genome.fa.s7926.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110332_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10075380

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   

This is table  34  of  42  ( 5024 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7582834--7582938	31	3.4	31	85	0	129	26	25	13	34	1.93
7584395--7584421	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
7585254--7585330	27	2.8	27	78	3	73	36	3	7	51	1.49
7588822--7588906	30	2.8	31	78	7	104	35	17	3	43	1.66
7593879--7593976	39	2.5	39	83	4	110	57	9	7	26	1.56
7596423--7596493	22	3.1	22	80	12	63	42	1	0	56	1.08
7596435--7596492	22	2.5	22	86	8	71	39	1	0	58	1.08
7596439--7596533	28	3.6	27	79	13	99	41	1	0	57	1.05
7609494--7610106	265	2.4	248	84	12	796	27	11	18	41	1.86
7613250--7613275	10	2.6	10	100	0	52	53	11	7	26	1.63
7616448--7616518	36	2.0	36	97	0	133	30	12	5	50	1.63
7619992--7620045	25	2.3	23	81	9	65	51	0	0	48	1.00
7619994--7620052	22	2.6	23	79	12	68	47	0	0	52	1.00
7620397--7620456	31	1.9	32	86	6	88	55	0	1	43	1.10
7622580--7622637	23	2.5	22	89	8	89	51	17	24	6	1.69
7635222--7635669	153	2.9	151	82	3	515	29	23	12	34	1.91
7636471--7636500	6	5.0	6	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7645235--7645276	21	2.0	20	86	9	57	45	2	0	52	1.13
7648261--7648476	64	3.4	62	85	5	281	20	19	26	33	1.97
7648137--7648348	105	2.0	105	90	0	334	20	19	26	33	1.97
7648304--7648482	64	2.8	64	93	0	295	19	20	25	34	1.96
7649582--7649609	12	2.3	12	100	0	56	0	0	7	92	0.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7660558--7660598	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
7662008--7662045	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
7662713--7662756	22	2.0	22	86	0	61	50	6	4	38	1.50
7667662--7667693	16	1.9	17	93	6	57	65	0	3	31	1.08
7667925--7667964	19	2.2	19	86	4	55	15	10	0	75	1.05
7669766--7669892	61	2.1	61	89	1	193	22	9	7	60	1.52
7674316--7674358	14	2.9	15	78	21	54	53	2	0	44	1.13
7674316--7674358	16	2.8	16	83	16	63	53	2	0	44	1.13
7680946--7681018	24	3.0	24	82	9	94	17	9	13	58	1.61
7681209--7681266	24	2.4	24	91	0	89	6	12	20	60	1.54
7682674--7682791	35	3.4	35	97	0	218	41	0	9	49	1.35
7686225--7686309	31	2.8	31	82	5	93	40	7	12	40	1.71
7689010--7689099	29	3.0	31	79	12	98	45	15	3	35	1.63
7699507--7699548	18	2.3	19	83	4	50	33	0	2	64	1.07
7702553--7702599	21	2.3	20	82	10	60	46	12	19	21	1.82
7702863--7703335	55	8.9	51	83	8	425	30	25	15	29	1.96
7702863--7703334	161	2.9	159	82	9	518	30	25	15	29	1.95
7704648--7704752	15	6.7	16	74	21	80	6	15	0	78	0.95
7704659--7704775	24	5.0	24	77	14	111	8	12	0	78	0.96
7704653--7704776	33	3.7	32	77	16	117	8	14	0	77	0.98
7704662--7704795	15	9.8	14	71	23	65	7	12	1	78	1.02
7704689--7704752	30	2.1	32	88	5	96	6	15	0	78	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7704709--7704776	30	2.2	32	82	15	81	8	14	0	76	1.01
7704689--7704790	46	2.2	45	81	15	111	7	12	1	77	1.06
7704648--7704784	71	1.9	72	84	8	183	8	13	0	77	1.03
7718444--7718568	31	4.0	32	75	7	103	30	18	19	32	1.95
7723040--7723068	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
7736384--7736444	21	3.0	20	86	11	88	19	39	26	14	1.90
7736384--7736444	20	3.0	20	88	9	88	19	39	26	14	1.90
7736543--7736593	21	2.4	21	100	0	102	37	41	7	13	1.74
7746478--7746519	19	2.3	19	95	4	77	23	28	11	35	1.91
7748157--7748199	20	2.2	20	86	0	59	53	9	0	37	1.33
7751951--7751994	23	1.9	23	100	0	88	27	20	22	29	1.99
7761164--7761194	16	1.9	16	93	0	53	54	22	3	19	1.58
7765078--7765421	175	2.0	175	89	2	530	29	20	10	39	1.86
7776082--7777493	712	2.0	709	99	0	2797	33	13	11	41	1.80
7781246--7781282	18	2.1	18	100	0	74	16	29	5	48	1.68
7784221--7785166	473	2.0	473	99	0	1883	36	15	19	28	1.92
7787787--7787826	20	2.0	20	85	0	53	30	30	22	17	1.97
7787853--7787889	19	1.9	19	88	0	56	24	35	29	10	1.89
7787894--7787920	14	1.9	14	100	0	54	81	0	18	0	0.69
7788526--7788570	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
7794616--7794658	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
7794685--7794722	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7794728--7794757	13	2.2	13	94	5	51	83	0	16	0	0.65
7794726--7794756	16	1.9	16	100	0	62	83	0	16	0	0.64
7795368--7795427	23	2.6	23	97	0	111	18	30	28	23	1.98
7802965--7803010	18	2.8	16	80	9	56	71	0	2	26	0.97
7804986--7805029	17	2.5	18	82	14	56	50	2	0	47	1.13
7807854--7807883	14	2.1	14	93	0	51	40	23	13	23	1.90
7816213--7816256	22	2.0	22	90	0	70	15	29	15	38	1.89
7818167--7818206	19	2.2	18	86	4	53	52	10	2	35	1.48
7818196--7818235	15	2.6	16	96	4	73	42	20	0	37	1.52
7829605--7829650	20	2.2	21	84	3	58	43	6	0	50	1.28
7829869--7829935	23	2.8	23	80	10	82	58	0	2	38	1.14
7830117--7830198	15	5.5	15	88	2	121	37	7	19	35	1.80
7830117--7830198	30	2.8	30	94	1	139	37	7	19	35	1.80
7830112--7830198	45	2.0	44	93	2	147	40	6	19	33	1.78
7830181--7830250	20	3.5	20	92	0	122	38	10	14	37	1.79
7830415--7830518	29	3.6	29	80	17	101	53	1	0	43	1.18
7830428--7830478	26	2.0	26	84	7	68	54	1	0	43	1.11
7830457--7830503	24	2.0	23	83	4	58	57	2	0	40	1.11
7830531--7830574	22	2.0	23	86	4	63	54	0	0	45	0.99
7830546--7830608	23	2.6	24	78	19	60	47	0	0	52	1.00
7830535--7830591	21	2.6	22	81	10	64	52	0	0	47	1.00
7830471--7830591	54	2.3	51	75	19	124	49	0	1	47	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7830780--7830899	42	2.9	42	96	0	222	43	19	21	15	1.88
7831224--7831282	31	1.9	31	85	0	82	57	5	5	32	1.42
7831935--7831996	16	4.1	15	90	10	99	35	0	0	64	0.94
7831945--7831989	9	5.4	9	75	20	53	35	0	0	64	0.94
7832526--7832598	38	1.9	38	83	5	94	45	4	10	39	1.59
7836295--7836319	8	3.1	8	100	0	50	0	0	52	48	1.00
7836369--7836431	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
7840383--7840445	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
7860509--7860546	16	2.3	17	86	9	60	44	5	2	47	1.39
7862366--7862396	15	2.0	16	93	6	55	58	0	3	38	1.15
7872313--7872364	2	27.5	2	88	11	83	48	0	0	51	1.00
7872313--7872364	13	3.9	14	87	12	83	48	0	0	51	1.00
7873396--7873443	24	2.0	24	84	4	62	37	2	4	56	1.30
7873568--7873723	20	7.8	20	72	5	82	39	25	16	18	1.92
7873729--7873952	39	5.8	40	88	8	259	34	26	17	21	1.95
7873690--7873952	20	13.5	20	84	6	245	36	26	17	19	1.94
7877100--7877286	19	10.7	19	77	18	201	44	18	21	15	1.86
7877086--7877280	52	3.8	49	86	10	259	45	18	21	14	1.85
7877100--7877248	71	2.1	70	91	6	239	46	18	20	14	1.84
7877086--7877248	33	4.7	34	81	14	199	46	18	21	14	1.84
7877295--7877392	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
7877276--7877392	53	2.2	53	96	1	218	13	24	17	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7877499--7877535	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
7879449--7879513	18	3.4	19	87	4	78	44	27	16	10	1.81
7879504--7879560	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
7879486--7879577	33	2.8	33	93	1	159	46	21	20	10	1.81
7879449--7879582	19	7.6	19	75	18	119	45	23	19	11	1.82
7879578--7879706	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
7879578--7879669	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
7879754--7880313	93	6.1	93	98	0	1072	45	19	12	21	1.83
7879754--7880313	185	3.0	186	98	1	1072	45	19	12	21	1.83
7882003--7882114	32	3.5	32	91	4	183	46	21	22	9	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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