genome.fa.s7957.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007957.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110384_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8646418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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This is table  1  of  43  ( 5063 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10124--10179	14	3.9	14	79	6	67	44	0	19	35	1.51
10408--10445	12	3.2	12	85	3	51	57	0	0	42	0.98
10510--10581	23	3.1	23	82	4	83	44	1	1	52	1.18
10587--10648	27	2.3	27	78	13	65	50	3	1	45	1.27
10900--10987	41	2.2	42	84	10	112	50	18	12	19	1.78
11177--11203	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
12828--12895	22	3.1	22	73	23	79	16	10	4	69	1.33
12810--12895	44	2.0	43	86	6	120	20	10	3	65	1.38
12828--12896	21	3.2	21	74	13	77	17	10	4	68	1.35
12828--12917	44	2.0	45	89	4	139	16	7	5	70	1.31
12892--12939	18	2.7	17	78	18	53	14	2	6	77	1.06
17403--17442	21	1.9	21	89	0	62	50	10	10	30	1.69
20488--20542	20	2.8	20	97	0	101	23	23	36	16	1.94
20581--20642	23	2.7	23	89	0	97	22	19	33	24	1.97
21532--21992	249	1.9	249	87	2	685	33	22	18	25	1.96
21837--22293	124	3.7	124	92	0	743	31	24	17	26	1.97
21966--22175	66	3.3	65	65	24	176	31	24	18	24	1.97
22363--22588	84	2.7	83	83	6	271	32	24	18	24	1.97
22740--22817	35	2.2	35	97	0	147	37	17	19	25	1.94
22978--23002	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
24707--24760	27	2.0	28	88	3	83	16	7	7	68	1.36
24680--24769	43	2.1	44	87	10	132	16	7	5	70	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30438--30467	15	2.0	15	93	0	51	16	43	26	13	1.85
38540--38763	73	3.0	72	71	19	163	50	11	11	26	1.73
38702--38824	61	2.0	61	88	0	183	46	13	13	26	1.80
39401--39466	2	33.0	2	100	0	132	50	0	50	0	1.00
40140--40204	26	2.6	24	87	4	94	15	18	44	21	1.86
40101--40204	50	2.1	50	83	3	129	15	16	43	25	1.87
40112--40198	24	3.5	24	77	10	95	17	19	41	21	1.90
40411--40440	15	1.9	16	93	6	53	63	0	0	36	0.95
40705--41021	115	2.8	115	88	1	449	33	16	21	28	1.95
40935--41069	48	2.8	48	88	0	207	31	17	22	27	1.97
40841--41196	163	2.2	163	93	0	595	32	16	23	26	1.96
41098--41234	48	2.8	50	85	4	181	32	17	21	27	1.96
41098--41234	50	2.8	48	84	4	152	32	17	21	27	1.96
44019--44061	23	2.0	22	86	13	63	23	2	9	65	1.34
44515--44905	195	2.0	195	97	0	737	35	4	11	47	1.62
48973--49001	12	2.3	13	94	5	51	31	17	3	48	1.64
51101--51147	2	23.5	2	95	0	85	48	0	2	48	1.13
52644--52677	17	2.0	18	88	11	54	47	2	29	20	1.65
53498--53641	36	4.0	36	77	4	130	39	21	18	20	1.92
53598--53893	116	2.6	116	88	3	427	35	20	18	25	1.95
53807--54152	37	9.1	37	71	10	223	35	22	18	23	1.96
53690--54047	153	2.3	153	94	0	626	35	22	18	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53844--54149	116	2.6	116	92	1	497	34	22	19	23	1.97
53542--54149	269	2.3	269	87	2	886	35	22	18	23	1.96
54076--54152	38	2.1	37	92	2	127	40	19	16	23	1.91
55439--55481	23	2.0	22	86	13	63	23	2	9	65	1.34
55662--55711	22	2.6	19	75	18	50	36	0	6	58	1.23
68066--68342	150	1.9	145	83	10	355	49	11	11	27	1.73
68064--68342	73	3.8	73	79	8	280	49	11	11	27	1.73
68921--68950	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
69584--69679	24	3.8	26	81	8	110	14	16	43	25	1.86
69592--69693	50	2.0	50	81	3	116	13	16	42	27	1.86
83068--83140	18	3.9	18	77	7	83	30	32	16	20	1.95
83870--83914	19	2.4	19	92	0	72	26	33	13	26	1.93
83938--83980	21	2.0	21	90	0	68	27	18	20	32	1.96
89764--89827	18	3.7	18	68	19	55	29	29	21	18	1.97
90037--90093	22	2.5	21	74	23	53	31	22	5	40	1.76
98016--98044	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
98334--98392	3	20.3	3	80	13	52	72	0	1	25	0.93
98333--98392	11	5.5	11	72	20	54	73	0	1	25	0.93
98337--98390	19	2.8	19	78	15	58	74	0	1	24	0.92
98333--98416	42	2.0	41	86	6	116	69	1	3	26	1.12
99882--100533	73	8.8	76	92	2	972	33	20	21	24	1.97
99882--100533	149	4.4	152	90	4	922	33	20	21	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100477--100818	179	1.9	179	91	6	561	38	14	16	30	1.89
101382--101434	22	2.4	22	93	0	97	41	13	11	33	1.80
102898--103277	189	2.0	191	97	1	728	23	23	16	35	1.95
108993--109075	43	1.9	44	82	2	105	39	20	10	28	1.86
111946--112012	2	33.5	2	100	0	134	50	0	0	49	1.00
112174--112231	13	4.5	13	86	0	71	29	13	20	36	1.91
117818--117880	14	4.9	13	77	16	60	58	0	0	41	0.98
117831--117882	24	2.1	25	89	3	79	63	0	0	36	0.95
122296--122399	49	2.1	49	96	1	192	25	33	1	39	1.67
124644--124700	20	2.9	20	72	10	55	19	24	26	29	1.98
128512--128551	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
140479--140540	13	4.9	13	76	13	58	59	0	0	40	0.97
143897--143944	23	2.1	23	84	0	60	25	41	18	14	1.88
144526--144558	12	2.8	12	95	0	57	30	15	15	39	1.88
144968--145000	10	3.4	10	87	8	50	21	6	18	54	1.64
147877--147916	19	2.0	20	85	4	55	35	0	7	57	1.27
149451--149498	19	2.5	20	86	3	62	52	6	10	31	1.60
149588--149614	14	1.9	14	100	0	54	44	7	0	48	1.31
150697--150736	20	2.0	20	90	4	64	37	0	7	55	1.29
165328--165410	21	3.9	21	69	12	53	30	25	19	25	1.98
165562--165612	21	2.5	20	90	6	75	29	23	7	39	1.83
165990--166041	22	2.5	21	75	9	54	26	30	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166091--166194	42	2.5	42	87	6	149	27	32	12	26	1.93
166093--166193	20	4.8	21	69	21	77	28	32	12	25	1.93
166188--167187	498	2.0	498	97	0	1874	36	24	6	32	1.81
173908--173958	21	2.5	20	83	6	57	29	23	9	37	1.87
174442--174514	20	3.5	20	76	7	74	30	28	12	28	1.93
174441--174534	42	2.2	42	83	3	118	28	28	14	27	1.96
178511--178581	32	2.2	32	92	0	115	36	26	7	29	1.83
181711--181737	14	1.9	14	100	0	54	14	18	14	51	1.76
201732--201775	21	2.1	21	86	0	61	22	22	22	31	1.98
204842--204890	24	2.0	24	88	0	71	44	10	12	32	1.75
213398--213453	21	2.5	22	81	15	64	46	1	0	51	1.11
213398--213456	22	2.7	21	78	17	59	47	1	0	50	1.11
213627--213672	24	2.0	24	82	4	58	52	2	2	43	1.25
213708--213778	29	2.3	33	85	9	96	47	4	0	47	1.21
213717--213786	14	5.0	14	72	5	52	52	4	0	42	1.20
213770--213828	28	2.1	29	87	9	86	49	0	1	49	1.11
222638--222714	32	2.4	31	78	4	82	36	18	15	29	1.92
222718--222815	44	2.2	44	88	0	151	28	36	15	19	1.92
223843--223882	21	1.9	21	89	0	62	22	50	12	15	1.77
223920--223952	7	4.6	7	96	3	57	42	3	12	42	1.57
225700--225743	23	1.9	23	95	0	79	25	11	11	52	1.70
230172--230210	17	2.3	17	100	0	78	12	23	46	17	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230152--230182	7	4.4	7	100	0	62	25	29	29	16	1.96
230208--230305	19	5.1	19	80	13	101	28	27	26	17	1.98
230206--230304	9	10.3	9	80	10	90	28	27	28	16	1.97
230207--230304	29	3.4	28	85	5	124	28	27	27	16	1.97
231078--231103	12	2.2	12	100	0	52	26	15	7	50	1.71
232245--232377	56	2.4	56	85	2	178	40	4	6	48	1.48
232245--232428	28	6.6	26	77	13	131	38	5	5	50	1.48
232339--232406	30	2.3	30	79	2	75	36	7	5	50	1.55
235702--235735	17	2.0	17	100	0	68	41	0	11	47	1.40
236290--236328	18	2.1	19	85	4	53	64	5	7	23	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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