genome.fa.s7957.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007957.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110384_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8646418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   

This is table  13  of  43  ( 5063 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2408714--2408803	32	2.8	32	94	1	153	40	17	10	32	1.83
2408795--2409023	80	2.9	81	86	3	297	31	24	20	23	1.98
2410280--2410404	8	15.6	8	70	8	76	19	3	1	76	1.01
2410497--2410536	5	8.4	5	89	10	66	35	0	0	65	0.93
2410489--2410540	9	5.9	9	86	8	72	32	0	0	67	0.91
2410489--2410543	23	2.5	23	86	13	80	30	0	0	69	0.89
2410487--2410597	18	6.3	17	70	18	59	24	1	1	72	1.05
2410487--2410554	23	2.9	23	76	24	70	27	0	1	70	0.96
2410638--2410718	39	2.1	37	82	11	92	20	11	0	67	1.20
2410672--2410724	16	3.2	17	75	20	58	20	7	0	71	1.10
2412310--2412354	19	2.4	19	92	0	72	2	26	40	31	1.68
2421138--2421214	29	2.6	30	91	2	113	46	14	7	31	1.72
2421150--2421214	29	2.2	29	97	0	121	49	12	6	32	1.65
2421680--2421736	22	2.6	22	91	0	87	52	7	7	33	1.55
2431346--2431400	20	2.8	20	94	0	92	34	16	14	34	1.89
2436627--2436671	21	2.1	22	87	4	65	33	2	4	60	1.29
2436580--2436722	70	2.0	70	100	0	286	39	2	4	53	1.35
2438117--2438220	51	2.0	51	100	0	208	26	7	7	57	1.54
2439157--2439208	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2439899--2440288	164	2.4	164	94	1	669	36	12	10	40	1.77
2445879--2445903	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2447751--2448298	111	4.9	111	82	2	596	33	21	16	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452469--2452500	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2457666--2457769	37	2.9	36	78	8	104	32	18	12	36	1.88
2457922--2458112	30	5.9	30	67	19	107	29	16	15	38	1.90
2457924--2458148	67	3.4	67	90	1	337	28	17	16	38	1.91
2458166--2458472	137	2.2	137	83	3	377	25	28	16	28	1.97
2462763--2462796	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
2470035--2470095	30	2.0	30	93	0	104	24	21	24	29	1.99
2475139--2475199	30	2.0	30	90	0	95	24	19	26	29	1.99
2475484--2476437	4	242.8	4	93	4	1644	23	0	25	50	1.49
2487841--2487879	21	1.9	21	89	5	62	25	15	23	35	1.94
2491739--2491830	23	4.1	22	70	14	71	19	20	25	34	1.96
2498805--2498913	23	4.8	23	82	3	132	18	22	23	35	1.95
2501909--2501942	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2503155--2503230	20	3.5	21	78	12	75	34	2	1	61	1.18
2503185--2503245	22	3.2	19	80	15	63	36	1	1	60	1.16
2503216--2503246	16	1.9	16	93	0	53	35	3	3	58	1.31
2503214--2503249	18	2.1	17	89	5	54	36	5	2	55	1.38
2514286--2514767	106	4.5	106	90	0	741	32	25	19	22	1.97
2514830--2515113	133	2.1	132	92	1	471	29	25	19	25	1.98
2516380--2516427	25	2.0	24	87	4	69	29	4	2	64	1.23
2516413--2516449	17	2.1	19	90	10	60	37	0	0	62	0.96
2516446--2516476	15	2.1	15	93	0	53	32	6	3	58	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2519597--2519628	16	2.0	17	88	11	50	40	12	15	31	1.85
2520491--2520542	9	6.1	9	76	13	56	32	1	1	63	1.16
2520490--2520539	17	3.0	17	91	2	75	34	2	4	60	1.27
2520499--2520544	16	2.9	16	87	6	58	30	2	2	65	1.16
2530370--2530563	96	2.0	96	100	0	388	22	36	14	25	1.93
2532714--2532760	3	16.0	3	95	4	87	34	0	0	65	0.93
2536711--2536836	36	3.7	35	71	25	110	26	19	14	39	1.90
2536693--2536909	65	3.4	64	83	5	255	26	21	12	39	1.89
2536955--2537216	133	2.0	132	81	3	303	27	31	15	25	1.95
2537407--2537441	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
2542097--2542130	18	1.9	18	88	5	52	35	26	14	23	1.94
2542134--2542169	18	2.0	18	100	0	72	27	33	22	16	1.95
2550959--2551065	44	2.4	44	88	0	151	32	21	18	27	1.97
2551568--2551604	13	2.8	13	91	4	56	35	10	5	48	1.61
2553387--2553421	13	2.6	14	86	13	56	45	8	5	40	1.58
2553755--2553910	65	2.4	64	82	9	201	27	24	17	30	1.97
2556370--2556440	19	3.6	19	94	3	106	33	14	7	45	1.71
2557143--2557207	14	5.0	12	83	14	69	80	1	18	0	0.80
2557143--2557207	19	3.4	18	87	12	94	80	1	18	0	0.80
2560558--2560628	19	3.6	19	94	3	106	33	14	7	45	1.71
2567016--2567080	3	21.0	3	75	6	58	38	4	0	56	1.20
2571721--2571774	7	7.6	7	82	10	65	14	16	12	55	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2571725--2571764	15	2.7	15	100	0	80	12	17	12	57	1.65
2571725--2571774	22	2.3	22	86	6	66	14	16	12	58	1.64
2575931--2576154	114	2.0	114	91	0	367	33	15	20	30	1.94
2578710--2578787	22	3.5	22	89	3	120	35	11	11	41	1.78
2579669--2580314	73	8.8	73	97	0	1195	30	18	13	37	1.89
2579669--2580314	291	2.2	292	96	1	1197	30	18	13	37	1.89
2580714--2580778	3	21.0	3	75	6	58	38	4	0	56	1.20
2583595--2583622	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2596179--2596228	24	2.1	24	82	10	59	56	0	2	42	1.11
2597400--2597436	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2597719--2597768	23	2.2	23	96	0	91	32	0	6	62	1.20
2598377--2598676	38	8.3	37	74	14	214	47	4	6	42	1.47
2598463--2598516	25	2.2	25	96	3	101	48	0	3	48	1.19
2598473--2598530	25	2.4	25	88	2	82	53	1	3	41	1.28
2598491--2598677	39	5.0	37	81	5	223	47	4	8	39	1.54
2598644--2598700	23	2.4	23	85	5	69	50	3	7	38	1.46
2598608--2598737	60	2.1	60	90	5	199	49	3	7	40	1.47
2598669--2598762	37	2.6	36	86	8	127	50	3	5	41	1.41
2599978--2600040	14	4.6	13	77	15	56	17	3	4	74	1.12
2600072--2600136	19	3.3	20	70	10	53	16	12	1	69	1.27
2607301--2607404	2	52.5	2	98	1	201	50	0	0	49	1.00
2607387--2607598	38	5.6	38	90	7	283	42	3	8	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2607627--2607681	28	2.0	28	86	13	78	18	5	1	74	1.10
2608930--2608987	28	2.1	28	86	0	80	10	12	1	75	1.11
2610706--2610753	2	25.0	2	91	8	82	47	0	0	52	1.00
2610708--2610753	21	2.2	21	100	0	92	47	0	0	52	1.00
2612791--2612842	22	2.3	21	78	12	50	55	1	3	38	1.29
2613506--2613638	26	5.0	26	71	11	99	39	16	8	36	1.79
2613347--2613653	93	3.4	94	84	8	349	40	15	7	35	1.77
2613484--2613653	81	2.1	80	90	2	261	40	15	7	37	1.75
2613573--2614266	167	4.2	167	86	6	947	40	16	6	37	1.74
2616665--2616711	11	4.2	11	86	5	58	4	4	6	85	0.84
2616663--2616720	23	2.4	25	80	8	66	8	3	5	82	0.92
2616702--2616735	14	2.4	14	90	5	50	11	5	2	79	1.02
2622854--2622892	17	2.3	17	90	0	60	46	2	0	51	1.14
2622863--2622932	23	3.0	23	77	12	70	51	1	1	45	1.18
2622994--2623063	28	2.5	29	81	9	83	51	0	1	47	1.09
2623064--2623107	22	2.0	22	81	4	52	56	2	2	38	1.24
2623451--2623509	14	4.1	14	80	8	66	35	15	6	42	1.73
2634845--2634883	20	1.9	21	89	5	62	20	38	25	15	1.92
2643382--2643420	17	2.4	17	86	4	53	76	5	2	15	1.06
2644550--2644592	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
2648436--2648490	21	2.6	21	88	0	74	34	23	14	27	1.94
2648728--2648754	13	2.1	13	100	0	54	22	14	40	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2649549--2649706	32	4.9	32	76	0	118	38	13	15	32	1.87
2650946--2650977	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2651194--2651239	23	2.0	24	82	4	58	47	10	2	39	1.51
2657357--2657391	16	2.1	17	89	5	54	25	0	14	60	1.35
2660342--2660384	18	2.4	18	88	0	59	18	44	20	16	1.87
2670227--2670325	10	9.8	10	69	17	53	55	0	3	41	1.15
2670172--2670251	37	2.2	36	80	13	92	40	0	0	60	0.97
2670227--2670336	41	2.7	41	80	13	138	52	0	2	44	1.15
2672622--2672733	23	4.9	23	91	0	152	40	11	22	25	1.88
2675665--2675778	51	2.2	51	80	7	124	53	9	15	21	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43