genome.fa.s7957.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007957.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110384_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8646418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1928494--1928522	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
1928681--1928754	26	2.8	26	74	11	62	70	4	4	21	1.21
1928800--1928855	15	3.9	14	75	13	51	78	0	5	16	0.92
1928873--1928906	18	1.9	17	88	5	50	85	0	5	8	0.75
1928923--1928947	10	2.5	10	100	0	50	80	12	0	8	0.92
1932234--1932352	31	3.8	30	70	10	96	31	23	21	22	1.98
1932230--1932354	62	2.0	62	92	0	205	32	24	21	22	1.98
1933625--1933655	16	1.9	16	93	0	53	64	6	6	22	1.40
1936532--1936835	147	2.1	149	98	1	585	25	15	16	42	1.87
1938768--1938805	2	19.5	2	94	5	69	0	50	0	50	1.00
1938805--1938864	2	30.5	2	96	3	113	48	0	0	51	1.00
1939095--1939251	29	5.3	29	65	15	88	34	23	3	38	1.71
1939087--1939251	60	2.8	60	86	3	235	35	22	3	38	1.72
1941621--1941646	9	2.9	9	100	0	52	57	0	7	34	1.27
1951209--1951307	51	1.9	52	97	2	191	37	17	10	35	1.83
1951955--1952008	27	2.0	27	92	0	90	37	18	16	27	1.93
1953122--1953159	13	2.9	13	88	7	51	68	0	0	31	0.90
1953599--1953724	4	29.0	4	69	19	58	64	2	3	29	1.24
1953603--1953644	22	1.9	22	95	0	75	66	2	0	30	1.04
1953599--1953698	26	3.6	26	74	18	85	63	2	4	31	1.24
1955213--1955261	8	6.2	8	97	2	91	0	24	0	75	0.80
1955454--1955590	8	17.2	8	91	1	123	43	1	5	49	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1955456--1955578	2	62.0	2	91	1	203	46	0	2	50	1.20
1959791--1960070	54	5.2	54	83	1	310	31	17	17	33	1.93
1965647--1965910	54	4.9	54	84	4	286	32	17	18	32	1.94
1970981--1971112	59	2.2	60	80	9	146	26	27	25	20	1.99
1971532--1971576	13	3.5	13	90	0	63	46	11	2	40	1.52
1975509--1975671	45	3.6	44	82	8	195	37	11	14	36	1.82
1975524--1975693	45	3.8	45	83	3	175	37	11	14	37	1.81
1975930--1976415	58	8.4	58	79	7	490	35	8	14	41	1.75
1975930--1976381	117	3.9	114	81	8	454	35	8	14	41	1.77
1975932--1976472	116	4.7	117	77	10	337	35	8	14	41	1.76
1976204--1976472	117	2.3	117	83	7	318	36	7	14	41	1.74
1976385--1976607	96	2.3	95	83	4	270	38	7	14	40	1.73
1976536--1976647	39	2.9	38	81	4	127	35	5	15	43	1.69
1976440--1976719	130	2.1	133	84	6	356	36	7	13	42	1.72
1979261--1979299	19	2.2	17	86	9	51	28	2	0	69	1.02
1984091--1984133	22	1.9	23	90	4	70	30	18	27	23	1.98
1995210--1995248	21	1.9	20	84	5	51	28	15	20	35	1.93
1997085--1997115	6	5.2	6	92	0	53	19	0	19	61	1.35
1997315--1997345	16	1.9	16	100	0	62	38	12	0	48	1.42
1997957--1998268	45	6.9	46	82	9	281	27	21	10	40	1.86
1997957--1998179	45	4.9	45	88	3	315	28	21	12	37	1.90
1997957--1998175	89	2.4	90	87	6	318	28	21	12	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1998154--1998342	45	4.2	45	88	0	261	25	20	6	47	1.74
1998351--1999081	81	9.1	81	87	1	1033	31	20	12	36	1.89
1998351--1999081	321	2.3	322	89	2	1105	31	20	12	36	1.89
2000244--2000351	45	2.4	47	81	7	116	44	5	25	25	1.75
2004545--2004856	135	2.3	135	80	6	319	27	20	8	44	1.79
2004571--2004856	45	6.3	45	85	2	288	27	19	7	45	1.78
2004865--2005429	81	7.0	81	90	1	882	30	21	12	35	1.91
2006433--2006503	20	3.0	26	64	23	73	36	23	5	33	1.79
2006497--2006698	99	2.0	99	100	0	404	35	21	3	39	1.72
2007294--2007357	21	3.0	21	73	13	67	43	18	6	31	1.75
2011358--2011432	37	2.1	37	94	2	134	41	14	10	33	1.81
2016628--2016671	21	2.1	21	100	0	88	31	13	27	27	1.94
2022387--2022448	26	2.4	26	86	2	90	22	32	24	20	1.98
2023709--2023738	16	1.9	15	93	6	51	66	3	13	16	1.37
2024548--2024867	131	2.4	131	85	1	399	39	17	10	32	1.83
2027275--2027810	134	4.0	134	83	0	622	29	16	19	33	1.94
2027275--2027795	269	1.9	269	85	1	722	30	16	19	33	1.94
2028695--2028772	31	2.5	31	81	4	86	20	17	23	38	1.93
2028746--2028816	29	2.4	29	83	2	88	23	18	23	33	1.96
2030307--2030346	21	1.9	21	94	0	71	42	7	22	27	1.80
2030434--2030490	8	6.9	8	78	7	60	61	0	26	12	1.31
2030433--2030482	25	2.0	25	84	7	66	64	0	24	12	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2030435--2030490	17	3.4	17	92	2	87	60	0	26	12	1.32
2031523--2031574	19	2.7	19	81	0	68	26	21	28	23	1.99
2031560--2031701	64	2.2	63	81	9	155	35	18	21	25	1.95
2032580--2032678	29	3.4	29	91	1	144	14	16	31	38	1.88
2034068--2034094	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2035226--2035327	34	2.8	37	89	10	167	43	14	14	27	1.85
2035226--2035361	37	3.8	35	84	9	168	41	13	14	29	1.85
2035904--2035938	16	2.1	18	89	10	56	25	5	0	68	1.11
2038733--2038824	16	5.8	16	74	13	75	78	7	13	1	1.01
2038733--2038801	23	3.0	23	80	16	79	79	7	13	0	0.92
2038734--2038804	8	9.0	8	75	9	74	80	5	14	0	0.89
2038743--2038824	24	3.5	24	71	21	57	78	7	13	1	1.02
2039460--2039530	22	3.2	23	86	8	101	33	23	12	29	1.92
2039947--2039982	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
2040408--2040741	36	9.5	35	75	11	200	26	18	14	39	1.90
2040418--2040741	72	4.6	72	75	10	231	26	19	15	38	1.91
2040461--2040741	72	4.0	71	76	10	281	26	19	14	40	1.89
2040480--2040804	138	2.4	137	82	2	409	28	20	12	39	1.88
2040464--2040770	174	1.8	169	83	9	392	27	19	13	39	1.89
2040716--2040872	68	2.4	68	83	3	194	32	23	8	35	1.86
2041516--2042452	105	9.0	105	92	1	1443	33	25	17	22	1.96
2042998--2043099	34	2.8	37	89	10	167	43	14	14	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2042998--2043133	37	3.8	35	84	9	168	41	13	14	29	1.85
2043669--2043703	16	2.1	18	89	10	56	25	5	0	68	1.11
2052709--2052760	26	2.0	26	100	0	104	38	19	30	11	1.87
2053395--2054030	132	4.9	132	84	6	739	29	17	20	32	1.96
2053360--2053904	44	12.3	44	70	3	234	30	17	20	31	1.96
2053391--2053906	266	2.0	263	87	3	759	29	17	20	32	1.96
2056317--2056400	8	10.6	8	73	24	54	2	16	0	80	0.81
2056327--2056416	9	9.9	9	79	15	69	4	14	0	81	0.85
2056312--2056416	26	4.3	24	81	18	112	3	15	0	80	0.84
2056317--2056415	34	2.8	34	81	7	108	4	15	0	80	0.85
2056328--2056424	29	3.0	32	79	14	94	5	13	0	81	0.85
2056355--2056426	9	7.8	9	80	11	74	6	8	0	84	0.77
2056350--2056425	8	9.5	8	83	8	66	6	9	0	84	0.78
2056426--2056452	4	6.8	4	100	0	54	22	25	0	51	1.48
2058022--2058319	149	2.0	149	80	2	339	23	24	15	37	1.93
2062025--2062377	131	2.7	131	80	2	386	41	15	11	32	1.83
2064532--2064574	3	14.0	3	90	4	68	62	0	0	37	0.95
2065503--2065600	42	2.3	43	82	7	110	54	6	15	24	1.64
2065915--2065946	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
2070358--2070388	16	1.9	16	93	0	53	41	32	6	19	1.77
2070448--2070556	55	2.0	55	83	0	137	16	25	10	47	1.78
2071415--2071454	16	2.5	16	91	0	62	47	27	2	22	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2071513--2071621	55	2.0	55	85	0	146	16	22	11	49	1.77
2072074--2072124	19	2.7	19	96	3	95	54	15	9	19	1.68
2074657--2074686	13	2.3	13	94	0	51	30	16	3	50	1.62
2075150--2075183	14	2.3	15	90	5	52	50	0	0	50	1.00
2076002--2076040	16	2.4	16	95	0	69	17	28	15	38	1.91
2076173--2076240	30	2.3	28	80	14	75	51	2	1	44	1.25
2076296--2076342	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
2076295--2076344	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
2076832--2076858	14	1.9	14	100	0	54	14	48	0	37	1.45
2077430--2077473	24	1.9	24	86	9	65	36	2	4	56	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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