genome.fa.s8747.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008747.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111837_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12616935

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2395941--2396148	17	11.8	17	66	20	81	42	6	7	43	1.58
2395951--2396136	33	5.8	33	78	14	148	41	7	6	43	1.60
2395982--2396029	25	1.9	25	91	0	78	39	6	8	45	1.59
2395952--2396062	58	2.0	55	89	5	168	42	7	7	43	1.59
2396007--2396136	35	3.8	34	81	9	147	43	7	6	42	1.60
2396141--2396206	29	2.2	28	86	10	87	40	4	12	42	1.62
2396153--2396241	18	5.2	18	71	24	77	41	5	10	42	1.62
2396172--2396233	20	3.2	20	66	29	53	43	4	9	41	1.59
2396143--2396272	67	2.0	65	86	6	181	43	5	9	42	1.59
2396184--2396243	20	3.1	19	73	26	63	41	6	10	41	1.65
2396210--2396286	29	2.6	29	80	12	84	46	3	6	42	1.48
2396243--2396308	22	3.0	22	81	14	82	51	1	6	40	1.36
2396251--2396299	12	3.8	13	76	13	57	53	2	6	38	1.38
2396225--2396286	29	2.1	29	87	6	88	50	4	4	40	1.45
2396238--2396310	20	3.5	20	78	14	83	52	1	5	41	1.33
2396367--2396480	11	10.5	11	68	17	69	49	3	0	46	1.25
2396519--2396577	27	2.1	28	90	3	93	40	5	6	47	1.52
2396588--2396638	18	2.9	18	77	13	61	43	1	1	52	1.23
2396660--2397449	208	3.8	208	87	7	1037	30	11	7	50	1.67
2397445--2397834	193	2.0	196	97	2	750	39	14	9	36	1.78
2407951--2408058	38	2.9	37	86	4	144	36	13	17	32	1.89
2409010--2409051	19	2.2	20	83	12	52	19	2	11	66	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2411466--2411524	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
2416137--2416195	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
2419529--2419777	136	1.8	136	85	1	347	32	27	15	24	1.96
2434376--2434436	28	2.2	27	77	5	68	45	9	3	40	1.53
2434382--2434435	28	1.9	28	84	0	72	51	7	3	37	1.48
2441597--2441654	29	2.0	30	89	3	91	48	17	3	31	1.64
2441662--2441697	16	2.2	16	90	0	54	47	5	0	47	1.25
2441792--2441819	13	2.2	13	100	0	56	14	25	42	17	1.87
2441832--2441884	20	2.7	20	90	0	79	35	28	16	18	1.93
2441844--2441877	11	3.3	11	84	16	54	41	26	17	14	1.88
2447952--2448010	31	1.9	31	86	3	84	44	5	20	30	1.73
2450602--2450659	31	1.9	31	85	3	82	43	5	20	31	1.74
2458527--2458815	41	7.0	41	71	7	192	34	17	12	35	1.88
2458538--2458849	82	3.9	82	82	5	390	35	17	11	34	1.86
2463050--2463208	55	2.9	55	84	1	210	33	13	20	32	1.91
2463420--2463606	68	2.8	68	89	0	284	29	15	24	30	1.95
2463556--2463793	81	2.9	81	86	1	343	33	13	23	29	1.93
2463649--2464262	162	3.9	151	82	7	655	35	12	22	30	1.91
2463794--2464262	81	5.8	81	85	2	584	34	11	22	30	1.90
2463556--2464248	310	2.2	315	83	5	864	34	12	22	30	1.91
2464393--2464636	45	5.4	45	84	0	281	38	12	20	28	1.89
2464392--2464638	90	2.7	90	82	0	314	38	12	20	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2464392--2464636	135	1.8	135	86	1	357	38	12	20	28	1.89
2468803--2468987	68	2.7	68	88	0	271	29	14	25	30	1.95
2468940--2469464	81	6.5	81	84	3	648	32	12	23	32	1.91
2468942--2469464	242	2.2	243	86	3	716	32	12	22	32	1.91
2469495--2469567	22	3.3	22	68	11	58	47	9	20	21	1.78
2469598--2469772	90	1.9	90	88	2	262	37	12	20	29	1.89
2469647--2469716	23	3.1	23	67	10	63	40	11	18	30	1.86
2469502--2469791	45	6.4	45	85	4	228	41	11	21	26	1.86
2471395--2471455	2	31.5	2	90	6	99	49	0	1	49	1.10
2472598--2472642	20	2.2	21	88	4	65	40	15	17	26	1.90
2472973--2473408	55	7.9	55	89	2	613	35	10	17	36	1.84
2472973--2473408	111	3.9	111	89	0	649	35	10	17	36	1.84
2483626--2483761	68	2.0	68	100	0	272	42	14	22	20	1.88
2491983--2492304	41	7.9	41	72	0	257	33	18	12	35	1.89
2491984--2492308	82	4.0	82	86	0	418	33	18	12	35	1.88
2496199--2496262	18	3.6	18	93	0	101	14	20	48	17	1.81
2502644--2502681	19	2.0	19	100	0	76	21	0	42	36	1.53
2512603--2512663	17	3.3	19	84	9	54	0	11	13	75	1.05
2512621--2512684	7	8.9	7	77	19	53	0	6	9	84	0.78
2512631--2512684	15	3.4	16	89	5	74	0	7	9	83	0.82
2512623--2512686	16	3.9	16	85	8	76	0	6	10	82	0.82
2512610--2512686	36	2.2	36	81	9	97	0	7	11	80	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2512610--2512685	17	4.3	18	82	14	88	0	7	10	81	0.87
2526232--2526260	14	2.0	15	93	6	51	20	3	0	75	0.94
2526402--2526470	22	3.1	21	74	15	59	20	4	4	71	1.21
2526806--2526843	7	5.4	7	100	0	76	44	0	0	55	0.99
2528323--2528370	24	2.0	24	100	0	96	25	12	16	45	1.82
2529393--2529467	35	2.1	35	95	0	132	34	28	28	9	1.88
2529550--2529636	24	3.7	23	81	4	93	39	18	14	27	1.90
2529546--2529636	47	1.9	48	81	2	112	38	18	15	27	1.91
2532135--2532200	13	5.3	13	83	10	84	13	18	48	19	1.81
2532113--2532156	20	2.1	21	91	4	72	18	27	38	15	1.91
2532139--2532204	23	2.7	23	81	6	78	13	16	50	19	1.78
2536283--2536370	46	1.9	46	86	4	124	28	6	19	45	1.76
2536670--2536703	17	2.0	18	88	11	54	29	0	11	58	1.33
2538628--2538692	31	2.1	30	91	8	105	44	6	15	33	1.71
2539853--2539902	20	2.5	20	83	6	57	30	0	24	46	1.53
2543677--2543821	72	2.0	72	98	0	281	29	17	11	42	1.83
2556990--2557210	114	1.9	114	96	0	406	44	6	20	28	1.76
2560217--2560266	8	6.0	8	79	9	55	40	2	0	58	1.10
2560218--2560266	9	5.8	9	81	9	59	40	2	0	57	1.10
2574259--2574375	3	39.0	3	87	0	171	35	1	0	62	1.06
2574377--2574401	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2574260--2574388	24	5.1	26	80	13	137	37	1	0	60	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2575748--2575787	12	3.1	13	82	10	55	40	0	0	60	0.97
2575994--2576018	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
2587135--2587212	6	13.0	6	75	18	56	78	0	20	1	0.83
2587143--2587221	15	5.5	15	70	22	62	77	0	22	0	0.77
2588193--2588442	83	3.0	83	88	4	398	27	13	22	36	1.91
2589275--2590121	113	7.5	113	94	1	1457	38	14	19	27	1.91
2590381--2590503	3	41.0	3	86	0	174	37	0	0	61	1.02
2590381--2590503	27	4.6	27	93	0	192	37	0	0	61	1.02
2591860--2591902	22	2.0	21	82	13	52	44	0	0	55	0.99
2592115--2592139	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
2600375--2600417	20	2.1	21	87	8	63	13	16	0	69	1.19
2612900--2613228	54	6.1	54	87	2	410	32	17	16	34	1.92
2613284--2613316	15	2.2	15	100	0	66	48	12	6	33	1.65
2616976--2617080	46	2.2	49	81	8	119	29	20	7	42	1.79
2617156--2618254	81	13.6	81	84	1	1319	28	23	12	35	1.91
2618204--2618457	68	3.8	68	91	0	420	28	24	15	31	1.96
2620358--2620506	55	2.7	55	91	4	230	33	16	12	37	1.86
2623145--2623171	12	2.2	12	100	0	54	29	7	22	40	1.81
2626316--2626355	20	2.0	21	90	5	64	50	12	0	37	1.41
2626367--2626454	18	4.9	18	68	22	60	54	9	0	36	1.32
2626497--2627031	22	20.5	27	67	26	195	51	13	0	33	1.46
2626305--2626872	201	2.8	203	77	12	598	52	12	0	34	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2626306--2626897	53	11.6	54	79	13	616	52	12	0	34	1.45
2626845--2627076	32	8.4	31	67	30	143	53	12	0	34	1.42
2626908--2627076	54	3.1	54	95	0	302	53	10	0	35	1.36
2626775--2627031	134	1.9	133	94	0	451	51	14	0	33	1.45
2627011--2627111	22	4.5	22	68	7	76	52	8	0	38	1.33
2626631--2627100	235	2.0	231	91	5	766	52	12	0	34	1.43
2627056--2627139	15	5.3	15	73	21	66	52	3	0	44	1.18
2627523--2627665	55	2.6	55	88	2	198	34	15	11	38	1.84
2632215--2634313	81	26.2	81	84	3	2523	28	24	11	35	1.90
2632215--2634313	323	6.6	321	84	3	2508	28	24	11	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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