genome.fa.s32.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold32
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5587194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   

This is table  6  of  33  ( 3877 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
694541--694916	48	7.6	49	90	2	481	31	15	25	26	1.96
695506--695781	48	5.6	48	89	2	354	31	17	26	25	1.97
695506--695781	96	2.8	97	88	2	392	31	17	26	25	1.97
696361--697087	49	15.0	49	88	3	949	30	16	26	26	1.97
696266--697087	195	4.2	195	85	4	1021	30	16	26	26	1.97
698549--698671	1	123.0	1	70	0	84	0	4	9	85	0.73
698537--698670	12	11.5	11	80	14	105	0	4	11	84	0.76
698538--698671	47	3.0	43	85	10	180	0	4	11	84	0.76
698537--698669	53	2.5	51	80	17	155	0	4	11	84	0.77
701208--701233	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
701188--701251	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
701188--701251	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
701303--701358	20	2.8	20	86	5	69	28	16	16	39	1.89
709772--709799	13	2.2	13	100	0	56	35	14	17	32	1.90
709751--709816	33	2.0	33	90	0	105	39	12	18	30	1.87
709838--709900	32	2.0	32	90	0	99	34	17	14	33	1.90
709835--709901	19	3.8	19	72	22	65	35	16	13	34	1.88
717205--717576	48	7.6	48	87	2	485	30	16	26	26	1.97
718159--718535	48	7.8	48	90	2	504	30	16	27	25	1.96
718973--719537	48	11.3	52	82	5	200	32	15	26	24	1.96
719125--719543	48	8.6	48	89	1	586	31	16	26	25	1.96
717161--722365	960	5.3	960	84	7	6481	29	17	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720122--720489	48	7.6	48	88	1	484	30	17	26	25	1.97
721082--721501	48	8.6	48	91	1	624	30	17	26	26	1.97
722081--722365	48	5.8	48	87	2	354	30	17	26	25	1.97
721227--723221	863	2.3	864	94	0	3491	29	17	25	27	1.98
722954--723324	48	7.6	48	90	1	526	31	16	26	25	1.96
722092--724263	943	2.3	948	92	2	3558	29	17	25	26	1.98
723896--724315	48	8.6	48	91	1	624	30	17	26	25	1.97
724898--725172	48	5.6	48	86	2	343	31	16	25	25	1.97
724899--725172	96	2.8	97	87	2	379	31	16	25	25	1.96
724042--726032	864	2.3	857	92	1	3272	29	18	25	26	1.98
725752--726132	48	7.8	48	88	2	476	31	17	25	25	1.97
725761--726132	144	2.6	145	88	3	541	31	17	25	25	1.97
724898--727034	950	2.2	952	92	1	3479	29	17	25	26	1.98
726712--727034	48	6.6	48	86	1	394	30	17	26	26	1.97
726660--727034	144	2.5	149	82	4	445	30	16	26	26	1.97
725804--730627	912	5.3	910	85	5	6685	29	17	25	27	1.98
727614--727994	48	7.8	48	88	2	485	31	17	26	25	1.97
726721--728899	953	2.3	955	92	1	3554	29	17	25	26	1.98
728577--728899	48	6.6	48	87	1	403	31	16	26	25	1.97
728577--728899	144	2.2	146	88	2	461	31	16	26	25	1.97
729479--729811	48	6.8	48	86	2	389	31	15	26	26	1.96
729434--729811	96	3.8	97	83	4	393	31	15	26	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
730346--730619	48	5.5	48	82	4	269	32	17	26	23	1.96
731315--731339	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
731296--731358	32	2.0	32	93	0	108	34	14	15	34	1.88
731295--731361	19	3.8	19	74	22	74	35	13	14	35	1.86
731401--731426	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
731381--731447	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
733852--733926	27	2.8	27	85	4	98	25	32	20	22	1.98
733912--734129	52	4.2	51	78	4	197	30	25	10	33	1.90
733910--734129	103	2.1	103	82	3	255	30	25	11	32	1.91
734112--734185	28	2.6	30	87	8	102	24	31	18	25	1.98
733741--734236	262	1.9	262	87	2	737	29	25	12	32	1.93
735264--735547	48	5.8	48	87	2	345	31	17	26	24	1.97
735264--735547	95	2.9	96	85	3	345	31	17	26	24	1.97
736127--736555	48	8.8	48	90	2	608	30	16	26	26	1.97
737135--737419	48	5.8	48	89	2	372	30	16	27	25	1.97
738244--738717	48	9.7	48	86	3	527	30	16	25	27	1.97
739307--739725	48	8.6	48	89	2	545	30	16	25	27	1.97
739252--739725	144	3.2	144	85	3	572	30	16	25	27	1.97
740260--740643	96	3.9	97	86	3	263	30	16	26	26	1.96
740314--740685	48	7.6	48	87	3	478	30	16	25	27	1.96
739349--741530	960	2.3	960	93	0	3733	29	17	25	27	1.98
741275--741530	48	5.3	48	89	3	336	31	17	26	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742225--742553	48	7.1	43	81	10	325	31	17	24	25	1.97
742349--742426	26	3.2	26	61	26	60	34	16	23	25	1.95
742181--742553	188	2.0	193	90	2	594	31	17	24	26	1.97
742172--742553	140	2.7	139	81	9	452	31	17	24	25	1.97
742541--742677	32	4.3	32	87	7	192	16	18	36	28	1.93
742714--742946	29	8.0	29	80	7	249	25	17	28	29	1.97
742740--742946	88	2.4	86	87	4	299	24	17	27	30	1.97
742740--742952	57	3.7	57	81	7	241	24	17	28	30	1.97
744383--744495	1	113.0	1	78	0	118	0	0	10	89	0.49
744383--744497	9	13.1	9	82	12	150	0	0	11	88	0.51
744383--744494	26	4.3	26	88	10	167	0	0	10	89	0.49
758318--758466	52	2.9	52	89	4	239	31	17	18	32	1.94
758455--758479	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
758868--759297	48	8.7	48	89	3	484	31	16	26	25	1.96
758915--759297	48	7.8	49	92	1	513	31	16	26	25	1.96
759886--760257	48	7.6	48	87	2	485	31	16	25	26	1.97
758551--761212	964	2.8	958	93	0	4549	29	17	25	27	1.97
760836--761507	48	13.8	48	92	1	975	29	16	26	26	1.97
761653--761685	16	2.1	16	94	5	59	48	6	12	33	1.65
765533--765564	8	3.9	8	95	4	55	12	0	25	62	1.30
768339--768406	33	2.1	33	88	2	102	35	17	13	33	1.89
771716--771780	20	3.6	20	69	26	72	32	21	12	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771717--771781	33	2.0	33	100	0	130	32	21	12	33	1.90
773637--773705	21	3.5	20	71	20	65	36	2	31	28	1.72
774266--774292	13	2.1	13	100	0	54	29	33	14	22	1.94
774361--774430	33	2.1	34	84	7	90	34	10	17	38	1.83
774820--774859	20	2.0	20	100	0	80	25	15	35	25	1.94
788736--789332	43	12.9	47	84	8	703	31	19	23	25	1.98
788922--789332	92	4.5	92	86	8	536	31	19	23	25	1.98
789364--789562	34	6.0	34	81	9	216	37	12	31	19	1.88
789372--789594	100	2.3	98	83	4	270	36	13	30	20	1.90
789366--789580	66	3.3	65	85	5	247	37	12	30	19	1.89
789541--789747	30	6.8	30	78	13	172	28	15	28	27	1.97
789543--789747	61	3.3	60	85	4	259	27	16	28	27	1.97
796845--796973	52	2.5	52	97	0	249	27	18	18	34	1.95
796982--797006	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
797054--797153	32	3.1	32	97	0	182	37	18	11	34	1.86
797078--797134	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
797059--797154	19	5.7	19	70	26	90	37	17	11	33	1.86
800283--800315	6	5.5	6	92	0	57	63	3	0	33	1.10
801192--801216	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
801265--801303	10	4.0	10	90	3	62	38	7	30	23	1.83
801327--801463	53	2.6	53	94	1	238	27	17	17	37	1.92
801543--801583	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807885--808123	119	2.0	118	86	0	334	36	9	17	35	1.83
809434--809477	21	2.2	19	88	8	61	15	0	15	68	1.22
811038--811092	20	2.7	20	85	2	74	40	9	16	34	1.80
812529--812905	153	2.5	153	82	6	399	39	18	15	26	1.91
812580--812907	153	2.1	153	85	3	437	39	18	15	25	1.90
819623--819659	14	2.7	14	95	4	67	35	16	13	35	1.88
821791--822732	463	2.0	463	99	0	1857	33	18	20	27	1.96
824107--824975	49	17.8	49	87	4	1100	31	17	26	25	1.97
824107--824975	195	4.4	195	87	4	1164	31	17	26	25	1.97
826516--826593	1	78.0	1	71	0	57	0	6	7	85	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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