genome.fa.s7957.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007957.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110384_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8646418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8401592--8401684	28	3.2	29	79	10	91	51	2	9	36	1.47
8401735--8401781	21	2.2	21	96	3	85	68	0	0	31	0.90
8403634--8403665	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8405740--8405830	5	17.6	5	86	6	128	57	0	1	41	1.06
8406323--8406373	19	2.5	20	78	9	50	62	3	3	29	1.31
8415330--8415420	46	2.0	46	91	0	146	24	25	16	34	1.95
8416270--8416313	23	1.9	23	86	9	63	72	4	2	20	1.13
8419720--8419804	30	2.8	31	75	18	90	44	10	21	23	1.83
8419731--8419826	29	3.3	29	77	13	99	44	10	18	26	1.82
8419731--8419844	29	3.9	29	72	14	92	43	10	20	25	1.83
8420292--8420318	9	3.0	9	100	0	54	77	0	0	22	0.76
8421018--8421102	37	2.3	37	80	10	93	16	9	43	30	1.79
8422204--8422296	33	2.6	36	80	15	111	17	24	13	44	1.85
8422132--8422428	139	2.1	138	86	1	398	21	23	15	38	1.92
8422408--8422862	116	3.9	116	81	5	503	22	19	16	41	1.89
8423601--8423763	57	2.8	59	81	3	195	42	14	9	33	1.79
8423777--8423961	66	3.0	59	71	13	165	39	16	9	34	1.81
8426146--8426218	10	7.0	10	72	9	56	2	17	1	78	0.95
8426149--8426218	20	3.4	19	78	18	68	2	18	1	77	0.97
8426166--8426218	24	2.4	23	79	14	58	3	18	1	75	1.05
8428386--8428428	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
8433332--8433374	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8436413--8436494	30	2.7	30	80	15	98	46	8	19	25	1.78
8436425--8436505	30	2.8	30	82	14	82	44	9	19	25	1.82
8436452--8436516	30	2.2	30	81	10	71	46	7	18	27	1.76
8436910--8436945	16	2.1	17	90	10	56	66	0	8	25	1.19
8439316--8439347	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8439554--8439616	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
8442215--8442757	270	2.0	270	99	0	1070	26	23	25	24	2.00
8443625--8443654	11	2.8	11	95	5	53	46	0	0	53	1.00
8446308--8446339	16	2.0	17	88	11	50	50	6	3	40	1.43
8451241--8451291	19	2.6	19	82	11	59	25	0	1	72	0.95
8455108--8455174	19	3.6	19	94	6	111	23	28	16	31	1.96
8461033--8461113	24	3.6	22	77	14	85	24	25	20	28	1.99
8461012--8461135	44	2.8	42	78	8	131	28	27	19	25	1.99
8462426--8462471	8	5.9	8	75	14	51	23	28	19	28	1.98
8463883--8463966	32	2.7	30	73	8	87	40	9	22	27	1.85
8464200--8464271	28	2.6	28	93	0	108	19	15	27	37	1.92
8471593--8471622	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8472800--8472831	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8476916--8476967	23	2.4	20	81	15	59	48	0	5	46	1.26
8476936--8477071	35	3.8	37	75	16	124	43	5	8	42	1.58
8476878--8477008	58	2.2	59	85	6	169	43	3	9	43	1.54
8476995--8477021	13	2.1	13	100	0	54	44	7	7	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8476827--8477024	94	2.1	95	79	11	210	44	4	8	42	1.53
8477043--8477097	25	2.2	25	86	3	74	40	3	7	49	1.48
8477083--8477253	24	6.6	26	73	18	110	35	1	1	61	1.14
8477104--8477251	34	4.2	34	78	15	151	35	1	1	61	1.13
8477306--8477377	31	2.3	31	97	0	135	25	30	27	16	1.97
8478739--8478913	46	3.6	48	80	11	146	28	7	0	64	1.25
8478762--8478913	46	3.3	45	83	9	184	28	5	0	65	1.21
8479395--8479439	20	2.2	21	84	7	58	48	0	4	46	1.22
8482468--8482535	33	2.2	32	81	7	77	42	0	1	55	1.08
8482496--8482559	30	2.2	28	83	5	74	40	0	0	59	0.97
8484333--8484384	21	2.5	21	83	0	77	17	28	25	28	1.97
8484890--8484962	34	2.1	34	92	0	119	49	6	6	36	1.56
8485070--8485100	14	2.2	14	100	0	62	58	16	0	25	1.38
8485167--8485293	63	2.0	63	92	0	209	37	22	0	40	1.60
8485345--8486104	138	5.5	137	92	2	1218	32	22	21	23	1.98
8486124--8486291	86	2.0	86	90	0	264	35	23	23	17	1.95
8489393--8489434	15	2.8	16	85	10	61	47	0	0	52	1.00
8495678--8495726	19	2.4	20	76	13	55	59	2	10	28	1.41
8497220--8497281	16	3.8	16	95	2	106	35	37	8	19	1.81
8501266--8501304	20	2.0	20	89	0	60	17	7	23	51	1.71
8501333--8501467	45	3.0	45	91	1	209	38	6	22	32	1.80
8501790--8501829	21	1.9	21	84	0	53	40	2	15	42	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8509702--8509800	10	10.3	9	77	12	81	16	27	27	29	1.97
8509703--8509800	19	5.1	19	78	14	78	15	27	27	29	1.96
8509701--8509800	29	3.4	30	83	9	118	17	27	27	29	1.97
8509797--8509876	5	14.8	5	75	14	70	18	51	21	8	1.73
8509797--8509882	22	3.9	22	96	0	163	18	48	22	10	1.78
8509873--8509910	7	5.4	7	90	0	58	18	26	26	28	1.98
8513698--8513732	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
8515012--8515068	8	7.5	8	74	22	52	21	26	36	15	1.93
8515012--8515068	15	3.8	15	84	9	64	21	26	36	15	1.93
8515029--8515117	13	6.3	13	74	14	61	19	20	42	17	1.89
8515051--8515088	18	2.1	18	95	0	67	10	21	50	18	1.76
8515044--8515103	31	1.9	31	86	6	86	16	18	45	20	1.86
8515107--8515131	5	5.0	5	100	0	50	0	20	60	20	1.37
8519257--8519418	64	2.5	63	78	5	164	33	19	21	25	1.97
8520251--8520356	31	3.4	31	78	11	108	30	17	17	33	1.94
8523321--8523347	10	2.7	10	100	0	54	0	37	0	62	0.95
8524870--8524993	31	4.0	31	78	5	124	29	17	20	32	1.96
8524870--8524993	63	2.0	62	85	4	169	29	17	20	32	1.96
8524869--8525007	31	4.5	31	78	5	111	26	17	21	33	1.96
8524922--8525019	31	3.2	31	81	4	83	24	18	24	32	1.97
8527229--8527285	18	3.0	21	70	19	61	45	0	0	54	0.99
8529450--8529474	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8537466--8537492	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8537916--8537982	2	33.5	2	100	0	134	49	0	0	50	1.00
8538487--8538536	20	2.5	20	78	15	59	42	2	8	48	1.44
8539212--8539322	39	2.8	39	76	12	111	35	18	1	44	1.61
8539471--8539542	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
8540146--8540587	112	3.9	112	93	1	733	47	13	14	24	1.81
8540146--8540587	225	2.0	224	92	1	742	47	13	14	24	1.81
8540480--8540732	137	1.8	137	91	1	418	44	14	16	24	1.85
8542355--8542454	50	2.0	50	86	0	137	26	15	15	44	1.85
8546761--8546834	21	3.4	21	76	10	85	14	10	12	62	1.55
8547865--8547897	13	2.5	13	95	0	57	18	39	24	18	1.92
8549181--8549219	19	2.1	19	86	13	55	30	5	5	58	1.41
8553235--8553304	35	2.0	35	86	5	97	28	15	27	28	1.96
8554207--8554264	21	2.8	21	86	0	89	20	18	29	31	1.97
8555162--8555218	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
8556074--8556202	63	2.0	65	90	3	208	25	19	18	36	1.94
8563476--8563862	186	2.1	186	93	0	650	43	3	8	44	1.52
8565614--8565838	121	1.9	119	83	1	297	37	10	16	35	1.83
8572668--8572770	19	5.4	19	83	0	125	39	5	14	39	1.70
8572668--8572770	38	2.7	38	89	0	161	39	5	14	39	1.70
8576212--8576287	35	2.2	35	85	4	100	43	21	0	35	1.53
8577344--8577455	35	3.2	34	90	6	163	35	0	21	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8599832--8599870	15	2.7	15	88	4	53	20	15	12	51	1.76
8603071--8603101	16	2.0	15	93	6	53	83	0	16	0	0.64
8608108--8608229	22	5.6	22	92	0	201	33	14	13	37	1.86
8608656--8609066	112	3.7	112	92	0	642	38	14	19	27	1.91
8612241--8612275	18	1.9	18	94	0	61	20	22	31	25	1.98
8614115--8614233	40	3.0	40	87	0	157	26	18	16	37	1.92
8614797--8614832	18	2.0	18	89	10	56	27	2	2	66	1.19
8622547--8622594	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
8623322--8623358	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
8623562--8623626	23	2.8	23	90	0	94	38	18	7	35	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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