genome.fa.s32.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold32
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5587194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1545635--1545665	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1552943--1552968	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1554461--1554509	19	2.5	20	86	3	64	46	12	14	26	1.79
1554551--1554622	20	3.5	20	84	3	90	27	16	11	44	1.82
1554936--1555049	52	2.2	52	84	3	149	42	14	14	28	1.86
1556182--1556546	157	2.3	156	80	6	393	41	17	16	23	1.89
1556041--1556646	155	3.9	155	74	7	453	41	18	14	25	1.88
1558515--1559133	167	3.7	165	83	4	658	30	11	8	49	1.68
1559478--1559507	15	2.0	15	93	0	51	76	0	23	0	0.78
1569864--1569893	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
1569821--1569942	63	1.9	63	88	0	181	26	16	16	40	1.89
1571199--1571864	79	8.4	78	82	5	680	28	25	13	32	1.94
1571203--1571827	315	2.0	316	82	4	780	28	25	13	33	1.93
1572087--1572132	22	2.1	21	84	4	56	17	2	15	65	1.37
1573916--1573961	4	11.8	4	86	4	67	26	2	0	71	0.97
1579444--1579844	59	6.7	60	80	5	384	27	26	18	28	1.98
1579444--1579844	123	3.3	119	81	5	450	27	26	18	28	1.98
1579828--1579930	42	2.4	42	82	6	109	23	22	14	39	1.91
1580593--1580723	50	2.6	50	88	0	190	29	16	12	41	1.85
1582114--1582152	20	1.9	21	89	5	62	33	10	10	46	1.72
1582218--1582255	19	2.1	18	95	5	67	34	15	15	34	1.90
1582285--1582339	20	2.7	21	85	2	76	32	16	12	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1584806--1584842	13	2.8	13	91	0	56	40	16	13	29	1.86
1584804--1584907	46	2.3	46	83	6	122	40	15	15	28	1.88
1591600--1591625	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1594177--1594214	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
1600353--1600404	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
1600353--1600410	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
1600845--1600870	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1602887--1603690	79	10.3	79	77	7	543	26	24	14	34	1.93
1602887--1603675	157	5.0	157	79	5	706	26	24	13	34	1.93
1603418--1603723	79	3.9	79	82	4	246	28	23	12	34	1.92
1605311--1605358	20	2.3	20	79	10	53	39	12	18	29	1.88
1607835--1608035	80	2.5	81	80	8	219	30	24	12	32	1.92
1609234--1609649	132	3.2	132	80	1	417	43	14	22	19	1.86
1609146--1609672	66	8.0	66	77	5	358	43	13	23	19	1.86
1609429--1609715	66	4.3	66	80	5	208	42	15	22	19	1.89
1610633--1611181	165	3.3	163	78	6	505	29	13	6	50	1.66
1611734--1611796	11	5.5	11	75	14	56	76	1	15	6	1.07
1622820--1622862	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
1627780--1627813	12	2.8	12	90	0	50	23	35	0	41	1.55
1634843--1634956	53	2.2	53	90	3	176	47	12	19	21	1.81
1635598--1635767	77	2.2	78	84	1	225	28	30	15	26	1.96
1636403--1636427	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1636452--1636498	12	4.2	12	74	20	57	31	17	14	36	1.90
1639798--1640611	42	19.3	42	75	6	462	21	28	17	31	1.96
1640236--1640611	169	2.2	168	81	2	414	22	30	17	30	1.96
1641619--1642219	167	3.6	167	83	4	671	29	11	8	49	1.69
1642723--1642756	12	2.6	13	90	9	52	79	0	20	0	0.73
1645619--1646485	41	21.3	42	73	12	365	48	13	20	16	1.80
1645616--1646237	163	3.8	163	74	8	414	48	13	20	16	1.80
1646134--1646362	122	1.9	123	79	4	266	49	14	18	17	1.80
1647221--1647272	20	2.5	20	84	3	59	38	7	17	36	1.78
1647626--1647697	20	3.5	20	86	1	90	40	12	18	29	1.87
1648763--1648801	21	1.9	20	89	5	60	20	23	10	46	1.81
1649701--1649761	19	3.5	19	70	25	71	31	13	19	36	1.90
1649720--1649744	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1649699--1649776	32	2.4	32	93	0	129	32	15	17	34	1.92
1649793--1649847	20	2.7	22	89	10	82	32	14	12	40	1.84
1656655--1656733	10	7.4	10	82	17	97	86	12	0	1	0.64
1656653--1656733	22	4.1	19	78	20	85	85	13	0	1	0.67
1656649--1656730	29	2.8	29	86	3	101	84	14	0	1	0.69
1656656--1656747	19	4.2	20	79	19	78	82	14	0	3	0.79
1656655--1656733	1	79.0	1	71	0	59	86	12	0	1	0.64
1657952--1658196	29	8.0	31	86	7	288	24	29	16	29	1.96
1657959--1658239	96	3.0	95	84	8	337	23	28	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1657959--1658229	64	4.4	63	87	8	337	24	28	16	29	1.97
1658238--1658305	33	2.0	34	91	2	111	19	30	13	36	1.90
1658324--1658617	33	9.2	33	79	11	315	20	30	12	36	1.90
1658449--1658567	27	4.2	26	76	17	112	22	30	12	34	1.91
1658417--1658600	60	3.0	60	85	5	246	22	29	12	35	1.91
1658639--1658883	39	5.8	39	69	17	148	27	25	19	27	1.99
1658679--1659398	49	14.9	49	78	10	595	24	24	17	32	1.97
1658638--1658944	88	3.5	88	90	2	454	26	24	19	29	1.98
1658858--1659389	101	5.3	98	83	4	548	24	24	17	33	1.96
1659295--1659399	52	2.0	52	90	0	165	24	23	15	36	1.94
1661059--1661084	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1661041--1661104	32	2.0	33	84	3	85	42	17	12	28	1.85
1663442--1663484	21	2.2	20	84	16	54	39	16	20	23	1.92
1664346--1664538	104	1.9	104	90	2	307	30	17	18	34	1.93
1664346--1664516	52	3.3	52	99	0	333	29	17	17	35	1.93
1664527--1664551	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1664615--1664639	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1664593--1664659	33	2.0	33	85	0	89	38	13	13	34	1.84
1664952--1665040	19	5.3	19	65	29	76	34	13	17	33	1.89
1664965--1664989	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1664952--1665047	32	3.0	32	95	0	174	34	13	17	34	1.89
1670100--1670172	20	3.6	21	81	3	78	34	15	13	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1674342--1674388	12	4.0	12	73	15	53	23	25	6	44	1.77
1674347--1674394	23	2.1	23	96	0	87	22	25	4	47	1.69
1674347--1674409	23	2.9	23	86	6	69	23	22	6	47	1.74
1676069--1676133	33	2.0	32	87	3	94	29	16	15	38	1.90
1676098--1676155	19	3.1	18	88	11	89	34	15	17	32	1.91
1676099--1676154	20	2.8	20	92	7	89	32	16	17	33	1.92
1676362--1676397	17	2.1	17	100	0	72	33	16	11	38	1.84
1678305--1678367	19	3.7	18	74	25	73	31	11	17	39	1.85
1678307--1678375	32	2.2	32	94	0	120	33	10	17	39	1.83
1678326--1678350	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1678418--1678567	52	2.9	53	88	4	216	34	19	19	27	1.96
1688314--1688383	20	3.6	19	86	9	88	31	15	17	35	1.91
1690040--1690092	20	2.7	19	82	11	63	35	13	20	30	1.91
1690545--1690597	20	2.7	19	88	11	72	37	13	18	30	1.89
1692436--1692638	79	2.6	80	85	7	254	51	12	18	17	1.76
1692452--1693007	41	13.6	41	71	12	268	48	13	19	17	1.81
1692612--1692707	49	2.0	48	83	2	120	54	13	15	16	1.72
1692532--1692787	130	2.0	129	79	3	273	49	14	17	18	1.79
1692663--1693007	122	2.8	123	79	5	299	47	13	20	17	1.82
1693385--1693466	41	2.0	41	92	0	137	45	12	20	21	1.84
1693927--1694087	30	5.4	29	71	12	130	50	22	13	13	1.75
1693795--1694360	60	9.6	60	75	7	426	49	19	15	15	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1693842--1694360	176	2.9	175	79	6	521	49	20	14	15	1.79
1693795--1694203	116	3.5	115	78	8	396	48	20	15	15	1.82
1694457--1694604	59	2.5	59	77	6	147	47	16	13	22	1.82
1695660--1695708	13	4.2	13	73	24	54	38	18	10	32	1.84
1695759--1695832	19	3.8	19	87	1	94	36	12	18	32	1.88
1695817--1695843	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1696461--1696488	14	2.0	14	100	0	56	0	50	7	42	1.30
1698477--1698517	19	2.2	18	86	8	55	51	21	0	26	1.48
1702901--1702930	3	10.0	3	92	0	51	33	36	0	30	1.58
1704506--1704554	13	4.2	13	75	24	63	36	18	12	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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