genome.fa.s8747.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008747.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111837_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12616935

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  35  of  51  ( 6054 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8840566--8841086	82	6.3	82	79	4	510	35	18	9	37	1.83
8840605--8841078	249	1.9	249	86	2	675	36	16	9	37	1.82
8840566--8841092	167	3.2	165	78	7	555	34	18	9	37	1.83
8845697--8845746	12	4.3	12	72	10	50	44	2	2	52	1.24
8845711--8846096	22	17.6	22	91	1	614	39	0	11	48	1.41
8846118--8846177	31	1.9	31	89	0	93	45	8	3	43	1.50
8858254--8858354	43	2.3	43	81	3	123	37	24	12	24	1.91
8867599--8867624	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
8875716--8875833	33	3.5	33	70	16	80	37	8	19	34	1.82
8880863--8880944	42	2.0	42	87	4	121	24	10	14	50	1.75
8881175--8881267	27	3.4	27	74	21	86	50	1	0	48	1.07
8881216--8881266	23	2.2	23	86	6	68	54	1	0	43	1.11
8881355--8881399	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
8881368--8881537	91	1.9	87	81	9	200	49	4	0	45	1.23
8881754--8881804	15	3.4	15	84	10	77	37	15	5	41	1.72
8881762--8881812	15	3.4	15	83	0	75	29	15	7	47	1.74
8882167--8882215	23	2.3	20	77	16	53	65	10	2	22	1.34
8882250--8882286	13	2.8	13	92	8	58	62	0	0	37	0.96
8883085--8883122	15	2.5	15	91	0	58	31	26	5	36	1.79
8891649--8891943	107	2.8	106	86	3	396	24	17	21	37	1.94
8895219--8895281	11	5.9	11	73	14	60	57	1	1	39	1.18
8895513--8895789	5	55.0	5	91	1	293	50	19	9	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8895513--8895789	15	18.3	15	89	1	338	50	19	9	20	1.75
8897294--8897325	16	2.0	16	93	0	55	50	0	3	46	1.17
8901120--8901166	24	2.0	24	83	8	60	57	12	2	27	1.47
8904475--8904518	20	2.2	20	84	4	63	65	0	15	18	1.27
8907177--8907238	3	20.7	3	96	0	115	64	0	1	33	1.03
8909375--8909423	3	16.7	3	91	4	82	63	0	2	34	1.06
8911300--8911523	113	2.0	112	96	3	416	21	23	34	20	1.97
8911676--8911722	3	15.7	3	86	8	60	61	0	4	34	1.15
8912040--8912710	114	5.9	113	87	3	887	29	19	12	38	1.88
8912040--8912705	230	2.9	229	91	1	1050	29	19	12	38	1.88
8912039--8912710	344	2.0	341	88	3	992	29	19	12	38	1.88
8913348--8913848	83	6.0	83	98	0	948	36	21	13	27	1.92
8915001--8915051	5	9.8	5	85	6	66	1	13	0	84	0.71
8914993--8915052	21	2.9	22	87	9	90	1	13	0	85	0.69
8914994--8915054	16	3.8	16	82	8	79	1	13	0	85	0.68
8925422--8925470	17	2.9	17	81	6	55	65	0	6	28	1.16
8926018--8926046	14	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
8927102--8927131	16	1.9	15	93	6	51	0	23	6	70	1.11
8927599--8927663	3	21.7	3	96	0	103	61	0	4	33	1.16
8933858--8933904	24	2.0	24	83	8	60	57	12	2	27	1.47
8940491--8940792	150	2.0	152	98	1	590	34	22	13	30	1.92
8942322--8942553	7	32.7	7	69	17	99	44	28	1	25	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8942322--8942553	14	16.4	14	70	12	118	44	28	1	25	1.62
8942288--8942446	57	2.8	57	88	2	212	45	25	1	26	1.64
8942947--8942987	14	3.1	14	76	20	52	41	0	4	53	1.22
8943230--8943266	15	2.5	15	90	0	65	24	21	21	32	1.98
8945643--8945750	52	2.0	55	94	5	195	25	12	11	50	1.74
8945970--8946302	5	68.6	5	90	9	532	39	0	0	60	0.97
8947180--8947297	2	60.5	2	74	17	97	46	4	1	47	1.32
8947216--8947295	7	11.0	7	71	17	56	45	5	1	48	1.32
8947215--8947297	9	8.9	9	74	19	64	45	4	1	48	1.31
8953334--8953369	11	3.4	11	96	3	65	22	33	8	36	1.84
8958775--8959003	33	7.0	34	71	16	114	49	3	1	44	1.28
8958773--8958907	40	3.4	40	76	17	115	49	1	2	46	1.23
8958773--8958903	28	4.8	28	74	13	87	49	1	2	46	1.23
8958935--8959061	27	4.8	26	70	13	80	48	6	2	43	1.41
8958832--8959031	2	104.0	2	70	20	97	51	5	0	43	1.27
8959669--8959731	21	3.0	21	95	2	108	57	14	4	23	1.56
8962895--8962955	31	2.0	31	90	0	95	40	11	18	29	1.85
8967890--8967944	12	4.6	12	88	0	83	10	21	45	21	1.82
8968105--8968187	36	2.3	36	80	0	94	16	40	10	31	1.83
8968764--8968853	46	2.0	46	97	0	171	30	22	22	25	1.99
8968851--8968959	5	21.8	5	68	14	64	22	5	0	70	1.13
8968851--8968898	11	4.3	11	80	12	53	16	2	2	79	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8968851--8968910	16	3.6	16	82	10	66	16	5	1	76	1.04
8968851--8968909	11	5.8	10	78	15	50	16	5	1	76	1.05
8969405--8969447	17	2.3	19	76	19	54	11	34	13	39	1.82
8969412--8969449	17	2.2	17	95	0	67	10	31	18	39	1.85
8972747--8972905	86	1.9	85	93	1	273	27	2	11	58	1.46
8973765--8973823	10	5.5	12	80	13	51	16	6	1	74	1.11
8973772--8973821	5	9.8	5	83	12	57	16	4	2	78	1.00
8975973--8976030	29	2.1	29	90	6	93	29	12	3	55	1.53
8981798--8982248	224	2.0	220	84	5	590	39	14	14	31	1.86
8982119--8982298	99	1.8	99	87	0	270	40	11	11	36	1.78
8982580--8982615	17	2.1	17	94	0	63	36	5	8	50	1.56
8982900--8982971	23	3.1	23	80	7	92	34	11	16	37	1.84
8982946--8983121	75	2.3	75	85	1	237	33	11	13	41	1.80
8983096--8983157	23	2.7	23	80	5	72	35	12	17	33	1.88
8984647--8984699	23	2.3	23	90	0	79	22	22	24	30	1.99
8990899--8990951	23	2.3	23	93	0	88	20	22	26	30	1.98
8991621--8991760	74	1.9	74	83	0	181	30	15	17	37	1.90
8993486--8993523	19	2.0	19	94	0	67	31	7	5	55	1.51
8994517--8994542	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
8997745--8997802	30	1.9	30	96	0	107	12	15	12	60	1.59
8999949--8999989	17	2.4	17	91	0	64	46	31	9	12	1.74
9001585--9001669	36	2.4	35	88	5	127	28	16	11	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9001904--9002262	131	2.7	131	83	2	405	25	29	17	27	1.98
9003955--9004393	230	1.9	230	97	0	824	33	10	17	39	1.83
9004960--9005009	24	2.1	24	85	7	66	36	2	4	58	1.29
9007665--9007737	37	2.0	37	94	0	128	31	16	12	39	1.85
9008343--9008428	37	2.4	37	88	3	122	31	9	15	44	1.78
9008413--9008746	36	9.2	36	79	14	373	40	13	20	26	1.89
9008481--9008746	73	3.6	73	84	8	374	40	14	19	25	1.89
9008481--9008746	115	2.4	109	87	5	390	40	14	19	25	1.89
9009518--9009613	32	3.0	32	82	1	120	33	26	11	29	1.91
9010659--9010711	13	4.2	12	79	11	52	1	16	3	77	1.01
9013772--9013875	12	8.7	12	70	16	63	75	1	5	17	1.10
9013729--9013876	69	2.1	71	79	7	160	72	1	8	16	1.16
9014485--9014509	13	1.9	13	100	0	50	28	8	24	40	1.83
9014533--9014642	37	3.0	37	93	0	184	30	15	13	40	1.86
9014568--9014631	21	3.3	21	62	20	57	28	14	14	43	1.83
9015761--9016195	213	2.0	216	96	2	813	25	12	21	40	1.88
9033015--9033269	138	1.8	137	82	6	327	40	18	12	28	1.88
9039944--9040199	138	1.9	138	81	3	318	40	16	13	29	1.87
9045276--9045324	20	2.5	20	76	6	55	28	12	20	38	1.89
9047178--9047231	19	3.0	18	72	17	58	40	5	0	53	1.24
9048638--9048787	29	5.1	29	75	12	110	24	24	15	36	1.94
9057971--9058013	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9057970--9058019	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
9063796--9063831	18	2.0	19	89	10	58	33	0	11	55	1.35
9063801--9063839	19	2.1	18	85	4	51	28	0	15	56	1.40
9064873--9065156	29	9.8	29	77	11	143	24	25	14	35	1.94
9064873--9065160	87	3.3	87	77	2	283	24	25	14	35	1.94
9064880--9065159	58	4.8	57	77	6	231	24	24	15	35	1.94
9068561--9068608	20	2.4	20	89	0	78	33	4	14	47	1.63
9069790--9069823	17	1.9	18	88	5	52	32	2	5	58	1.37
9074803--9075869	3	364.0	3	80	13	1176	0	34	0	64	1.01
9076837--9076873	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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