genome.fa.s7926.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110332_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10075380

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   

This is table  10  of  42  ( 5024 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133585--2133621	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2137066--2137161	33	2.9	33	90	1	147	42	21	22	12	1.87
2137058--2137183	19	7.1	19	71	17	110	44	19	23	12	1.85
2137196--2137267	20	3.5	20	81	5	74	11	16	19	52	1.73
2137831--2138042	41	5.2	41	85	3	277	21	17	24	36	1.94
2137828--2138103	81	3.4	81	78	6	265	20	17	24	37	1.94
2137828--2138103	20	13.6	20	71	8	182	20	17	24	37	1.94
2138091--2138227	21	6.6	21	75	5	109	20	19	26	33	1.97
2138049--2138185	42	3.3	41	71	9	118	22	19	22	35	1.96
2138737--2138786	24	2.1	24	92	0	82	30	10	0	60	1.30
2143315--2143372	28	2.1	28	96	0	107	36	12	17	34	1.87
2144604--2144634	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
2145729--2145772	21	2.1	21	86	0	61	36	6	2	54	1.40
2147584--2147696	2	63.5	2	72	25	94	45	0	1	52	1.17
2147584--2147696	7	15.7	7	81	8	122	45	0	1	52	1.17
2151154--2151217	3	22.0	3	77	6	69	60	0	32	6	1.21
2151154--2151224	29	2.6	26	81	12	88	60	0	30	8	1.26
2152657--2152708	27	1.9	27	88	0	77	48	7	7	36	1.61
2152703--2152738	18	1.9	19	88	5	56	41	0	5	52	1.24
2153330--2153386	6	9.5	6	100	0	114	17	0	50	31	1.46
2153907--2153961	23	2.4	23	75	6	58	50	3	5	40	1.43
2153926--2153977	27	1.9	27	84	7	70	53	1	1	42	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155368--2155965	182	3.3	181	87	1	840	40	13	16	28	1.87
2158467--2158624	64	2.5	63	75	8	140	34	21	17	26	1.96
2159409--2159642	103	2.3	103	88	3	346	27	11	22	38	1.88
2159633--2159709	23	3.3	23	81	1	91	25	20	20	32	1.97
2162680--2162719	20	2.0	20	100	0	80	55	5	20	20	1.62
2164393--2164443	19	2.7	19	100	0	102	29	21	25	23	1.99
2165294--2165511	103	2.1	103	92	1	366	27	12	22	37	1.90
2165518--2165595	23	3.3	23	81	1	93	24	20	23	32	1.98
2167474--2167526	25	2.1	25	100	0	106	35	3	11	49	1.57
2167784--2167822	15	2.6	15	87	0	51	38	17	7	35	1.79
2167820--2168986	399	2.9	397	89	2	1739	38	13	15	31	1.87
2172638--2172731	3	31.7	3	70	6	66	37	2	1	59	1.16
2172650--2172702	9	5.9	9	89	6	81	39	1	1	56	1.21
2174033--2174091	28	2.0	30	90	6	95	40	3	1	54	1.27
2174048--2174105	28	2.1	28	87	6	82	46	3	0	50	1.18
2178151--2178182	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
2185511--2185567	17	3.4	17	76	9	62	73	1	17	7	1.14
2185922--2185956	18	1.9	18	100	0	70	31	5	5	57	1.46
2187239--2187612	123	3.0	122	93	1	615	40	14	18	25	1.90
2187925--2188027	3	34.7	3	68	9	59	36	0	0	61	1.09
2187963--2188027	27	2.4	27	94	0	121	38	0	0	61	0.96
2187973--2188027	16	3.8	16	75	22	66	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2189360--2189418	28	2.0	30	87	6	86	42	1	1	54	1.20
2190325--2190361	18	2.1	18	94	0	65	21	13	16	48	1.80
2190081--2190517	196	2.2	197	82	4	542	37	13	16	32	1.87
2190592--2190643	23	2.3	23	89	0	77	32	19	7	40	1.80
2190518--2190680	87	1.9	87	92	0	272	34	13	9	41	1.77
2198352--2198412	21	3.2	20	65	26	51	47	14	4	32	1.66
2198343--2198413	36	2.0	36	94	2	126	47	15	5	30	1.68
2211899--2211943	22	2.0	23	86	4	65	42	6	2	48	1.41
2212225--2212416	20	9.6	20	84	4	244	34	27	18	19	1.96
2212794--2212864	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
2212944--2213049	20	5.6	20	73	17	100	46	18	21	13	1.83
2213004--2213060	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2212997--2213077	33	2.5	33	100	0	162	48	19	22	9	1.78
2212944--2213082	19	7.6	19	70	20	91	45	19	22	12	1.84
2213094--2213150	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2213078--2213199	33	3.5	33	85	10	145	9	23	20	45	1.81
2213135--2213199	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
2215303--2215531	20	11.4	20	87	1	244	19	17	25	37	1.94
2215525--2215595	21	3.4	20	75	13	54	25	18	22	33	1.96
2226280--2226348	20	3.5	20	76	4	77	34	24	10	30	1.89
2226517--2226567	20	2.5	21	80	6	59	52	15	9	21	1.71
2226597--2226635	20	2.0	20	94	0	69	15	10	20	53	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2226599--2226642	20	2.2	20	87	0	61	15	11	20	52	1.74
2230765--2230816	22	2.2	25	86	13	74	26	11	42	19	1.85
2230909--2230946	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
2230917--2230959	19	2.2	19	87	4	59	39	16	20	23	1.92
2231204--2231232	14	2.1	14	100	0	58	41	13	6	37	1.72
2232632--2232656	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2232923--2232980	11	5.2	11	75	17	57	68	0	1	29	0.99
2233134--2233176	23	1.9	22	90	4	68	13	13	0	72	1.13
2235030--2235083	20	2.7	19	75	8	63	33	25	18	22	1.97
2235133--2235180	20	2.4	20	86	6	62	47	22	14	14	1.81
2235133--2235408	81	3.4	80	81	5	297	38	24	18	19	1.93
2235194--2235407	20	10.6	20	81	6	243	36	25	19	18	1.94
2235194--2235405	41	5.2	41	92	1	347	37	25	18	18	1.94
2235965--2236043	20	3.9	21	86	5	94	51	17	18	11	1.75
2235967--2236100	33	3.8	34	80	12	128	49	20	17	11	1.79
2236106--2236161	20	2.8	20	84	10	87	14	25	21	39	1.91
2237860--2238239	94	4.1	93	93	1	643	21	12	18	48	1.80
2238287--2238413	19	6.7	19	79	9	125	46	22	18	12	1.82
2238287--2238413	36	3.3	38	81	8	125	46	22	18	12	1.82
2238327--2238413	37	2.4	36	86	5	113	47	22	19	10	1.80
2238458--2238504	20	2.3	20	88	0	67	21	19	23	36	1.95
2238988--2239092	21	5.0	20	67	12	59	21	36	18	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241799--2241852	24	2.2	24	90	0	81	40	18	16	24	1.90
2242703--2243216	20	25.5	20	74	13	238	21	18	25	34	1.96
2242807--2242852	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
2242924--2243216	40	7.2	41	83	7	332	18	18	24	38	1.93
2242924--2243216	162	1.8	161	83	5	394	18	18	24	38	1.93
2242921--2243216	81	3.7	79	79	8	312	18	18	25	38	1.93
2243127--2243279	20	7.5	20	73	12	96	21	18	22	37	1.95
2243245--2243319	20	3.7	20	72	15	64	20	20	25	34	1.96
2245487--2245557	37	1.9	37	91	0	115	40	5	11	42	1.64
2246999--2247092	46	2.0	46	95	0	170	47	13	8	29	1.73
2247457--2247597	69	2.0	69	100	0	282	47	8	11	32	1.70
2248094--2248118	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
2260514--2260567	17	3.1	17	79	12	56	66	3	0	29	1.09
2260865--2260900	10	3.5	10	88	7	54	77	2	0	19	0.88
2261889--2261952	21	3.4	20	66	29	59	31	4	18	45	1.70
2261881--2261999	35	3.3	36	89	5	179	33	5	17	43	1.71
2266412--2266472	21	3.2	21	65	29	64	31	3	21	44	1.68
2266404--2266522	35	3.3	37	86	8	165	31	4	19	44	1.70
2268401--2268449	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
2268905--2268971	20	3.3	20	91	0	98	31	22	19	26	1.98
2268972--2269065	34	2.8	34	91	0	143	23	15	23	37	1.93
2269003--2269093	20	4.8	20	74	15	95	26	17	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2269264--2269298	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
2270443--2270494	23	2.3	23	89	0	77	19	28	21	30	1.97
2270642--2270754	46	2.5	46	91	4	187	33	18	5	42	1.73
2272544--2272651	20	5.4	20	87	0	144	28	20	24	26	1.99
2272635--2272690	20	2.8	20	97	0	103	26	21	16	35	1.94
2281191--2281227	20	2.0	20	89	10	60	48	10	21	18	1.78
2289466--2289587	61	2.0	61	95	0	217	31	22	14	31	1.94
2290032--2290091	30	2.0	30	90	6	95	55	0	5	40	1.22
2298293--2298374	41	2.0	41	92	4	139	40	10	24	24	1.87
2299503--2299547	23	2.0	22	91	4	72	26	0	13	60	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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