genome.fa.s7957.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007957.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110384_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8646418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8031889--8031926	19	2.0	19	85	10	51	36	0	2	60	1.11
8032960--8033022	10	6.8	9	87	12	76	44	0	3	52	1.17
8032960--8033010	2	26.0	2	88	11	79	47	0	1	50	1.12
8033209--8033347	66	2.1	67	76	14	146	24	7	2	65	1.32
8033328--8033384	29	1.9	30	86	10	82	29	0	5	64	1.15
8033463--8033491	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8039899--8039948	21	2.4	21	100	0	100	38	8	10	44	1.68
8047447--8047473	14	1.9	14	100	0	54	40	22	14	22	1.90
8047840--8047921	43	1.9	43	84	0	110	31	31	14	21	1.94
8047960--8048159	110	1.8	110	83	0	265	33	21	19	26	1.97
8048983--8049033	2	26.0	2	88	4	68	45	1	0	52	1.12
8050115--8050144	2	15.0	2	92	0	51	46	3	0	50	1.18
8050428--8050470	14	2.9	15	93	3	70	11	69	11	6	1.35
8051350--8051414	29	2.2	29	89	5	96	30	3	3	63	1.25
8051358--8051417	23	2.6	22	79	12	68	30	1	3	65	1.19
8055581--8055637	2	29.0	2	96	3	107	0	49	0	50	1.00
8056027--8056065	5	8.4	5	83	16	57	79	0	0	20	0.73
8056028--8056065	9	4.2	9	100	0	76	78	0	0	21	0.74
8056619--8056726	53	2.0	53	96	0	198	28	16	5	49	1.68
8058839--8058884	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
8059333--8059359	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
8061085--8061124	15	2.7	15	88	0	62	37	0	22	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8068692--8068765	36	2.1	36	100	0	148	37	13	32	16	1.87
8069485--8069522	20	1.9	20	88	0	58	26	31	10	31	1.90
8069579--8069706	15	8.5	15	79	16	131	45	0	2	51	1.19
8069650--8069752	21	4.7	21	66	15	64	38	0	9	51	1.35
8069722--8069781	31	1.9	31	83	6	77	38	1	11	48	1.50
8069686--8070179	53	9.4	54	71	21	365	34	0	13	50	1.47
8069731--8069837	32	3.7	31	73	25	117	37	0	12	49	1.47
8069861--8069962	52	2.0	52	90	9	165	35	0	13	50	1.42
8069912--8069993	31	2.7	32	88	5	116	35	2	12	50	1.53
8069783--8070070	82	3.7	80	83	12	348	34	1	13	50	1.49
8069912--8070147	110	2.2	109	88	6	365	33	1	14	50	1.52
8070019--8070102	30	2.7	32	88	7	136	35	1	13	50	1.49
8069783--8070070	159	1.8	159	87	6	440	34	1	13	50	1.49
8070073--8070120	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
8070082--8070169	22	4.0	22	79	8	115	31	0	17	51	1.46
8073963--8074005	18	2.6	15	77	22	50	46	20	2	30	1.63
8082758--8082798	17	2.4	17	100	0	82	26	21	17	34	1.95
8085308--8085353	18	2.7	17	90	6	67	34	6	30	28	1.82
8086480--8086527	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
8086995--8087067	23	3.2	23	86	0	110	39	23	4	32	1.74
8087492--8087554	23	2.7	23	87	0	90	36	20	6	36	1.78
8086601--8088376	480	3.7	487	94	2	3140	39	10	7	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8087962--8088034	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
8090879--8092000	183	6.1	183	94	2	1943	33	16	14	35	1.89
8093211--8093316	12	8.8	12	88	0	122	21	33	7	37	1.82
8093210--8093299	6	15.0	6	84	0	90	23	33	6	36	1.81
8094780--8095962	200	5.9	200	94	0	2039	31	17	14	36	1.90
8096063--8096107	19	2.4	18	82	7	54	53	11	2	33	1.49
8096075--8096122	19	2.5	19	93	0	78	56	8	2	33	1.41
8096703--8096727	4	6.2	4	100	0	50	48	28	0	24	1.52
8097905--8097973	33	2.1	33	89	5	104	24	46	0	28	1.53
8098004--8098068	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
8100296--8100342	20	2.4	19	79	10	58	21	17	8	53	1.70
8100477--8100523	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
8100263--8100736	181	2.6	182	90	0	707	26	16	13	43	1.86
8101517--8101550	15	2.2	16	89	5	52	52	0	5	41	1.25
8107675--8107727	23	2.3	23	83	0	70	20	26	24	28	1.99
8108787--8108811	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
8111106--8111222	52	2.2	52	98	0	225	26	19	22	31	1.98
8111209--8111257	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
8111229--8111388	65	2.5	64	83	6	198	26	18	23	31	1.97
8113589--8113629	13	3.2	13	81	18	50	2	19	0	78	0.87
8114993--8115152	65	2.5	65	86	5	209	25	19	24	30	1.98
8114993--8115182	65	3.0	63	80	11	174	25	19	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8117380--8117485	45	2.3	45	83	4	124	30	19	20	29	1.97
8118295--8118411	52	2.2	52	98	0	225	26	19	22	31	1.98
8118398--8118446	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
8118418--8118577	65	2.5	64	83	6	198	26	18	23	31	1.97
8120776--8120818	16	2.7	16	86	10	61	2	20	0	76	0.89
8122185--8122344	65	2.5	65	86	5	209	25	19	24	30	1.98
8122185--8122374	65	3.0	63	81	11	192	25	18	24	31	1.98
8123437--8123480	21	2.1	21	82	0	52	31	15	43	9	1.79
8130536--8130652	52	2.2	52	98	0	225	25	18	23	32	1.97
8130658--8130763	45	2.3	45	82	4	115	29	19	19	31	1.97
8133002--8133043	15	2.7	16	86	13	61	2	21	0	76	0.90
8133006--8133042	19	1.9	19	94	0	65	2	24	0	72	0.97
8133602--8133789	94	2.0	94	100	0	376	34	9	22	34	1.87
8144129--8144172	23	1.9	23	100	0	88	50	4	0	45	1.22
8144131--8144185	23	2.4	23	87	6	76	50	5	1	41	1.36
8144643--8144738	47	2.0	47	94	4	167	55	22	12	9	1.66
8144657--8144755	23	4.4	22	71	14	67	53	20	15	11	1.71
8145033--8145100	19	3.6	18	70	21	50	44	1	5	48	1.36
8150364--8150673	157	2.0	158	92	0	523	39	14	7	39	1.74
8151157--8151295	45	3.1	45	86	2	192	30	18	5	44	1.73
8155194--8155697	252	2.0	253	99	0	992	32	20	12	33	1.90
8157166--8157398	123	1.9	122	84	4	317	30	26	27	16	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8160614--8160653	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
8160648--8160746	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
8160732--8160786	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
8161200--8161233	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
8161327--8161358	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
8164152--8164261	21	5.3	21	84	8	120	39	25	16	19	1.92
8164412--8164484	22	3.3	22	92	0	119	21	43	13	20	1.86
8164859--8164980	20	6.2	20	76	10	92	20	15	22	41	1.89
8164859--8164968	39	2.8	39	73	10	118	21	15	20	41	1.89
8167040--8167106	20	3.3	20	83	8	91	17	20	23	37	1.94
8167054--8167135	20	4.2	20	80	9	78	14	17	23	45	1.85
8167619--8167722	21	5.0	21	71	4	75	20	36	19	24	1.95
8167613--8167722	42	2.6	41	78	8	114	20	35	19	25	1.95
8169119--8169155	14	2.6	14	95	0	65	37	0	16	45	1.47
8169279--8169332	20	2.7	20	82	5	65	44	25	18	11	1.83
8169375--8169511	20	6.8	20	93	0	202	28	20	21	29	1.98
8169682--8169712	12	2.6	12	94	0	53	16	6	29	48	1.70
8171969--8172022	24	2.2	24	96	0	99	42	20	16	20	1.89
8171969--8172036	24	2.8	24	86	0	64	39	19	16	25	1.91
8172843--8172972	20	6.4	20	76	10	138	23	17	26	31	1.97
8172858--8172973	41	2.8	41	93	0	205	23	17	25	33	1.96
8173077--8173122	19	2.4	19	88	3	65	23	17	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8173086--8173124	19	2.1	19	95	0	69	23	15	28	33	1.95
8184102--8184434	165	2.0	167	96	3	620	26	18	14	41	1.88
8191816--8191861	3	16.0	3	77	8	51	34	0	2	63	1.07
8191824--8191861	11	3.4	11	92	3	58	34	0	0	65	0.93
8193241--8193434	30	6.5	29	73	14	128	20	11	8	59	1.58
8193273--8193405	59	2.2	60	79	12	150	20	10	9	60	1.56
8193386--8193450	29	2.2	29	86	8	87	16	10	9	63	1.52
8193394--8193463	30	2.4	29	85	2	86	18	14	8	58	1.61
8193449--8193506	30	1.9	30	83	13	75	24	13	6	55	1.63
8193540--8193609	30	2.3	30	83	9	81	15	11	14	58	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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