genome.fa.s32.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold32
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5587194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1383585--1383610	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
1391191--1391388	95	2.1	95	88	0	297	26	21	14	37	1.92
1391191--1391413	95	2.3	95	83	1	286	26	24	14	34	1.94
1393930--1393979	20	2.7	19	79	11	52	50	0	4	46	1.20
1394284--1394332	23	2.1	24	84	3	64	57	2	4	36	1.30
1395163--1395317	34	4.6	34	79	1	152	39	12	12	35	1.81
1395161--1395317	68	2.3	68	83	2	192	39	12	12	35	1.81
1408561--1409203	79	8.1	79	72	12	357	33	13	25	26	1.93
1408704--1408764	32	1.9	32	93	0	104	34	4	27	32	1.78
1408756--1408855	28	3.6	27	86	4	128	28	17	30	25	1.97
1408831--1409203	157	2.4	158	81	2	428	34	13	26	25	1.93
1412222--1412644	61	7.0	60	81	4	406	28	17	26	26	1.98
1412272--1412644	120	3.1	118	83	7	473	29	17	26	26	1.98
1412222--1412644	181	2.3	181	83	3	514	28	17	26	26	1.98
1414394--1414533	32	4.4	32	91	0	226	33	12	17	36	1.88
1414394--1414520	19	7.7	18	67	28	86	33	11	17	37	1.86
1414572--1414597	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1420971--1421024	19	2.8	19	85	2	72	38	18	12	29	1.88
1421568--1421629	22	2.8	22	85	0	79	22	32	6	38	1.80
1423509--1423535	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1426514--1426539	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1427535--1427602	33	2.1	33	89	8	104	32	17	16	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1427671--1427695	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1428768--1428793	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1428748--1428811	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
1428748--1428818	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
1431341--1431379	13	3.0	13	92	0	69	41	15	12	30	1.85
1433458--1433488	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1437178--1437202	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1437158--1437224	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1437298--1437426	52	2.5	52	92	0	204	34	19	17	28	1.95
1441173--1441198	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1441880--1441957	37	2.1	37	100	0	156	17	34	5	42	1.72
1443796--1443830	13	2.7	13	91	8	54	28	14	22	34	1.93
1454493--1454545	13	4.5	13	71	26	55	35	16	13	33	1.88
1454493--1454561	33	2.1	33	86	5	95	36	20	11	31	1.88
1456069--1456093	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1456049--1456119	34	2.1	34	86	2	99	33	11	14	40	1.81
1456161--1456185	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1456194--1456313	52	2.3	52	97	0	222	35	16	17	30	1.92
1460378--1460528	52	3.0	51	86	3	198	27	25	10	36	1.89
1460378--1460553	51	3.5	51	84	3	194	26	25	11	36	1.91
1460572--1460691	51	2.4	51	91	0	195	30	26	12	30	1.93
1460441--1460766	130	2.5	130	86	2	449	28	24	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1460623--1460929	79	3.9	77	80	4	346	26	25	16	31	1.96
1460623--1460929	157	1.9	158	83	5	390	26	25	16	31	1.96
1462994--1463018	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
1469576--1469634	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
1469916--1469941	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1469896--1469959	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
1470574--1470654	39	2.0	40	85	2	110	34	27	4	33	1.78
1472490--1472527	13	2.9	13	92	0	58	31	10	18	39	1.85
1474609--1474639	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1478875--1478994	52	2.3	52	91	0	195	26	18	20	35	1.95
1478875--1479014	52	2.7	51	84	4	183	28	17	20	33	1.95
1479003--1479027	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1479068--1479134	33	2.0	33	85	0	89	41	13	10	34	1.79
1479090--1479114	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1480596--1480630	17	2.1	17	88	0	52	88	0	8	2	0.61
1481569--1481653	30	2.8	31	83	3	109	24	25	17	31	1.97
1481630--1482335	34	20.9	35	83	8	738	19	33	12	33	1.89
1481623--1482330	270	2.6	269	92	3	1155	19	33	12	33	1.89
1481630--1482335	303	2.3	299	86	8	952	19	33	12	33	1.89
1482339--1482574	33	7.2	33	84	7	302	29	34	17	18	1.94
1482337--1482574	67	3.6	67	86	6	326	29	34	17	18	1.94
1482343--1482574	98	2.3	98	86	5	333	29	34	17	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1482574--1483193	49	12.7	49	85	3	833	25	26	17	30	1.98
1482574--1483193	98	6.4	98	92	3	959	25	26	17	30	1.98
1489832--1489951	52	2.3	52	89	0	186	26	17	19	36	1.94
1489960--1489984	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1490025--1490091	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1490047--1490071	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1491046--1491090	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1492972--1493030	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
1497716--1497795	1	80.0	1	69	0	52	85	11	3	0	0.73
1497717--1497772	9	6.4	9	83	8	80	87	12	0	0	0.54
1497718--1497772	17	3.2	16	89	7	74	87	12	0	0	0.55
1497715--1497772	18	3.3	18	90	9	93	86	13	0	0	0.58
1497718--1497772	8	6.5	8	84	12	74	87	12	0	0	0.55
1498868--1499327	61	7.4	61	74	14	382	24	28	19	27	1.99
1498766--1498948	100	1.8	100	89	0	285	24	28	18	27	1.98
1499116--1499212	39	2.5	39	89	1	151	21	29	17	30	1.96
1499212--1499338	60	2.1	61	89	4	195	23	30	19	25	1.98
1499340--1499481	60	2.5	55	78	15	162	25	31	20	22	1.98
1499155--1499635	154	3.1	153	91	1	757	23	30	20	25	1.99
1499496--1499745	56	4.5	55	78	9	245	25	27	22	25	2.00
1499612--1499926	152	2.1	150	80	8	338	24	26	19	28	1.99
1499911--1500065	42	3.6	44	79	10	149	20	27	15	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1500069--1500168	41	2.5	40	80	13	109	20	25	9	46	1.79
1500495--1500540	21	2.2	21	88	0	65	32	19	19	28	1.96
1500566--1500622	20	2.8	20	91	0	96	26	12	14	47	1.79
1500604--1500633	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
1500647--1500702	20	2.8	20	91	0	94	32	14	12	41	1.83
1503010--1503154	52	2.8	51	81	6	166	30	22	9	37	1.86
1503008--1503175	51	3.3	50	80	8	160	30	23	11	33	1.90
1503065--1503384	130	2.5	130	82	4	369	30	25	11	32	1.91
1503196--1503306	51	2.2	51	86	0	159	32	26	8	33	1.85
1503245--1503547	79	3.8	78	78	8	326	28	24	13	33	1.93
1510500--1510550	19	2.5	21	90	6	79	43	13	15	27	1.85
1512964--1513130	51	3.3	51	76	8	196	27	27	13	31	1.94
1512964--1513182	51	4.3	52	75	8	191	28	26	11	32	1.92
1512967--1513181	102	2.1	101	87	2	306	29	26	11	33	1.91
1513166--1513241	28	2.7	28	87	4	100	26	32	15	25	1.95
1513197--1513345	80	1.9	80	92	0	253	28	26	14	30	1.95
1513118--1513321	108	1.9	106	85	5	284	27	27	13	30	1.94
1513225--1513467	130	1.9	131	83	6	323	28	27	13	30	1.94
1516584--1516986	79	5.1	78	75	8	323	35	11	24	28	1.90
1516683--1516990	157	2.0	158	84	5	410	35	13	24	27	1.92
1521720--1522001	79	3.6	79	77	5	241	33	12	24	29	1.92
1524405--1524469	34	1.9	34	84	3	87	33	15	13	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1525318--1525554	91	2.6	87	85	6	305	32	25	9	32	1.87
1526179--1526749	92	6.2	91	74	9	328	22	26	11	40	1.87
1526270--1526737	138	3.4	135	78	5	422	23	25	11	39	1.88
1526569--1526750	90	2.0	92	86	4	253	22	23	12	41	1.88
1526195--1526750	46	12.2	45	73	9	297	22	25	11	40	1.88
1527930--1528294	159	2.3	158	82	5	412	32	11	8	47	1.71
1534551--1534624	34	2.1	35	95	2	132	31	13	24	31	1.93
1535937--1535987	20	2.5	20	80	3	57	41	5	17	35	1.74
1536047--1536103	20	2.8	20	89	0	78	35	8	15	40	1.79
1540624--1540811	96	2.0	96	85	4	254	39	12	19	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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