genome.fa.s8747.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008747.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111837_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12616935

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  51  ( 6054 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821198--821228	15	2.1	15	93	0	53	12	19	22	45	1.84
822254--822297	15	2.8	16	83	16	56	59	0	4	36	1.18
822578--822608	15	2.1	15	100	0	62	54	6	0	38	1.26
824203--824245	6	7.2	6	94	0	59	55	13	0	30	1.39
824236--824486	6	41.8	6	99	0	493	33	33	15	16	1.91
824487--824526	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
824972--825226	89	2.9	88	84	4	314	29	19	19	32	1.96
825242--825429	62	3.0	62	83	1	234	31	14	26	27	1.95
825708--825813	41	2.6	41	76	5	97	31	21	21	25	1.98
825430--826189	258	2.9	256	90	1	1153	32	18	16	32	1.93
826968--827022	20	2.8	20	100	0	110	20	25	21	32	1.97
827164--827203	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
827418--827487	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
828353--828522	42	4.0	42	76	11	141	31	20	13	34	1.91
829188--829399	100	2.1	99	83	3	264	32	16	16	34	1.91
840488--840526	18	2.1	19	85	4	53	33	5	12	48	1.63
845036--845109	3	24.7	3	91	0	121	33	1	1	63	1.11
845027--845109	12	6.9	12	88	0	94	36	1	1	61	1.12
845105--845145	11	3.8	10	87	9	55	56	2	0	41	1.13
857952--858001	9	5.7	9	85	4	75	88	0	12	0	0.53
857954--858002	25	2.0	24	96	4	89	85	0	14	0	0.59
857940--857991	7	7.3	7	83	16	63	84	0	13	1	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859147--859942	83	9.6	83	96	1	1362	27	12	21	37	1.91
860687--861922	114	10.8	114	96	0	2048	38	13	19	29	1.89
862248--862327	3	26.7	3	89	0	124	35	1	1	62	1.11
862323--862363	11	3.8	10	87	9	55	56	2	0	41	1.13
865499--865639	2	71.5	2	96	2	259	48	0	0	51	1.00
867433--867505	29	2.5	29	78	10	78	57	10	2	28	1.47
869420--869541	40	3.1	39	86	4	165	24	15	26	33	1.95
869629--869929	45	6.8	45	91	1	482	40	7	21	30	1.81
869629--869929	89	3.4	90	91	1	482	40	7	21	30	1.81
869629--869923	134	2.2	134	91	1	477	40	7	22	30	1.81
872754--872854	6	16.7	6	73	19	77	77	2	15	3	1.04
872777--872851	21	3.6	21	74	17	66	76	4	17	2	1.06
872780--872846	15	4.6	14	73	22	59	76	4	16	2	1.08
872758--872854	16	6.1	16	74	13	60	77	3	15	4	1.05
876473--876594	40	3.0	40	89	2	183	24	17	25	32	1.96
876694--876994	45	6.8	45	95	0	518	40	6	22	30	1.80
877292--877344	24	2.2	24	96	0	97	35	3	9	50	1.53
877751--877808	31	1.9	30	89	10	91	39	20	13	25	1.90
879045--879262	115	1.9	115	89	1	339	41	11	9	37	1.73
879291--879316	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
880978--881068	8	11.1	8	75	15	71	69	1	0	29	0.96
880978--881066	3	31.3	3	77	15	82	68	1	0	30	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880978--881068	34	2.8	32	81	8	110	69	1	0	29	0.96
880989--881072	17	5.1	16	75	12	71	70	2	0	27	1.00
881315--881840	113	4.6	113	96	0	971	28	20	15	36	1.93
882276--882330	22	2.5	22	90	0	92	38	14	12	34	1.84
882697--882849	54	2.8	54	88	0	225	21	25	16	35	1.95
885009--885231	113	2.0	114	94	0	394	29	21	16	32	1.95
889410--889481	26	2.8	26	86	0	99	54	4	13	27	1.58
889528--889566	8	5.1	8	81	12	55	61	10	15	12	1.56
889528--889566	15	2.6	15	91	0	60	61	10	15	12	1.56
891100--891174	28	2.9	26	77	12	75	61	1	5	32	1.27
891669--891886	115	1.9	115	87	0	319	43	11	8	36	1.71
893610--893642	16	2.1	16	94	0	57	72	6	0	21	1.05
894377--894403	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
896309--896387	11	7.3	11	77	12	83	40	1	1	56	1.15
896791--896954	75	2.2	75	97	1	310	33	16	12	37	1.87
899501--899555	15	3.4	16	80	7	67	12	29	30	27	1.93
899581--899649	15	4.3	16	75	10	61	17	26	33	23	1.96
899593--899649	15	3.7	15	77	9	69	15	26	35	22	1.94
899581--899649	32	2.2	32	91	0	111	17	26	33	23	1.96
921359--921410	25	2.1	24	82	3	59	19	0	7	73	1.07
923984--924022	20	2.0	20	84	0	51	20	23	15	41	1.90
924012--924053	21	2.0	21	86	9	59	35	14	11	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924152--924193	12	3.6	12	83	3	50	40	23	16	19	1.91
924271--924318	19	2.5	19	79	3	60	14	22	33	29	1.94
924306--924356	22	2.3	22	89	0	84	31	23	27	17	1.97
937230--937272	21	2.0	21	100	0	86	30	18	13	37	1.90
937426--937466	15	2.8	15	82	14	50	21	7	2	68	1.26
937437--937491	22	2.5	22	77	13	60	25	9	3	61	1.42
938482--938628	73	2.0	73	100	0	294	31	10	20	37	1.87
939418--939449	14	2.4	13	94	5	55	21	0	0	78	0.76
941367--941400	13	2.6	13	90	0	59	17	8	0	73	1.08
942113--942137	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
942188--942221	17	2.0	17	94	0	59	52	20	5	20	1.67
943579--943752	39	4.5	37	84	7	186	30	25	27	17	1.97
943579--943752	78	2.2	78	85	2	224	30	25	27	17	1.97
950610--950811	39	5.2	39	78	3	201	32	23	26	17	1.96
950610--950823	78	2.8	77	79	3	223	32	23	26	18	1.97
959942--959973	15	2.1	16	94	5	57	84	0	6	9	0.78
968074--968119	18	2.6	18	100	0	92	69	4	0	26	1.07
972108--972146	20	2.0	20	84	0	51	25	0	25	48	1.51
979088--979336	44	5.6	44	95	0	399	34	18	6	40	1.77
979633--979921	59	4.9	58	86	3	348	30	22	10	37	1.87
979391--979922	59	9.0	58	74	11	336	29	20	10	38	1.86
984783--985115	58	5.7	59	73	10	251	36	10	22	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
984835--985115	118	2.4	118	81	5	320	36	10	22	30	1.87
984783--985241	59	7.9	58	73	9	269	36	10	22	30	1.88
985278--985530	44	5.7	45	89	2	386	38	7	20	32	1.81
985278--985589	135	2.4	134	86	7	410	38	7	21	32	1.81
991690--991908	58	3.7	58	82	3	244	34	9	24	31	1.88
991851--992054	59	3.5	58	68	11	146	36	9	23	31	1.86
992202--992272	32	2.2	33	87	7	101	43	5	21	29	1.75
992234--992405	45	3.8	45	82	5	215	39	7	21	31	1.81
996904--996947	20	2.2	20	84	4	54	31	15	11	40	1.83
996909--996950	20	2.1	20	90	0	66	28	16	9	45	1.79
997704--997741	20	1.9	20	89	10	60	44	10	23	21	1.83
1000864--1000894	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
1001699--1001730	16	2.0	16	100	0	64	37	6	37	18	1.76
1002381--1002476	17	5.5	17	71	18	74	38	9	16	35	1.81
1002374--1002457	35	2.4	34	75	18	84	35	9	16	38	1.81
1006260--1006347	2	44.5	2	97	2	169	50	0	0	50	1.00
1012183--1012231	24	2.0	24	84	7	64	24	22	0	53	1.47
1014153--1014292	17	8.1	17	75	9	113	40	8	14	37	1.76
1014284--1014329	17	2.7	17	79	0	56	47	13	13	26	1.78
1014281--1014358	34	2.3	35	78	10	90	44	14	14	26	1.83
1017919--1017975	2	29.0	2	92	3	98	49	0	1	49	1.11
1018519--1018564	24	1.9	24	86	8	67	30	21	13	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1020529--1020580	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
1021640--1021704	32	2.0	32	87	0	94	41	6	13	38	1.70
1024621--1024658	15	2.5	15	95	0	67	10	5	31	52	1.58
1029494--1029532	20	2.0	20	89	0	60	71	7	17	2	1.21
1031184--1031221	17	2.2	17	86	9	51	36	10	7	44	1.68
1032828--1032894	21	3.2	21	82	0	80	32	22	10	34	1.88
1048031--1048073	17	2.5	17	88	0	59	48	6	13	30	1.69
1057685--1057731	21	2.3	21	85	7	62	2	12	8	76	1.09
1057782--1057819	20	2.0	20	89	5	60	60	5	7	26	1.46
1057783--1057825	20	2.2	19	83	4	50	60	4	11	23	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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