genome.fa.s8747.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008747.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111837_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12616935

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  34  of  51  ( 6054 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8626643--8626850	111	1.9	111	86	2	301	33	12	18	35	1.89
8630408--8630438	13	2.3	14	94	5	55	32	0	0	67	0.91
8632211--8632253	14	3.0	14	86	3	50	69	0	0	30	0.88
8633368--8633445	16	4.8	16	76	9	68	56	8	1	33	1.39
8634740--8634862	16	7.8	16	75	7	81	50	29	13	7	1.68
8634774--8634856	30	2.7	30	81	9	96	51	27	14	6	1.65
8635553--8635585	16	2.1	16	100	0	66	51	24	6	18	1.68
8636625--8636665	19	2.2	19	95	0	73	46	17	7	29	1.74
8638510--8638540	16	1.9	16	100	0	62	58	0	0	41	0.98
8640892--8640934	20	2.2	20	83	8	52	55	2	16	25	1.53
8645151--8645202	19	2.7	20	74	17	63	28	32	15	23	1.95
8645190--8645298	20	5.4	20	79	9	98	40	23	14	21	1.90
8645190--8645278	40	2.2	41	86	9	121	40	24	15	19	1.90
8645225--8645297	19	3.7	19	83	8	83	38	24	13	23	1.91
8645190--8645298	40	2.7	40	82	10	118	40	23	14	21	1.90
8646418--8646451	12	2.8	12	86	0	50	76	0	23	0	0.79
8648508--8648543	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
8649112--8649148	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
8649092--8649152	24	2.6	23	79	7	77	34	4	14	45	1.67
8649455--8649541	39	2.2	39	95	0	156	47	19	14	18	1.83
8649754--8649792	20	2.0	20	89	0	60	38	25	20	15	1.92
8649925--8649964	14	2.9	14	96	0	71	42	22	0	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8651349--8651466	21	5.6	21	71	4	85	22	20	35	22	1.96
8651369--8651467	42	2.4	42	76	6	110	24	19	33	23	1.97
8661656--8661694	19	2.1	19	95	0	69	30	23	28	17	1.97
8661660--8661716	18	3.1	18	87	2	69	21	19	36	22	1.95
8676764--8676788	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8679068--8679112	18	2.5	18	92	0	72	20	26	13	40	1.89
8683360--8683428	14	4.9	14	76	3	75	23	28	20	27	1.99
8683360--8683428	29	2.4	29	88	7	97	23	28	20	27	1.99
8693401--8693583	46	4.0	46	82	5	235	44	9	22	22	1.82
8693464--8693696	112	2.1	112	88	1	342	43	10	24	21	1.83
8693510--8693784	66	4.1	65	71	17	238	44	10	24	20	1.83
8693551--8693807	92	2.9	89	85	3	286	44	10	23	21	1.83
8693525--8693793	138	1.9	135	80	8	301	44	11	23	20	1.84
8693410--8693737	158	2.1	158	88	0	476	43	9	24	21	1.83
8693568--8693793	46	4.9	46	86	0	317	44	11	23	20	1.84
8700325--8700680	137	2.6	138	91	1	563	42	13	22	21	1.87
8700324--8700680	183	1.9	184	90	1	565	42	13	22	21	1.87
8700481--8700658	26	7.5	26	67	23	142	41	14	23	21	1.89
8700324--8700680	46	7.8	46	90	1	565	42	13	22	21	1.87
8700997--8701036	18	2.2	18	90	0	62	35	15	17	32	1.91
8705442--8705482	15	2.8	15	92	3	66	51	0	36	12	1.40
8710738--8710776	19	2.1	18	85	4	51	33	10	25	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8714437--8714469	17	1.9	17	100	0	66	6	12	6	75	1.16
8714462--8714529	5	14.0	5	78	9	70	19	2	2	75	1.07
8714462--8714506	23	2.0	23	90	0	72	17	2	4	75	1.07
8714500--8714533	11	3.3	11	84	16	54	17	5	0	76	0.98
8716238--8716607	183	2.0	185	97	2	710	27	15	25	31	1.95
8717241--8717576	168	2.0	167	95	3	613	42	11	24	21	1.86
8725332--8725458	66	1.9	66	82	6	159	53	9	24	12	1.68
8725433--8725458	11	2.4	11	100	0	52	84	0	15	0	0.62
8728556--8728582	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
8737852--8737904	3	17.7	3	76	7	54	66	3	3	26	1.26
8737981--8738045	4	16.5	4	78	9	53	44	20	6	29	1.75
8737988--8738040	15	3.4	16	79	10	65	43	18	7	30	1.78
8738177--8738922	287	2.6	286	82	4	878	31	13	6	48	1.68
8739571--8739803	113	2.0	114	95	3	425	30	15	22	31	1.95
8742792--8742895	50	2.1	48	89	5	147	26	1	15	55	1.50
8747389--8747680	105	2.7	105	88	4	424	23	19	17	39	1.92
8748614--8748686	20	3.5	20	75	14	76	30	24	21	23	1.99
8748605--8748667	20	3.0	20	74	17	74	30	26	17	25	1.97
8748548--8748687	42	3.4	42	83	3	185	30	22	20	25	1.98
8748873--8749067	52	3.8	52	76	4	180	40	18	11	29	1.86
8749133--8749312	74	2.4	76	80	7	188	39	9	18	32	1.83
8749294--8749396	36	2.8	37	80	5	120	40	11	19	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8749285--8749399	36	3.2	36	80	8	119	40	13	19	26	1.89
8749528--8749800	37	7.8	37	67	16	172	42	9	17	30	1.80
8749547--8749800	103	2.5	103	94	2	440	42	9	16	30	1.81
8750760--8750955	99	2.0	99	98	0	383	28	18	14	38	1.90
8751477--8751524	19	2.5	19	96	0	87	37	18	12	31	1.88
8752183--8752527	172	2.0	173	99	0	683	24	19	19	37	1.94
8753817--8753841	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
8756482--8756536	27	2.0	27	85	7	74	67	9	3	20	1.34
8758110--8758164	21	2.7	20	75	8	56	21	23	20	34	1.97
8758139--8758282	20	7.2	20	79	7	121	27	24	21	27	1.99
8758460--8758502	22	2.0	22	90	0	68	25	41	16	16	1.88
8758884--8758992	20	5.6	20	86	3	114	13	14	23	47	1.80
8767106--8767151	24	2.0	23	86	4	65	26	19	6	47	1.73
8770246--8770307	19	3.4	19	79	16	78	33	25	20	19	1.96
8770257--8770309	20	3.1	16	82	17	63	37	22	18	20	1.94
8770344--8770390	20	2.5	19	89	6	69	14	19	27	38	1.91
8770874--8770947	19	3.8	19	77	13	80	22	36	18	21	1.95
8772346--8772407	14	4.3	14	73	6	52	40	0	14	45	1.45
8772518--8772555	20	1.9	20	88	0	58	50	18	21	10	1.76
8772618--8772842	20	11.9	20	73	15	147	26	16	22	34	1.95
8772598--8772779	40	4.7	40	75	14	139	27	18	22	31	1.97
8772638--8772713	39	1.9	40	86	2	109	31	19	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8772607--8772778	59	3.0	59	82	6	194	27	18	23	30	1.98
8772618--8772833	54	3.9	54	85	3	234	25	17	23	33	1.96
8772812--8773081	140	1.9	140	96	0	504	43	15	12	29	1.83
8773139--8773173	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
8773439--8773785	173	2.0	172	96	2	644	30	18	18	31	1.95
8775110--8775146	14	2.7	13	88	12	56	10	18	21	48	1.78
8775336--8775389	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
8776219--8776278	20	3.0	20	87	0	66	30	20	21	28	1.98
8776212--8776303	40	2.3	40	81	3	96	28	20	20	30	1.98
8776759--8776829	34	2.1	35	82	10	94	35	2	5	56	1.38
8781508--8781559	20	2.6	19	76	11	50	53	0	5	40	1.25
8784737--8784801	27	2.4	27	79	5	78	58	12	3	26	1.49
8785485--8785519	18	1.9	18	94	0	61	54	11	0	34	1.37
8788974--8789153	90	2.0	91	91	2	290	46	5	10	37	1.62
8792773--8792812	16	2.5	16	95	0	71	30	0	32	37	1.58
8795743--8795907	90	1.9	89	94	2	296	45	6	12	36	1.66
8796290--8796323	16	2.1	16	88	0	50	23	5	35	35	1.79
8798620--8798694	37	2.0	38	84	5	100	49	4	0	46	1.20
8801915--8801965	25	2.0	25	100	0	102	43	15	11	29	1.82
8802001--8802106	29	3.7	29	65	14	83	29	24	18	27	1.98
8804093--8804167	37	2.0	37	100	0	150	32	24	20	24	1.98
8805644--8805698	20	2.9	18	76	10	56	29	14	12	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8808116--8808174	20	3.0	20	87	5	75	30	18	13	37	1.90
8814206--8814267	21	2.8	22	70	9	54	29	27	19	24	1.98
8814208--8814278	23	3.2	22	67	15	56	28	23	21	26	1.99
8816958--8817111	65	2.4	65	81	4	168	29	21	19	29	1.98
8818030--8818090	23	2.7	23	97	2	115	68	13	8	9	1.38
8818447--8818486	17	2.4	17	87	4	55	57	0	0	42	0.98
8826423--8826500	22	3.6	21	89	5	111	25	25	25	23	2.00
8827041--8827162	63	1.9	63	83	3	154	22	20	17	40	1.92
8827649--8827674	8	3.2	8	100	0	52	65	0	34	0	0.93
8839727--8839751	13	1.9	13	100	0	50	48	20	8	24	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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