genome.fa.s8747.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008747.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111837_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12616935

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   

This is table  1  of  51  ( 6054 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13295--13358	2	32.0	2	82	6	76	48	1	4	45	1.32
14524--14573	20	2.5	20	75	12	50	24	12	24	40	1.88
15400--15433	15	2.3	15	100	0	68	32	29	11	26	1.92
17463--17537	32	2.3	32	86	0	96	45	14	2	37	1.59
18952--18996	18	2.6	17	79	6	54	42	8	11	37	1.72
19119--19157	20	2.0	20	84	0	51	43	17	7	30	1.77
21042--21066	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
21975--22043	17	4.0	17	76	12	70	40	7	14	37	1.74
22143--22181	20	2.0	20	89	0	60	41	20	7	30	1.80
22437--22487	22	2.3	22	86	0	66	23	13	21	41	1.89
25590--25854	29	9.2	29	83	9	294	39	23	5	32	1.77
25604--25854	87	2.9	86	86	6	332	39	23	5	32	1.77
25862--25886	7	3.6	7	100	0	50	24	28	32	16	1.96
25891--25916	13	2.0	13	100	0	52	15	23	38	23	1.92
33015--33252	29	8.3	29	79	8	231	40	18	5	35	1.74
33036--33245	56	3.7	56	80	13	216	40	18	5	35	1.74
33015--33247	85	2.7	87	84	7	266	40	18	5	35	1.74
36659--36726	23	3.0	23	81	14	97	25	11	25	38	1.89
40869--40993	45	2.8	44	89	4	187	28	24	7	40	1.81
41098--41219	40	3.0	40	95	0	226	33	25	17	23	1.96
45159--45220	20	3.2	20	86	4	90	20	37	27	14	1.92
45163--45204	19	2.2	19	95	0	75	21	33	33	11	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48495--48537	22	2.0	22	95	0	77	13	48	23	13	1.79
52527--52651	45	2.8	44	86	2	169	28	21	8	41	1.81
52756--52877	40	3.1	39	90	4	190	31	25	18	23	1.97
54431--54463	17	1.9	17	100	0	66	36	6	0	57	1.23
58097--58164	23	3.0	23	87	12	106	25	11	26	36	1.90
59159--59188	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
59366--59391	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
61658--61699	15	2.7	15	88	7	57	54	0	28	16	1.42
64531--64642	45	2.5	45	83	2	145	19	22	9	48	1.78
65357--65840	57	8.5	57	91	0	761	33	19	11	36	1.87
65298--65840	114	4.8	114	89	1	759	33	19	11	36	1.87
65298--65840	171	3.2	170	88	2	759	33	19	11	36	1.87
66198--66401	96	2.2	95	85	7	267	28	22	15	33	1.95
68990--69103	45	2.5	46	84	7	144	26	21	7	44	1.78
69833--70029	56	3.5	56	89	2	288	34	18	9	37	1.83
74625--74681	27	2.0	29	87	12	84	35	10	7	47	1.65
75760--75805	18	2.6	18	85	0	65	17	47	19	15	1.82
75781--75811	13	2.4	13	94	0	53	16	41	22	19	1.89
78235--78330	24	4.0	23	78	8	86	22	12	17	46	1.82
80413--80464	21	2.5	21	100	0	104	13	15	32	38	1.86
80480--80536	13	4.3	13	86	4	87	15	45	21	17	1.85
82972--83067	24	4.0	24	78	5	79	21	12	14	51	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84299--84387	29	3.1	28	87	7	126	24	21	8	44	1.81
84357--84569	81	2.7	80	84	4	268	30	23	7	37	1.84
84542--84914	68	5.5	68	89	1	570	30	24	15	30	1.95
84555--84914	135	2.7	136	91	0	571	30	25	15	29	1.96
85022--85172	55	2.8	56	82	9	177	33	18	13	35	1.90
89691--89778	29	3.0	29	88	6	142	28	21	9	40	1.84
89748--89985	81	2.9	80	87	1	341	31	24	12	31	1.92
89935--90307	68	5.5	68	90	1	579	31	23	14	31	1.94
89935--90307	135	2.8	135	91	0	602	31	23	14	31	1.94
90456--90559	55	1.9	55	85	0	145	35	19	15	29	1.92
92718--92759	12	3.5	12	86	0	66	0	35	28	35	1.58
100144--100169	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
102905--102942	13	3.1	12	85	14	51	26	0	2	71	1.00
102931--102997	14	4.5	15	70	17	50	29	1	8	59	1.37
102945--103010	19	3.9	18	71	26	56	28	1	9	60	1.36
102929--103008	32	2.5	31	87	4	106	28	1	8	61	1.34
109544--109582	20	2.0	20	84	0	51	23	5	23	48	1.70
109736--109818	21	3.9	21	73	14	71	18	24	34	22	1.96
120008--120164	79	2.0	77	83	2	197	34	14	12	38	1.84
121842--121941	31	3.2	31	98	0	191	39	1	6	54	1.32
121842--121962	62	2.0	62	85	3	163	41	0	6	51	1.34
122551--122631	41	2.0	41	85	0	108	33	12	17	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123191--123223	15	2.3	15	89	5	50	39	0	3	57	1.14
123690--123730	16	2.6	16	92	3	66	39	12	19	29	1.88
123807--123872	23	2.9	23	90	0	96	24	25	16	33	1.96
123860--124073	106	2.0	107	83	4	272	37	20	19	22	1.94
124297--124382	21	4.1	21	94	4	138	59	0	0	40	0.97
124295--124382	43	2.1	42	91	2	140	59	0	0	40	0.98
127066--127104	20	2.0	20	89	0	60	35	2	12	48	1.55
128958--129003	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
130088--130436	191	1.8	189	88	3	529	45	8	7	38	1.63
132774--133000	120	1.9	120	92	0	382	37	21	7	34	1.80
133288--133343	25	2.2	25	96	0	103	67	0	12	19	1.22
133930--134334	190	2.1	190	83	5	523	44	10	6	38	1.65
136663--136892	119	1.9	120	97	0	435	36	22	8	32	1.84
145758--145803	2	23.0	2	90	0	74	54	0	0	45	0.99
146559--146623	2	32.5	2	96	0	121	49	0	1	49	1.10
148143--148211	21	3.3	21	93	0	120	31	8	14	44	1.75
155061--155150	3	30.7	3	74	14	73	34	0	1	64	1.01
156520--156576	29	1.9	30	82	10	73	28	8	3	59	1.44
156846--156879	17	1.9	18	88	5	52	32	2	0	64	1.08
157569--157615	19	2.5	19	96	0	85	31	8	0	59	1.27
157595--157663	26	2.7	25	73	8	68	28	4	1	65	1.21
159013--159099	43	2.0	44	86	2	122	31	9	21	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166571--166628	22	2.6	22	94	0	98	32	18	13	34	1.91
167027--167787	113	6.7	113	89	3	1057	38	14	19	27	1.91
167574--167899	122	2.7	123	91	0	528	39	13	20	26	1.89
168225--168284	3	19.7	3	74	16	52	30	1	1	66	1.11
168248--168297	22	2.3	21	83	10	64	40	0	0	60	0.97
169596--169652	29	1.9	30	82	10	73	28	8	3	59	1.44
169929--170146	118	1.9	116	80	4	258	35	7	9	46	1.66
175059--175163	49	2.1	49	91	3	167	42	13	20	23	1.87
187066--187106	21	2.0	21	85	0	55	36	19	17	26	1.94
195648--195688	21	2.0	21	85	9	57	29	9	7	53	1.60
202286--202347	25	2.5	25	86	5	81	50	11	9	29	1.70
205586--205768	78	2.4	78	83	4	219	25	20	12	42	1.86
211487--211534	25	1.9	25	91	0	78	29	31	0	39	1.57
212129--212174	14	3.3	14	93	0	74	28	28	15	28	1.96
212138--212180	14	3.1	14	89	0	59	23	25	18	32	1.97
212640--212863	78	2.9	78	89	0	333	21	20	14	42	1.88
214443--214523	39	2.1	39	85	0	108	16	29	22	32	1.95
216723--216751	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
219159--219202	20	2.2	20	83	0	52	20	9	13	56	1.64
221219--221280	28	2.2	28	85	0	88	35	37	4	22	1.76
227653--227775	62	2.0	61	98	1	237	24	13	26	36	1.92
228685--228995	155	2.0	155	100	0	622	27	16	14	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230102--230157	17	3.3	17	87	0	85	8	12	39	39	1.75
233610--233804	39	5.1	39	80	8	222	33	17	13	34	1.89
233610--233803	76	2.6	78	82	8	240	34	17	13	34	1.90
239260--239653	198	2.0	198	94	1	700	39	3	21	35	1.71
240763--241268	59	8.6	59	79	8	476	38	11	20	29	1.88
240763--241151	176	2.2	176	87	3	532	38	11	21	28	1.89
241138--241279	60	2.4	60	78	13	150	38	9	19	32	1.83
241405--241669	44	6.0	44	90	0	395	40	6	19	33	1.78
243647--243678	16	2.0	16	93	0	55	43	12	15	28	1.83
245979--246374	198	2.0	198	95	0	720	37	4	23	34	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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