genome.fa.s32.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold32
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5587194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2465014--2465186	51	3.4	51	90	0	256	45	14	15	24	1.84
2465556--2465580	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2465535--2465599	32	2.0	33	84	3	87	32	13	12	41	1.82
2465650--2465703	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
2473935--2474584	325	2.0	326	92	1	1099	36	12	21	29	1.90
2478147--2478190	22	2.0	22	100	0	88	27	13	27	31	1.94
2478442--2478495	20	2.8	20	91	2	83	40	7	14	37	1.74
2479365--2479389	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2479344--2479442	34	3.0	34	94	2	166	27	13	15	44	1.83
2479399--2479424	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2481990--2482026	13	2.8	13	91	0	56	37	13	16	32	1.87
2488803--2488841	20	2.0	20	85	5	53	38	10	10	41	1.73
2488893--2488918	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2490438--2490475	20	1.9	20	100	0	76	42	10	15	31	1.81
2498754--2499232	167	2.9	166	80	5	493	47	9	11	31	1.71
2500943--2501016	20	3.7	20	76	3	58	33	12	17	36	1.87
2502145--2502646	97	5.2	96	81	2	468	19	17	31	31	1.95
2502138--2502646	194	2.6	191	81	2	561	19	18	31	31	1.95
2502138--2502646	193	2.6	193	80	2	547	19	18	31	31	1.95
2508820--2509216	166	2.4	163	80	10	421	27	11	9	51	1.69
2509073--2509341	143	1.9	144	81	6	332	27	10	12	49	1.73
2509689--2509731	23	1.9	23	85	4	61	69	4	11	13	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509933--2510388	166	2.7	167	89	2	713	29	12	8	50	1.69
2510486--2510530	20	2.2	20	84	7	56	26	0	11	62	1.29
2511169--2511222	20	2.7	20	88	5	74	38	12	16	31	1.87
2520700--2520818	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2520733--2520808	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2520724--2520809	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2520715--2520785	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2530484--2530560	12	6.9	12	76	18	62	38	0	48	12	1.42
2530505--2530565	9	7.1	9	74	10	65	42	0	44	13	1.43
2530484--2530593	42	2.6	42	95	0	193	40	0	47	12	1.42
2530529--2530574	12	3.9	12	81	13	51	43	0	43	13	1.43
2530550--2530599	18	2.8	18	81	6	57	44	0	46	10	1.37
2536097--2536215	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2536130--2536205	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2536121--2536206	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2536112--2536182	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2544147--2544674	176	3.0	176	100	0	1056	30	22	15	31	1.95
2546077--2546140	28	2.3	29	84	13	89	60	9	18	10	1.56
2546197--2546239	12	3.8	12	78	12	54	0	11	0	88	0.52
2546195--2546240	23	2.0	23	91	4	76	0	13	0	86	0.56
2546198--2546239	22	2.0	22	95	4	77	0	11	0	88	0.53
2553240--2553358	42	2.8	42	90	0	184	9	45	2	42	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2555612--2555730	42	2.8	42	90	0	184	9	45	2	42	1.49
2557984--2558102	42	2.8	42	90	0	184	9	45	2	42	1.49
2561834--2561909	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2561833--2561918	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2561824--2561942	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2574109--2574180	24	3.2	24	62	34	59	30	23	12	33	1.92
2574096--2574188	44	2.1	44	95	0	168	35	23	10	30	1.89
2575197--2575569	156	2.4	157	86	4	518	26	20	15	36	1.93
2575219--2575609	156	2.5	156	83	4	414	28	21	14	36	1.93
2576866--2577314	159	2.8	159	80	5	396	33	17	13	35	1.88
2577003--2577309	159	1.9	157	88	1	461	33	17	13	35	1.89
2577134--2579110	948	2.1	934	86	3	2707	31	19	13	35	1.91
2581049--2581082	10	3.4	10	87	0	50	79	0	20	0	0.73
2581048--2581116	23	3.1	21	82	13	77	76	1	18	2	0.98
2581047--2581095	19	2.4	19	90	10	71	77	0	22	0	0.77
2581048--2581116	22	3.1	22	85	6	86	76	1	18	2	0.98
2584363--2584403	20	2.0	22	90	9	68	17	14	21	46	1.84
2585147--2585392	97	2.5	98	85	2	334	34	13	25	26	1.93
2587703--2587755	20	2.6	21	79	11	65	30	20	11	37	1.88
2594575--2594639	29	2.2	29	91	0	103	13	16	10	58	1.63
2596391--2596478	28	3.2	27	76	17	83	12	17	9	61	1.56
2597203--2597439	112	2.1	112	85	3	316	29	15	22	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2603090--2603439	175	2.0	174	83	5	447	26	16	18	39	1.91
2605401--2605822	166	2.6	166	83	4	500	30	11	9	49	1.70
2606277--2606313	11	3.5	11	88	3	58	78	0	21	0	0.75
2606277--2606326	19	2.4	20	87	12	66	78	0	22	0	0.76
2606278--2606335	23	2.6	23	89	8	84	77	0	20	1	0.86
2621109--2621220	58	1.9	58	83	3	145	30	19	20	29	1.97
2621954--2621984	12	2.7	11	90	9	53	90	0	9	0	0.46
2621954--2621986	16	2.1	16	88	11	50	87	0	12	0	0.53
2626386--2626424	17	2.3	17	95	0	69	28	12	28	30	1.93
2633386--2633504	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2633419--2633494	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2633410--2633495	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2633401--2633471	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2635203--2635227	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2635183--2635252	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
2635292--2635316	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2642277--2642318	7	6.1	7	88	5	68	85	14	0	0	0.59
2642278--2642319	20	2.0	22	90	9	70	85	14	0	0	0.59
2643521--2643665	31	4.7	31	86	6	188	25	28	18	27	1.98
2643518--2643737	93	2.3	93	81	7	257	23	30	15	30	1.96
2643521--2643684	62	2.6	62	85	6	217	25	28	17	29	1.97
2643676--2644351	34	19.8	34	84	8	783	20	33	12	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2643676--2644351	105	6.6	103	86	9	827	20	33	12	33	1.89
2644122--2644181	27	2.2	27	87	0	84	18	38	15	28	1.91
2644353--2644529	33	5.5	32	87	4	243	29	36	15	17	1.91
2644522--2645280	49	15.9	49	83	7	927	25	25	17	31	1.97
2644617--2645280	92	7.0	92	90	4	986	24	25	17	31	1.97
2644517--2645634	190	5.7	190	84	8	1378	24	25	17	32	1.97
2645181--2645334	52	2.9	52	81	4	182	24	24	15	35	1.94
2645346--2645634	49	6.0	49	87	6	421	25	26	17	30	1.97
2645230--2645445	122	1.8	119	84	6	294	25	25	15	33	1.95
2645453--2645643	43	4.1	43	79	15	202	25	25	17	31	1.97
2645453--2645643	95	2.0	94	92	5	316	25	25	17	31	1.97
2645544--2645697	52	2.9	53	80	6	186	24	22	15	37	1.93
2644990--2645765	363	2.2	358	91	1	1266	24	25	15	33	1.95
2646522--2646546	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2646502--2646571	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
2646610--2646755	52	2.8	50	86	6	202	34	18	17	29	1.94
2651290--2651690	154	2.7	148	82	10	478	35	21	19	22	1.96
2651635--2651848	116	1.8	117	89	5	335	33	21	21	23	1.98
2651489--2652002	270	1.9	263	86	5	721	34	22	21	21	1.97
2651752--2652228	154	3.1	154	87	0	659	37	21	19	21	1.95
2652337--2653114	168	4.6	168	93	0	1288	41	10	12	36	1.76
2654258--2654282	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2654291--2654419	52	2.5	52	94	0	222	34	19	17	29	1.94
2666027--2666052	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2666105--2666144	20	2.0	20	95	4	73	40	15	10	35	1.80
2669304--2669392	42	2.2	40	86	7	119	33	6	28	31	1.83
2669242--2669463	112	2.0	112	100	0	444	37	5	26	29	1.80
2670096--2670121	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2670174--2670213	20	2.0	20	95	4	73	40	15	10	35	1.80
2673444--2673537	1	94.0	1	78	0	98	89	10	0	0	0.49
2673442--2673537	15	6.5	15	85	5	133	88	11	0	0	0.51
2674970--2675182	57	3.7	57	81	7	241	30	28	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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