genome.fa.s8747.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008747.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111837_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12616935

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   

This is table  9  of  51  ( 6054 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164948--2165109	26	6.7	26	76	16	177	19	22	10	46	1.80
2164948--2165109	72	2.2	72	94	0	279	19	22	10	46	1.80
2169359--2169603	81	3.0	82	84	5	311	31	20	12	36	1.89
2173732--2174270	269	2.0	267	95	0	961	32	12	17	38	1.86
2175483--2175516	12	2.8	12	95	0	59	85	8	0	5	0.75
2175483--2175516	6	5.7	6	89	0	50	85	8	0	5	0.75
2185614--2185671	20	2.8	20	82	12	64	24	32	20	22	1.98
2185692--2185743	20	2.6	20	81	6	61	23	26	15	34	1.94
2186109--2186179	34	2.1	33	84	7	90	35	15	28	21	1.94
2186924--2187005	23	3.6	22	78	8	94	24	26	24	24	2.00
2188676--2188724	19	2.6	19	100	0	98	30	32	16	20	1.94
2188711--2188817	45	2.3	46	85	7	139	29	20	18	30	1.97
2190152--2190414	43	6.1	42	81	7	260	25	22	18	33	1.97
2199968--2200007	21	1.9	21	89	0	62	27	10	25	37	1.88
2200065--2200128	32	2.0	32	90	0	101	31	18	17	32	1.94
2203946--2203987	13	3.2	13	93	0	66	19	45	19	16	1.86
2203926--2203968	18	2.4	18	92	0	68	20	48	18	11	1.79
2206304--2206413	47	2.3	48	80	9	118	22	13	15	48	1.80
2206318--2206396	24	3.3	24	78	7	90	22	13	16	46	1.82
2206342--2206413	24	3.0	23	80	6	72	23	9	15	51	1.73
2208547--2208606	18	3.2	18	85	7	75	16	46	20	16	1.84
2208569--2208600	13	2.5	13	94	0	55	15	43	25	15	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208587--2208626	8	5.2	8	91	8	66	15	32	27	25	1.95
2208590--2208626	15	2.5	15	100	0	74	13	32	27	27	1.94
2210933--2211042	47	2.3	48	80	9	118	22	13	15	48	1.80
2210947--2211025	24	3.3	24	78	7	90	22	13	16	46	1.82
2210971--2211042	24	3.0	23	80	6	72	23	9	15	51	1.73
2213702--2213848	73	2.0	73	91	0	240	40	12	9	36	1.76
2214200--2214683	242	2.0	242	100	0	968	33	12	19	35	1.89
2218380--2218448	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
2219067--2219342	79	3.6	78	83	9	361	30	23	11	34	1.91
2219164--2219282	34	3.4	34	65	19	91	29	24	10	35	1.89
2219132--2219342	71	2.9	72	86	7	291	30	23	10	35	1.89
2219724--2219778	22	2.6	21	81	13	67	23	25	20	30	1.98
2219787--2219967	95	1.9	95	82	8	226	27	23	17	30	1.97
2219838--2219892	19	2.7	21	83	8	69	27	27	18	27	1.98
2223837--2223940	46	2.3	46	83	3	120	24	21	7	47	1.76
2224000--2224026	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2224523--2224671	60	2.5	60	89	0	244	33	18	10	38	1.84
2224681--2224992	79	3.9	78	80	6	335	29	24	9	36	1.88
2225377--2225430	22	2.5	21	79	8	56	24	20	20	35	1.96
2225420--2225595	95	1.9	95	81	2	219	28	25	16	30	1.97
2225546--2225956	206	2.0	208	99	0	808	26	21	16	35	1.94
2230085--2230160	29	2.6	29	93	4	127	22	27	35	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2231155--2231204	3	16.3	3	84	12	57	40	0	0	60	0.97
2231146--2231204	21	2.9	21	80	14	70	44	0	0	55	0.99
2232711--2232775	3	22.3	3	83	12	82	30	1	1	66	1.10
2232690--2232782	12	8.1	12	77	15	74	31	2	2	64	1.17
2232718--2232784	15	4.1	17	78	16	54	31	1	1	65	1.10
2233077--2233124	21	2.3	20	80	16	53	50	4	0	45	1.21
2234891--2234949	30	2.0	30	86	0	82	44	10	23	22	1.83
2235250--2235278	13	2.3	13	94	5	51	24	13	6	55	1.63
2250205--2250269	5	13.6	5	74	19	59	78	0	3	18	0.88
2250205--2250275	9	7.7	9	79	14	56	78	0	2	18	0.86
2250217--2250264	24	2.0	24	87	4	69	79	0	2	18	0.84
2250205--2250272	18	3.6	18	77	13	66	79	0	2	17	0.86
2250215--2250275	9	6.9	8	82	14	59	80	0	1	18	0.80
2251460--2251486	7	3.9	7	100	0	54	74	0	11	14	1.08
2251546--2251772	35	6.1	37	74	16	168	41	7	6	44	1.59
2252398--2252460	5	12.0	5	80	9	63	73	1	1	23	1.01
2252398--2252460	16	4.0	16	79	6	58	73	1	1	23	1.01
2252583--2252653	35	2.0	37	86	10	103	73	2	11	12	1.21
2253332--2253378	12	3.9	12	72	10	51	53	8	0	38	1.32
2253340--2253386	24	2.0	24	100	0	94	46	14	0	38	1.45
2253334--2253398	24	2.7	24	87	0	85	52	10	1	35	1.46
2253925--2254152	123	1.9	123	86	3	334	26	11	23	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2260366--2260479	40	2.7	41	71	14	108	72	1	8	16	1.17
2260423--2260452	15	1.9	16	93	6	53	83	3	0	13	0.77
2260517--2260559	18	2.4	18	88	0	59	69	0	9	20	1.15
2265721--2265761	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
2265832--2266588	128	5.9	128	95	0	1327	23	24	19	32	1.97
2266989--2267088	34	3.0	34	82	2	130	38	3	5	54	1.38
2267608--2267701	21	4.5	21	90	5	145	20	26	34	19	1.96
2267608--2267728	42	2.9	42	82	7	147	21	23	34	20	1.97
2267705--2267752	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
2269497--2269540	19	2.4	19	81	7	56	54	2	0	43	1.12
2269484--2269571	17	5.1	18	70	21	55	59	2	0	38	1.10
2269512--2269583	34	2.1	34	82	10	85	63	5	0	30	1.17
2270984--2271021	15	2.6	15	95	4	69	55	7	0	36	1.29
2271093--2271175	40	2.1	40	95	0	148	31	20	25	22	1.98
2272819--2272868	17	2.9	17	100	0	100	16	18	48	18	1.82
2273783--2273809	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2275278--2275313	16	2.2	17	90	5	56	38	2	22	36	1.69
2278109--2278187	2	39.5	2	97	0	149	49	0	1	49	1.09
2278765--2278813	25	2.0	25	87	0	71	36	18	2	42	1.62
2279113--2279196	29	2.8	30	81	1	98	33	20	22	23	1.97
2281535--2281590	23	2.4	23	80	17	71	21	10	7	60	1.53
2282424--2282464	16	2.6	16	82	14	50	29	4	2	63	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2284252--2284310	18	3.3	18	85	0	73	50	1	18	28	1.56
2288445--2288554	32	3.4	32	82	2	114	15	25	29	30	1.96
2289660--2289693	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2290233--2290376	71	2.0	71	100	0	288	39	9	8	42	1.68
2293845--2294159	157	2.0	157	100	0	630	30	26	9	33	1.88
2325561--2325596	18	2.0	18	94	0	63	41	16	25	16	1.89
2332158--2332233	32	2.4	32	95	0	134	28	23	18	28	1.98
2339724--2339754	16	1.9	16	100	0	62	58	6	6	29	1.48
2339725--2339760	16	2.3	16	90	4	56	58	2	5	33	1.36
2340924--2341178	102	2.5	102	85	0	312	38	11	18	32	1.86
2340933--2341224	102	2.9	102	82	1	289	37	12	18	31	1.88
2341268--2341393	36	3.7	35	73	16	120	41	14	16	27	1.87
2341215--2341356	30	4.5	30	78	13	151	41	16	15	26	1.88
2341238--2341383	66	2.2	66	95	0	256	41	14	16	27	1.87
2354625--2354656	16	1.9	17	93	6	57	56	9	6	28	1.55
2355110--2355165	27	2.1	27	83	9	71	51	3	8	35	1.51
2355992--2356017	13	2.0	13	100	0	52	0	30	0	69	0.89
2356653--2356901	104	2.4	102	82	3	293	38	11	18	32	1.86
2356889--2357071	66	2.8	66	83	4	235	39	12	18	30	1.87
2356925--2357030	30	3.3	30	69	21	81	37	12	17	32	1.87
2361815--2361853	21	1.9	20	84	5	51	7	17	7	66	1.40
2362300--2362475	86	2.0	87	86	1	246	44	10	17	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2365693--2365772	24	3.3	24	78	0	88	25	16	16	42	1.88
2372495--2372537	16	2.6	16	96	3	77	53	11	6	27	1.63
2375546--2375576	16	1.9	16	93	0	53	35	0	16	48	1.46
2384592--2384631	17	2.4	17	95	0	71	22	10	35	32	1.87
2385380--2386014	81	7.9	81	89	2	920	35	10	23	30	1.88
2389182--2389311	67	1.9	67	98	0	251	42	6	19	31	1.77
2391596--2391656	16	3.9	16	80	2	79	21	26	13	39	1.90
2391851--2391877	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2391916--2391965	23	2.1	24	92	3	84	48	0	2	50	1.12
2395748--2395888	60	2.3	61	86	4	196	36	9	4	48	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51