genome.fa.s8747.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008747.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111837_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12616935

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8357174--8357234	28	2.1	28	85	11	79	63	0	1	34	1.04
8364579--8364613	18	1.9	18	88	0	52	51	8	8	31	1.63
8365896--8365998	31	3.4	31	91	4	165	25	31	27	16	1.97
8366851--8366881	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8367825--8367929	48	2.2	48	92	0	174	52	18	8	20	1.71
8367851--8367928	24	3.2	24	68	13	70	51	20	7	20	1.72
8379458--8379532	30	2.5	31	86	2	98	30	26	26	16	1.96
8381687--8381721	13	2.6	14	86	13	56	5	28	42	22	1.76
8383460--8383591	42	3.1	43	80	3	142	20	21	15	42	1.89
8383527--8383616	43	2.1	43	85	4	119	22	23	15	38	1.92
8391417--8391676	44	5.7	48	88	3	253	26	20	13	39	1.90
8391529--8391653	25	5.5	25	63	21	67	24	21	13	40	1.89
8391452--8391684	44	5.2	44	88	3	308	25	20	13	40	1.89
8393274--8393377	37	3.0	34	69	20	79	48	4	0	46	1.30
8398197--8398276	37	2.2	37	81	0	88	40	12	15	32	1.84
8402764--8402811	18	2.7	17	78	9	60	81	8	6	4	0.98
8404249--8404972	106	6.9	106	89	1	1082	33	24	18	23	1.96
8405722--8405826	37	2.8	37	83	0	129	40	14	13	31	1.84
8408875--8409348	260	1.8	258	80	5	580	34	15	13	36	1.87
8409418--8409492	13	5.4	14	75	15	50	77	2	9	10	1.09
8409435--8409491	19	3.1	17	75	18	51	82	3	7	7	0.94
8409435--8409492	14	4.4	13	76	10	55	81	3	6	8	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8413835--8413878	16	2.7	16	82	10	54	31	0	9	59	1.29
8420323--8420348	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8424136--8424425	139	2.1	139	85	6	383	30	16	12	41	1.84
8429838--8430007	82	2.1	82	96	0	313	31	7	25	35	1.84
8444523--8444553	15	2.1	15	93	0	53	54	6	19	19	1.65
8448348--8448402	23	2.6	21	80	11	67	60	3	0	36	1.15
8448325--8448378	16	3.1	16	75	17	54	55	1	0	42	1.10
8448367--8448401	11	3.1	11	84	8	52	60	2	0	37	1.12
8448367--8448410	12	3.8	12	78	6	54	56	2	2	38	1.24
8448556--8448640	20	4.2	20	92	0	125	27	27	22	23	1.99
8448800--8448842	22	2.0	22	100	0	86	25	41	13	18	1.88
8449187--8449234	19	2.5	19	96	0	87	52	18	14	14	1.75
8449206--8449279	33	2.2	33	88	4	105	50	21	18	9	1.75
8451653--8451770	2	59.0	2	81	9	134	44	2	4	48	1.35
8452178--8452206	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
8465472--8465509	18	2.1	18	90	0	58	34	23	15	26	1.95
8468875--8468913	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
8471145--8471183	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
8471521--8471571	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
8474367--8474926	278	2.0	281	98	1	1090	27	12	11	48	1.74
8478537--8478589	17	3.1	17	80	0	61	43	7	13	35	1.72
8478664--8478705	17	2.5	17	84	0	57	42	11	16	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8494501--8494644	45	3.2	44	77	11	116	22	15	27	34	1.95
8495699--8495737	18	2.2	18	100	0	78	43	20	10	25	1.83
8505806--8505870	30	2.2	30	82	0	76	10	27	26	35	1.90
8508569--8508910	169	2.0	172	89	4	530	37	11	22	28	1.88
8510372--8510413	10	4.3	10	81	6	50	7	2	4	85	0.80
8510372--8510412	19	2.2	18	86	4	55	7	2	4	85	0.81
8522416--8522461	18	2.6	18	89	0	65	32	30	26	10	1.90
8525814--8525990	39	4.5	39	80	2	194	38	9	28	23	1.85
8525819--8525990	78	2.2	78	82	0	227	38	9	28	23	1.85
8528018--8528058	21	1.9	22	90	5	66	21	19	21	36	1.95
8532610--8532647	19	2.0	20	94	5	69	52	7	7	31	1.59
8535526--8535571	18	2.9	16	76	17	51	63	8	28	0	1.24
8540364--8540409	20	2.2	20	85	11	58	21	2	13	63	1.40
8540434--8540467	12	2.8	12	90	4	50	38	11	5	44	1.65
8541961--8541985	13	1.9	13	100	0	50	40	0	16	44	1.47
8543405--8543455	18	2.6	21	78	9	63	33	9	11	45	1.74
8543673--8543780	22	4.9	22	93	0	171	27	25	21	25	1.99
8547063--8547139	19	3.8	20	72	24	54	45	3	0	50	1.20
8547048--8547155	43	2.5	43	86	7	141	49	3	0	47	1.19
8547055--8547155	42	2.4	43	86	6	136	49	3	0	46	1.20
8548668--8548717	14	3.7	14	73	7	50	6	36	0	58	1.23
8557960--8557989	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8558178--8558237	19	3.3	16	82	17	57	71	8	0	20	1.11
8558355--8558395	20	2.0	20	85	0	55	78	2	17	2	0.98
8558987--8559140	20	7.7	20	86	2	211	39	18	19	22	1.92
8559140--8559233	20	4.7	20	93	0	152	30	25	18	25	1.98
8558987--8559160	60	2.9	59	83	7	217	38	18	19	22	1.93
8560075--8560128	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
8562544--8562635	20	4.6	20	89	2	141	35	25	20	18	1.95
8562609--8562704	33	2.8	33	87	3	129	41	17	25	15	1.89
8562642--8562728	20	4.7	20	80	15	107	45	17	22	13	1.83
8562734--8562801	20	3.8	19	77	20	83	11	20	19	48	1.80
8562739--8562834	33	2.9	34	88	3	140	12	22	20	43	1.86
8562761--8562814	14	3.5	14	75	22	54	11	22	20	46	1.82
8562940--8562976	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
8563249--8563368	20	5.9	20	84	1	123	21	18	18	41	1.90
8563234--8563321	40	2.2	40	79	4	97	23	18	17	40	1.90
8563334--8563379	21	2.2	21	96	0	83	15	26	19	39	1.91
8566495--8566564	28	2.6	27	84	8	81	22	21	8	47	1.78
8566511--8566564	28	1.9	28	92	0	90	25	20	7	46	1.77
8567949--8567988	21	1.9	21	89	0	62	85	0	10	5	0.75
8569895--8570614	54	13.1	54	79	8	704	30	8	19	41	1.81
8569895--8570614	165	4.4	162	85	5	801	30	8	19	41	1.81
8569895--8570614	107	6.6	107	79	8	691	30	8	19	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8570781--8570811	11	2.8	11	95	0	53	29	6	35	29	1.82
8572102--8572403	119	2.5	118	85	2	390	37	15	19	26	1.92
8572788--8572835	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
8572998--8573028	14	2.1	15	94	5	55	80	6	0	12	0.89
8572994--8573039	18	2.5	17	86	13	56	73	10	0	15	1.08
8576887--8576938	19	2.7	19	96	0	95	51	1	9	36	1.46
8579309--8579365	29	2.0	29	82	6	71	64	3	5	26	1.30
8580913--8580956	19	2.4	17	82	14	52	50	0	6	43	1.29
8581017--8581045	11	2.5	12	88	11	51	62	0	0	37	0.96
8581158--8581184	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8582036--8582073	20	1.9	20	88	0	58	18	23	28	28	1.98
8582375--8582435	3	20.3	3	96	0	113	65	1	0	32	1.02
8582664--8583308	124	5.4	122	81	8	696	26	18	15	38	1.91
8583605--8583652	3	15.7	3	82	4	60	35	2	0	62	1.07
8589763--8589804	11	3.8	11	87	0	57	23	19	9	47	1.78
8593296--8593349	4	13.8	4	79	14	51	22	5	0	72	1.05
8593285--8593355	25	2.8	25	78	20	67	22	8	1	67	1.25
8595738--8595800	27	2.3	27	100	0	126	33	14	23	28	1.94
8596913--8596961	21	2.2	23	89	7	75	75	0	20	4	0.96
8597973--8598883	66	13.8	66	96	0	1664	29	21	17	31	1.96
8598814--8599281	111	4.2	111	87	2	618	30	22	16	30	1.96
8599482--8599532	3	16.7	3	83	4	66	35	1	0	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8603260--8603294	18	1.9	18	100	0	70	57	5	5	31	1.46
8603672--8603732	14	4.6	13	78	15	54	14	13	1	70	1.24
8603692--8603716	11	2.3	11	100	0	50	16	16	0	68	1.22
8613427--8613477	25	2.1	24	85	3	66	60	1	7	29	1.36
8614963--8614993	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8615905--8615942	20	1.9	20	88	0	58	18	23	28	28	1.98
8616244--8616280	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
8616726--8616806	31	2.6	31	82	3	101	39	4	12	43	1.64
8617714--8617752	20	2.0	20	90	5	62	28	5	17	48	1.68
8625943--8625986	23	1.9	23	100	0	88	27	9	25	38	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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