genome.fa.s7957.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007957.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110384_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8646418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2190477--2190513	19	1.9	19	88	0	56	40	8	16	35	1.78
2193421--2193474	23	2.4	22	87	3	72	42	1	11	44	1.50
2193464--2193519	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
2196959--2196997	16	2.5	15	83	4	51	82	5	7	5	0.96
2200901--2201028	60	2.2	59	82	4	150	41	4	6	47	1.49
2208553--2208694	36	3.9	36	90	3	223	45	17	19	17	1.85
2208863--2208902	20	2.0	20	85	0	53	32	5	2	60	1.32
2210175--2210313	39	3.3	39	67	21	116	38	5	3	51	1.43
2210174--2210362	90	2.1	90	97	3	353	37	6	4	50	1.50
2213236--2213283	20	2.4	20	100	0	96	45	0	14	39	1.45
2217648--2217706	22	2.6	22	83	2	82	72	0	8	18	1.09
2218078--2218122	24	1.9	23	90	4	72	35	0	4	60	1.17
2218890--2218927	19	2.0	20	89	5	60	21	10	0	68	1.19
2218924--2218983	20	3.2	20	68	18	65	31	0	6	61	1.22
2218921--2218999	36	2.2	36	93	2	133	32	0	5	62	1.17
2227134--2227166	17	1.9	17	93	0	57	30	18	12	39	1.87
2236084--2236771	201	3.4	201	83	5	825	34	21	10	33	1.87
2237995--2238029	18	1.9	18	88	0	52	65	0	2	31	1.07
2239321--2239349	10	2.9	10	100	0	58	6	41	0	51	1.28
2242210--2242255	18	2.6	18	92	0	74	10	28	10	50	1.71
2248628--2248824	96	2.0	97	89	0	297	25	11	18	44	1.83
2251270--2251307	20	1.9	20	88	0	58	28	18	13	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2251771--2251806	11	3.2	11	92	4	54	58	0	30	11	1.33
2254376--2254425	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
2255303--2255379	2	40.5	2	81	14	92	49	1	1	48	1.17
2265803--2265850	24	2.0	24	100	0	96	33	29	4	33	1.77
2266192--2266250	29	2.2	26	76	21	68	25	11	8	54	1.65
2266320--2266374	28	1.9	29	88	3	85	21	5	20	52	1.66
2266347--2266408	22	3.0	20	75	11	70	27	4	16	51	1.64
2268339--2268386	23	2.1	23	88	0	69	41	8	16	33	1.78
2272458--2274270	200	9.1	198	87	3	1052	29	14	16	39	1.88
2272687--2274270	200	7.9	200	89	2	2008	28	14	16	40	1.87
2272958--2274270	399	3.3	398	92	1	2049	27	13	16	41	1.86
2272885--2274270	597	2.3	599	89	2	2079	27	14	16	41	1.87
2274455--2274506	24	2.2	24	82	6	61	51	11	3	32	1.56
2275844--2275881	12	3.2	12	92	0	58	26	31	2	39	1.70
2277045--2277088	15	2.9	15	80	12	63	27	4	47	20	1.69
2277440--2278325	199	4.4	199	87	3	1170	28	15	15	41	1.87
2278121--2278145	12	2.1	12	100	0	50	44	16	16	24	1.86
2277923--2278325	210	1.9	210	91	2	666	28	15	15	40	1.88
2278139--2278900	199	4.1	177	86	9	790	27	14	15	42	1.86
2277434--2278919	585	2.5	586	85	7	2007	28	14	15	41	1.86
2279298--2279335	19	2.0	19	94	0	67	57	10	2	28	1.45
2281502--2281556	24	2.5	21	76	21	58	50	5	1	41	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282818--2282879	19	3.3	19	97	0	115	33	14	1	50	1.53
2283310--2284333	182	5.6	182	86	3	1416	26	15	12	44	1.83
2283892--2283943	20	2.6	19	73	8	50	17	13	11	57	1.64
2283310--2284333	364	2.8	363	90	1	1568	26	15	12	44	1.83
2285155--2285199	20	2.3	19	81	7	54	42	4	2	51	1.34
2285418--2285480	33	1.9	33	83	0	81	25	4	3	66	1.26
2286271--2286307	19	1.9	19	94	0	65	54	10	2	32	1.49
2286782--2286845	27	2.3	28	94	2	112	42	12	6	39	1.68
2291351--2291427	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
2291304--2291427	63	2.0	63	82	6	153	25	29	28	16	1.97
2292296--2292333	7	5.4	7	96	0	67	26	26	28	18	1.98
2292330--2292404	5	13.8	5	73	15	60	9	21	49	20	1.76
2292357--2292405	17	2.9	17	96	0	89	10	20	48	20	1.78
2292323--2292387	22	3.0	22	93	0	112	10	20	47	21	1.80
2292426--2292500	29	2.5	31	89	8	120	29	26	26	17	1.97
2292426--2292500	9	7.8	9	80	11	69	29	26	26	17	1.97
2294122--2294340	83	2.6	83	76	5	226	36	20	11	31	1.88
2294089--2294350	83	3.1	82	74	5	213	34	19	13	32	1.91
2294728--2294871	72	2.0	72	100	0	288	30	11	15	43	1.81
2297047--2297099	22	2.5	22	75	9	56	37	13	13	35	1.83
2300306--2300353	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
2301747--2301810	21	3.0	21	88	0	92	20	40	25	14	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304117--2304177	23	2.7	22	87	2	86	22	31	26	19	1.98
2305724--2305763	18	2.2	18	91	8	64	45	22	32	0	1.53
2312408--2312442	17	2.0	18	88	5	54	54	2	0	42	1.15
2312445--2312534	19	4.7	19	70	21	73	54	3	1	41	1.24
2312425--2312537	56	2.0	55	98	1	217	54	3	0	40	1.23
2313837--2313919	28	2.8	30	78	8	91	40	9	10	38	1.73
2314036--2314097	32	1.9	32	83	0	79	43	9	6	40	1.63
2315229--2315287	29	2.0	29	96	0	109	47	13	13	25	1.79
2319911--2319969	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
2322829--2322880	23	2.3	23	86	0	68	42	7	17	32	1.77
2322907--2322954	23	2.1	23	84	7	62	37	10	18	33	1.85
2322793--2322954	87	1.9	87	92	0	270	43	11	14	30	1.81
2322976--2323471	198	2.5	198	82	5	556	29	15	16	38	1.89
2326185--2326231	20	2.3	20	78	7	60	14	21	14	48	1.80
2326159--2327109	362	2.6	362	89	3	1441	27	15	12	43	1.84
2326159--2327109	182	5.2	182	90	2	1425	27	15	12	43	1.84
2328112--2328158	13	3.5	14	75	18	55	42	6	2	48	1.40
2328313--2328347	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2328792--2328817	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2328853--2328907	12	4.3	12	83	6	65	40	5	5	49	1.49
2328879--2328920	15	2.9	15	89	3	59	38	7	4	50	1.51
2329042--2329139	9	11.4	9	67	24	52	36	5	5	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2329051--2329102	23	2.3	23	86	0	68	38	7	3	50	1.50
2328997--2329221	2	110.0	2	66	21	85	40	6	3	50	1.44
2329250--2329510	4	65.2	4	89	3	400	46	24	3	25	1.69
2331491--2331558	11	6.3	11	70	14	52	55	2	1	39	1.24
2331849--2331903	25	2.2	26	87	9	78	43	3	3	49	1.37
2331941--2331987	24	2.0	22	84	8	58	40	6	17	36	1.75
2332674--2332721	19	2.5	19	96	0	87	35	27	16	20	1.94
2334496--2334556	32	1.9	31	93	3	104	27	34	0	37	1.57
2336386--2336849	156	3.0	156	82	9	443	27	16	6	49	1.71
2337569--2337631	15	4.3	15	69	18	51	42	0	0	57	0.99
2337681--2337737	29	1.9	30	82	10	73	35	29	3	31	1.75
2338254--2338573	156	2.0	161	95	4	578	33	13	8	44	1.74
2349911--2349977	2	34.5	2	94	5	120	50	0	0	49	1.00
2352561--2352592	17	1.9	17	93	6	57	65	0	0	34	0.93
2378093--2378134	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2382219--2382304	29	3.0	28	81	8	84	40	9	6	43	1.64
2382530--2382566	17	2.2	17	100	0	74	35	13	5	45	1.66
2385430--2385568	36	3.9	36	93	1	235	42	17	15	24	1.88
2392989--2393163	36	4.9	36	92	0	287	41	16	16	26	1.88
2398369--2398531	60	2.7	60	76	8	172	33	19	4	42	1.72
2398647--2398791	60	2.5	58	88	2	200	40	3	20	35	1.70
2403316--2403363	17	2.7	18	84	12	64	16	0	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2403316--2403363	8	5.4	9	87	9	64	16	0	0	83	0.65
2403329--2403445	8	13.8	8	71	10	72	20	3	1	74	1.05
2406719--2406979	95	2.7	94	84	8	314	32	17	17	32	1.93
2408292--2408406	36	3.2	36	90	3	178	29	20	13	35	1.92
2408302--2408408	35	3.0	35	90	1	160	27	21	14	37	1.92
2408292--2408728	65	6.6	65	76	11	385	27	20	13	38	1.90
2408424--2408508	21	4.3	21	67	24	58	27	21	11	40	1.88
2408465--2408508	21	2.0	21	95	4	79	29	18	11	40	1.85
2408542--2408660	32	3.4	36	75	10	129	24	21	15	39	1.91
2408480--2408764	67	4.2	67	79	10	278	29	20	12	37	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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