genome.fa.s7957.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007957.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110384_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8646418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7466362--7466471	43	2.6	43	100	0	220	55	5	8	30	1.52
7466397--7466468	23	3.3	23	65	11	69	58	5	6	29	1.47
7466401--7466470	20	3.3	20	66	11	59	57	5	8	28	1.52
7467730--7468215	161	3.0	160	94	0	864	37	23	7	31	1.83
7468626--7468752	50	2.5	51	77	1	139	22	27	31	18	1.97
7468876--7468911	16	2.2	17	90	5	56	47	0	0	52	1.00
7482804--7482858	26	2.1	26	93	6	94	10	16	29	43	1.82
7482865--7482923	3	19.7	3	79	6	66	59	0	0	40	0.97
7482865--7482923	18	3.3	19	90	6	88	59	0	0	40	0.97
7483082--7483285	75	2.7	76	93	1	338	34	23	20	22	1.97
7483233--7483329	45	2.2	45	90	0	149	34	24	21	19	1.97
7483158--7483405	121	2.1	120	93	1	417	34	22	21	21	1.97
7483278--7483610	76	4.4	76	93	0	578	33	22	21	22	1.97
7483078--7483481	196	2.1	196	94	0	709	34	22	20	22	1.97
7483278--7483610	151	2.2	152	94	0	578	33	22	21	22	1.97
7484284--7484338	22	2.5	22	87	0	83	40	12	9	38	1.75
7485682--7485858	77	2.3	76	80	3	196	27	23	17	32	1.97
7486805--7487024	114	1.9	114	92	1	370	29	20	15	34	1.94
7487635--7487683	24	2.0	24	96	0	89	20	14	22	42	1.88
7495795--7495859	3	21.7	3	81	6	78	60	0	0	40	0.97
7500212--7500246	13	2.8	13	91	4	54	57	8	0	34	1.29
7519399--7519446	23	2.1	23	84	0	60	43	8	14	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7522658--7523490	197	4.2	199	85	4	1098	27	13	15	42	1.85
7522658--7523503	395	2.1	394	88	2	1243	27	13	15	42	1.85
7526055--7526112	15	3.7	15	79	6	62	27	1	48	22	1.60
7526556--7527110	169	3.1	170	82	12	628	26	15	16	41	1.87
7526734--7527129	198	2.0	190	90	5	616	26	15	16	41	1.88
7527336--7527384	19	2.6	19	87	9	66	57	8	2	32	1.40
7528837--7528875	18	2.2	18	90	0	60	5	38	0	56	1.22
7529514--7529577	24	3.1	19	74	22	65	42	6	3	48	1.44
7529514--7529577	22	3.0	21	74	26	71	42	6	3	48	1.44
7530523--7530561	18	2.2	18	86	9	53	41	7	5	46	1.55
7530812--7530860	19	2.6	20	87	12	77	38	18	0	42	1.50
7531243--7532342	182	6.2	181	78	9	1107	27	14	12	44	1.82
7531580--7531899	162	2.0	163	85	3	432	28	12	12	46	1.78
7532346--7532376	14	2.3	14	94	5	55	19	16	16	48	1.81
7532922--7533866	263	3.6	261	84	3	1191	38	15	17	28	1.90
7534970--7535032	27	2.3	28	94	2	110	55	6	0	38	1.25
7539332--7539373	21	2.1	21	87	12	63	73	2	0	23	0.94
7540764--7540794	13	2.4	13	100	0	62	32	0	6	61	1.21
7540825--7540916	23	3.9	22	71	22	71	32	7	2	57	1.39
7540871--7540924	23	2.2	24	78	12	58	29	5	3	61	1.36
7546851--7546939	37	2.4	37	82	1	97	24	20	11	43	1.84
7546955--7547036	36	2.3	36	89	0	119	21	20	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7546777--7547068	104	2.8	103	92	4	473	30	20	11	36	1.89
7547070--7547244	91	1.9	91	88	6	266	30	17	12	40	1.85
7547321--7547843	106	4.9	106	90	1	735	33	23	19	23	1.97
7549501--7549555	30	1.9	30	85	7	78	30	9	1	58	1.40
7555501--7555539	17	2.3	17	100	0	78	38	5	15	41	1.69
7557158--7557204	13	3.7	13	77	2	51	42	2	10	44	1.51
7558771--7558814	23	1.9	23	90	0	70	15	27	27	29	1.96
7558895--7558989	47	2.0	47	81	4	111	23	22	18	35	1.96
7559099--7559160	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
7559776--7559816	21	2.0	21	90	0	64	24	17	31	26	1.97
7570981--7571020	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
7573962--7573992	15	2.1	15	100	0	62	25	6	25	41	1.79
7575847--7575903	17	3.5	16	80	4	62	17	28	29	24	1.97
7581199--7581230	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7581543--7581616	31	2.3	32	84	6	98	37	0	10	51	1.37
7595061--7595138	41	2.0	41	84	5	106	33	21	19	25	1.97
7595124--7595229	53	2.0	54	98	1	205	28	36	16	17	1.93
7595842--7595948	3	37.0	3	80	17	129	34	0	2	62	1.10
7595842--7595948	24	4.6	24	88	11	161	34	0	2	62	1.10
7599186--7599582	43	9.2	43	85	4	471	31	20	24	23	1.98
7602276--7602557	41	6.8	41	79	4	278	35	19	19	24	1.95
7602279--7602637	125	2.9	125	80	4	334	34	19	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7602274--7602637	41	8.8	41	74	10	204	33	19	20	26	1.96
7602808--7602920	41	2.7	42	86	2	140	34	21	15	29	1.93
7604258--7604300	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
7604514--7604627	24	4.8	24	85	7	144	40	18	17	23	1.91
7604546--7604644	48	2.1	48	86	3	137	43	20	15	21	1.88
7613301--7613334	17	1.9	18	88	5	52	50	11	2	35	1.54
7616161--7616202	2	21.0	2	95	0	75	47	0	0	52	1.00
7618479--7618552	16	4.6	16	70	14	62	51	16	10	21	1.74
7618446--7618560	48	2.4	48	81	9	130	52	13	11	22	1.73
7620625--7620676	27	1.9	27	88	0	77	42	13	17	26	1.86
7624159--7624237	40	2.0	40	82	5	97	21	35	29	13	1.92
7624827--7624900	27	2.8	25	86	12	87	45	10	12	31	1.76
7624850--7624902	27	2.0	27	92	0	88	45	9	16	28	1.79
7633793--7633849	29	2.0	29	82	6	71	36	7	26	29	1.83
7634652--7635011	179	2.0	181	98	1	706	33	11	20	34	1.88
7636313--7636383	31	2.4	29	83	4	88	29	22	15	32	1.95
7636380--7636423	21	2.1	21	91	4	72	15	29	20	34	1.94
7636498--7636590	39	2.4	38	82	12	102	45	1	3	50	1.25
7640593--7640626	17	2.0	17	88	11	52	35	2	2	58	1.28
7640879--7640912	15	2.3	15	100	0	68	14	20	5	58	1.57
7651468--7651545	32	2.4	32	80	4	86	23	16	29	30	1.96
7652144--7652181	19	2.1	19	85	5	51	39	5	0	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7652273--7652386	16	7.1	16	68	2	75	14	14	29	41	1.85
7652256--7652386	32	4.1	32	79	2	136	12	14	31	41	1.82
7652985--7653040	29	1.9	29	85	7	78	44	3	3	48	1.37
7655442--7655467	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7658071--7658145	31	2.4	32	80	4	91	14	24	30	30	1.95
7660196--7660233	19	2.0	19	94	0	67	39	21	10	28	1.86
7661331--7661425	16	5.9	16	70	4	57	52	23	8	15	1.70
7661301--7661420	64	1.9	64	84	3	161	50	24	9	16	1.74
7672288--7672326	17	2.4	17	91	4	62	56	2	0	41	1.13
7672653--7672710	23	2.6	22	83	5	80	6	27	15	50	1.70
7673659--7673727	21	3.3	22	76	8	63	30	0	4	65	1.12
7674134--7674175	22	2.0	21	86	13	59	28	0	7	64	1.20
7674828--7674864	14	2.6	15	83	8	51	59	0	2	37	1.12
7687804--7688089	133	2.2	131	85	2	376	38	17	19	23	1.93
7689445--7689505	27	2.4	24	70	20	61	50	0	3	45	1.17
7689520--7689569	24	2.1	24	100	0	100	54	0	4	42	1.19
7696039--7696101	32	1.9	32	84	9	83	60	7	12	19	1.56
7709233--7709339	24	4.5	24	71	4	99	48	16	14	20	1.81
7711790--7711821	7	4.4	7	92	7	55	25	28	34	12	1.92
7711791--7711837	15	3.3	15	91	5	71	21	25	38	14	1.92
7711819--7711895	18	4.6	18	81	15	110	11	20	50	16	1.76
7711813--7711891	31	2.5	31	95	0	149	13	21	48	16	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7711791--7711837	8	6.5	8	79	20	59	21	25	38	14	1.92
7711798--7711873	13	5.3	13	77	17	71	17	22	44	15	1.86
7713849--7713890	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
7714052--7714156	24	4.5	24	66	4	79	46	16	16	20	1.84
7716611--7716644	15	2.3	15	100	0	68	23	26	35	14	1.94
7716610--7716641	7	4.4	7	92	7	55	25	28	34	12	1.92
7716618--7716663	14	3.3	13	87	9	56	19	23	41	15	1.89
7716653--7716715	5	11.0	5	75	24	54	7	20	53	17	1.68
7716658--7716693	13	2.9	12	84	8	54	8	22	52	16	1.70
7716639--7716715	18	4.6	18	80	20	103	10	20	51	16	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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