genome.fa.s7926.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110332_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10075380

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   

This is table  11  of  42  ( 5024 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2299578--2299625	25	1.9	25	87	8	71	64	4	0	31	1.12
2302791--2303409	84	7.4	83	80	2	538	26	17	22	32	1.96
2302791--2303391	168	3.6	167	80	2	695	26	17	22	33	1.96
2302733--2303394	252	2.6	252	83	2	792	27	17	22	33	1.96
2303414--2303631	121	1.8	121	88	0	337	25	17	24	31	1.97
2303798--2303907	43	2.5	44	82	4	143	23	14	30	30	1.94
2304205--2304328	64	1.9	64	90	3	196	31	12	20	35	1.90
2304582--2304654	32	2.3	32	85	0	92	32	23	16	27	1.96
2308488--2308537	22	2.4	20	83	6	55	56	6	12	26	1.58
2309029--2309054	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2315297--2315330	14	2.5	13	86	9	50	38	26	5	29	1.80
2316413--2316479	31	2.2	31	84	10	84	20	17	13	47	1.81
2318506--2318578	21	3.4	21	94	1	128	23	30	28	17	1.97
2318615--2318673	20	3.0	20	84	0	91	15	23	37	23	1.93
2318708--2318749	21	2.0	21	90	0	66	19	28	33	19	1.96
2318841--2318934	34	2.8	34	93	0	161	27	18	27	26	1.98
2319799--2319845	20	2.4	19	79	6	58	53	6	10	29	1.60
2321280--2321319	19	2.0	20	90	4	64	20	40	25	15	1.90
2325695--2325891	58	3.4	58	89	4	283	39	8	13	39	1.74
2325787--2325994	107	2.0	106	81	10	246	39	7	13	38	1.73
2326165--2326300	39	3.6	37	72	14	118	34	6	13	45	1.69
2328296--2328367	30	2.4	30	92	0	117	30	25	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2328354--2328600	31	7.9	30	77	18	229	30	19	19	30	1.96
2328387--2328600	63	3.4	63	98	0	401	30	19	18	31	1.96
2328355--2328571	94	2.3	94	81	10	250	30	19	19	29	1.97
2333431--2333502	30	2.4	30	92	0	117	30	25	20	23	1.99
2333489--2333739	31	8.0	30	76	17	235	30	19	19	31	1.96
2333542--2333722	32	5.7	31	78	13	208	30	18	18	32	1.95
2333522--2333739	63	3.5	63	96	0	409	30	18	18	32	1.95
2339804--2339830	6	4.5	6	100	0	54	29	51	0	18	1.46
2343281--2343318	18	2.1	18	95	0	67	55	10	5	28	1.56
2347920--2347987	34	2.0	35	94	2	120	17	29	30	22	1.97
2349001--2349094	23	4.0	24	72	14	88	21	24	24	29	1.99
2350734--2350798	22	3.0	22	93	0	103	27	26	29	16	1.97
2351525--2351578	2	26.5	2	96	3	99	50	0	1	48	1.11
2355648--2355735	23	3.8	23	72	14	90	18	23	26	31	1.97
2360264--2360328	22	2.9	22	84	11	78	29	23	16	30	1.96
2375710--2375761	22	2.5	22	79	17	67	59	23	11	5	1.53
2375849--2375875	14	1.9	14	100	0	54	66	18	7	7	1.40
2376065--2376115	14	3.6	14	89	0	75	60	13	5	19	1.53
2384585--2384623	18	2.2	18	95	4	71	64	2	0	33	1.08
2384585--2384650	27	2.7	23	78	21	64	68	1	0	30	0.99
2384663--2384712	10	5.0	10	85	0	64	42	0	30	28	1.56
2386080--2386128	25	2.0	25	91	0	80	38	18	22	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2386689--2386968	139	2.0	139	91	2	456	35	14	15	35	1.87
2390610--2390673	23	2.8	23	82	0	83	31	26	26	15	1.96
2391429--2391456	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2396015--2396180	81	2.0	81	92	0	278	16	30	21	32	1.95
2396326--2396391	28	2.4	28	97	0	123	27	19	24	28	1.99
2396354--2396668	55	5.7	55	78	1	312	26	23	21	27	1.99
2396402--2396559	28	5.8	26	66	16	88	29	25	19	24	1.98
2396354--2396668	110	2.9	108	86	4	409	26	23	21	27	1.99
2412639--2412671	16	2.0	17	88	5	50	72	0	3	24	0.98
2414330--2414426	33	2.9	33	78	1	104	45	4	7	43	1.50
2415462--2415568	38	2.8	38	88	2	162	47	1	6	43	1.40
2415462--2415605	70	1.9	71	84	13	184	47	2	5	43	1.41
2415618--2415649	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2415709--2415741	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2415930--2416000	18	3.9	19	72	22	62	50	1	1	46	1.18
2415924--2415986	2	33.5	2	75	12	62	49	0	1	49	1.10
2416417--2416452	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2416692--2416775	20	4.2	20	84	3	116	39	25	17	17	1.92
2416692--2416775	39	2.1	40	86	6	118	39	25	17	17	1.92
2419382--2419437	21	2.7	20	75	10	58	25	35	14	25	1.93
2419395--2419486	21	4.4	21	77	10	80	23	34	19	21	1.96
2420841--2420980	66	2.2	62	87	7	194	32	0	16	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2421293--2421379	39	2.2	39	93	0	147	17	13	19	49	1.79
2421690--2421726	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2422185--2422241	20	2.8	20	91	0	96	36	21	21	21	1.95
2422619--2422659	12	3.4	12	86	0	55	17	2	24	56	1.53
2422626--2422660	6	5.8	6	86	0	52	17	2	20	60	1.49
2425098--2425131	12	2.8	12	90	0	50	14	0	23	61	1.33
2425684--2425721	16	2.5	15	88	12	60	68	0	2	28	1.03
2425989--2426059	20	3.5	20	84	0	97	19	18	23	38	1.93
2426049--2426090	20	2.1	20	90	0	66	23	21	19	35	1.96
2425985--2426079	40	2.4	42	77	10	108	23	17	22	36	1.95
2426054--2426097	20	2.2	20	91	0	70	22	20	20	36	1.95
2429693--2429802	58	1.9	58	90	0	175	27	20	23	28	1.99
2429751--2429822	33	2.2	32	80	2	81	33	18	18	30	1.94
2442015--2442059	20	2.2	20	92	0	72	51	13	4	31	1.61
2442107--2442132	6	4.3	6	100	0	52	65	15	0	19	1.27
2444543--2444577	5	7.0	5	86	0	52	5	20	54	20	1.64
2444543--2444582	15	2.7	15	96	0	71	10	17	52	20	1.72
2449829--2449891	32	2.0	31	84	3	81	46	15	12	25	1.82
2451329--2451362	14	2.4	14	90	0	50	47	8	17	26	1.77
2451554--2451681	40	3.4	38	75	13	97	47	3	2	46	1.33
2451627--2451719	40	2.3	40	92	0	150	45	0	6	48	1.28
2451930--2451998	21	3.3	21	69	23	56	52	1	0	46	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452541--2452588	24	2.0	24	84	11	64	62	2	0	35	1.07
2452543--2452596	25	2.2	24	83	3	63	62	1	1	33	1.16
2453814--2453919	56	1.9	56	94	0	185	36	3	14	45	1.63
2453937--2454021	32	2.6	33	84	1	109	44	5	3	45	1.45
2453941--2454021	17	4.9	17	72	14	71	44	4	3	46	1.42
2455481--2455520	18	2.2	18	86	0	53	27	0	2	70	1.01
2456034--2456076	22	2.0	22	90	9	70	53	0	4	41	1.21
2460872--2460906	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2460987--2461051	18	3.7	18	89	2	96	35	7	29	27	1.85
2461411--2462031	266	2.4	253	86	8	835	41	20	12	26	1.87
2464587--2464671	44	1.9	44	90	0	134	35	20	16	28	1.94
2465182--2465335	77	2.0	77	100	0	308	36	3	23	36	1.73
2467600--2467634	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2468805--2468834	11	2.6	12	89	10	53	70	0	0	30	0.88
2468850--2468885	17	2.1	17	89	0	54	69	0	2	27	1.02
2469523--2469573	26	2.0	26	88	0	75	47	5	3	43	1.46
2473684--2473758	37	2.0	37	84	5	98	48	5	1	45	1.33
2473679--2473760	38	2.2	38	80	10	96	50	4	1	43	1.31
2474847--2474981	2	71.0	2	80	10	158	49	0	0	50	1.00
2475405--2475545	60	2.3	59	79	4	156	51	4	12	30	1.61
2481440--2481496	21	2.7	21	97	0	105	43	8	15	31	1.78
2484080--2484135	23	2.3	24	81	6	69	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490008--2490089	42	2.0	42	97	0	155	35	15	17	31	1.91
2494365--2494408	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2496221--2496331	24	4.3	24	72	18	71	55	7	1	35	1.38
2497025--2497050	12	2.2	12	100	0	52	50	0	7	42	1.31
2504539--2504589	22	2.4	21	87	9	68	5	27	0	66	1.14
2505648--2505674	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
2506671--2506714	19	2.3	19	88	0	61	31	4	2	61	1.28
2508134--2508182	6	7.8	6	88	6	53	22	2	0	75	0.90
2508137--2508177	3	13.3	3	84	5	55	26	0	0	73	0.84
2508298--2508327	13	2.3	13	94	0	51	30	0	0	70	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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