genome.fa.s8747.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008747.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111837_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12616935

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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This is table  8  of  51  ( 6054 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1862490--1862528	10	3.5	11	86	10	53	43	2	0	53	1.14
1866217--1866269	23	2.3	23	100	0	106	24	11	18	45	1.82
1875186--1875270	33	2.6	33	81	3	100	35	15	25	23	1.94
1885946--1885984	20	2.0	20	94	0	69	33	10	20	35	1.86
1900026--1900335	158	2.0	151	92	6	514	30	16	11	41	1.84
1901359--1901433	34	2.2	35	95	2	134	40	16	10	33	1.82
1905660--1905686	13	2.1	13	100	0	54	14	40	29	14	1.86
1906057--1906131	35	2.1	36	95	2	134	42	14	10	32	1.80
1916475--1916964	81	6.0	81	84	0	629	33	21	10	35	1.87
1917278--1917312	12	2.9	12	100	0	70	8	17	0	74	1.06
1917361--1917425	26	2.5	26	82	5	69	21	27	6	44	1.76
1917458--1917556	20	4.7	20	75	14	90	20	25	10	44	1.82
1917346--1917556	66	3.1	66	81	6	237	21	25	8	45	1.80
1917979--1918033	22	2.7	21	81	10	69	30	21	16	30	1.95
1931297--1931472	41	4.3	40	77	4	181	27	18	18	35	1.94
1934599--1934867	43	6.3	42	78	6	283	25	19	18	36	1.94
1934599--1934867	85	3.2	84	81	8	310	25	19	18	36	1.94
1934645--1934902	85	3.0	84	77	8	191	26	20	17	35	1.95
1938593--1938642	24	2.1	24	100	0	100	38	18	20	24	1.93
1942977--1943086	57	1.9	57	89	7	170	22	27	17	32	1.96
1951903--1951943	15	2.7	15	88	0	64	21	19	24	34	1.97
1951978--1952015	16	2.4	16	90	0	58	18	13	26	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1951992--1952033	22	1.9	22	85	0	57	21	16	19	42	1.89
1955676--1955731	20	2.7	21	72	13	53	67	3	1	26	1.16
1955863--1955993	38	3.4	39	69	20	114	40	9	3	45	1.55
1974015--1974214	99	2.0	101	98	1	386	19	13	22	45	1.85
1974141--1974303	81	2.0	81	100	0	326	23	14	22	39	1.91
1978158--1978190	15	2.1	16	88	11	50	18	9	0	72	1.10
1982817--1983098	138	2.1	137	88	0	411	40	15	13	30	1.86
1988299--1988372	8	9.2	8	75	0	76	24	18	0	56	1.41
1988299--1988383	16	5.2	16	97	1	152	23	20	0	56	1.42
1989148--1989378	45	5.1	45	92	1	356	32	20	6	39	1.78
1991529--1991569	18	2.3	18	95	0	73	39	19	7	34	1.80
1992339--1992831	244	2.0	245	98	1	963	34	21	17	27	1.96
1998483--1998514	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2018753--2018967	75	2.8	75	87	3	306	29	0	10	59	1.35
2018848--2018948	19	5.4	19	70	13	57	27	0	12	58	1.41
2018886--2019011	64	2.0	64	87	6	184	30	0	11	57	1.35
2024290--2024339	5	10.2	5	79	12	50	20	8	0	72	1.10
2024291--2024336	14	3.2	14	81	3	56	19	8	0	71	1.11
2024291--2024364	27	2.7	27	85	8	87	22	9	0	67	1.19
2026030--2026091	32	1.9	32	84	12	83	25	0	11	62	1.28
2026011--2026121	24	4.5	24	68	20	84	28	0	12	58	1.35
2026020--2026158	19	7.2	19	70	14	63	30	0	12	56	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2026072--2026191	64	1.9	63	86	5	170	31	0	12	55	1.43
2034162--2034248	29	3.0	30	83	6	99	33	3	14	48	1.61
2035629--2035763	29	4.7	29	83	5	157	32	7	8	51	1.61
2035607--2035767	58	2.8	57	83	3	196	34	6	8	50	1.60
2037439--2037610	50	3.4	49	87	1	236	37	25	14	22	1.92
2040087--2040178	44	2.1	44	87	2	141	38	14	11	35	1.83
2045987--2046071	22	3.9	21	77	9	71	18	25	31	23	1.97
2045988--2046060	23	3.3	23	86	7	89	20	23	34	21	1.97
2049239--2049269	15	2.1	15	100	0	62	25	25	6	41	1.79
2051488--2051531	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2053324--2053376	24	2.2	24	83	3	63	26	7	0	66	1.18
2056531--2056562	12	2.7	12	95	0	55	18	9	12	59	1.59
2058186--2058231	14	3.2	14	81	3	56	19	8	0	71	1.11
2058185--2058234	5	10.2	5	79	12	50	20	8	0	72	1.10
2059927--2059988	32	1.9	32	84	12	83	25	0	11	62	1.28
2059969--2060088	64	1.9	63	87	5	179	31	0	12	55	1.37
2069250--2069391	29	4.9	29	86	3	169	34	7	9	48	1.63
2069234--2069394	58	2.8	57	83	5	189	34	6	9	49	1.61
2071070--2071242	50	3.5	50	92	0	283	35	26	15	21	1.94
2073974--2074050	39	2.0	39	92	0	127	16	18	42	22	1.89
2074280--2074485	112	1.8	113	90	3	335	26	18	14	40	1.89
2074548--2075122	123	4.6	121	73	17	491	25	18	14	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2074667--2074872	112	1.8	112	88	2	315	26	20	14	38	1.90
2074292--2075251	374	2.6	374	94	0	1659	26	19	14	39	1.90
2075041--2075373	112	3.0	112	86	3	447	26	19	15	37	1.92
2076538--2076965	76	5.7	76	89	1	619	31	21	15	32	1.94
2080324--2080368	8	5.8	8	89	5	74	0	24	0	75	0.80
2080324--2080367	15	2.9	15	93	3	70	0	25	0	75	0.81
2083549--2083602	14	3.8	14	85	2	63	51	9	14	24	1.71
2083850--2083935	43	2.0	43	88	0	127	34	24	9	31	1.87
2085300--2085357	28	2.2	26	84	6	71	60	1	5	32	1.29
2087631--2087707	39	2.0	39	89	0	118	18	20	41	19	1.90
2092350--2092381	16	2.0	16	100	0	64	43	25	6	25	1.77
2095555--2095638	21	3.9	21	73	13	71	21	26	29	22	1.99
2095577--2095632	23	2.5	23	88	2	78	23	21	33	21	1.97
2119735--2119809	35	2.1	35	100	0	150	26	18	13	41	1.87
2120401--2120430	15	2.0	15	93	0	51	33	3	0	63	1.11
2127768--2128421	247	2.6	247	85	4	844	33	15	15	35	1.90
2128391--2128446	20	2.8	20	91	0	94	28	19	17	33	1.95
2128606--2128646	3	14.7	3	80	14	52	31	0	0	68	0.90
2133101--2133136	10	3.0	13	76	23	51	16	8	8	66	1.42
2133101--2133178	23	3.3	23	82	3	93	14	11	11	62	1.54
2133100--2133192	47	2.0	47	82	0	114	15	13	11	59	1.62
2137472--2137594	51	2.4	51	88	0	183	42	13	15	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137680--2137728	18	2.8	17	87	6	71	69	0	0	30	0.89
2138641--2138704	28	2.4	27	79	7	85	46	3	6	43	1.44
2138674--2138899	72	3.1	70	82	10	260	45	3	6	44	1.46
2138667--2138899	36	6.4	36	78	10	235	45	3	6	45	1.45
2138902--2138966	10	6.2	10	74	22	53	21	3	1	73	1.05
2138908--2138966	24	2.8	19	71	22	55	22	3	0	74	0.96
2138911--2138966	10	5.8	9	85	8	58	21	3	0	75	0.96
2140108--2140191	30	2.8	30	77	8	84	15	7	3	73	1.18
2140136--2140210	12	6.1	12	75	10	62	16	5	2	76	1.09
2140139--2140216	34	2.3	33	82	10	95	15	6	2	75	1.11
2140151--2140224	11	6.5	11	73	20	55	17	4	2	75	1.07
2140153--2140217	34	1.9	33	87	9	96	18	4	1	75	1.05
2140152--2140264	46	2.5	43	77	17	104	19	4	2	73	1.12
2151891--2152631	83	8.8	83	85	2	874	33	20	19	26	1.97
2153379--2153752	37	10.2	37	77	13	225	43	4	7	44	1.52
2153418--2153734	71	4.3	70	78	11	300	43	5	7	43	1.55
2153377--2153752	36	10.3	36	75	14	276	43	4	7	44	1.52
2153700--2153750	13	4.2	12	73	14	50	47	0	1	50	1.12
2153752--2153792	4	10.5	4	80	15	50	21	2	0	75	0.92
2153757--2153792	19	1.9	19	88	5	56	22	2	0	75	0.94
2154821--2155205	8	44.5	8	63	22	61	17	4	4	73	1.17
2154847--2154888	17	2.5	17	100	0	84	7	9	0	83	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2154998--2155097	40	2.5	37	75	24	96	20	4	3	73	1.13
2154942--2155161	105	2.1	108	79	11	240	16	4	4	74	1.16
2154950--2155133	27	7.0	26	69	14	96	15	4	4	75	1.14
2154952--2155134	78	2.3	74	74	15	172	15	4	4	75	1.13
2155085--2155158	27	2.7	27	81	8	78	10	4	5	79	1.02
2155003--2155178	68	2.5	68	79	12	171	15	4	5	74	1.17
2157148--2157411	131	2.0	131	97	0	501	36	6	6	50	1.54
2164088--2164574	81	6.2	81	82	8	549	30	21	11	36	1.88
2164241--2164530	151	1.9	151	85	2	404	31	20	10	36	1.87
2164916--2165032	46	2.5	46	90	0	180	19	24	11	44	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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