genome.fa.s32.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold32
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5587194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   

This is table  5  of  33  ( 3877 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
636063--636482	48	8.6	48	92	1	642	30	17	26	25	1.97
636009--636474	144	3.2	144	87	3	626	30	17	26	25	1.97
637071--637490	48	8.6	48	90	1	588	31	16	25	26	1.97
638025--638394	48	7.5	49	85	2	361	30	16	26	26	1.97
638070--638402	48	6.8	48	86	1	414	30	16	26	26	1.97
637160--653221	912	17.4	910	72	15	8281	29	17	25	27	1.98
638937--639306	48	7.5	49	83	2	343	31	16	26	25	1.97
638982--639314	48	6.8	48	85	1	396	31	16	26	26	1.96
639818--640191	48	7.7	48	92	0	586	30	16	25	27	1.97
640780--641151	48	7.6	48	89	1	492	31	16	25	26	1.97
641655--642029	48	7.7	48	91	1	561	30	16	25	26	1.97
642618--643037	48	8.6	48	89	1	570	31	16	25	26	1.97
643572--644036	48	9.5	49	89	1	474	30	16	26	26	1.97
643622--644044	48	8.7	48	90	1	630	30	16	26	26	1.97
644633--645004	48	7.6	48	88	1	483	31	16	25	26	1.96
645508--645882	48	7.7	48	91	1	570	30	16	25	26	1.97
646471--646842	48	7.6	48	88	1	483	31	16	25	26	1.97
647430--647722	48	6.0	48	87	5	387	29	17	25	28	1.97
647430--647722	97	3.0	96	87	7	398	29	17	25	28	1.97
647430--647722	145	2.0	143	86	5	401	29	17	25	28	1.97
648311--648682	48	7.6	48	89	1	492	31	16	25	26	1.97
649175--649549	48	7.7	48	91	1	561	30	16	25	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
647430--649549	960	2.2	948	88	5	3088	29	18	25	27	1.98
650138--650557	48	8.6	48	90	1	597	31	17	25	26	1.97
651061--651435	48	7.7	48	91	1	561	30	16	26	26	1.97
650181--653173	878	3.4	878	95	1	5178	29	17	25	27	1.98
651939--652313	48	7.7	48	91	1	561	30	16	26	26	1.97
652902--653321	48	8.6	48	90	1	588	31	16	25	26	1.97
653901--654329	48	8.8	48	87	2	572	31	16	25	26	1.96
654918--655337	48	8.6	48	89	1	579	31	17	25	26	1.97
655872--656241	48	7.5	49	84	2	352	30	16	26	26	1.97
655917--656249	48	6.8	48	85	1	405	30	16	26	26	1.96
656753--657126	48	7.7	48	93	0	577	30	16	25	27	1.96
657706--658038	48	6.8	48	86	1	414	30	16	26	26	1.97
656756--658946	912	2.4	912	93	1	3713	29	17	25	27	1.97
658627--659046	48	8.6	48	88	1	561	31	16	25	26	1.96
658573--659042	144	3.2	144	83	3	553	31	16	26	26	1.96
658855--658983	26	5.3	26	59	26	66	31	14	27	27	1.95
659626--659910	48	5.8	47	81	6	277	31	16	26	25	1.97
659635--659910	96	2.8	96	84	6	324	31	17	25	25	1.97
658779--660770	864	2.3	864	93	0	3357	29	17	25	27	1.97
660499--660870	48	7.6	48	88	1	492	30	16	26	26	1.96
659712--662384	960	2.8	960	96	0	4887	29	17	25	27	1.98
661462--661830	48	7.6	48	87	1	477	32	15	25	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
661690--661767	26	3.2	26	61	26	60	32	14	28	25	1.94
661799--662954	566	2.0	566	93	1	2003	27	18	25	28	1.98
662985--663356	48	7.6	48	91	1	564	30	16	26	26	1.97
663230--663303	22	3.2	22	65	26	53	31	14	24	29	1.95
663242--663315	22	3.2	22	65	26	53	32	13	27	27	1.94
663945--664364	48	8.6	48	87	1	534	31	16	25	25	1.97
662365--674156	960	12.0	960	82	8	12419	29	17	25	27	1.98
664224--664301	26	3.2	26	61	32	62	30	14	28	26	1.95
664953--665420	48	9.6	48	89	1	657	31	16	25	26	1.96
666000--666380	48	7.8	48	86	3	469	30	17	26	25	1.97
666915--667384	48	9.6	48	85	2	472	31	17	25	24	1.97
666969--667390	144	2.9	144	85	1	538	31	17	25	25	1.97
667977--668396	48	8.6	48	90	1	588	31	16	25	25	1.96
667923--668388	144	3.2	144	86	3	590	31	16	25	25	1.97
668985--669356	48	7.6	48	89	1	510	30	16	26	26	1.96
668931--669348	144	2.8	145	84	3	505	30	16	26	26	1.96
669945--670364	48	8.6	48	90	1	597	31	16	25	25	1.97
669891--670356	144	3.2	144	86	3	599	31	16	26	25	1.97
670944--671324	48	7.8	48	87	2	485	30	16	26	26	1.96
670899--671316	144	2.8	144	84	4	487	30	16	26	26	1.96
671913--672284	48	7.6	48	89	1	510	30	16	26	26	1.96
671859--672276	144	2.8	145	84	3	505	30	16	26	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
672873--673244	48	7.6	48	90	1	510	30	16	26	26	1.96
673056--673181	26	5.2	26	59	24	67	29	16	28	25	1.97
672819--673240	144	2.9	145	85	3	540	30	16	27	25	1.97
673833--674156	48	6.6	48	90	1	468	30	16	26	26	1.97
672916--675064	912	2.4	912	95	0	3824	29	17	26	27	1.97
674692--675216	48	10.8	50	91	1	179	30	16	27	26	1.97
674745--675892	48	23.6	48	93	1	1864	30	16	26	26	1.97
674745--675892	340	3.4	340	94	1	1944	30	16	26	26	1.97
675656--675733	26	3.2	26	60	26	60	26	15	32	25	1.95
676472--676804	48	6.8	48	86	3	407	32	16	26	24	1.96
675566--678624	912	3.4	912	95	0	5329	29	18	25	26	1.98
677384--677716	48	6.8	48	87	3	416	32	16	26	24	1.96
678305--678724	48	8.6	48	90	2	581	31	17	25	25	1.97
678598--678671	22	3.2	22	63	26	53	29	18	22	28	1.98
678610--678683	22	3.2	22	63	26	53	31	17	25	25	1.97
679312--679587	48	5.6	47	86	5	336	31	17	26	25	1.97
679762--680121	48	7.4	48	89	1	513	32	16	24	26	1.96
680702--681019	48	6.5	48	88	2	397	31	16	26	25	1.96
680711--681019	95	3.2	96	87	4	399	31	16	26	25	1.96
680890--680970	26	3.3	26	63	25	66	30	13	28	27	1.94
680706--681019	143	2.2	145	87	3	443	31	16	26	25	1.96
679802--681848	911	2.2	912	93	1	3501	29	17	25	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681517--681838	48	6.4	48	77	7	257	32	17	26	24	1.97
681567--681848	97	2.8	100	81	5	293	31	17	25	25	1.97
680800--682660	816	2.3	815	95	1	3351	29	18	25	27	1.98
682437--682812	48	7.6	48	90	1	473	32	17	25	25	1.97
682428--682812	96	3.9	98	89	3	526	31	17	25	25	1.97
682428--682812	144	2.6	145	86	5	522	31	17	25	25	1.97
683390--683709	48	6.5	48	89	1	406	31	15	26	26	1.96
683531--683659	26	5.3	26	62	26	75	31	13	27	27	1.94
683548--683621	22	3.2	22	63	26	53	32	14	24	28	1.95
681621--683709	962	2.2	963	94	0	3607	29	17	25	27	1.98
684302--684621	48	6.5	48	87	3	390	31	16	25	26	1.96
682480--695781	912	14.3	913	77	11	11092	29	17	25	27	1.97
685215--685534	48	6.5	48	88	1	397	30	16	26	26	1.96
685404--685484	26	3.3	26	63	25	66	30	13	28	27	1.94
686126--686445	48	6.5	48	88	1	397	31	16	26	25	1.96
686315--686395	26	3.3	26	63	25	66	30	13	28	27	1.94
687038--687518	48	9.8	48	94	1	701	30	16	26	25	1.97
688106--688416	48	6.4	48	88	1	406	31	15	26	26	1.96
688286--688366	26	3.3	26	63	25	66	30	13	28	27	1.94
689018--689328	48	6.4	48	87	1	379	31	16	25	26	1.96
689198--689278	26	3.3	26	63	25	66	30	13	28	27	1.94
689921--690240	48	6.5	48	88	1	397	31	16	26	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
690110--690190	26	3.3	26	63	25	66	30	13	28	27	1.94
690833--691217	48	7.8	48	92	1	509	31	16	26	25	1.97
689924--692115	963	2.3	964	94	0	3766	29	17	25	27	1.97
691805--692115	48	6.4	48	88	1	397	31	16	25	26	1.96
691985--692065	26	3.3	26	63	25	66	30	13	28	27	1.94
692717--693027	48	6.4	48	87	1	388	31	16	26	26	1.96
692897--692977	26	3.3	26	63	25	66	30	13	28	27	1.94
693629--693939	48	6.4	48	87	1	388	31	16	26	26	1.96
693809--693889	26	3.3	26	63	25	66	30	13	28	27	1.94
694721--694801	26	3.3	26	63	25	66	30	13	28	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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