genome.fa.s7957.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007957.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110384_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8646418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2676969--2677316	117	3.0	117	88	3	499	25	22	15	36	1.93
2677228--2677481	91	2.8	91	91	1	400	26	20	16	37	1.93
2677422--2677522	41	2.4	42	93	1	177	18	23	13	43	1.86
2678159--2678213	21	2.6	22	74	25	57	41	3	21	32	1.71
2678416--2678605	51	3.5	54	78	11	192	42	18	10	29	1.83
2679913--2679945	15	2.1	16	88	5	50	9	12	21	57	1.62
2680582--2680637	9	5.9	9	78	12	58	3	10	3	82	0.92
2680582--2680637	11	5.3	10	74	18	51	3	10	3	82	0.92
2680591--2680636	19	2.4	19	85	7	58	4	8	4	82	0.93
2680581--2680634	28	1.9	28	84	0	72	5	11	3	79	1.02
2684649--2684762	51	2.2	51	83	7	133	52	10	15	21	1.72
2690641--2690690	19	2.6	19	90	0	73	44	8	4	44	1.52
2697099--2697137	16	2.4	16	91	0	60	48	28	15	7	1.72
2697128--2697190	32	2.0	32	84	6	83	41	25	14	19	1.89
2697907--2697983	32	2.4	32	78	8	86	41	24	11	22	1.87
2697907--2698002	32	3.0	29	72	22	68	41	26	12	19	1.87
2700070--2700364	148	2.0	148	95	0	536	35	5	10	48	1.60
2700841--2700934	35	2.7	34	85	3	125	29	1	27	41	1.63
2704852--2705009	21	7.9	21	66	11	80	37	24	13	23	1.92
2709334--2709367	14	2.4	14	85	5	50	35	23	0	41	1.55
2713523--2713576	26	2.1	26	89	0	81	31	27	14	25	1.95
2714648--2714693	21	2.2	22	84	11	69	28	15	23	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2720526--2720587	22	2.7	22	80	5	61	25	32	24	17	1.97
2727049--2727084	11	3.2	11	88	4	54	77	0	0	22	0.76
2728502--2728685	26	7.1	26	77	8	153	44	3	2	49	1.34
2728499--2728605	53	2.0	52	90	1	169	42	4	4	48	1.44
2728590--2728647	2	29.5	2	96	3	109	48	0	0	51	1.00
2728506--2728633	53	2.4	53	84	6	150	45	3	3	47	1.37
2728496--2728682	77	2.4	78	79	11	197	45	3	3	47	1.36
2728629--2728899	36	7.3	37	82	11	283	43	6	3	46	1.46
2728630--2728835	73	2.8	71	81	11	258	43	6	4	46	1.49
2728807--2728899	38	2.4	40	80	7	100	48	7	1	43	1.38
2728865--2728889	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
2729462--2729933	85	5.6	84	87	1	613	27	18	19	35	1.95
2729462--2729931	255	1.8	255	86	1	683	27	18	19	35	1.95
2735290--2735319	12	2.5	12	94	0	51	60	3	0	36	1.14
2735373--2735427	23	2.3	23	84	6	65	74	0	7	18	1.04
2735497--2735559	17	3.8	17	77	8	67	77	0	6	15	0.96
2736602--2736651	21	2.2	23	86	10	68	78	6	2	14	1.03
2736706--2736756	25	2.0	25	88	3	75	45	7	3	43	1.51
2736716--2736943	36	5.8	36	76	16	190	45	5	3	45	1.44
2736789--2736990	45	4.7	46	76	19	172	45	4	3	46	1.40
2736817--2737107	77	3.8	75	74	19	251	44	5	2	46	1.41
2736943--2737022	32	2.4	32	91	4	124	43	6	3	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2736819--2737024	81	2.7	76	80	13	242	44	4	3	47	1.41
2736819--2737111	156	1.9	157	86	11	422	44	5	2	46	1.41
2737100--2737149	13	3.8	13	84	7	57	70	0	0	30	0.88
2737117--2737151	17	2.1	16	89	5	52	80	0	0	20	0.72
2739230--2739256	12	2.2	12	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2741392--2741488	45	2.2	45	90	0	149	22	18	36	22	1.95
2741392--2741514	45	2.8	45	86	3	144	21	17	37	23	1.94
2742836--2742862	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2742990--2743034	21	2.1	21	88	8	65	26	0	0	73	0.84
2744616--2744743	2	62.5	2	75	16	111	49	4	2	43	1.36
2744616--2744888	33	8.5	29	70	19	120	45	6	4	43	1.50
2744621--2744784	73	2.3	73	86	9	230	47	5	3	43	1.44
2744643--2744813	73	2.5	66	79	17	190	45	6	5	42	1.52
2744825--2744859	18	1.9	18	88	0	52	42	5	5	45	1.51
2745165--2745270	18	5.9	18	78	12	94	49	5	4	40	1.47
2745142--2745180	13	3.0	13	84	0	51	53	5	5	35	1.45
2745164--2745302	69	2.0	69	79	10	151	49	5	3	41	1.42
2745660--2745694	10	3.5	10	84	0	52	20	11	11	57	1.64
2745783--2746031	112	2.2	112	81	7	276	31	28	6	34	1.81
2746177--2746307	6	22.0	6	80	4	77	41	45	5	7	1.55
2746178--2746325	18	8.3	18	78	1	91	39	45	6	8	1.60
2746238--2746325	12	7.4	12	76	2	88	36	46	11	5	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2748913--2748993	20	4.1	20	81	0	90	17	11	16	55	1.68
2749085--2749162	23	3.4	23	89	0	120	26	14	25	33	1.94
2749737--2749774	13	2.8	13	82	17	51	60	2	2	34	1.24
2749760--2749799	19	2.1	19	86	9	55	62	0	7	30	1.23
2749959--2749997	16	2.4	16	91	0	60	33	17	28	20	1.96
2762332--2762814	55	8.8	55	89	4	678	30	25	17	26	1.97
2762332--2762814	111	4.4	111	90	4	707	30	25	17	26	1.97
2762332--2762814	166	2.9	163	90	4	708	30	25	17	26	1.97
2762838--2762918	37	2.2	37	100	0	162	19	24	18	37	1.94
2764189--2764326	17	7.8	17	68	18	77	7	20	0	72	1.08
2764220--2764307	19	4.8	19	71	18	62	6	21	0	71	1.09
2764239--2764331	36	2.5	35	78	14	98	7	18	0	74	1.05
2764188--2764315	46	2.6	49	75	15	124	7	20	0	71	1.10
2764267--2764315	18	2.7	19	81	18	68	10	18	0	71	1.13
2773966--2774063	45	2.1	47	88	5	146	38	20	13	27	1.90
2783435--2783885	42	10.8	42	80	3	469	32	19	19	28	1.96
2783865--2783920	29	1.9	29	88	0	85	33	17	23	25	1.96
2788087--2788114	14	2.0	14	100	0	56	14	28	14	42	1.84
2789355--2789418	28	2.3	28	97	0	119	56	12	3	28	1.51
2790609--2790642	16	2.1	16	94	0	59	29	5	20	44	1.75
2791117--2791244	32	4.1	32	71	11	120	40	17	12	28	1.87
2791397--2791438	18	2.3	19	80	12	52	57	0	9	33	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2793522--2793987	80	5.8	80	92	1	729	32	25	20	21	1.98
2799913--2799947	17	2.0	18	88	5	54	17	45	22	14	1.84
2799955--2800036	29	2.8	30	87	5	123	25	8	21	43	1.81
2800013--2800081	29	2.3	29	87	2	93	27	7	21	43	1.79
2806723--2806761	18	2.2	18	86	4	53	20	43	23	12	1.86
2806770--2806850	29	2.8	29	88	0	126	24	11	20	43	1.85
2806827--2806894	29	2.3	29	87	0	91	26	7	23	42	1.80
2808504--2808875	80	4.7	80	94	0	620	30	26	20	22	1.98
2815016--2815118	42	2.4	41	78	9	109	39	28	3	28	1.74
2816093--2816147	19	2.9	19	76	7	58	74	1	5	18	1.10
2816160--2816201	16	2.6	17	77	7	52	78	11	2	7	1.04
2816161--2816208	11	4.5	11	78	2	53	77	12	2	8	1.08
2816233--2816275	22	2.0	22	86	9	61	81	2	4	11	0.93
2816334--2816417	7	11.1	7	70	22	55	75	1	3	20	1.03
2816332--2816418	25	3.9	21	72	21	79	74	1	3	20	1.03
2816361--2816433	21	3.3	21	79	12	76	71	2	4	21	1.16
2818265--2818813	84	6.5	84	85	1	643	23	18	23	33	1.97
2818838--2819424	124	4.7	124	88	0	782	25	18	24	32	1.97
2819563--2819682	43	2.8	43	83	0	150	23	13	29	34	1.93
2820729--2820983	95	2.7	93	86	4	343	31	18	17	32	1.94
2821041--2821080	18	2.2	18	100	0	80	22	7	27	42	1.80
2823689--2823742	11	4.8	11	83	2	63	77	9	1	11	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2831362--2831403	21	2.0	21	95	0	75	64	7	14	14	1.48
2835415--2835455	2	21.0	2	90	5	66	51	0	0	48	1.00
2836890--2836935	22	2.1	22	87	0	65	65	4	4	26	1.30
2838281--2838362	38	2.1	41	86	11	118	37	6	0	56	1.24
2838288--2838376	38	2.3	39	80	7	101	38	3	2	56	1.29
2838454--2838487	17	2.1	16	88	5	50	52	0	0	47	1.00
2839271--2839359	29	3.0	29	75	4	79	43	5	14	35	1.69
2840863--2840960	28	3.6	28	65	26	75	35	1	12	51	1.46
2840866--2840991	56	2.2	57	95	2	227	35	2	13	48	1.56
2840928--2841077	47	3.2	47	66	17	139	36	3	13	47	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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