genome.fa.s32.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold32
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5587194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1923769--1923820	20	2.7	20	87	3	70	38	19	13	28	1.89
1928117--1928155	19	2.0	21	90	10	64	35	5	20	38	1.75
1928729--1928753	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1928738--1928794	19	3.0	20	79	7	73	33	14	17	35	1.90
1928823--1928876	20	2.7	19	88	11	74	31	14	18	35	1.91
1931574--1932163	195	3.0	196	89	2	898	38	16	15	29	1.90
1931577--1932166	197	3.0	196	88	3	891	38	16	15	29	1.90
1932523--1932581	24	2.5	24	81	5	68	81	1	13	3	0.90
1932537--1932580	12	3.8	11	81	6	52	84	2	13	0	0.73
1933188--1933410	114	2.0	112	83	5	279	33	17	14	34	1.90
1933635--1933966	88	3.8	86	73	9	211	23	18	12	44	1.85
1934492--1934701	93	2.3	92	81	7	230	26	23	16	33	1.96
1935200--1935343	49	2.9	49	90	0	225	20	26	13	39	1.89
1935313--1935548	41	5.8	41	72	8	171	17	21	16	44	1.87
1935072--1935423	179	2.0	178	83	2	447	20	25	13	40	1.89
1935299--1935658	81	4.4	81	79	4	321	19	22	16	42	1.89
1935440--1935658	87	2.6	83	83	4	262	18	23	15	42	1.89
1935299--1935658	40	8.8	40	69	12	167	19	22	16	42	1.89
1935906--1936107	42	4.7	42	75	7	156	16	19	14	49	1.80
1935946--1936175	42	5.4	41	72	9	165	17	20	13	48	1.81
1935863--1936522	85	7.8	85	80	4	539	18	20	14	46	1.83
1935863--1936476	171	3.6	170	76	5	596	18	20	13	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1937421--1937984	167	3.4	165	79	8	605	29	10	9	50	1.68
1938776--1938815	21	1.9	21	85	10	55	20	10	15	55	1.68
1947137--1947161	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1953905--1953929	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1953994--1954018	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1954027--1954147	52	2.3	52	94	0	215	35	18	17	28	1.93
1958032--1958652	28	21.5	28	81	6	697	30	33	15	20	1.94
1958032--1958652	88	7.2	85	85	4	696	30	33	15	20	1.94
1958032--1958652	116	5.4	112	83	5	697	30	33	15	20	1.94
1958640--1958689	25	2.0	25	88	0	73	30	28	22	20	1.98
1959652--1959726	20	3.8	19	80	7	87	33	9	12	45	1.73
1959600--1959773	91	1.9	91	83	4	226	32	14	12	40	1.83
1963416--1963457	15	2.6	16	81	11	50	54	4	9	30	1.53
1967695--1967743	20	2.4	18	83	16	53	36	20	0	42	1.52
1970577--1970629	21	2.5	21	87	9	72	39	3	13	43	1.62
1970742--1970808	20	3.7	20	70	25	76	28	14	13	43	1.84
1970761--1970820	13	5.1	13	67	22	51	30	15	11	43	1.82
1970742--1970839	33	3.0	33	89	1	144	28	16	13	41	1.86
1970805--1970858	19	2.8	19	88	2	72	33	20	9	37	1.84
1970889--1970941	20	2.7	20	85	5	63	35	13	18	32	1.90
1971282--1971355	20	3.8	19	82	8	78	29	16	16	37	1.90
1971383--1971431	13	4.2	13	71	28	56	30	12	18	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1979486--1979536	20	2.6	20	87	3	68	33	15	15	35	1.90
1979480--1979536	19	3.0	20	79	7	73	35	15	15	33	1.90
1988194--1988265	20	3.7	19	80	12	74	29	16	16	37	1.91
1991265--1991604	154	2.2	156	81	6	406	39	19	17	23	1.92
1993325--1993361	13	3.0	13	80	15	51	0	32	0	67	0.91
1993894--1993920	9	3.0	9	100	0	54	55	0	0	44	0.99
1993926--1994458	166	3.2	164	81	5	556	49	10	9	29	1.70
1994852--1994877	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2002928--2002969	22	1.9	22	90	0	66	40	4	33	21	1.74
2006596--2006663	20	3.5	20	91	4	111	30	16	14	38	1.89
2012803--2012921	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2012836--2012911	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2012827--2012912	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2012818--2012888	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2018983--2019301	162	2.0	162	96	0	593	31	28	19	20	1.97
2020516--2020562	15	3.3	14	80	11	51	80	10	6	2	0.96
2021796--2022339	31	17.4	31	72	13	261	22	29	13	34	1.92
2021801--2022159	61	5.8	60	77	9	276	24	28	13	33	1.93
2021802--2022345	95	5.8	95	75	10	390	23	29	13	33	1.92
2021801--2022165	126	2.9	124	79	9	375	24	28	13	33	1.93
2021802--2022339	30	17.2	30	73	11	316	23	29	13	33	1.93
2022270--2022890	33	19.0	32	78	8	490	20	33	11	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2022596--2022653	28	2.1	28	83	0	71	15	43	10	31	1.80
2022624--2022794	34	5.0	35	81	4	204	21	36	11	30	1.88
2022333--2022890	68	8.5	65	82	7	506	20	33	11	34	1.89
2022865--2022931	35	1.9	35	84	6	91	25	29	10	34	1.89
2023120--2023215	32	3.0	31	87	4	138	31	30	17	20	1.96
2023272--2023388	61	1.9	61	86	6	166	22	29	13	35	1.92
2024040--2024083	20	2.2	20	87	0	61	31	13	11	43	1.80
2025132--2025203	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
2025192--2025528	52	6.4	52	67	17	176	31	11	26	30	1.92
2025335--2025419	27	3.1	27	85	8	102	25	18	30	24	1.98
2025127--2025530	212	1.9	212	88	3	616	31	12	27	28	1.93
2025407--2025525	51	2.3	53	85	7	154	32	11	23	31	1.91
2027944--2027998	19	2.9	19	86	0	65	41	10	9	38	1.72
2029806--2029866	28	2.3	27	77	5	70	26	29	14	29	1.95
2045384--2045410	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2045365--2045429	32	2.0	33	90	3	105	29	15	13	41	1.86
2045394--2045450	19	2.9	19	84	2	69	33	14	15	36	1.88
2046301--2046427	52	2.4	53	80	6	134	29	26	14	29	1.95
2047016--2047065	20	2.4	21	80	12	59	42	12	16	30	1.84
2047119--2047241	52	2.4	53	84	4	146	30	13	12	43	1.81
2048540--2048593	21	2.7	19	76	18	56	35	14	18	31	1.91
2051463--2051488	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2053714--2053758	21	2.1	21	84	8	56	53	6	17	22	1.67
2055563--2055593	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2057673--2057698	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2057819--2057864	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2060259--2060284	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2064341--2064404	32	2.0	33	90	3	103	34	12	18	34	1.89
2064340--2064424	19	4.7	19	75	18	92	32	11	17	37	1.86
2064393--2064539	52	2.9	50	82	8	179	35	17	17	30	1.92
2064412--2064539	52	2.5	50	86	6	184	35	17	17	28	1.93
2068207--2068258	15	3.2	15	75	19	59	36	13	11	38	1.81
2068192--2068257	19	3.7	17	78	17	64	36	13	13	36	1.85
2068190--2068258	34	2.0	35	91	2	113	36	13	13	37	1.83
2070729--2070781	21	2.6	21	88	8	74	35	11	16	35	1.85
2070711--2070781	20	3.5	20	83	9	74	38	12	15	33	1.85
2075462--2075487	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2075442--2075505	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
2075442--2075512	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
2075567--2075720	71	2.2	71	98	0	299	28	13	16	40	1.87
2075567--2075743	71	2.5	70	90	1	194	30	13	15	40	1.86
2078102--2078126	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2082004--2082048	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2084267--2084292	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2084247--2084310	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
2084247--2084317	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
2084372--2084525	71	2.2	71	98	0	299	28	13	16	40	1.87
2084372--2084548	71	2.5	71	91	1	239	29	14	15	40	1.86
2086171--2086222	26	2.0	26	100	0	104	53	23	0	23	1.46
2090185--2090399	72	3.0	72	98	0	421	26	22	13	36	1.92
2093837--2093869	9	3.7	9	95	0	57	24	9	24	42	1.83
2093827--2093869	18	2.4	18	84	0	50	27	9	20	41	1.83
2101026--2101145	51	2.4	51	86	0	159	31	11	25	30	1.91
2101077--2101300	76	2.9	78	82	5	283	30	16	27	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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