genome.fa.s7926.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110332_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10075380

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   

This is table  4  of  42  ( 5024 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
678083--678122	20	2.0	20	100	0	80	10	30	15	45	1.78
679996--680044	21	2.3	21	92	0	80	18	16	20	44	1.86
680027--680088	21	3.0	21	87	0	97	19	19	12	48	1.81
680006--680088	42	2.0	42	85	0	112	20	18	14	46	1.83
684864--684890	14	1.9	14	100	0	54	44	7	0	48	1.31
685778--685816	16	2.3	17	91	8	62	35	15	0	48	1.45
685778--685817	17	2.3	18	83	12	57	35	15	0	50	1.44
688916--688964	15	3.3	15	97	0	89	6	65	20	8	1.41
689980--690036	30	1.9	30	88	0	87	19	21	42	17	1.90
690804--690868	31	2.1	31	91	0	103	16	36	21	24	1.94
700517--700560	22	2.0	23	95	4	81	50	11	18	20	1.77
716032--716065	17	2.0	17	88	0	50	47	2	50	0	1.16
717262--717286	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
722742--722832	20	4.9	20	68	20	72	34	5	15	45	1.69
722741--722888	53	2.8	52	95	3	271	33	5	13	47	1.65
722847--722886	20	2.0	20	95	0	71	37	5	12	45	1.64
727421--727565	20	8.0	20	66	20	77	34	5	13	46	1.66
727420--727569	53	2.9	52	95	3	266	33	6	12	48	1.66
734623--734663	23	1.9	20	85	14	55	36	21	7	34	1.82
735813--735848	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
736070--736254	84	2.2	84	83	0	226	23	17	25	32	1.97
736258--736336	33	2.4	34	86	2	106	29	5	20	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
736392--736608	37	6.1	36	78	10	225	38	13	19	27	1.90
736529--736608	36	2.2	37	93	2	135	35	13	21	30	1.92
736338--736603	140	1.9	139	88	3	394	39	14	19	26	1.90
736959--737165	110	1.9	110	85	0	288	22	18	24	34	1.96
742073--742105	7	4.6	7	96	3	57	0	0	72	27	0.85
742101--742130	15	1.9	16	93	6	53	16	0	40	43	1.48
742202--742236	13	2.6	14	86	9	54	65	0	0	34	0.93
742243--742280	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
746117--746193	31	2.5	30	75	8	84	40	9	1	49	1.43
749427--749491	31	2.1	31	91	0	103	32	9	9	49	1.66
749439--749497	31	1.9	31	96	0	109	30	6	8	54	1.57
749618--749666	19	2.5	18	83	12	53	53	2	2	42	1.24
749652--749723	26	2.7	27	76	12	76	54	0	4	41	1.20
749665--749738	26	2.9	24	78	9	69	54	0	4	41	1.19
750325--750418	42	2.2	42	83	3	109	20	19	21	39	1.93
753046--753095	18	2.8	18	93	0	91	24	34	26	16	1.95
759858--759931	18	3.9	18	86	10	103	27	29	24	18	1.98
759858--759935	39	2.0	39	94	0	138	28	28	24	19	1.98
760719--761097	192	2.0	190	96	1	704	37	21	4	37	1.74
762106--762155	20	2.5	20	87	9	68	26	26	20	28	1.99
762126--762266	63	2.2	62	81	7	160	24	24	18	32	1.97
763090--763155	31	2.3	28	76	18	82	21	22	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763511--763554	20	2.2	20	83	0	52	43	13	22	20	1.87
764090--764161	24	3.2	24	62	34	59	30	22	8	38	1.83
764047--764280	45	5.2	45	94	2	368	30	23	8	37	1.84
764352--764488	59	2.3	58	78	2	157	28	24	17	29	1.97
783068--783097	15	2.0	15	100	0	60	13	26	46	13	1.80
785397--785470	27	2.6	29	80	6	89	55	4	12	28	1.54
790394--790427	17	2.1	16	88	5	50	58	5	20	14	1.57
790765--790793	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
791366--791419	24	2.3	23	93	6	92	29	16	16	37	1.91
794137--794243	41	2.5	42	84	3	135	53	4	18	23	1.63
794169--794285	43	2.8	42	82	7	130	52	4	18	24	1.64
811950--811985	18	1.9	19	88	5	56	58	5	5	30	1.44
813873--814033	64	2.5	65	85	7	195	32	18	21	26	1.97
814524--814558	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
814891--814952	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
815497--815810	149	2.1	148	94	2	542	26	17	21	34	1.96
815778--815822	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
816947--817076	42	3.1	41	89	6	190	35	20	6	37	1.79
819738--819779	21	2.0	21	90	0	66	26	40	11	21	1.88
819783--819855	21	3.5	21	88	7	112	17	34	27	20	1.95
820378--820476	35	2.9	34	83	3	117	58	3	2	36	1.25
820376--820483	34	3.1	34	84	2	135	57	3	1	37	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820876--821481	128	4.7	128	96	0	1115	32	22	24	20	1.98
821562--821602	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
825452--825514	24	2.7	23	77	18	67	42	1	1	53	1.19
835505--835531	8	3.4	8	100	0	54	62	11	0	25	1.28
840889--841008	35	3.3	37	86	8	167	45	19	4	31	1.69
840940--841000	21	3.2	21	63	29	55	44	21	3	31	1.68
845459--845612	35	4.3	36	90	4	217	44	18	5	31	1.72
845510--845570	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
845477--845639	69	2.3	69	84	8	197	43	17	6	31	1.75
850417--850449	16	2.1	16	94	0	57	6	15	33	45	1.70
870596--870637	20	2.2	19	86	4	57	76	0	4	19	0.96
875810--876126	108	3.0	106	81	6	345	23	25	21	28	1.99
875810--876126	53	5.9	53	82	4	368	23	25	21	28	1.99
876549--876619	22	3.3	21	69	15	65	35	19	18	26	1.95
876672--876761	42	2.1	42	87	0	126	32	18	22	26	1.97
894755--894812	30	1.9	30	86	6	82	31	12	6	50	1.66
895436--895504	31	2.3	31	84	2	86	28	20	15	34	1.94
913224--913261	20	1.9	20	89	10	60	10	2	36	50	1.51
926030--926160	64	2.0	63	85	5	174	35	18	19	25	1.95
927519--927817	145	2.1	145	96	2	548	28	15	21	34	1.94
927794--927837	23	2.0	22	86	4	61	22	27	25	25	2.00
929391--929526	31	4.5	31	91	6	219	38	21	20	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
929391--929526	59	2.3	61	91	6	217	38	21	20	19	1.94
933675--933827	31	5.0	31	95	3	256	38	22	18	20	1.93
933675--933827	61	2.5	62	92	4	256	38	22	18	20	1.93
938047--938071	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
938587--938618	15	2.1	15	100	0	64	28	9	6	56	1.55
945844--945891	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
946281--946340	23	2.6	23	89	0	84	38	18	6	36	1.77
946730--946815	38	2.2	39	93	2	147	17	13	20	47	1.82
947072--947108	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
947350--947399	24	2.0	25	92	3	84	40	18	8	34	1.79
947617--947653	19	1.9	19	88	0	56	45	10	16	27	1.80
951212--951257	22	2.0	23	83	4	58	45	10	10	32	1.74
951492--951527	18	1.9	19	88	5	56	33	16	8	41	1.78
951858--951899	22	1.9	22	85	0	57	47	9	11	30	1.72
950665--952829	646	3.4	651	93	4	3775	36	13	11	38	1.82
954222--954292	3	24.0	3	75	2	63	25	35	5	33	1.79
954240--954304	30	2.2	30	88	0	94	21	35	9	33	1.85
955744--956106	194	1.9	195	91	6	612	30	15	16	36	1.91
956227--956275	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
958013--958075	31	2.0	31	87	3	90	22	47	0	30	1.51
958108--958172	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
960349--960394	20	2.3	20	86	13	69	17	17	10	54	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
960618--961037	217	1.9	212	87	9	620	38	7	7	45	1.62
966478--966523	23	2.0	23	83	8	58	30	15	0	54	1.41
973424--973464	20	2.0	22	85	9	59	58	2	0	39	1.11
980225--980282	20	3.0	20	75	12	66	44	25	0	29	1.54
982072--982145	27	2.7	27	82	2	76	37	17	17	27	1.92
989473--989527	20	2.8	20	97	0	101	32	3	30	32	1.75
996136--996174	21	1.9	20	84	5	51	46	0	0	53	1.00
996123--996203	35	2.4	33	81	6	90	45	0	2	51	1.14
996142--996213	15	4.5	15	69	17	56	45	0	1	52	1.09
1002159--1002196	15	2.6	15	95	4	69	26	15	42	15	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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