genome.fa.s32.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold32
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5587194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

This is table  1  of  33  ( 3877 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
991--1037	21	2.2	22	84	3	60	23	17	4	55	1.59
3256--3281	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
3320--3372	20	2.6	21	87	3	72	30	16	13	39	1.87
3689--5924	59	38.1	59	93	1	3791	23	27	22	26	1.99
8222--8275	22	2.5	22	96	3	101	61	9	11	18	1.55
9190--9264	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
9187--9264	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
9461--11516	59	35.1	59	92	1	3227	23	27	22	26	1.99
9461--11516	414	5.0	413	93	1	3283	23	27	22	26	1.99
9461--11516	473	4.4	472	93	1	3254	23	27	22	26	1.99
12269--12324	21	2.7	21	94	0	103	33	10	19	35	1.87
12360--12427	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
12381--12405	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
12362--12424	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
12467--12493	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
14951--15020	27	2.6	27	86	2	86	24	34	21	20	1.97
14897--15442	106	5.1	109	71	13	395	28	28	13	29	1.94
15006--15388	52	7.3	52	69	12	185	29	26	12	31	1.93
14842--15387	51	10.4	53	68	12	234	29	26	12	30	1.93
15163--15232	27	2.6	27	83	2	77	25	34	21	18	1.96
15370--15451	28	2.9	28	85	7	105	25	32	15	25	1.96
14842--15443	212	2.8	212	93	1	1003	29	27	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17277--17729	158	2.9	152	80	8	435	39	18	14	27	1.90
18933--19001	20	3.8	19	73	25	69	33	14	18	33	1.91
18934--18998	33	2.0	33	93	0	112	35	15	16	32	1.91
18954--18978	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
20595--20629	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
26202--26228	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
26183--26247	32	2.0	33	87	3	96	41	15	16	26	1.88
26774--26875	50	2.0	51	96	1	188	34	23	3	38	1.73
28701--28768	13	5.2	13	92	0	118	39	13	14	32	1.85
28702--28768	26	2.6	26	100	0	134	40	11	14	32	1.83
32263--32537	43	5.8	49	80	13	349	25	24	18	32	1.97
32263--32531	93	2.9	93	93	1	448	24	24	18	32	1.97
32442--32603	52	3.1	52	80	6	191	24	23	14	37	1.93
32640--32764	52	2.4	53	80	7	139	24	24	18	32	1.97
32460--32875	227	1.8	228	86	5	599	23	25	15	36	1.93
33399--33466	32	2.1	32	91	0	109	32	10	19	38	1.85
33514--33538	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
39583--39609	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
42261--42317	19	2.9	19	86	2	78	33	17	14	35	1.90
42347--42411	33	2.0	33	84	0	85	36	13	15	33	1.87
43195--43409	97	2.2	97	85	4	283	36	13	23	26	1.92
48102--48167	25	2.6	24	76	23	64	51	4	3	40	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48128--48170	12	3.6	12	80	0	50	55	2	2	39	1.25
48250--48282	16	2.0	17	94	5	59	27	0	0	72	0.85
48752--48823	20	3.6	20	79	7	92	30	15	13	40	1.86
49534--49574	21	2.0	21	100	0	82	19	14	7	58	1.59
58964--58999	17	2.1	16	85	14	54	66	0	2	30	1.06
59738--59783	13	3.5	13	77	19	51	34	0	0	65	0.93
60108--60149	19	2.3	19	87	4	59	26	0	0	73	0.83
60118--60170	17	2.9	18	86	5	63	26	1	0	71	0.96
60118--60164	19	2.6	19	86	6	62	23	2	0	74	0.93
60250--60524	144	1.9	146	84	4	378	42	4	9	43	1.57
60727--60771	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
63690--63751	31	2.0	31	100	0	124	25	9	25	38	1.86
67692--67762	19	3.7	19	83	7	83	33	12	15	38	1.85
67787--67828	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
67815--67840	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
70196--70329	52	2.6	53	86	8	195	31	26	10	31	1.90
70312--70388	28	2.8	28	82	7	86	24	33	18	23	1.96
70342--70544	79	2.6	77	79	6	203	26	27	15	30	1.96
74773--75007	121	1.9	123	89	2	366	33	11	6	48	1.65
75306--75330	11	2.3	11	100	0	50	44	8	0	48	1.32
75725--75776	20	2.6	20	87	0	68	48	3	5	42	1.45
75743--75775	14	2.4	14	94	0	57	48	0	6	45	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77130--77261	69	1.9	68	89	4	203	35	4	13	46	1.64
79241--79302	32	1.9	33	90	3	99	29	11	19	40	1.86
79241--79311	19	4.0	18	72	25	62	28	11	21	39	1.87
79940--79991	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
84035--84065	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
86259--86304	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
88707--88732	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
88689--88752	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
93453--93572	50	2.4	50	84	1	141	26	21	14	37	1.92
93467--93790	129	2.5	128	90	3	524	26	24	14	34	1.94
93594--93707	50	2.3	51	87	1	158	28	23	13	34	1.92
93644--93894	79	3.2	79	85	1	344	26	27	15	30	1.96
99696--99749	21	2.7	21	80	5	67	37	12	14	35	1.85
99801--99828	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
103827--103867	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
103904--103960	21	2.8	20	81	5	69	40	15	14	29	1.87
103948--104084	53	2.6	53	94	1	238	37	18	17	27	1.93
104126--104180	21	2.5	22	91	5	94	29	23	10	36	1.89
104237--104275	13	3.0	13	84	0	60	30	12	17	38	1.88
105907--105948	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
109229--109399	81	2.1	81	95	2	310	35	13	22	29	1.92
109679--109719	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109756--109812	21	2.8	20	81	5	69	40	15	14	29	1.87
109800--109936	53	2.6	53	95	1	238	37	18	17	26	1.93
109978--110032	21	2.5	22	91	5	94	29	23	10	36	1.89
110090--110128	13	3.0	13	84	0	60	30	12	17	38	1.88
111251--111294	11	3.8	11	90	6	61	2	6	2	88	0.67
115715--115739	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
116582--116866	43	5.7	52	79	10	233	32	16	24	25	1.96
116732--116874	48	2.9	50	86	4	193	31	16	25	26	1.96
116635--116874	95	2.5	94	86	8	315	32	16	25	26	1.96
116894--117045	28	5.3	28	84	5	164	18	15	28	36	1.92
116919--117321	58	6.8	57	71	12	166	26	15	28	29	1.96
116920--117324	30	13.6	30	80	7	278	26	15	28	29	1.96
117019--117109	35	2.6	34	80	1	101	39	12	27	20	1.88
117088--117320	29	7.9	29	82	6	254	25	17	29	27	1.97
117086--117320	57	4.0	58	81	6	213	25	17	29	27	1.97
132651--132796	52	2.8	51	88	4	220	30	17	18	33	1.94
132853--132919	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
132875--132899	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
137268--137388	52	2.3	52	89	0	197	28	17	18	35	1.93
137268--137404	52	2.6	52	80	6	179	29	16	18	35	1.94
137485--137509	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
137463--137529	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151499--151557	9	7.0	8	81	16	66	84	13	1	0	0.69
151509--151559	15	3.5	14	86	7	75	88	9	1	0	0.60
151501--151556	24	2.2	25	90	6	87	85	12	1	0	0.67
151502--151559	20	2.9	21	85	7	68	86	12	1	0	0.65
152518--153070	61	9.0	61	86	2	716	25	26	18	29	1.98
152528--153094	245	2.3	245	85	3	741	25	26	18	28	1.98
153628--153652	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
153636--153692	20	2.8	20	91	0	87	29	15	10	43	1.80
155987--156118	51	2.6	50	86	5	176	29	25	9	35	1.88
156130--156225	50	1.9	50	86	0	138	30	25	8	36	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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