genome.fa.s32.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold32
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5587194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2277372--2278048	166	4.1	166	83	2	869	32	6	15	46	1.71
2277340--2278024	332	2.1	332	90	1	1077	31	6	15	46	1.71
2277340--2278230	332	2.7	328	84	5	1042	31	6	16	45	1.73
2278683--2278973	154	1.9	155	83	5	383	27	12	17	42	1.86
2280932--2280956	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2283050--2283094	20	2.1	22	88	8	67	11	31	42	15	1.82
2283367--2283416	21	2.4	22	81	15	54	50	0	18	32	1.47
2283525--2283549	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2289666--2289690	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2289760--2289786	12	2.2	12	100	0	54	33	18	14	33	1.92
2289741--2289804	31	2.0	32	87	3	94	34	18	15	31	1.93
2292539--2292594	20	2.8	20	100	0	112	37	10	14	37	1.81
2292558--2292698	52	2.7	52	84	2	176	45	12	11	31	1.77
2300255--2300379	52	2.4	52	90	0	196	28	16	17	37	1.92
2300255--2300399	52	2.8	52	83	4	177	29	16	17	35	1.92
2300388--2300412	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2300475--2300499	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2301288--2302055	49	15.8	49	83	9	875	32	16	24	25	1.96
2301286--2302049	251	3.1	245	87	6	1046	32	16	24	25	1.96
2301586--2302060	92	5.1	92	89	5	693	33	17	24	25	1.96
2301533--2302055	141	3.7	140	86	8	718	33	17	23	25	1.96
2302048--2302319	32	8.5	32	88	5	401	17	17	36	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2302386--2303195	31	25.2	31	81	8	331	32	13	32	21	1.93
2302321--2302974	34	19.8	34	77	9	468	33	13	33	20	1.91
2302622--2302778	27	5.3	27	70	19	89	30	13	35	20	1.91
2302622--2302940	63	5.0	62	78	9	284	31	13	34	20	1.91
2302267--2302972	134	5.3	131	76	10	612	32	13	33	20	1.91
2302920--2303189	62	4.3	62	94	2	445	28	15	29	26	1.96
2302920--2303189	93	2.9	93	93	2	445	28	15	29	26	1.96
2303294--2303331	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
2311223--2311347	52	2.4	52	94	0	214	28	17	17	36	1.93
2311223--2311368	52	2.8	52	87	4	197	30	17	17	34	1.93
2311430--2311454	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2311408--2311474	33	2.0	33	85	0	89	40	16	11	31	1.85
2311831--2311870	20	2.0	20	100	0	80	50	5	20	25	1.68
2312954--2312993	18	2.3	17	86	4	53	85	2	5	7	0.83
2317401--2317455	20	2.8	20	91	0	83	40	14	14	30	1.86
2317479--2317533	19	2.8	19	78	8	65	30	16	12	40	1.86
2318078--2318362	52	5.7	52	73	10	197	31	16	26	25	1.96
2318236--2318362	43	2.8	45	77	7	141	30	17	25	25	1.97
2318373--2318645	28	9.8	28	86	5	329	18	18	30	32	1.95
2318373--2318652	56	5.0	56	89	3	404	18	18	30	32	1.95
2318373--2318649	114	2.5	112	88	3	398	19	18	29	32	1.95
2318964--2319048	37	2.3	37	89	0	134	43	14	17	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2325870--2325922	26	2.0	26	96	0	97	22	22	26	28	1.99
2327272--2327296	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2327252--2327316	33	2.0	33	84	6	87	33	20	13	32	1.91
2327371--2327397	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2327354--2327416	32	1.9	32	87	3	90	41	12	17	28	1.86
2329167--2329207	21	2.0	21	85	4	57	19	12	14	53	1.72
2334070--2334121	20	2.6	20	87	6	70	40	13	17	28	1.87
2334090--2334153	32	2.0	32	96	0	119	37	10	18	32	1.86
2335019--2335192	33	5.5	32	76	9	151	21	17	33	27	1.96
2335020--2335191	30	5.5	31	74	13	129	22	18	33	26	1.96
2335035--2335188	63	2.4	64	79	3	186	21	19	30	28	1.97
2335503--2335724	52	4.3	53	83	4	247	37	16	22	22	1.93
2341332--2341861	165	3.2	162	81	6	595	29	11	10	49	1.72
2343415--2343455	11	3.9	10	87	3	55	73	0	2	24	0.96
2343578--2343934	156	2.3	156	82	1	412	25	19	17	37	1.93
2347671--2347969	166	1.8	166	87	2	449	29	12	9	49	1.70
2349459--2349727	148	1.8	149	84	6	375	33	12	12	41	1.80
2353331--2353444	49	2.3	51	86	3	160	42	11	15	30	1.83
2354306--2354787	28	17.2	28	81	6	478	24	16	30	28	1.96
2354682--2355423	27	27.0	28	85	3	737	29	14	30	26	1.95
2359166--2359230	19	3.8	18	71	24	68	33	12	15	38	1.85
2359168--2359235	32	2.1	32	94	0	118	35	11	16	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2359273--2359297	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2359306--2359434	52	2.5	52	94	0	231	35	17	17	28	1.93
2374016--2374055	16	2.5	16	95	0	71	7	10	37	45	1.66
2374540--2374666	63	2.0	64	92	3	211	43	12	15	28	1.83
2375107--2375141	9	3.9	9	88	0	52	2	8	2	85	0.79
2379772--2379806	15	2.4	15	95	4	63	17	20	5	57	1.60
2379831--2379962	5	26.4	5	88	0	147	21	19	8	50	1.73
2379834--2379963	15	9.0	15	85	8	162	21	20	9	49	1.76
2379831--2379963	20	6.7	20	89	0	185	21	19	9	50	1.75
2381221--2381252	16	2.0	16	93	0	55	78	3	0	18	0.89
2393761--2394471	42	16.6	42	80	4	740	12	33	18	36	1.88
2393844--2394445	131	4.7	129	87	3	795	12	33	17	36	1.88
2393761--2394493	215	3.4	214	85	4	965	12	32	18	36	1.88
2398829--2398863	15	2.4	15	95	4	63	17	20	5	57	1.60
2398888--2399024	5	27.4	5	85	0	148	21	19	8	50	1.73
2398888--2399024	15	9.1	15	90	0	184	21	19	8	50	1.73
2399097--2399136	16	2.4	16	83	4	53	75	0	2	22	0.93
2400284--2400315	16	2.0	16	93	0	55	78	3	0	18	0.89
2408278--2408449	52	3.2	51	80	16	186	51	9	18	20	1.73
2408275--2408448	58	3.1	56	81	12	205	52	9	17	20	1.71
2409096--2409326	78	3.0	76	80	5	232	30	30	13	25	1.94
2409804--2410379	42	13.6	42	71	7	188	18	29	19	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2409982--2410101	43	2.8	42	86	6	161	12	31	19	36	1.89
2410175--2410376	84	2.4	84	83	4	219	18	29	19	32	1.96
2410110--2410350	127	1.9	127	84	5	326	19	29	19	31	1.96
2411652--2412001	162	2.1	164	81	6	397	28	10	11	50	1.71
2418933--2419007	20	3.8	20	83	0	105	30	12	14	42	1.82
2423453--2423480	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2423433--2423498	33	2.0	33	88	11	100	30	13	13	42	1.83
2437400--2437454	13	4.2	13	86	11	76	85	9	5	0	0.74
2437404--2437478	9	7.9	9	82	8	87	85	12	2	0	0.70
2437381--2437478	27	3.7	26	80	9	99	83	10	6	0	0.80
2437404--2437478	13	5.5	13	84	10	73	85	12	2	0	0.70
2437382--2437469	1	88.0	1	70	0	59	85	7	6	0	0.75
2439598--2439912	29	11.0	29	82	3	386	31	30	16	21	1.96
2439605--2439912	57	5.4	57	91	0	481	32	29	17	20	1.95
2439743--2439968	28	7.8	30	78	11	97	31	29	18	20	1.96
2439600--2439958	57	6.3	57	85	6	449	32	30	16	20	1.95
2439967--2440346	43	8.2	47	77	10	311	23	25	17	33	1.96
2439980--2440251	92	3.0	86	84	8	287	25	24	17	32	1.97
2439980--2440251	135	2.0	134	88	0	400	25	24	17	32	1.97
2440154--2440366	99	2.1	101	76	6	218	23	25	16	34	1.96
2441163--2441190	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2448133--2453591	27	199.9	27	78	7	3278	25	29	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2448133--2453519	55	98.6	54	74	8	3724	25	29	15	30	1.95
2448156--2448269	28	4.1	28	81	4	115	27	29	15	27	1.96
2448133--2453450	82	64.9	80	76	5	4163	25	29	15	30	1.95
2453403--2453893	56	8.7	55	73	9	203	31	28	15	24	1.96
2453395--2453805	85	4.9	84	75	9	257	30	27	16	24	1.97
2453413--2453869	57	8.1	56	75	7	320	31	27	16	24	1.97
2456570--2456596	11	2.5	11	100	0	54	85	7	0	7	0.75
2457000--2457114	51	2.3	51	89	3	187	26	13	10	48	1.75
2457016--2457098	26	3.2	26	63	27	68	25	12	9	53	1.68
2457018--2457098	25	3.2	25	63	27	62	24	12	9	53	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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