genome.fa.s7926.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110332_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10075380

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   

This is table  39  of  42  ( 5024 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8888090--8888119	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8890945--8890985	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
8896697--8896790	46	2.0	46	97	0	179	42	6	11	39	1.67
8900022--8900079	20	2.9	20	94	0	98	22	3	10	63	1.40
8904615--8904696	30	2.8	30	87	5	105	42	7	13	36	1.72
8904611--8904696	15	5.8	15	72	6	68	45	6	12	34	1.69
8904679--8904748	20	3.5	20	92	0	122	41	10	12	35	1.77
8904916--8904981	28	2.3	27	82	12	78	51	1	1	45	1.19
8904932--8905014	32	2.6	33	77	12	84	53	2	0	44	1.13
8905005--8905063	17	3.7	16	68	22	52	49	0	1	49	1.11
8905012--8905087	36	2.1	36	86	13	104	51	0	1	47	1.09
8911380--8911436	28	2.0	28	96	0	105	19	3	31	45	1.67
8913069--8913097	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8922613--8922672	22	2.9	22	85	9	74	26	18	26	28	1.98
8940280--8940382	51	2.0	51	98	0	197	30	8	5	55	1.54
8943022--8943048	14	1.9	14	100	0	54	11	22	7	59	1.56
8943235--8943309	38	2.0	37	82	10	91	49	2	1	46	1.24
8943924--8943955	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8944740--8944804	32	2.0	32	84	0	85	35	6	9	49	1.60
8948508--8948536	6	4.8	6	100	0	58	13	17	34	34	1.89
8956584--8957001	204	2.0	205	83	9	534	40	16	12	30	1.86
8963026--8963107	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8967793--8967874	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
8970945--8970985	16	2.7	16	77	7	50	29	0	9	60	1.28
8971615--8971656	17	2.4	18	92	4	68	21	7	0	71	1.09
8971683--8971756	20	3.7	20	74	13	71	22	6	0	70	1.11
8975087--8975153	19	3.4	18	73	18	53	40	13	23	22	1.89
8975106--8975175	22	3.3	20	73	18	63	40	15	22	21	1.91
8975085--8975180	41	2.3	41	90	0	156	38	17	23	19	1.93
8979666--8979932	116	2.3	116	83	5	304	46	11	13	28	1.78
8982449--8982474	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
8982537--8982578	22	1.9	22	90	0	66	35	0	7	57	1.26
8982638--8982744	3	38.0	3	68	22	54	27	5	0	66	1.20
8982658--8982723	25	2.6	25	79	11	71	22	6	0	71	1.08
8982711--8982755	22	2.1	22	84	12	58	33	4	2	60	1.29
8982783--8982824	18	2.3	18	88	8	59	16	33	2	47	1.60
8983055--8983089	15	2.3	15	100	0	70	20	5	0	74	1.02
8986773--8987529	110	7.0	110	87	2	1054	34	22	17	25	1.96
8987606--8988141	84	6.5	83	76	5	476	30	24	18	26	1.98
8987805--8988133	165	2.0	167	84	4	432	31	24	18	26	1.97
8987598--8988141	249	2.2	249	87	0	793	30	25	18	26	1.98
8993328--8993396	31	2.2	31	89	0	111	39	14	10	36	1.80
8993482--8993595	20	5.8	19	78	11	63	46	19	20	14	1.84
8993501--8993624	20	6.2	20	75	14	94	43	18	21	16	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8993733--8993771	6	6.5	6	100	0	78	33	51	15	0	1.44
8994526--8994552	6	4.5	6	100	0	54	0	14	51	33	1.43
8994663--8995058	20	19.4	20	81	9	356	17	20	24	37	1.94
8994663--8995062	142	2.8	140	91	3	604	17	21	24	37	1.94
8995049--8995102	20	2.7	20	88	0	81	12	20	18	48	1.81
8995089--8995140	19	2.7	19	90	3	77	15	17	25	42	1.88
8995264--8995348	16	5.4	16	63	20	54	31	15	12	40	1.85
8995231--8995352	31	3.9	31	97	0	226	33	14	12	39	1.84
9004941--9004970	9	3.3	9	90	0	51	23	0	3	73	0.98
9004941--9004979	18	2.2	18	85	0	51	20	2	10	66	1.33
9005070--9005109	21	1.9	21	94	0	71	47	0	10	42	1.37
9007570--9007603	17	2.0	17	88	11	52	50	0	8	41	1.34
9018576--9018635	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
9019851--9019883	14	2.4	14	100	0	66	15	0	6	78	0.93
9020107--9020255	76	2.0	75	86	2	210	37	17	10	34	1.83
9025979--9026015	13	2.6	15	87	8	51	56	2	0	40	1.13
9033188--9033259	31	2.3	32	80	2	83	41	12	15	30	1.84
9033201--9033268	31	2.3	30	80	10	77	39	13	16	30	1.86
9044118--9044157	20	2.0	20	85	4	55	32	0	0	67	0.91
9044125--9044159	16	2.3	15	90	5	52	28	0	0	71	0.86
9044630--9044663	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
9052618--9052662	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9054464--9054508	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
9059478--9059522	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
9060982--9061218	103	2.5	91	75	18	262	44	8	3	43	1.51
9063291--9063339	22	2.3	22	89	3	73	26	18	16	38	1.91
9063301--9063345	22	2.0	22	100	0	90	28	13	17	40	1.88
9064141--9064231	21	4.6	20	79	5	96	23	19	24	32	1.97
9064141--9064225	40	2.1	39	80	8	91	22	21	23	32	1.98
9064302--9064332	6	5.2	6	100	0	62	35	48	16	0	1.46
9064638--9064794	19	7.9	19	82	11	163	33	26	5	34	1.80
9064638--9064793	38	3.9	38	88	5	204	33	26	5	33	1.80
9064638--9064793	57	2.6	58	86	6	206	33	26	5	33	1.80
9073627--9073672	24	2.0	24	86	4	67	36	10	19	32	1.87
9075156--9075210	21	2.6	21	72	16	51	21	29	5	43	1.75
9078887--9078950	30	2.2	29	83	8	76	50	4	14	31	1.63
9081123--9081261	36	3.9	36	88	0	206	26	15	14	43	1.85
9081638--9081791	65	2.4	64	90	5	240	32	21	15	30	1.94
9090579--9090611	17	1.9	17	100	0	66	48	3	0	48	1.17
9093450--9093484	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
9094853--9094878	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
9095966--9096044	32	2.6	31	92	6	126	20	22	37	18	1.94
9096248--9096317	27	2.4	29	93	6	117	34	0	24	41	1.55
9096575--9096606	13	2.4	14	85	15	50	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9097508--9097577	27	2.4	30	93	6	119	41	24	0	34	1.55
9097780--9097858	32	2.6	31	88	6	108	20	35	22	21	1.96
9108364--9108423	30	2.0	30	100	0	120	16	13	26	43	1.85
9121387--9121482	40	2.4	40	83	10	115	44	1	2	52	1.19
9123439--9123546	41	2.6	41	95	0	189	22	13	9	54	1.67
9126148--9126189	9	4.4	9	85	8	57	26	2	0	71	0.98
9126149--9126184	3	11.7	3	88	5	54	27	0	0	72	0.85
9126148--9126181	16	2.1	16	94	0	59	26	0	0	73	0.83
9132639--9132792	81	1.9	81	94	0	272	31	26	11	29	1.92
9139848--9139961	20	5.9	20	70	18	80	63	3	1	31	1.22
9139832--9139935	41	2.5	41	72	9	104	61	4	1	31	1.28
9140306--9140379	21	3.5	23	71	14	61	36	20	21	21	1.95
9144446--9144527	30	2.7	30	80	14	98	48	2	14	34	1.57
9144847--9144889	20	2.2	19	83	4	50	46	4	6	41	1.51
9156023--9156062	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
9159921--9159960	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
9172520--9172607	44	2.0	44	100	0	176	45	11	11	31	1.76
9174468--9174522	20	2.8	20	91	0	92	27	34	27	10	1.90
9174485--9174521	10	3.7	10	86	13	58	24	37	27	10	1.88
9174506--9174590	33	2.6	33	83	7	104	28	27	34	10	1.90
9174636--9174693	29	2.0	29	93	0	98	13	31	31	24	1.94
9174697--9174780	33	2.5	33	90	0	123	8	36	27	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9174763--9174794	14	2.3	14	100	0	64	6	31	34	28	1.82
9190330--9190362	16	2.1	16	100	0	66	24	0	45	30	1.53
9190593--9190631	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
9190633--9190680	25	1.9	25	91	0	78	31	12	10	45	1.76
9194576--9194634	30	2.1	30	84	9	79	45	5	6	42	1.52
9194690--9194737	24	2.0	24	84	8	62	35	2	4	58	1.29
9196467--9196519	21	2.5	21	93	0	88	24	9	33	32	1.87
9196547--9196598	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
9196587--9196640	20	2.7	20	100	0	108	31	24	16	27	1.96
9196584--9196700	61	1.9	61	83	0	153	33	24	17	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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