genome.fa.s32.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold32
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5587194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

This is table  7  of  33  ( 3877 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826504--826540	17	2.3	17	90	9	60	0	0	16	83	0.64
826513--826593	17	4.9	16	79	8	74	0	6	8	85	0.75
829977--830011	12	2.9	12	100	0	70	25	25	8	40	1.84
839528--839565	3	12.7	3	88	0	58	39	0	31	28	1.57
844098--844122	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
845971--846034	32	2.0	33	87	3	94	28	14	15	42	1.86
846115--846216	43	2.4	43	93	0	177	31	19	16	32	1.94
847091--847515	167	2.5	166	84	3	505	29	11	10	49	1.71
848070--848107	11	3.5	11	89	10	53	78	0	21	0	0.74
848065--848129	12	5.5	11	71	20	51	80	1	16	1	0.88
848067--848110	13	3.5	13	87	6	65	81	0	18	0	0.68
849839--849868	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
849816--849884	33	2.1	33	86	5	95	34	18	11	34	1.87
849912--849966	19	2.8	20	83	5	76	40	14	14	30	1.86
852033--852100	19	3.9	18	76	23	83	35	11	16	36	1.85
852035--852097	32	2.0	32	96	0	117	34	12	17	34	1.88
852054--852078	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
861182--861221	20	2.0	20	100	0	80	40	15	10	35	1.80
862531--862583	13	4.5	13	71	26	55	39	16	11	32	1.85
862531--862599	33	2.1	33	89	5	104	39	18	11	30	1.87
862627--862684	19	3.1	18	85	11	80	31	18	15	34	1.93
870538--870591	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870621--870647	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
871628--872179	42	13.1	42	74	7	260	37	16	26	19	1.93
871625--872179	84	6.6	84	72	7	329	37	16	26	19	1.93
871617--871972	127	2.8	126	78	2	329	37	16	26	18	1.92
871923--872042	41	2.9	41	77	6	100	38	16	23	21	1.93
872010--872157	43	3.4	43	81	1	127	39	15	25	19	1.91
872350--872440	42	2.1	43	87	2	130	32	14	30	21	1.93
872367--872450	42	2.0	42	85	0	114	35	11	29	22	1.90
872084--872607	271	1.9	272	89	1	802	38	14	25	21	1.91
872535--872745	44	4.8	44	79	5	192	39	15	24	20	1.91
872544--872866	132	2.4	132	83	2	389	39	16	25	18	1.91
872586--872866	44	6.4	44	70	13	157	39	17	25	17	1.91
872671--872957	88	3.3	88	82	1	301	40	17	23	18	1.91
873045--873777	60	12.2	60	73	8	443	39	11	23	24	1.88
873213--873622	30	13.6	30	64	13	112	42	12	21	23	1.87
873069--873760	121	5.8	120	79	8	683	40	11	23	24	1.88
873070--873775	240	2.9	239	84	4	855	40	11	23	24	1.88
873765--873857	35	2.7	35	81	3	116	44	7	21	26	1.79
875805--875839	7	4.9	7	86	6	52	8	14	0	77	0.99
875812--875904	16	5.8	16	69	15	57	9	13	3	73	1.21
875804--875847	15	2.9	15	93	3	70	6	13	0	79	0.92
878254--878728	167	2.9	165	76	9	462	32	10	8	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879156--879202	24	2.0	24	87	8	69	78	2	19	0	0.85
880139--880163	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
880151--880203	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
880264--880288	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
880245--880309	34	2.0	32	88	11	96	36	16	16	29	1.92
880641--880696	20	2.8	20	89	5	78	37	14	16	32	1.88
880747--880799	19	2.7	20	85	8	72	47	15	9	28	1.76
887319--887349	8	3.8	8	95	4	53	12	0	25	61	1.32
887463--887520	27	2.0	31	87	12	88	37	15	17	29	1.90
887509--887533	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
889970--889994	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
889982--890034	20	2.6	21	88	8	74	39	16	16	26	1.91
891083--891126	17	2.7	16	79	6	52	79	2	2	15	0.93
891278--891315	20	1.9	20	84	10	51	71	0	7	21	1.11
891271--891321	25	2.0	25	88	3	75	68	0	11	19	1.20
896006--896257	135	1.9	135	85	3	355	39	19	17	24	1.92
897761--897814	13	4.7	12	82	17	62	5	20	1	72	1.14
897784--897815	13	2.5	13	100	0	64	6	18	0	75	1.01
898286--898328	19	2.3	19	87	0	59	72	9	0	18	1.11
898473--898778	166	1.8	165	86	3	445	50	7	10	32	1.64
903903--904106	103	2.0	104	88	4	306	33	7	14	44	1.74
905775--905808	12	2.8	12	86	0	50	29	8	29	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
907820--907858	21	1.9	21	94	5	71	20	23	12	43	1.86
913473--913515	14	3.2	14	80	6	54	62	4	20	11	1.46
913765--913833	27	2.6	27	83	4	86	21	17	34	26	1.95
913667--913919	124	2.0	125	91	0	409	31	13	28	27	1.93
916031--916101	20	3.5	20	88	1	79	35	11	19	33	1.88
916047--916104	20	2.9	20	94	0	98	36	13	18	31	1.90
916693--916739	22	2.2	23	85	14	66	46	0	21	31	1.51
916693--916747	22	2.7	21	79	17	62	47	1	21	29	1.61
921380--921415	3	12.0	3	93	0	63	33	36	0	30	1.58
922920--922957	20	2.0	20	89	5	60	39	15	7	36	1.77
923012--923042	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
922992--923058	33	2.0	33	91	5	109	34	17	13	34	1.89
924356--924401	20	2.2	21	84	3	58	30	17	10	41	1.84
925451--925487	14	2.8	13	88	8	56	86	0	13	0	0.57
925833--925881	21	2.4	20	78	15	55	69	6	12	12	1.35
927354--927531	88	2.0	87	80	5	198	24	22	12	40	1.88
928728--928778	20	2.5	21	84	12	70	39	13	19	27	1.90
928728--928799	21	3.5	21	83	7	76	37	13	19	29	1.90
928821--928858	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
930953--931000	19	2.5	19	86	10	62	41	14	16	27	1.87
932651--932675	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
932628--932695	33	2.1	32	88	2	100	32	13	17	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
932728--932780	20	2.6	21	87	3	81	28	18	16	35	1.93
932768--932792	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
934758--934809	20	2.4	21	84	12	70	5	25	50	19	1.69
941428--941452	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
941405--941472	33	2.1	33	88	2	102	33	13	17	35	1.89
941505--941557	20	2.6	21	84	3	72	30	16	13	39	1.87
941545--941569	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
943948--944319	107	3.5	105	77	5	318	19	20	13	45	1.84
944094--944594	213	2.4	212	75	6	467	19	22	13	45	1.85
947663--947715	20	2.7	20	82	5	63	39	11	18	30	1.86
948599--949313	49	15.0	49	78	8	697	29	17	27	25	1.98
948654--949313	92	7.0	92	85	3	809	29	17	27	25	1.98
948700--949313	141	4.3	141	83	7	741	29	17	27	25	1.97
948666--949314	282	2.3	282	92	0	1055	29	17	27	25	1.97
949357--949511	28	5.4	28	80	9	145	18	16	27	36	1.93
949337--949458	57	2.1	57	92	3	201	19	16	26	37	1.93
949357--949542	28	6.4	30	80	7	140	18	16	29	35	1.93
949532--949609	33	2.3	33	78	6	86	25	10	37	26	1.88
949551--949644	31	2.9	32	77	12	111	34	10	34	21	1.88
951143--951262	1	120.0	1	73	0	87	0	5	9	85	0.72
951125--951227	21	5.1	20	85	11	129	0	0	12	86	0.62
951125--951227	41	2.5	41	86	9	147	0	0	12	86	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
951125--951262	30	4.5	29	81	10	134	0	4	10	84	0.75
951125--951239	41	2.8	37	81	13	113	0	0	13	86	0.63
951125--951260	70	1.9	70	83	5	177	0	4	11	84	0.75
953852--953879	13	2.2	13	100	0	56	35	14	17	32	1.90
953831--953896	33	2.0	33	88	5	98	39	15	16	28	1.89
953916--953982	19	3.8	19	77	22	92	35	17	11	34	1.87
953938--953962	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
953919--953981	32	2.0	32	100	0	126	34	19	12	33	1.89
954324--955056	107	6.9	107	73	6	465	18	23	14	43	1.86
955017--955124	41	2.6	41	83	0	126	26	25	11	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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