genome.fa.s7926.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110332_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10075380

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   

This is table  13  of  42  ( 5024 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2776175--2776231	20	3.1	18	78	11	62	52	0	3	43	1.18
2776186--2776238	20	2.7	20	90	0	79	54	0	1	43	1.11
2777727--2777766	21	1.9	22	90	10	66	10	12	40	37	1.77
2777965--2778012	21	2.2	22	88	3	71	20	20	37	20	1.95
2780413--2780475	24	2.6	25	74	18	71	33	20	23	22	1.97
2782283--2782311	14	2.1	14	100	0	58	6	17	0	75	1.01
2790262--2790331	20	3.5	20	88	0	95	21	11	24	42	1.85
2790262--2790347	20	4.3	19	82	8	66	24	11	19	44	1.84
2791628--2791666	17	2.2	18	90	4	62	38	10	2	48	1.51
2798928--2798973	16	2.8	16	90	3	65	47	2	0	50	1.13
2799251--2799295	20	2.3	20	80	3	56	46	4	2	46	1.35
2799506--2799877	185	2.0	185	98	1	719	34	15	23	25	1.94
2802237--2803046	209	3.8	210	89	4	1177	49	8	12	30	1.69
2803076--2803145	2	35.5	2	94	2	124	51	0	1	47	1.09
2803205--2803270	31	2.1	32	85	2	89	43	6	4	45	1.49
2803221--2803321	42	2.4	43	81	5	107	44	4	4	45	1.47
2803326--2803371	15	3.1	15	81	6	58	43	0	6	50	1.28
2803445--2803511	33	2.1	32	88	2	98	38	7	4	49	1.51
2803421--2803604	20	9.3	20	68	23	79	40	8	5	45	1.58
2803495--2803565	18	3.8	18	80	14	90	42	9	7	40	1.65
2803483--2803591	38	2.8	38	83	10	130	41	9	7	42	1.64
2803541--2803624	24	3.3	24	83	6	96	38	8	5	47	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2803581--2803641	27	2.3	27	91	0	95	37	8	1	52	1.41
2803589--2803656	7	10.1	7	76	7	52	41	7	0	51	1.30
2803590--2803669	20	4.0	20	82	8	83	42	7	1	48	1.39
2803596--2803669	7	10.6	7	76	11	53	43	8	1	47	1.41
2803623--2803691	34	2.0	34	82	5	84	47	7	2	42	1.46
2803732--2803804	17	4.4	16	72	19	51	42	1	6	49	1.38
2803734--2803811	24	3.2	24	68	20	70	42	3	6	47	1.47
2803732--2803914	26	7.2	26	70	17	109	43	4	6	45	1.50
2803732--2803844	25	4.5	26	72	14	83	41	4	7	46	1.51
2803947--2804076	61	2.1	61	85	2	172	49	4	10	36	1.57
2805661--2805740	26	3.1	26	98	0	151	31	18	3	46	1.67
2806142--2806195	23	2.3	23	83	0	72	25	14	24	35	1.94
2806812--2806850	20	1.9	21	89	5	62	56	2	0	41	1.13
2806809--2806859	20	2.8	17	75	18	57	60	1	0	37	1.08
2806862--2806959	51	1.9	52	89	6	155	50	5	4	40	1.44
2806936--2806969	17	2.0	17	100	0	68	47	5	0	47	1.26
2811385--2811415	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2819920--2820098	74	2.5	72	90	3	270	46	22	14	16	1.83
2819924--2820122	72	2.7	73	86	6	269	48	19	15	17	1.82
2820888--2821052	82	2.0	82	100	0	330	40	13	7	38	1.74
2823481--2823548	15	4.5	15	100	0	136	27	7	11	52	1.64
2824318--2824375	21	2.8	20	76	2	71	34	22	12	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2824767--2824820	22	2.5	22	78	0	63	48	14	14	22	1.81
2825601--2825702	31	3.3	31	97	0	195	40	21	18	19	1.92
2825971--2826014	21	2.0	22	86	4	63	38	18	2	40	1.63
2828293--2828337	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2829841--2829887	22	2.1	22	84	0	58	36	12	29	21	1.91
2829920--2829963	22	2.0	22	86	4	63	27	25	22	25	2.00
2830653--2830763	31	3.6	31	85	0	159	40	19	18	21	1.91
2831032--2831075	21	2.0	22	86	4	63	38	18	2	40	1.63
2834344--2834438	50	1.9	50	84	4	129	37	18	10	32	1.85
2835601--2835630	15	2.0	15	93	0	51	56	6	0	36	1.26
2836970--2837018	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
2836970--2837149	64	2.8	60	79	12	175	27	16	27	29	1.97
2837096--2837146	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2837160--2837199	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
2838185--2838212	3	9.3	3	100	0	56	32	0	67	0	0.91
2839728--2839780	20	2.7	20	100	0	106	16	20	28	33	1.95
2839768--2839848	24	3.6	23	77	14	96	27	20	25	25	1.99
2839748--2839868	44	2.8	42	75	13	118	23	19	27	28	1.99
2845638--2845686	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
2845638--2845817	64	2.8	62	80	9	188	27	16	26	29	1.97
2845764--2845814	19	2.7	19	80	19	63	27	15	33	23	1.95
2845828--2845867	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2862926--2862982	23	2.4	24	80	13	73	43	3	12	40	1.59
2862995--2863071	30	2.5	33	89	8	117	48	2	6	42	1.42
2862991--2863029	19	2.1	19	95	0	69	43	5	5	46	1.48
2863030--2863101	22	3.2	21	80	7	63	50	6	5	37	1.53
2863104--2863139	16	2.3	15	90	4	54	58	2	0	38	1.13
2863108--2863188	18	4.4	18	72	14	58	48	7	1	43	1.39
2863210--2863382	2	86.0	2	73	14	133	47	1	7	43	1.42
2863552--2863653	40	2.5	40	82	6	125	36	21	0	42	1.53
2863761--2863802	19	2.2	19	100	0	84	40	4	9	45	1.58
2863952--2863986	17	2.0	18	88	5	54	57	11	0	31	1.34
2864605--2864687	33	2.5	34	86	5	116	42	19	7	31	1.78
2869152--2869811	165	4.0	164	84	3	802	31	25	18	24	1.97
2869115--2869804	249	2.8	244	81	5	726	31	25	18	24	1.98
2869840--2869995	79	2.0	79	87	2	224	41	8	5	43	1.60
2870091--2870128	16	2.4	16	90	0	58	31	13	23	31	1.93
2872629--2872675	19	2.5	20	75	6	53	38	2	2	57	1.23
2873757--2873790	15	2.4	14	90	5	50	85	2	2	8	0.80
2875109--2875166	16	3.7	16	86	2	73	74	1	1	22	1.01
2875182--2875280	43	2.5	40	81	8	112	46	5	3	45	1.40
2875265--2875325	17	3.6	17	73	4	61	50	3	1	44	1.28
2875254--2875330	33	2.3	33	81	0	109	46	2	3	46	1.34
2875306--2875573	37	7.2	38	81	9	277	44	5	4	45	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2875659--2875713	2	27.5	2	96	0	101	50	0	0	49	1.00
2875791--2875882	37	2.5	37	94	0	166	43	14	8	33	1.76
2875814--2875874	19	3.3	19	64	13	54	42	13	8	36	1.74
2875970--2876060	28	3.2	28	65	20	80	45	13	9	31	1.76
2875962--2876093	57	2.3	58	96	1	239	48	12	7	31	1.68
2876912--2876965	28	1.9	28	81	7	65	35	1	3	59	1.26
2878054--2878098	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
2879934--2879978	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2881085--2881170	42	2.0	42	100	0	172	38	16	9	36	1.81
2884357--2884481	31	4.0	31	90	2	189	39	21	18	20	1.93
2885136--2885359	64	3.5	64	82	4	229	27	18	20	33	1.96
2893611--2893642	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2909253--2909395	64	2.3	63	83	2	171	32	19	19	27	1.96
2909944--2910001	18	3.1	19	75	9	73	20	22	29	27	1.99
2917307--2917390	22	3.8	22	84	3	96	22	32	25	20	1.98
2920308--2920528	64	3.5	64	81	9	229	34	21	19	25	1.96
2921265--2921482	103	2.1	103	93	0	364	27	13	21	37	1.91
2921508--2921564	23	2.5	23	91	0	87	21	28	22	28	1.99
2925853--2925908	21	2.7	21	100	0	112	28	23	21	26	1.99
2925957--2926163	64	3.2	64	79	8	199	34	19	18	26	1.95
2926900--2927117	103	2.1	103	94	1	384	26	12	22	38	1.90
2927134--2927196	23	2.7	23	92	0	99	19	28	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2927778--2927824	20	2.3	20	96	0	85	25	25	19	29	1.98
2934079--2934243	36	4.7	34	70	10	111	27	18	13	40	1.88
2934248--2934545	135	2.2	134	87	3	420	30	29	18	21	1.97
2936687--2936720	15	2.3	15	100	0	68	26	5	20	47	1.73
2945026--2945133	31	3.4	32	74	12	98	41	10	0	47	1.44
2947269--2947343	2	37.5	2	100	0	150	49	0	0	50	1.00
2950549--2950586	16	2.3	16	95	4	67	26	7	28	36	1.84
2960566--2960621	8	6.8	8	80	15	60	82	0	3	14	0.81
2960575--2960618	23	1.9	23	86	9	63	79	0	4	15	0.89
2961621--2962202	55	10.6	55	92	1	916	28	15	27	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42