genome.fa.s7957.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007957.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110384_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8646418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
692087--692127	19	2.2	19	100	0	82	43	31	19	4	1.72
693106--693152	23	2.0	24	87	4	69	42	0	4	53	1.20
694593--694661	16	4.3	16	73	12	61	66	5	5	21	1.34
703530--703580	22	2.3	22	100	0	102	45	0	7	47	1.32
727436--727475	21	1.9	21	84	0	53	15	32	7	45	1.74
732877--732925	22	2.2	23	85	3	64	32	20	20	26	1.97
738864--738898	12	2.8	12	91	4	52	37	11	5	45	1.64
742601--743406	55	14.8	55	82	3	815	25	23	18	31	1.98
742619--743406	165	4.8	165	84	4	898	26	23	19	30	1.98
743405--743489	37	2.3	36	80	9	102	20	16	17	45	1.85
750585--750629	22	1.9	24	86	13	67	62	4	11	22	1.46
751094--751399	151	2.0	154	94	3	539	18	27	12	41	1.87
754460--755087	45	14.0	45	82	3	640	23	16	20	39	1.92
755466--755696	45	5.2	44	73	11	161	33	19	16	30	1.94
755595--755672	41	1.9	41	81	0	93	38	15	17	28	1.91
755505--755823	131	2.4	130	83	2	363	32	19	16	31	1.95
757807--757845	2	19.5	2	89	0	60	48	0	2	48	1.15
762905--762951	17	2.6	19	76	6	53	19	6	29	44	1.75
763895--763965	20	3.5	20	72	14	74	32	12	16	38	1.87
767058--767094	19	1.9	19	88	0	56	40	8	16	35	1.78
770614--770674	32	1.9	32	82	0	77	26	21	14	37	1.92
773361--773433	15	4.9	14	78	17	60	10	10	0	78	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773348--773420	22	3.3	21	79	12	76	13	9	0	76	1.01
773387--773429	16	2.8	16	83	16	63	9	11	0	79	0.95
773396--773431	8	4.6	8	89	6	56	11	13	0	75	1.06
773366--773416	21	2.5	21	81	9	61	9	11	0	78	0.97
773615--774057	104	4.3	103	78	6	384	34	12	19	33	1.89
773723--774057	101	3.3	101	82	3	366	34	12	18	33	1.89
783287--783360	20	3.9	18	79	8	67	35	14	16	33	1.89
785739--785795	16	3.6	16	86	13	82	38	24	5	31	1.78
786977--787216	120	2.0	119	97	2	455	22	27	15	33	1.95
789241--789280	19	2.2	19	86	4	55	35	7	17	40	1.78
789504--789696	54	3.6	54	87	0	269	33	16	19	31	1.93
789529--789749	108	2.0	108	80	3	248	32	16	20	30	1.95
802686--803004	54	5.9	54	89	1	460	36	15	18	30	1.91
803965--803993	15	2.0	15	93	6	51	55	13	6	24	1.63
807131--807237	39	3.0	36	82	14	132	50	15	3	29	1.62
810851--810979	4	31.8	4	72	9	82	23	1	7	67	1.25
812614--812666	27	2.0	26	82	10	63	24	24	18	32	1.97
813168--813213	18	2.6	17	76	6	56	39	6	2	52	1.40
813763--813812	18	2.8	18	78	0	55	34	30	14	22	1.93
815068--815143	32	2.4	32	84	4	91	25	10	35	28	1.89
815929--816009	42	2.0	41	85	2	108	49	6	6	38	1.53
820172--820230	26	2.2	26	82	8	66	28	3	0	67	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820386--820425	19	2.2	18	86	13	55	27	20	10	42	1.83
820413--820564	20	7.6	20	75	15	86	38	21	16	24	1.93
820413--820564	40	3.8	41	68	20	106	38	21	16	24	1.93
820574--820598	13	1.9	13	100	0	50	36	24	8	32	1.84
820624--820807	74	2.4	75	85	2	235	28	15	20	35	1.93
820748--820804	20	2.8	20	82	12	71	28	12	21	38	1.89
820830--820876	20	2.3	20	88	0	76	34	25	17	23	1.96
820798--821086	77	3.8	77	94	0	506	36	21	15	26	1.93
820905--820958	20	2.7	20	80	13	65	35	22	12	29	1.91
820982--821030	20	2.5	20	93	0	89	32	26	16	24	1.96
821002--821111	57	1.9	57	96	0	202	35	21	16	26	1.94
821145--821375	20	11.6	20	81	7	213	20	16	22	40	1.91
821145--821339	60	3.2	60	89	3	268	21	15	22	40	1.91
825436--825519	39	2.2	39	88	0	123	14	28	25	32	1.94
825436--825547	39	2.9	39	81	4	111	17	26	24	31	1.97
825511--825852	43	8.0	43	87	0	486	23	23	19	33	1.97
826685--826710	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
827764--827829	29	2.2	29	89	2	96	59	4	6	30	1.42
827785--827843	27	2.1	28	81	6	66	52	5	6	35	1.50
827938--827971	17	2.1	16	89	10	52	64	2	0	32	1.08
828415--828877	114	4.1	113	81	4	452	33	10	16	39	1.82
828385--828865	228	2.1	228	82	4	558	33	10	16	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835293--835337	15	2.7	18	71	28	53	64	0	4	31	1.13
835354--835397	2	22.5	2	86	13	65	47	2	0	50	1.13
835425--835509	35	2.4	36	82	6	100	41	5	2	50	1.39
835469--835568	28	3.7	27	77	10	91	45	8	0	47	1.32
836079--836434	134	2.7	133	83	3	423	29	18	18	32	1.95
853551--853845	146	2.0	146	98	0	572	15	26	26	31	1.96
854072--854143	32	2.2	34	83	11	98	40	8	0	51	1.32
853974--854118	25	5.7	26	69	15	99	41	7	2	48	1.43
854095--854181	30	2.8	32	80	7	106	42	9	0	48	1.35
855042--855102	3	20.0	3	96	3	113	34	0	0	65	0.93
856451--856507	21	2.7	21	77	0	60	21	22	22	33	1.97
857348--857407	25	2.6	22	80	17	68	43	6	1	48	1.39
860540--860564	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
863432--863493	31	2.0	31	90	0	97	54	11	1	32	1.45
888502--888545	21	2.1	21	86	0	61	9	40	15	34	1.79
889614--889721	46	2.4	46	81	13	134	33	20	18	27	1.96
889659--889783	64	1.9	65	88	4	191	28	23	20	27	1.99
889755--889803	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
894596--894645	17	2.8	17	82	11	57	38	2	2	58	1.21
899424--899490	34	1.9	34	85	14	93	20	11	17	49	1.79
899890--899940	22	2.3	22	93	0	84	39	9	31	19	1.84
901740--901802	24	2.7	23	78	9	65	49	3	0	47	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902233--902285	26	2.0	27	82	14	65	22	16	11	49	1.78
905126--905184	29	2.0	29	96	0	109	23	13	15	47	1.81
907342--907407	21	3.3	21	85	8	86	15	43	19	21	1.87
907375--907418	17	2.5	17	92	3	70	18	45	20	15	1.85
907426--907586	29	5.7	29	80	5	177	27	7	24	40	1.82
907431--907585	84	1.8	84	91	2	258	27	7	23	41	1.80
914139--914166	12	2.3	12	100	0	56	85	14	0	0	0.59
914804--914829	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
917150--917263	30	3.8	30	88	0	165	28	21	28	21	1.99
917182--917261	15	5.3	15	72	0	79	30	20	28	21	1.98
922407--922647	120	2.0	120	96	0	446	21	32	19	26	1.97
922618--922746	24	5.4	24	96	0	213	17	37	20	24	1.93
922847--923057	105	2.0	104	87	0	305	18	26	23	32	1.97
924448--924482	17	2.1	17	100	0	70	31	11	0	57	1.34
924949--925023	32	2.4	32	82	8	93	24	5	17	53	1.64
925695--925728	13	2.5	13	90	4	50	41	2	5	50	1.42
925740--925789	14	3.5	14	78	13	57	28	2	2	68	1.12
928627--928703	29	2.5	31	87	6	113	29	35	2	32	1.71
930797--930864	13	5.9	13	67	32	57	23	23	29	23	1.99
930770--930865	21	4.6	21	96	2	176	22	23	29	23	1.99
938150--938178	14	2.0	15	93	6	51	41	6	17	34	1.76
938331--938361	15	2.1	15	100	0	62	41	6	19	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938111--938475	183	2.0	182	98	1	705	33	13	16	36	1.88
938755--938836	31	2.9	26	74	20	67	56	1	8	34	1.38
940469--940531	29	2.2	29	97	0	117	15	31	34	17	1.92
941137--941180	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
941155--941212	26	2.3	26	93	3	100	31	0	12	56	1.35
941714--941758	21	2.2	21	84	4	56	35	0	8	55	1.31
944821--945164	25	14.4	26	75	17	218	44	2	10	42	1.52
944886--944948	19	3.5	18	79	16	60	41	1	11	46	1.49
944898--944939	8	5.1	8	80	13	50	40	0	11	47	1.40
944768--944944	57	3.0	59	70	26	169	42	2	10	44	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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