genome.fa.s7957.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007957.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110384_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8646418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2077440--2077473	12	2.8	12	86	0	50	38	2	2	55	1.30
2077582--2077645	19	3.3	19	91	2	101	39	1	35	23	1.64
2077582--2077655	38	1.9	38	83	5	96	40	1	32	25	1.64
2078072--2078110	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2078009--2078217	65	3.2	63	83	7	215	29	26	17	27	1.97
2078009--2078238	64	3.6	64	80	6	216	28	26	17	26	1.98
2085487--2085536	18	2.7	19	82	11	61	24	36	16	24	1.94
2085436--2085643	64	3.2	64	79	9	201	29	26	17	26	1.97
2086479--2086565	7	12.4	7	77	9	61	51	28	0	19	1.47
2086479--2086565	14	6.2	14	74	15	72	51	28	0	19	1.47
2086476--2086559	21	4.1	20	77	10	89	53	26	0	20	1.46
2086572--2086637	20	3.3	21	76	16	68	50	10	1	37	1.47
2086811--2086839	11	2.6	11	100	0	58	41	0	6	51	1.28
2086864--2086996	18	7.0	18	72	18	74	45	3	5	46	1.41
2086914--2087019	13	7.8	13	72	18	74	43	2	3	50	1.35
2086821--2086996	97	1.8	97	88	4	275	44	3	4	46	1.42
2086957--2087024	17	4.1	17	73	21	63	44	0	2	52	1.16
2086757--2087024	13	20.0	13	64	24	64	44	4	3	47	1.40
2087918--2087958	19	2.1	20	82	13	50	29	2	2	65	1.18
2090447--2090497	20	2.5	20	100	0	102	27	21	15	35	1.94
2093941--2093998	20	2.7	20	81	10	62	32	18	20	27	1.97
2094894--2094982	18	4.9	18	93	2	144	19	24	33	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2094894--2094982	36	2.5	36	94	0	160	19	24	33	22	1.97
2096596--2096962	131	2.8	131	85	2	479	40	15	10	33	1.82
2097560--2097628	29	2.5	26	82	17	77	65	5	8	20	1.41
2097803--2098015	106	2.0	106	84	7	281	46	19	12	21	1.83
2099506--2099662	20	7.8	20	73	6	93	38	25	17	19	1.93
2099506--2099662	41	3.9	41	70	11	126	38	25	17	19	1.93
2099649--2099822	20	8.6	20	79	5	118	34	25	20	20	1.96
2099629--2099823	40	4.9	39	80	3	183	35	24	20	19	1.95
2099629--2099822	60	3.2	60	83	0	244	35	24	20	19	1.95
2100183--2100253	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
2100332--2100409	41	1.9	41	97	0	147	44	16	25	12	1.83
2100333--2100408	21	3.7	21	83	3	109	46	17	25	11	1.82
2100393--2100449	14	3.7	14	75	20	60	43	21	24	10	1.83
2100388--2100452	33	2.0	33	96	0	121	44	20	24	10	1.83
2100391--2100465	33	2.3	33	90	0	114	46	22	21	9	1.79
2100461--2100558	19	5.7	19	70	22	90	10	23	22	43	1.83
2100483--2100572	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
2100466--2100580	33	3.5	33	97	0	221	9	23	20	46	1.80
2102277--2102650	185	2.0	184	98	0	721	22	12	18	45	1.84
2102277--2102638	92	3.9	92	98	0	706	21	13	18	46	1.83
2102698--2102826	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
2102734--2102826	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2102698--2102826	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
2102822--2102942	19	6.6	19	80	10	135	11	19	23	45	1.83
2104863--2104898	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2105005--2105102	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
2105005--2105120	53	2.2	53	96	1	216	43	18	24	12	1.85
2105127--2105450	33	9.5	33	75	15	227	13	21	18	46	1.83
2105127--2105384	52	4.9	52	94	2	430	13	22	17	46	1.84
2105149--2105422	52	5.2	52	90	5	200	13	21	17	46	1.83
2105149--2105458	52	5.9	52	88	3	186	13	20	18	46	1.83
2105221--2105450	85	2.7	85	96	1	417	13	20	19	46	1.83
2107725--2107749	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2107924--2107970	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2108652--2108861	20	10.5	20	81	4	190	19	18	24	37	1.94
2108828--2108924	20	4.8	20	75	3	86	21	21	20	36	1.96
2109457--2109528	37	1.9	38	85	2	101	34	16	11	37	1.84
2115663--2115698	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2119659--2119998	41	8.2	41	83	2	360	25	17	20	36	1.94
2119781--2119923	43	3.4	43	88	3	193	20	14	23	40	1.90
2119698--2119998	168	1.8	165	84	3	415	23	17	21	36	1.94
2121275--2121307	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2123870--2124085	43	5.1	42	82	6	231	25	24	18	31	1.98
2123870--2124090	86	2.6	82	83	6	273	24	23	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2124149--2124209	21	2.9	21	92	0	95	18	27	18	36	1.94
2124150--2124217	21	3.2	21	89	0	73	17	26	17	38	1.92
2125726--2125804	23	3.4	23	81	6	88	27	8	20	43	1.81
2125726--2125805	24	3.4	24	82	5	76	27	8	20	43	1.81
2130443--2130472	15	2.0	15	93	0	51	20	13	23	43	1.86
2140683--2140718	17	2.3	15	90	9	54	77	0	2	19	0.88
2140762--2140797	19	1.9	19	94	5	65	66	0	0	33	0.92
2140743--2140814	23	3.0	23	76	20	67	68	2	1	27	1.12
2141840--2141872	16	2.0	17	88	5	50	42	3	6	48	1.43
2142592--2142629	20	1.9	20	88	0	58	26	7	2	63	1.35
2142612--2142659	21	2.6	17	75	25	53	20	8	0	70	1.12
2142931--2142988	21	2.7	21	91	2	98	15	22	17	44	1.86
2142928--2142998	21	3.4	21	84	3	81	19	23	18	38	1.93
2143059--2143131	20	3.7	20	87	7	103	27	26	19	27	1.99
2143028--2143151	41	3.0	40	77	6	142	33	24	16	25	1.96
2143318--2143361	22	2.0	22	95	0	79	22	45	11	20	1.83
2143623--2143681	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
2144953--2145000	18	2.7	18	90	0	78	27	43	12	16	1.84
2145535--2145601	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2145590--2145648	14	3.9	14	76	20	64	49	23	16	10	1.77
2145574--2145664	33	2.8	33	98	0	173	47	21	18	12	1.81
2145574--2145664	19	5.3	18	70	24	81	47	21	18	12	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2145663--2145734	20	3.7	19	85	5	90	13	25	22	38	1.91
2145724--2145762	20	2.0	20	89	0	60	28	12	25	33	1.93
2146101--2146161	21	3.0	20	73	7	68	24	42	11	21	1.86
2146101--2146188	41	2.1	42	87	2	124	25	40	12	21	1.88
2146101--2146218	42	2.8	41	83	2	128	24	38	15	21	1.92
2147599--2147637	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
2147777--2147841	19	3.7	19	84	15	95	46	18	21	13	1.84
2147848--2147941	20	4.7	20	94	0	152	15	22	23	38	1.93
2150223--2150247	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2150422--2150475	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
2151221--2151328	20	5.4	20	94	0	171	26	20	28	24	1.99
2151296--2151373	41	1.9	41	91	0	129	20	17	24	37	1.94
2151216--2151369	20	7.7	20	86	4	166	25	19	25	29	1.99
2151296--2151391	41	2.3	41	85	3	122	21	19	22	35	1.96
2151404--2151481	21	3.8	20	70	13	68	37	16	23	23	1.94
2156176--2156234	25	2.4	25	80	11	68	79	3	13	3	0.98
2156170--2156233	18	3.6	18	81	6	67	79	4	12	3	1.00
2156835--2156911	22	3.5	22	84	7	111	41	24	10	23	1.85
2157656--2157789	37	3.7	35	78	11	135	27	19	13	39	1.89
2157794--2159261	106	13.8	106	91	0	2281	33	25	18	22	1.96
2160579--2160616	20	1.9	20	88	0	58	26	7	2	63	1.35
2160563--2160646	37	2.3	35	79	6	87	22	8	1	67	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164443--2164482	18	2.3	18	86	4	55	22	0	2	75	0.93
2165079--2165108	15	1.9	16	93	6	53	70	6	0	23	1.11
2165675--2165733	20	3.0	20	82	9	68	45	13	1	38	1.54
2173726--2173778	25	2.1	25	92	0	88	39	18	11	30	1.86
2178442--2178474	13	2.5	13	90	9	50	24	27	9	39	1.85
2180752--2180860	24	4.5	24	72	0	101	47	16	11	24	1.79
2180754--2180862	48	2.3	48	78	0	128	47	16	11	23	1.80
2183396--2183422	13	2.1	13	100	0	54	22	22	40	14	1.90
2185487--2185532	24	1.9	24	86	8	67	54	15	2	28	1.53
2188131--2188184	13	4.4	13	77	13	51	14	24	42	18	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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