	1.12
8126123--8126179	28	2.0	28	100	0	114	50	7	17	24	1.70
8132956--8133140	93	2.0	93	80	2	210	30	24	17	27	1.97
8142206--8142272	24	2.8	24	97	0	125	16	7	32	43	1.76
8142848--8142884	18	2.0	19	89	5	58	48	10	5	35	1.61
8143833--8143875	20	2.3	19	84	15	54	46	2	2	48	1.27
8144781--8144831	3	17.3	3	91	4	86	1	31	0	66	1.03
8148718--8148751	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
8148793--8148826	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
8151863--8151894	12	2.7	12	100	0	64	6	28	15	50	1.68
8151906--8152037	30	4.4	30	84	0	156	25	31	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8151922--8152065	30	4.8	29	81	3	101	24	30	12	32	1.92
8151906--8152037	60	2.2	60	83	0	174	25	31	12	30	1.93
8155496--8155537	19	2.2	20	86	4	59	54	2	2	40	1.26
8163152--8163177	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
8165550--8165681	38	3.6	37	88	10	159	52	5	17	25	1.65
8165570--8165687	38	3.1	39	92	4	195	48	5	20	26	1.70
8170000--8170045	21	2.2	20	84	3	56	50	0	2	47	1.13
8176575--8177193	110	5.8	110	87	5	747	28	26	16	28	1.97
8176575--8177203	55	11.8	52	88	4	653	28	26	16	28	1.97
8178525--8178560	16	2.2	16	100	0	72	5	19	0	75	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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