genome.fa.s8747.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008747.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111837_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12616935

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7983465--7983958	134	3.7	134	94	1	830	31	24	6	37	1.81
7984134--7984245	59	1.9	59	85	3	154	33	17	11	37	1.86
7984222--7984522	59	5.1	58	73	8	216	30	22	10	36	1.89
7984189--7984522	117	2.8	117	87	2	438	30	22	11	36	1.89
7987661--7988255	55	10.9	54	84	6	625	33	17	20	28	1.95
7987661--7988213	110	5.1	110	86	3	697	33	17	20	28	1.95
7987661--7988213	161	3.4	162	91	3	806	33	17	20	28	1.95
7994720--7995359	55	11.4	55	74	10	379	34	17	19	28	1.94
7994720--7995359	110	5.7	110	78	7	606	34	17	19	28	1.94
7994796--7995153	180	2.0	180	100	0	716	35	16	19	28	1.93
7994750--7995208	235	2.0	235	89	0	711	35	16	19	28	1.94
7994721--7995263	290	1.9	290	89	0	843	35	16	19	27	1.94
7994720--7995294	165	3.4	165	85	7	684	35	16	19	28	1.94
7997607--7997646	21	1.9	21	84	0	53	25	25	15	35	1.94
8000117--8000171	28	1.9	29	85	10	78	67	1	9	21	1.28
8023770--8023806	18	2.1	18	89	0	56	45	5	0	48	1.25
8030137--8030218	34	2.4	34	85	0	101	30	10	14	43	1.80
8030156--8030217	17	3.7	16	76	8	61	29	12	12	45	1.80
8030152--8030219	34	2.0	34	91	0	109	30	11	14	42	1.82
8030266--8030313	17	2.8	17	80	0	60	45	12	2	39	1.54
8040637--8040693	27	2.1	27	83	3	69	56	8	24	10	1.61
8041303--8041527	114	2.0	114	89	1	344	32	14	20	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8041508--8041560	21	2.5	21	93	0	88	35	7	22	33	1.83
8043110--8043154	18	2.5	17	85	7	54	60	8	2	28	1.39
8049569--8049642	36	2.1	36	97	0	139	22	20	22	33	1.97
8051749--8052080	165	2.0	166	99	0	657	27	15	18	38	1.91
8058486--8058519	15	2.3	15	89	0	50	70	0	8	20	1.13
8067578--8067663	20	4.3	20	96	0	154	27	13	23	34	1.93
8067727--8067785	26	2.3	26	96	0	109	45	1	18	33	1.60
8068389--8068439	26	2.0	26	88	0	75	54	3	5	35	1.43
8072394--8072424	6	5.2	6	96	0	53	45	0	0	54	0.99
8074465--8074503	21	1.9	20	89	5	60	66	2	0	30	1.05
8075610--8075653	3	14.7	3	81	9	54	65	0	0	34	0.93
8075603--8075656	9	5.8	10	80	10	53	68	0	0	31	0.90
8076493--8076897	110	3.7	110	91	1	631	24	17	23	34	1.95
8083360--8083456	20	4.8	20	93	0	158	43	20	17	18	1.88
8083443--8083506	20	3.2	20	93	0	110	28	28	20	23	1.99
8084351--8084404	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
8086817--8086927	20	5.6	20	86	2	161	37	26	19	16	1.92
8087087--8087123	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
8088307--8088399	42	2.2	42	80	3	107	24	17	37	20	1.93
8088876--8089080	20	10.4	20	81	8	215	39	22	19	18	1.92
8088875--8089058	96	1.9	94	88	2	278	40	22	19	17	1.91
8088878--8089096	116	1.9	116	96	0	402	39	22	20	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8089123--8089242	20	5.6	20	70	18	89	20	16	21	40	1.91
8089184--8089219	14	2.6	14	90	0	54	8	13	27	50	1.71
8091141--8091315	73	2.4	73	92	0	278	42	23	17	16	1.89
8091122--8091284	20	8.5	20	81	8	133	42	24	17	15	1.88
8091651--8091716	22	3.0	22	86	0	87	22	15	36	25	1.93
8091913--8092045	20	6.7	20	87	0	203	23	18	18	39	1.92
8092042--8092087	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
8098837--8098882	21	2.2	20	88	3	65	63	2	0	34	1.07
8102721--8102789	32	2.2	32	86	0	93	39	28	15	15	1.89
8103983--8104050	21	3.3	21	79	8	77	44	17	17	20	1.87
8104398--8104437	21	1.9	21	100	0	80	22	15	10	52	1.71
8104397--8104443	21	2.2	21	88	0	76	19	17	14	48	1.81
8104419--8104610	40	4.8	40	80	7	176	20	16	20	42	1.89
8104438--8104574	60	2.3	60	89	2	213	21	16	21	41	1.90
8104438--8104610	20	8.6	21	80	11	159	20	16	21	41	1.90
8104419--8104610	60	3.2	60	83	6	185	20	16	20	42	1.89
8106518--8106552	16	2.1	17	94	5	63	54	0	0	45	0.99
8109414--8109460	15	3.4	14	80	17	53	59	0	2	38	1.09
8109617--8110062	241	1.8	244	87	3	677	26	21	15	35	1.94
8109902--8110341	133	3.2	135	87	7	555	25	22	17	34	1.96
8110390--8110620	90	2.6	89	94	1	390	35	21	18	24	1.96
8110672--8111018	43	8.1	43	84	7	431	31	27	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8110678--8111018	128	2.7	130	91	3	539	31	28	12	26	1.93
8111017--8111298	39	7.4	38	84	5	279	37	13	19	29	1.90
8111026--8111259	36	6.3	36	84	3	252	35	14	20	29	1.92
8111195--8111326	39	3.4	38	85	5	156	42	12	16	28	1.85
8116003--8116085	6	13.5	6	77	14	62	57	12	14	15	1.65
8115999--8116079	28	2.9	28	74	10	94	58	11	14	16	1.64
8116002--8116045	22	2.0	22	86	0	61	63	9	11	15	1.51
8118237--8118281	16	2.9	16	87	9	58	55	4	4	35	1.40
8120288--8120327	20	2.0	21	85	5	55	22	15	27	35	1.94
8121408--8121436	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8122143--8122183	19	2.1	20	90	4	66	24	19	36	19	1.95
8126712--8126761	20	2.6	19	83	3	64	12	16	6	66	1.43
8127166--8127214	17	2.8	17	90	3	80	12	10	4	73	1.22
8127200--8127285	41	2.1	42	89	10	133	25	12	8	53	1.66
8141621--8141732	32	3.5	32	74	4	91	29	19	16	33	1.94
8142420--8142461	21	2.0	21	90	4	68	42	2	7	47	1.43
8142420--8142466	21	2.2	20	85	10	67	42	4	6	46	1.48
8142493--8142547	22	2.5	22	87	0	74	49	0	3	47	1.19
8149107--8149158	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
8149540--8149622	43	1.9	43	82	4	105	38	21	15	24	1.92
8149460--8149952	132	3.7	132	76	5	321	32	20	19	27	1.97
8149457--8149954	44	11.3	44	68	5	180	32	20	20	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8150857--8150922	27	2.4	27	82	5	89	59	9	1	30	1.38
8159908--8160011	21	4.9	21	71	13	79	27	23	17	31	1.97
8160406--8160431	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
8164112--8164166	23	2.4	22	85	8	74	25	21	32	20	1.97
8164096--8164177	22	3.7	22	75	15	80	21	24	30	23	1.99
8175053--8175082	15	1.9	16	93	6	53	40	16	3	40	1.65
8181388--8181456	21	3.2	21	83	6	84	20	33	24	21	1.97
8181376--8181457	23	3.7	22	83	4	103	21	31	25	20	1.98
8181376--8181482	22	4.9	22	78	7	92	23	31	24	20	1.98
8181375--8181482	44	2.5	44	76	11	114	24	31	24	20	1.98
8183050--8183097	18	2.6	17	84	12	60	43	22	31	2	1.65
8184089--8184142	22	2.5	22	100	0	108	16	44	24	14	1.85
8185005--8185094	29	3.1	29	73	10	85	36	18	4	40	1.71
8186683--8186713	16	1.9	16	93	0	53	22	6	0	70	1.09
8186684--8186722	17	2.4	16	86	4	51	20	10	0	69	1.17
8190641--8190855	36	6.0	36	87	3	254	43	3	10	42	1.56
8190643--8190868	35	6.3	35	85	3	254	42	3	11	42	1.59
8190643--8190868	71	3.2	72	84	5	271	42	3	11	42	1.59
8190783--8190955	87	2.0	87	90	4	278	43	4	13	38	1.65
8190873--8191007	34	3.9	34	83	6	164	43	2	10	42	1.54
8190874--8191041	34	4.9	33	79	14	144	43	4	9	42	1.56
8190874--8191041	68	2.4	68	81	6	187	43	4	9	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8191038--8191101	4	16.8	4	78	18	66	21	1	1	75	0.98
8191038--8191101	11	5.6	11	78	14	67	21	1	1	75	0.98
8192375--8192414	18	2.3	17	91	4	62	10	12	0	77	0.99
8192478--8192518	17	2.4	18	88	11	61	4	9	0	85	0.73
8192543--8192580	19	2.0	19	85	10	51	26	2	5	65	1.27
8193606--8193667	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
8199954--8199997	16	2.8	16	89	0	61	50	18	9	22	1.75
8201516--8201555	20	2.0	20	95	0	71	55	17	10	17	1.69
8204478--8204889	35	11.6	35	81	5	364	43	3	11	41	1.59
8204517--8204889	143	2.6	140	84	3	471	43	4	12	40	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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