genome.fa.s8747.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008747.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111837_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12616935

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   

This is table  11  of  51  ( 6054 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2636579--2636626	19	2.5	20	86	3	62	50	6	12	31	1.65
2637733--2637772	21	1.9	21	89	0	62	35	10	7	47	1.65
2637996--2638073	20	3.8	20	77	9	84	25	30	19	24	1.98
2638701--2638800	21	4.7	21	82	11	123	24	37	18	21	1.94
2642571--2642793	54	4.1	54	87	0	284	30	15	17	37	1.90
2642845--2642876	15	2.1	15	100	0	64	50	18	6	25	1.70
2647509--2647910	206	2.0	205	97	2	763	34	7	15	41	1.77
2652815--2652845	16	2.0	16	93	6	55	0	16	0	83	0.64
2658267--2658428	29	5.6	29	83	5	175	32	9	9	48	1.68
2658267--2658433	58	2.9	58	84	1	210	31	10	8	49	1.68
2668076--2668123	23	2.1	23	88	7	71	41	0	6	52	1.27
2668147--2668182	18	2.1	18	89	5	56	36	5	2	55	1.38
2668258--2668286	14	2.0	15	93	6	51	34	0	3	62	1.12
2668601--2668625	13	1.9	13	100	0	50	48	0	52	0	1.00
2669289--2669328	19	2.1	19	100	0	80	25	15	35	25	1.94
2669655--2669831	59	3.0	59	93	0	293	33	12	20	32	1.91
2670045--2670454	68	6.0	68	90	0	604	30	14	24	29	1.95
2670388--2670605	81	2.7	81	91	0	355	34	14	22	28	1.93
2670592--2670652	29	2.1	29	87	6	88	45	13	18	22	1.83
2670512--2670716	110	1.9	110	83	2	268	40	12	20	26	1.88
2671865--2671897	17	1.9	17	88	11	50	42	12	3	42	1.57
2675582--2675641	22	2.8	20	80	12	66	11	16	5	66	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2677510--2677582	20	3.7	20	89	7	112	19	28	23	28	1.98
2684296--2684519	54	4.1	54	89	2	340	33	16	19	29	1.94
2684319--2684519	110	1.8	110	94	0	357	33	16	19	30	1.94
2685124--2685175	19	2.7	20	84	6	79	19	23	17	40	1.91
2687048--2687141	10	9.8	9	72	13	53	15	24	28	30	1.96
2687049--2687122	9	7.6	10	76	19	59	14	25	28	31	1.95
2687048--2687141	19	4.8	19	80	8	100	15	24	28	30	1.96
2687048--2687122	29	2.5	30	82	8	100	16	25	28	30	1.96
2687156--2687199	22	2.0	22	95	0	79	18	47	25	9	1.77
2687142--2687188	17	2.7	18	93	3	78	19	51	23	6	1.70
2687189--2687219	7	4.4	7	91	0	53	19	29	25	25	1.99
2691698--2691731	17	2.1	16	94	5	59	14	5	0	79	0.91
2693669--2693719	24	2.1	24	96	0	93	31	27	11	29	1.92
2693799--2694005	55	3.8	55	89	2	321	27	21	20	30	1.98
2694009--2694202	36	5.3	36	89	2	266	22	21	16	39	1.92
2697155--2697209	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
2696950--2697411	245	1.9	243	89	0	708	31	17	15	35	1.91
2700198--2700231	15	2.3	15	94	0	59	0	17	0	82	0.67
2705944--2706001	25	2.3	25	90	0	89	32	29	6	31	1.84
2714328--2714391	2	32.5	2	96	3	121	50	0	0	50	1.00
2715094--2715131	3	12.3	3	88	5	58	65	0	0	34	0.93
2715286--2715391	56	1.9	55	92	1	176	21	20	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2715435--2716275	55	15.4	54	80	8	593	28	19	19	31	1.97
2715435--2716349	110	8.3	109	80	8	703	29	20	19	31	1.97
2715455--2716003	273	2.0	274	84	3	723	29	18	20	31	1.97
2715440--2716282	328	2.6	328	79	10	823	29	19	19	31	1.97
2715967--2716349	55	7.0	55	84	2	446	30	21	18	30	1.97
2716353--2716798	36	12.3	36	87	2	599	24	19	16	39	1.92
2718488--2718612	29	4.3	29	93	0	223	38	21	8	31	1.84
2720503--2720571	2	35.0	2	97	2	131	50	0	0	49	1.00
2721589--2721939	55	6.4	55	88	0	450	30	18	20	30	1.96
2721613--2722007	55	7.2	55	85	3	228	32	17	20	30	1.95
2722333--2722457	45	2.8	44	87	4	178	46	6	20	26	1.75
2728545--2728886	59	5.8	59	84	3	404	36	10	23	29	1.88
2728545--2729096	177	3.1	173	77	10	508	36	11	23	28	1.89
2728536--2729098	118	4.8	117	77	10	475	36	11	23	28	1.89
2728536--2729051	59	8.8	58	82	6	369	36	11	23	29	1.90
2728853--2729047	60	3.2	60	84	5	245	36	12	22	28	1.91
2729180--2729580	44	9.0	44	88	7	513	39	6	19	33	1.79
2730756--2730798	22	2.0	22	100	0	86	16	9	32	41	1.80
2730760--2730810	22	2.3	22	90	6	77	17	9	29	43	1.81
2731011--2731071	23	2.7	23	80	12	63	27	18	3	50	1.62
2731022--2731071	23	2.2	23	86	10	68	32	20	2	46	1.62
2731022--2731074	22	2.4	22	81	12	63	30	20	1	47	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2750919--2750958	15	2.6	16	88	4	55	15	15	35	35	1.88
2755302--2755352	25	2.1	25	85	7	70	49	0	9	41	1.36
2757891--2757918	13	2.2	13	100	0	56	39	14	17	28	1.89
2768613--2768693	39	2.1	39	95	0	144	25	20	25	27	1.99
2781529--2781568	13	3.2	12	83	13	53	40	0	20	40	1.52
2785613--2785664	19	2.6	20	84	9	70	50	0	3	46	1.20
2785628--2785669	9	4.6	9	82	5	57	57	0	0	42	0.99
2785713--2785762	13	3.8	13	94	2	82	36	6	10	48	1.61
2785776--2785802	14	1.9	14	100	0	54	37	7	7	48	1.59
2785752--2785880	38	3.4	37	82	4	168	45	4	6	42	1.51
2785852--2785894	14	3.1	14	100	0	86	41	6	6	44	1.58
2785776--2785972	90	2.2	91	90	3	308	46	4	7	42	1.51
2785822--2785932	52	2.2	52	82	9	131	49	4	7	38	1.51
2785865--2786029	38	4.2	40	75	14	141	46	3	7	41	1.50
2785866--2786016	76	2.0	76	87	7	218	46	3	7	41	1.52
2785866--2785984	38	3.1	38	81	8	143	43	4	7	44	1.52
2785943--2785978	16	2.2	17	95	5	65	41	5	5	47	1.50
2786007--2786069	24	2.8	22	80	11	65	44	0	4	50	1.23
2786011--2786060	21	2.5	20	81	15	59	46	0	4	50	1.20
2786112--2786142	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
2786747--2786781	16	2.2	16	90	10	54	20	2	0	77	0.90
2786735--2786803	18	3.9	18	74	16	54	24	1	2	71	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2788116--2788594	200	2.4	199	85	3	617	29	15	15	39	1.88
2791312--2791359	19	2.5	19	93	0	78	52	8	6	33	1.57
2792733--2794517	199	9.0	196	88	3	2417	30	15	13	39	1.87
2792733--2794512	594	3.0	593	87	3	2535	30	15	13	39	1.87
2792733--2794512	793	2.2	792	89	2	2668	30	15	13	39	1.87
2794628--2794913	138	2.1	136	88	6	416	40	21	17	19	1.91
2796485--2796518	6	5.7	6	85	0	50	14	32	2	50	1.58
2797665--2797709	18	2.5	18	92	0	81	24	4	37	33	1.76
2797701--2797744	15	2.9	15	93	0	79	27	9	36	27	1.87
2798079--2799245	201	5.8	201	89	2	1616	34	14	13	36	1.86
2798079--2799245	400	2.9	401	89	2	1731	34	14	13	36	1.86
2799693--2799739	19	2.5	19	92	0	76	57	12	0	29	1.36
2801646--2801687	15	2.8	15	96	0	75	11	52	11	23	1.71
2803927--2804767	182	4.6	182	88	2	1228	26	17	14	41	1.88
2803927--2804770	363	2.3	362	87	3	1223	26	17	14	41	1.88
2804917--2804950	11	2.8	12	86	13	52	32	14	11	41	1.82
2805567--2805656	23	3.9	23	94	0	162	36	8	15	38	1.79
2805555--2805656	46	2.2	46	91	0	150	38	7	14	39	1.75
2805688--2805732	23	2.0	23	86	0	63	40	13	15	31	1.86
2808374--2808818	201	2.2	201	93	1	763	30	17	14	36	1.91
2810700--2810770	20	3.5	20	96	0	124	21	12	14	52	1.74
2813708--2813757	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2815909--2816009	26	3.9	26	93	0	175	11	25	31	30	1.92
2816037--2816127	36	2.6	36	86	8	127	7	27	28	36	1.84
2820247--2820298	20	2.6	21	79	14	56	63	5	0	30	1.18
2820240--2820303	19	2.9	21	76	23	53	64	6	0	29	1.18
2821498--2821857	173	2.1	173	92	1	596	37	18	4	39	1.71
2822427--2822511	34	2.5	34	94	0	152	35	22	24	17	1.95
2825303--2825364	18	3.4	18	72	12	56	14	8	3	74	1.18
2825371--2825413	21	2.0	22	86	4	61	11	9	4	74	1.20
2825404--2825458	23	2.3	23	81	9	58	12	14	0	72	1.12
2825765--2825915	55	2.7	55	92	2	241	28	9	16	45	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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