genome.fa.s7926.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110332_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10075380

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2510581--2510614	3	11.3	3	87	0	50	64	2	2	29	1.22
2520432--2520458	12	2.2	12	100	0	54	48	22	14	14	1.81
2523482--2523637	59	2.6	61	80	12	173	35	14	14	35	1.86
2530531--2530610	27	3.1	27	85	8	105	27	12	18	41	1.87
2530544--2530624	24	3.3	24	85	11	87	25	13	19	40	1.89
2532986--2533014	15	1.9	15	100	0	58	41	20	17	20	1.90
2533404--2533528	63	2.0	63	95	0	223	28	16	32	24	1.96
2534319--2534363	22	2.1	21	83	4	54	42	6	0	51	1.28
2544009--2544039	15	2.1	15	100	0	62	67	6	6	19	1.35
2544052--2544111	23	2.6	23	70	0	57	45	13	15	26	1.83
2545579--2546051	225	2.1	227	83	5	580	43	8	15	32	1.77
2553829--2553868	16	2.5	16	88	8	55	22	20	25	32	1.98
2556839--2557193	90	4.0	90	98	0	678	32	13	16	37	1.88
2562709--2562758	17	2.9	17	81	0	55	26	18	26	30	1.98
2564446--2564475	15	1.9	16	93	6	53	23	0	0	76	0.78
2567060--2567162	39	2.7	37	78	12	95	36	11	7	43	1.70
2574523--2574582	21	3.0	20	78	11	68	33	26	18	21	1.96
2574584--2574665	44	1.9	41	85	7	110	31	4	29	34	1.79
2574586--2574676	19	4.4	20	74	17	96	35	4	28	31	1.77
2574959--2574988	6	5.0	6	91	0	51	3	16	46	33	1.64
2576318--2576398	41	2.0	41	82	0	99	30	22	14	32	1.94
2576598--2576645	20	2.4	20	100	0	96	12	43	6	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2576557--2576682	60	2.1	60	86	0	171	11	39	11	38	1.76
2576618--2576699	40	2.0	40	83	4	103	9	36	12	41	1.76
2576557--2576682	20	6.3	20	74	3	92	11	39	11	38	1.76
2583866--2583923	3	19.7	3	79	10	66	63	0	5	31	1.16
2583867--2583938	9	8.2	8	76	13	54	66	1	4	27	1.18
2584225--2584335	40	2.7	42	80	9	138	24	21	31	22	1.98
2584672--2584768	36	2.7	35	82	7	99	39	13	18	28	1.89
2584853--2584901	19	2.6	19	96	0	89	36	14	22	26	1.92
2585259--2585442	28	6.2	28	70	22	103	44	13	14	28	1.83
2585259--2585376	28	4.2	27	77	16	107	46	12	13	27	1.79
2585329--2585491	63	2.5	65	82	9	199	44	12	14	28	1.82
2585579--2585796	105	2.2	97	80	13	230	40	13	16	29	1.87
2585608--2585810	105	1.9	105	89	5	313	41	11	14	32	1.81
2585825--2585933	38	2.9	36	81	6	119	35	13	18	32	1.90
2588117--2588198	26	3.4	26	69	19	86	40	9	25	24	1.86
2588105--2588198	46	2.1	45	89	2	143	37	9	26	26	1.87
2589598--2589659	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
2591365--2591396	16	2.0	16	93	0	55	50	9	0	40	1.35
2591365--2591402	20	1.9	20	94	0	67	47	10	2	39	1.52
2593415--2593472	3	19.7	3	79	10	66	63	0	5	31	1.16
2593416--2593486	9	8.2	8	76	16	54	67	1	4	26	1.17
2594028--2594101	20	3.7	20	92	0	121	24	25	10	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2595836--2596045	114	1.8	115	79	3	244	24	20	15	40	1.91
2597109--2597240	68	1.9	68	86	3	185	43	13	10	32	1.79
2597173--2597227	29	2.0	29	85	7	78	36	14	10	38	1.81
2612385--2612501	56	2.1	56	91	0	189	37	19	14	28	1.91
2616677--2616709	15	2.2	15	100	0	66	51	27	9	12	1.69
2620389--2620468	23	3.7	22	75	8	76	20	23	30	26	1.98
2628940--2629089	82	1.8	82	88	1	230	23	16	12	48	1.80
2631728--2631762	17	2.1	17	94	0	61	62	0	31	5	1.18
2652778--2652955	65	2.9	60	81	13	204	26	17	24	31	1.97
2652729--2652955	123	1.8	123	85	0	319	25	17	24	33	1.97
2658168--2658233	34	2.0	33	85	8	89	56	12	0	31	1.36
2663911--2663968	29	2.0	29	83	12	75	24	6	8	60	1.51
2671744--2671787	21	2.1	21	91	0	70	45	2	22	29	1.65
2672345--2672413	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
2676656--2676779	62	2.0	62	82	4	151	32	20	18	29	1.96
2676658--2676781	31	3.9	32	79	3	135	32	19	18	29	1.96
2676943--2676993	23	2.1	25	86	13	72	39	23	0	37	1.55
2679575--2679618	23	1.9	23	95	0	79	34	13	18	34	1.90
2679578--2679629	23	2.3	23	86	3	70	34	17	19	28	1.94
2681480--2681518	17	2.3	17	95	0	69	43	28	7	20	1.79
2683394--2683489	32	3.0	32	100	0	192	50	15	3	31	1.60
2684822--2684871	25	2.0	25	88	0	73	14	30	12	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2685372--2685725	191	1.9	191	89	1	557	35	14	8	41	1.77
2688909--2688943	2	18.0	2	88	5	54	51	0	0	48	1.00
2689224--2689329	20	5.2	20	82	6	106	31	25	18	24	1.98
2689848--2689928	19	4.5	19	73	16	73	46	24	17	11	1.80
2689924--2690055	39	3.6	38	79	13	139	12	21	20	45	1.83
2689924--2690055	19	7.1	19	80	11	157	12	21	20	45	1.83
2692057--2692179	42	2.9	42	77	9	108	22	34	17	24	1.96
2693406--2693463	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
2693614--2693650	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2695520--2695593	19	3.8	19	80	5	67	41	21	20	16	1.90
2695520--2695575	20	2.9	19	84	5	76	37	21	23	17	1.94
2695634--2695691	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
2695617--2695707	32	2.8	33	93	3	157	12	17	21	48	1.80
2695693--2695735	20	2.2	20	87	4	61	18	23	20	37	1.94
2695701--2695746	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
2696228--2696272	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
2697592--2697629	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
2697893--2697936	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2698124--2698217	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
2698104--2698218	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
2698207--2698299	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
2698146--2698280	41	3.3	41	82	4	139	19	21	20	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2698207--2698299	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
2699406--2699433	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2700931--2700972	20	2.1	20	86	8	59	66	0	16	16	1.25
2710859--2710886	14	2.0	14	100	0	56	21	35	0	42	1.53
2719773--2719856	5	16.8	5	87	0	87	23	67	8	0	1.17
2719773--2719856	10	8.4	10	90	0	105	23	67	8	0	1.17
2720204--2720255	17	3.2	16	81	10	52	34	3	13	48	1.61
2720227--2720272	17	2.7	17	89	0	65	30	2	17	50	1.58
2720966--2721001	17	2.1	17	100	0	72	22	27	16	33	1.95
2721014--2721390	196	1.9	198	85	3	528	38	5	7	48	1.57
2722008--2722055	25	1.9	25	91	0	78	60	2	0	37	1.09
2733619--2733723	52	2.0	52	98	0	201	21	8	15	54	1.68
2737139--2737613	106	4.5	106	90	1	711	22	18	24	34	1.96
2739165--2739639	106	4.5	106	89	0	700	22	18	24	34	1.96
2741189--2741663	106	4.5	106	90	0	709	22	18	24	34	1.96
2747442--2747522	34	2.3	36	80	6	85	39	11	20	28	1.87
2748027--2748496	106	4.4	106	89	1	674	22	17	24	35	1.95
2753745--2753784	3	12.3	3	89	10	53	67	0	0	32	0.91
2754908--2754943	18	1.9	19	88	5	56	63	5	5	25	1.38
2756284--2756508	53	4.2	53	89	1	317	20	26	21	31	1.98
2756547--2756812	42	6.4	42	77	8	231	30	21	21	26	1.99
2756520--2756757	122	2.0	121	87	0	341	28	21	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2765499--2765670	53	3.2	53	91	1	265	21	27	21	29	1.99
2765680--2765748	36	1.9	36	90	0	111	21	20	20	37	1.94
2765834--2765904	36	2.0	36	88	0	106	19	22	19	38	1.94
2765680--2765987	155	2.0	156	84	5	401	24	22	21	32	1.98
2765890--2765988	42	2.4	41	89	5	146	29	21	25	24	1.99
2766040--2766132	42	2.2	42	88	0	141	33	18	22	25	1.97
2765870--2766123	135	1.9	134	85	5	352	28	20	20	30	1.98
2766061--2766136	20	3.7	19	71	13	62	32	18	23	25	1.97
2766237--2766352	42	2.8	41	79	5	126	28	23	21	26	1.99
2772329--2772358	6	5.0	6	91	0	51	53	13	16	16	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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